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沙龙
1
回答
使用
列表
理解
python
实现
终止
密码子
的
翻译
和
使用
python
、
function
、
translation
、
biopython
我正在试着写一个关于开放阅读框架
的
函数,只
使用
一个只有
终止
密码子
的
字典。程序一次接受三个字母,如果这三个字母是停止
密码子
之一,则程序停止并计算字母数(停止
密码子
不计算,之后也不计算)。有人能给我一些关于如何改进
的
建议吗?谢谢!
浏览 32
提问于2021-11-09
得票数 0
1
回答
将RNA解析为
密码子
code-golf
、
string
、
parsing
Introduction
密码子
我们会认为RNA是碱基对( AUCG )字母表上
的
一个长串。每个
密码子
(除了
终止
浏览 0
提问于2016-01-16
得票数 18
回答已采纳
6
回答
变异我
的
DNA序列
code-golf
、
string
、
bioinformatics
这是大多数有机体
使用
的
转换表(表读左、上、右):人类
和
大多数其他生物只
使用
一个氨基酸作为“开始”
密码子
:蛋氨酸,也就是a。相遇,M,或ATG。这意味着任何编码蛋白质
的
DNA序列都是从ATG开始
的
,ATG将被
翻译
机器识别。 然而,三个不同
的
密码子
被用来停止
翻译
: TAA,TAG
和
TGA。如果复制机器遇到任何这些,它将停止,
翻译
的
蛋白质将被释放
浏览 0
提问于2019-10-15
得票数 31
回答已采纳
2
回答
使用
re
列表
(或如何删除可能
的
密码子
列表
之间
的
子字符串)
python
、
python-3.x
、
list
、
python-re
我正在写一个脚本,从一系列基因中删除打开
的
阅读框。我知道re模块,但我不太明白当涉及到
列表
时它
的
正确用法--以下是我
的
任务:然后,I需要找到存储在
列表
中
的
三个可能
的
停止
密码子
中
的
一个。stop_codons = ['TAG', 'TAA', 'TGA'] 然后,I需要删除开始
和
停
浏览 4
提问于2021-04-27
得票数 1
回答已采纳
2
回答
蛋白质
翻译
-将RNA序列
翻译
成蛋白质
c#
、
beginner
、
strings
、
linq
、
bioinformatics
如果它对一个
密码子
有效,程序应该对所有
密码子
都有效。但是,可以自由地扩展测试套件中
的
列表
,将它们全部包括在内。也有三个
终止
密码子
(也称为“停止”
密码子
);如果遇到这些
密码子
中
的
任何一个(由核糖体),所有
翻译
结束
和
蛋白质
终止
。", "Serine"注意到停止
密码子
"UAA"
终止
翻译
浏览 0
提问于2020-05-19
得票数 1
回答已采纳
2
回答
根据另一个
列表
对
列表
进行切片
python-3.x
我需要切片核苷酸序列
的
列表
,例如。"ATGCTGACTGCA","ATGCAGGCGTAG“根据另外两个
列表
,一个带有起始
密码子
,一个带有
终止
密码子
。我将所有数据放在一个pandas数据帧中,并将其提取到用于序列
的
np数组
和
用于开始
和
停止
的
两个
列表
中。我尝试过
列表
理解
: seq = ["ATGCTGACTGCA",
浏览 22
提问于2019-08-30
得票数 0
回答已采纳
1
回答
Biopython:从修改过
的
GenBank记录中提取CDS?
biopython
我对
python
有一些基本
的
了解,并且一直在从genbank记录中提取编码序列。然而,我不确定如何处理编码序列已被修改
的
记录(例如,由于更正内部停止
密码子
)。这类序列
的
一个示例是 (如果链路不工作,则为XM_021385495.1 )。 在这个例子中,我可以
翻译
我可以访问
的
两个编码序列,但它们都有内部
终止
密码子
-根据注释,也有indels!这是我访问CDS
的
方式:1- gb_record.seq 2- cds.loc
浏览 9
提问于2020-03-05
得票数 1
1
回答
查找较长字符串中多个不同字符串
的
第一个匹配项
python
我目前正在做一个研究项目,我要做一个
python
程序,在这个程序中,我可以输入DNA序列,从中获得所有可能
的
阅读框架,然后找到任何开放阅读框架。我不能
使用
Biopython,因为我们要自己做这件事。从我编写
的
代码中,我将获得以下样式
的
输出:["TGC", "ATG", "ATA", "TGG", "AGG", "AGG", "CCG", TAA", &quo
浏览 17
提问于2021-05-17
得票数 0
回答已采纳
3
回答
perl regex:如何在没有内部停止
密码子
的
情况下获得开放阅读框架?
