使用正确尺寸的ggsurvplot保存输出
是指在生存分析中使用ggsurvplot函数绘制生存曲线图，并将其保存为正确尺寸的图像文件。
生存分析是一种统计方法，用于分析时间至事件发生的概率。在生存分析中，生存曲线图是一种常用的可视化工具，用于展示不同组别或条件下的生存概率。
ggsurvplot是一个在R语言中常用的绘制生存曲线图的函数，它基于ggplot2包，提供了丰富的定制选项。为了保存输出的生存曲线图，我们需要使用正确的尺寸来确保图像的清晰度和可读性。
以下是保存输出的步骤：
- 安装和加载必要的R包：
install.packages("survival")
install.packages("survminer")
library(survival)
library(survminer)- 运行生存分析并绘制生存曲线图：
# 假设我们有一个名为"survival_data"的数据框，其中包含生存时间和事件信息
survfit_obj <- survfit(Surv(time, event) ~ group, data = survival_data)
ggsurvplot(survfit_obj, data = survival_data, ...)- 调整图像尺寸：
# 使用ggsave函数保存输出的生存曲线图，并指定图像尺寸（单位为英寸）
ggsave("survival_plot.png", plot = last_plot(), width = 8, height = 6, dpi = 300)在上述代码中，我们使用ggsave函数将最后一个绘制的图保存为PNG格式的图像文件。通过设置width和height参数，我们可以指定图像的宽度和高度（以英寸为单位）。dpi参数用于设置图像的分辨率。
对于生存曲线图的应用场景，它常用于医学研究、生物统计学和其他领域中对生存时间和事件的分析。例如，在临床试验中，生存曲线图可以用于比较不同治疗组的生存概率。
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2回答
使用survminer绘制R中的危险函数？
r、survival
我们可以使用survminer来绘制生存函数或累积风险函数，但是我看不到使用它来绘制风险函数的方法。
例如,
library(survival)
library(tidyverse)
library(survminer)
data(lung)
# Run Kaplan-Meier on the data
mod.lung <- survfit(Surv(time, status) ~ 1, data = lung)
# Kaplan-Meier Survival Curve
ggsurvplot(mod.lung)
# Cumulative Hazard
ggsurvplot(m
浏览 1提问于2019-06-11得票数 4
我试图在R中绘制一个Kaplan-Meier生存图，但我遇到了一些麻烦。 我是R的新手，所以请原谅我糟糕的代码。 library(survival)
data_time = c(0.19,0.75,0.27,0.26,0.22,0.91,0.21,0.091,0.19,0.37,0.093,0.92,0.046,0.93,042)
data_event = c(1,1,1,1,0,0,1,1,0,0,0,1,1,1,0)
surv_object = Surv(time = data_time, event = data_event)
survfit(surv_object) 这当然会给我一个
浏览 18提问于2019-12-11得票数 1
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以针织格式打印到一页上的多个ggplot
r、ggplot2、knitr、survival-analysis
这个问题的细微变化已经出现了很多，但似乎没有一个对我的情节有帮助。
我正在使用survminer::ggsurvplot在R中绘制生存图，并且我想将编织代码编译成pdf格式。我有6个地块，所以我想在一个页面上显示它们在2列。我的代码如下所示(减去2个图以节省空间)：
<<echo=FALSE, fig=TRUE,out.width = ".45\\textwidth", fig.ncol=2>>=
# Overall Survival for each marker
fit.DFS.AR <- survfit(Surv(TNBC1$DF.time
浏览 1提问于2018-08-30得票数 0
2回答
图像文件不以指定的维数存储在R中
r、macos、image、file、png
因此，我试图将图像保存为文件。例如，就像这样：
png("image.png", units = "in", res = 500, width = 35,
height = 35, pointsize = 40)
plot(density(rnorm(1000)))
dev.off()
我期待一个尺寸为35×35英寸的PNG图像文件，分辨率为500像素/英寸。然而，当在MAC上使用查找器检查图像文件时，图像文件的大小为243.06×243.06英寸和72像素/英寸。
这是我在使用Preview打开图像并选择tools和adj
浏览 8提问于2022-10-05得票数 -1
