合并两个不同panel的cytof数据集
有一些情况下,你的同一个实验项目的多个FCS文件,它们的抗体顺序并不一致。...prepData(fs, panel, md, features = panel$fcs_colname)
rowData(sce1)[,1]
rowData(sce2)[,1]
可以看到,两个数据集的...:
r1;r2
n=match(r1$channel_name,r2$channel_name)
r1;r2[n,]
# 首先合并抗体信号矩阵
ct=cbind(ct1,ct2...counts = ct,exprs=ex),
colData = phe,
rowData = r1
)
sce
得到的全新的SingleCellExperiment对象就包含了两个不同...如果不仅仅是panel顺序不一样
panel本身也不一样,就比较麻烦了,不同的panel可能研究的生物学问题不一样,或许有批次效应等其它未知的混杂因素。
需要具体问题具体分析啦。