当我使用奇点版本3.2.0从沙箱文件夹创建.sif镜像时，在另一台使用奇点版本2.6的机器上运行时收到以下错误： ERROR : Unknown image format/type: container_name.sifABORT : Retval = 255 所以问题是： 有没有办法用版本3构建与版本2兼容的<e
浏览 35提问于2019-12-27得票数 2
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我想在本地构建奇点重写，而不是依赖奇点中心，浪费我有限的每日构建配额来修复愚蠢的语法错误。但是，我不是将要运行容器的机器上的管理员。我想在奇点集线器上建立一个容器，其中我是一个管理员，可以建立其他容器。然而，我试图构建一个可以使用sudo和su的容器，这让我觉得这是不可能的。有没有办法建立一个容器，我可以在其中构建容器，如果有，我目前的<
浏览 10提问于2019-09-04得票数 0
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对于snakemakev5.27+
有没有办法用指向本地镜像的容器指令来运行snakemake？例如，如果我将Docker容器存储在Dockerhub上，并且我在本地也有一个副本，当运行snakemake时，如果本地已经存在完全相同的副本，我不希望规则从DockerHub中拉出一个奇点镜像副本。
浏览 16提问于2021-01-10得票数 1
rc2 -core 1.0.0.alpha16 - Compass 1.0.0.alpha17我收到一条警告消息-“警告: Compass已更改浏览器支持的配置方式singularitygs/helpers/_box-sizing.scss is calling
compass/css3/_deprecated-support.scss which in turn
浏览 5提问于2014-01-07得票数 0
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我目前正在研究奇点和docker。我正在为MPI环境运行奇点。
我想为MPI使用奇点的优点，但是奇点文件非常大。因此，在运行奇点图像后，我想将其转换为docker图像，然后保存它，这将节省磁盘空间。这有可能将奇点图像转换为docker图像吗？
浏览 2提问于2020-02-28得票数 2
我正在尝试从一个现有的docker镜像设置一个奇点容器，在这个镜像中，一个名为"tensorflow“的conda环境在我运行容器时立即被激活。我在这个话题上找到了一些答案。不幸的是，在这篇文章中，他们只解释了如何在默认情况下设置奇点.def文件来激活conda环境。然而，我只想修改我现有的Dockerfile，然后从它构建一个奇点镜像。docker镜像之后，我使用以下命令运行docker
浏览 290提问于2019-08-08得票数 2
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我正在尝试拉一个docker图像，但必须使用奇点。我该怎么做呢？这是我正在运行的脚本。SLURM_TMPDIR/job-output.txt /network/tmp1/gomrokma/我得到的错误是关于ERROR: Unknown option: --build-arg ERROR: Unknown option: -
浏览 3提问于2019-10-08得票数 0
我最近创建了规范的main.c。\n");}gcc -static -static-libgcc -static-libstdc++ -o hello main.cdockerd & ## Start Docker daemondocker run hello ## Outputs，它没有docker，但有奇点，我想创建一个奇点<
浏览 0提问于2018-10-10得票数 5
背景：I已经成功地在奇点容器中创建了基于MPI的应用程序，并使用奇点文档推荐的混合模式执行它们。这要求我在容器中和主机O/S中都安装了一个“兼容”的MPI版本，如果我要跨多个节点运行作业，我理解为什么这是必要的。但是在我们的用例中，我们有缓慢的互连，所以在多个节点上运行作业对我们来说几乎是没有意义的。混合模式迫使我跟踪每个已内置到每个容器中的MPI<em
浏览 4提问于2020-02-10得票数 3
我对奇点容器的细节还不是很有经验，我想知道系统上的管理员是否可以创建奇点容器，让普通用户运行，但阻止他们以root权限运行？在我们的系统上，通常的做法是让用户构建他们自己的奇点容器，在其中他们是自己的城堡之王。现在我正在研究提供一些预定义的奇点容器的可能性，这些容器由管理员配置，允许用户实例化自己，但用户不能在其中拥有root权限。
浏览 0提问于2020-11-18得票数 1
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当我运行singularity exec foo.simg whoami时，我会从主机获取自己的用户名，这与Docker不同，在Docker中，我会获取root或容器指定的用户。如果我查看这个奇点容器中的/etc/passwd，就会发现已经为我的主机用户ID在/etc/passwd中添加了一个条目。 如果我不知道运行程序的用户ID，如何创建可移植的奇点容器？我已经将Docker容器转换为奇点<e
浏览 21提问于2020-04-10得票数 3
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我试图用sudo singularity build --writable my_container.img docker://image_name命令构建一个可写的奇点容器，但是我得到了错误Error我决定遵循奇点(here)的指南，看看我是否能找到我的问题。我正在使用命令sudo singularity build --writable lolcow.img shub://GodloveD/lolcow，但是我得到了
浏览 103提问于2021-01-07得票数 1
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我正在尝试使用以下文件(即Singularity.recepie)为奇点制作图像： Bootstrap: docker
apt-get-y update
QC.py /
python3/QC.py 我使用以下命令构建镜像： sud
浏览 18提问于2020-01-04得票数 1
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我正在尝试构建一个基于预先构建的anaconda2镜像的奇点容器，例如：source ~/anaconda2/etc/profile.d/con
浏览 27提问于2020-02-29得票数 1
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我正在尝试在centOS linux中构建奇点图像。y install epel-release QC.py /
python3/QC.pysudo singularity build test.simg Singularity.recipeFATAL: Unable
浏览 2提问于2020-01-03得票数 2
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奇异工作流设计
、、
我对奇点很陌生，正在设置我的第一个容器。我希望将容器设置为只运行一种类型的分析，其中用户可以提供3个参数(即。文件的名称)。有许多命令我想应用到3提供的文件。我的问题是如何设置容器，以使默认操作(即。%runscript或类似的)将以某些参数的形式接受用户输入并执行所需的分析。在用户端，他们将运行类似于：singularity run -B /path/to/files the_cont
浏览 2提问于2019-11-26得票数 1
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我正在尝试运行这个，它是用Nextflow实现的，并且使用了一个Docker容器。不幸的是，我不能使用Docker，因为它不兼容HPC (没有sudo)，所以我使用的是奇点而不是Docker。true}
name = 'local' pollInterval = '3</
浏览 1提问于2019-09-03得票数 1
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我遇到过几个实例，其中包含conda环境对于长期的可再现性是非常有用的。由于我通常在高性能计算系统中运行，出于安全原因，它们需要成为奇点容器。这是如何做到的呢？
浏览 0提问于2019-02-13得票数 12
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在构建奇点容器时，我希望从%post部分的主机系统中读取环境变量。我一直在网上寻找一种方法来实现这一点，但没有结果。我开始怀疑现在这是否可能，但我找不到任何可能/不可能的地方。示例：BootStrap: docker echo $TEST_ENV_VARIABLE主机系统上的/ OS
export TEST_ENV_V
浏览 1提问于2020-04-29得票数 1
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我用python3开发了一些(复杂的)代码。当我在我的笔记本电脑上从shell (Ubuntu 18.04)运行它时，CPU使用率是550% (来自"top“命令)。当我从一个奇点容器(基于Ubuntu 16.04)运行它时，CPU使用率是250%，并且执行时间增加了。我不明白为什么奇点不能使用更多的CPU。我阅读了关于的手册，但我的singularity.conf是一个默认文件，我也没有
浏览 2提问于2020-06-04得票数 2
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