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1回答
gbm生存预测模型的意义
r、machine-learning、survival-analysis、gbm、boosting
我是一个使用和理解ML方法的新手，目前在R中使用gbm软件包进行生存分析。
我很难理解生存预测模型的一些输出。我已经检查了教程和帖子，但仍然发现在理解输出的生存预测模型方面存在问题。
下面是基于示例数据的分析代码：
rm(list=ls(all=TRUE))
library(randomForestSRC)
library(gbm)
library(survival)
library(Hmisc)
data(pbc, package="randomForestSRC")
data <- na.omit(pbc)
set.seed(9512)
train <- s
浏览 3提问于2020-10-07得票数 1
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1回答
为什么survfit (生存R包)将每一行作为一个单独的个体对待？
r、survival-analysis、survival
使用R中的survival包，我们可以使用“心脏”数据集：
survfit(Surv(stop, event) ~ transplant, data = heart)
这个输出模型具有n=172 ( transplant=1组103个，transplant=1组69个)和75个事件(treatment=0中30个，treatment=1 45个)。
如果我们用survminer软件包绘制K曲线：
ggsurvplot(survfit(Surv(stop, event) ~ transplant, data = heart), risk.table = "nrisk_cumcensor&
浏览 10提问于2022-11-15得票数 0
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如何生成协变量调整的cox生存/风险函数？
r、survival-analysis、cox-regression、survminer
我正在使用survminer包为纵向学生级数据集生成生存和危险函数图，该数据集有5个感兴趣的子组。
我已经成功地创建了一个模型，它可以显示生存函数，而不需要使用ggsurvplot来调整学生级别的协变量。
ggsurvplot(survfit(Surv(expectedgr, sped) ~ langstatus_new, data=mydata), pvalue=TRUE)
然而，我不能设法使这些曲线调整为协变量。我的目标是创建。正如你所看到的，这些是根据某些因素变量调整的生存曲线。有谁能在R中得到这样的图吗？
浏览 8提问于2022-01-20得票数 1
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使用R中的累积分布函数开发新的输出
r、statistics、threshold
上下文:每个部件都是引擎中的一个部件，在每个部件需要“修复/修复/调整/等等”之前所需的总时间是我基本上想要生成的。把变量想象成三个不同的引擎。有一些建议的“时间阈值”，指示每个部件应该发生什么(类似于换油类比，以及它们如何确定何时引入下一个x里程数，等等)。我需要使用实际数据(服务小时数)为每个引擎的每个部件创建新的阈值范围(小于x小时，大于x小时)。 输出示例(虚设阈值)：第1部分-- x < 10 ,000小时，x=10- 16,000小时，x>16,000小时 我对这个概念还很陌生，但这就是问题所在，数据如下： 我已经尝试了一些初步分析来测量每个变量的数据分布(请注意，数
浏览 21提问于2019-09-10得票数 1
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风险表在冲浪者而不是绘图？RCPP误差
r、rcpp、survminer
我试图使用survminer软件包绘制生存曲线和相关的风险表。我无法绘制风险表，所有其他元素都能正常工作。RStudio要么抛出以下错误：
Bl_make_text_box中的错误(令牌、drawing_context$gp、drawing_context$yoff_pt)：包“Rcpp”未提供的函数“Rcpp_precious_remove”
或者被卡住而变得毫无反应。
我安装并加载了Rcpp包，但没有成功，我还重新启动了R并清除了工作区。这种情况发生在多个数据集上。下面的例子是survminer备忘表中的代码，它给了我同样的问题。任何建议都非常感谢！我怀疑这与我的环境有关，但我想不
浏览 4提问于2021-07-14得票数 2
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在函数中使用时，ggsurvplot_facet返回：“gr设备中的错误：：col2rgb(颜色，真)：无效的颜色名称”
r、ggplot2、facet、survival-analysis、color-palette