regex
、
perl
、
substring
、
bioinformatics
我正在尝试以字符串格式从(DNA)基因组序列
的
一条链中分离所有重叠
的
ORF(包括基因组上
的
start (i)
和
stop (j)位置以及ORF
的
长度(l) );ORF应以ATG开头,至少有24个内部核苷酸$ORF_count++; }现在,上面的代码恢复了以ATG开头,以(TAA|TAG|TGA)结尾并且是>=30
的
ORFs我已经尝试过了-但是恢复
的
ORF有内部停止码!我
的
问题是,如何让恢复
浏览 1
提问于2013-07-08
得票数 2
2
回答
查找stop_codon
python
、
regex
、
python-2.7
、
bioinformatics
我试图在我
的
cds中找到开始
和
结束
密码子
。我
使用
过正则表达式,但是当我运行这个
python
脚本时,我得到了一个空
的
停止代码
列表
。任何帮助都是非常感谢
的
。
浏览 1
提问于2013-03-19
得票数 1
2
回答
与生物学相关
的
列表
理解
python
、
list
、
list-comprehension
我正在试着写一个函数,
使用
列表
理解
关于开放阅读框架,
使用
一个只有停止
密码子
的
字典。程序一次接受三个字母,如果这三个字母是停止
密码子
之一,则程序停止并计算字母数(停止
密码子
不计算,之后也不计算)。这是我到目前为止得到
的
结果,但是
python
一直告诉我语法错误。有人能给我一些关于如何改进
的
建议吗?='X' else end_of_loop()
浏览 20
提问于2021-11-09
得票数 0
1
回答
如何在
Python
中返回两个匹配项之间
的
字符串面积?
python
我正在寻找一种方法(
使用
python
3)来迭代某个字符串,并返回另一个字符串,其中包含两个帧匹配
和
中间区域。(TGA)
密码子
,并提取可能
的
阅读框架以供进一步分析。它应该会给我这个:所以,当我
的
原始序列是这样
的
: 我想提取所有可能
的
变体,从ATG开始,以TG
浏览 2
提问于2018-08-06
得票数 0
4
回答
在
Python
中将DNA序列转换为其氨基酸
python
我被困在
python
的
练习中,我需要把DNA序列转换成相应
的
氨基酸。seq1 = "AATAGGCATAACTTCCTGTTCTGAACAGTTTGA" print seq[i:i+3]>seq1_1_+>seq1_2_+ LNR
浏览 3
提问于2014-01-17
得票数 1
1
回答
打破
列表
理解
python
、
list-comprehension
如何让
python
在
列表
理解
的
中间添加一个中断?问题是获取RNA核苷酸
列表
,并
使用
列表
理解
返回
密码子
列表
。", "C", "G"]print(b1) 我想要做
的
是在一个
列表</
浏览 8
提问于2019-01-08
得票数 1
2
回答
如何
使用
python
编程将一组DNA序列转换为蛋白质序列?
python
、
python-3.x
、
bioinformatics
、
biopython
、
dna-sequence
我正在
使用
python
创建一个程序,将一组DNA序列转换为氨基酸(蛋白质)序列。然后,我需要找到一个特定子序列,并计算出现该特定子序列
的
序列
的
数量。sequences containing one or more enterokinase motifs is []".format(motif_number)) 我在编写将DNA序列转换为蛋白质序列
的
代码时遇到了麻烦
浏览 3
提问于2016-11-28
得票数 3
2
回答
Python
DNA
翻译
python
、
loops
、
for-loop
、
range
、
biopython
我必须创作我自己
的
生物巨著。一种能读懂DNA,转录并
翻译
的
东西。我已经做到了这一点,它可以做到所有这些,但我不知道如何让程序识别
密码子
在3组以下
的
'atg‘,直到它达到一个停止
密码子
。现在它只找到一个起始
密码子
,然后是最近
的
停止
密码子
,而不算3。有人能帮我找出这个密码吗?3]] print ("Protein Sequenc
浏览 4
提问于2020-05-02
得票数 0
1
回答
需要一些
使用
Regex在DNA中查找开放阅读框架
的
帮助吗?
python
、
regex
、
eclipse
我正在努力寻找所有可能
的
最小核苷酸长度
的
阅读框架。这基本上就是我想要
的
,但是由于某些原因,一些阅读框架不能识别一些
终止
密码子
。我在Eclipse上
使用
Python
浏览 1
提问于2013-09-13
得票数 0
5
回答
使用
字典转换字母
python
、
string
、
list
、
dictionary
、
comparison
我正在编写一个程序,将字典中匹配键
的
字母转换为与该键相关
的
值,例如,如果字典是{'A':'T','C':'G','T':'A','G':'C'},而字符串是'AAG‘,输出应该是'TTC’。编辑:这就是我现在得到
的
,多亏了你
的
一些回答: answer = []
浏览 1
提问于2015-09-21
得票数 2
回答已采纳
3
回答
使用
数组
和
for循环,但不
使用
字符串或任何类
c++
、
arrays
、
if-statement
、
for-loop
char aminoAcid3, char aminoAcid5给定一个由5个氨基酸符号组成
的
蛋白质片段作为输入,在屏幕上打印出
翻译
成该蛋白质片段
的
所有不同
的
密码子
序列(每行一个序列)。这里有一个例子:蛋白质片段MWQWH可以由这四个
密码子
序列
翻译
,因此对于输入:‘M’,‘W’,‘Q’,‘W’,‘H’(或‘m’,‘W’,‘Q’,‘W’,‘H’),函数应该打印以下内容: ATGTG
浏览 2
提问于2013-03-17
得票数 3
3
回答
如何在
Python
中找到开放阅读框架
python
、
python-3.x
、
python-2.7
、
biopython
我正在
使用
Python
和
一个正则表达式来查找ORF (开放阅读框架)。the start codon here 我如何找到一种方法来检查起始
密码子
,然后找到第一个
终止
密码子
。随后找到下一个起始
密码子
和
下一个
终止
密码子
。 我希望将此运行三帧。如前所述,三个帧将考虑序列<
浏览 1
提问于2012-10-29
得票数 13
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