我试图用ggsurvplot_facet()函数通过变量性绘制几个变量的生存曲线。当我将我的代码应用于一个合适的模型时，它工作得很好。但是，当我试图在函数或for循环中使用相同的代码时，它无法绘制应该绘制的所有生存曲线并返回一个错误。如果ggsurvplot_facet()允许输入一个survfit元素列表，我将在它自己中执行此绘图，方式与ggsurvplot()相同，但ggsurvplot_facet()一次只允许一个survfit元素。
我正在用RStudio运行我的代码，在2018年MacBook Pro中使用MacOSHigh塞拉利昂。
考虑以下数据集：
它包含了对100名受试者和4个
浏览 1提问于2019-04-16得票数 2
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创建具有时间点生存概率的Kaplan Meier图
r、plot、statistics、survival-analysis
我正在尝试在R中创建一个图，它将在一个表中生成一个特定时间点的生存概率表。
目前，该图如下所示：
使用survminer包的绘图的R代码：
ggsurvplot(fit,
pval = TRUE, conf.int = TRUE,
risk.table = TRUE, # Add risk table
risk.table.col = "strata", # Change risk table color by groups
linetype = "strata"
浏览 1提问于2018-09-29得票数 1
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在R中创建具有多个事件的时间-事件kaplan meier图
r、plot、survival-analysis、survival
我想创建一个kaplan meier图。大多数教程关注的是二元生存(死亡/生存)，但在我的例子中，我想绘制一个事件的时间(药物治疗中的1，2，3次切换)。这个是可能的吗？ 这里有一些示例数据来说明我的观点。 library (data.table)
data <- data.table( ID = c(1,1,2,3,4,5,6,6,7,7,7,8,9,10,11,11,11,12,12,13,14,14,14,15,15,16),
episode = c(1,2,1,1,1,1,1,
浏览 16提问于2021-07-19得票数 0
2回答
Android图形:绘制相同大小的圆圈
android、canvas、ppi
我现在有个大问题要处理好几天。首先看要求是可以理解的。我将尽可能简单地列出我的要求，如下所示。
我有5部安卓手机。5种不同品牌，不同屏幕尺寸。
想象一下屏幕大小分别是4英寸、4.5英寸、5英寸、5.1英寸和5.2英寸
我有一个android应用程序，它有一个画布。
现在使用canvas.drawCircle(x / 2, y / 2, radius, paint)，我画了一个圆圈。假设半径为100 (100像素？)
我把这个应用程序安装在我最小的屏幕手机上，4英寸。然后我用尺测量圆圈的直径。假设圆圈直径“精确”为3厘米。
现在我把这个安装在我的其他手机上。
不幸的是
浏览 8提问于2016-05-06得票数 2
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具有频率权重(经粗化精确匹配后获得的包生存-软件包matchit)
r、survival-analysis、weighted
我正在对生存数据进行反事实的影响评估。更准确地说，我试图评估职业培训对失业时间的影响。我使用Kaplan估计的生存曲线(包生存)。
在使用Kaplan之前，我使用粗化精确匹配(目的是ATT)使对照组和治疗组在预处理协变量(package MatchIt)方面接近。
对于Kaplan Meier估计器，我必须使用来自匹配的权重，它使用加权选项和冲浪的稳健标准误差很好地工作：
library(survival)
library(survminer)
kp_cem <- survfit(Surv(time=time_cem,event=status_cem)~treatment_cem, d
浏览 2提问于2022-03-31得票数 0
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用校正群预测法预测生存曲线
r、data-visualization、survival-analysis、cox-regression
如何用在R中实现的校正组预测方法绘制连续协变量(假设数值的第20和第80百分位数)的预测生存曲线？
例如,
library(survival)
library(survminer)
fit <- coxph( Surv(stop, event) ~ size + strata(rx), data = bladder )
ggadjustedcurves(fit, data=bladder, method = "conditional", strata=rx)
现在，这是有用的，因为我得到了两条生存曲线，它们是由rx (0或1)分层的，条件方法是对膀胱数据集的作用。然而
浏览 0提问于2019-09-02得票数 2
2回答
更改ggplot图表的字体大小
r、ggplot2
在一个曲线图中，我有一个图表的标题以及x和y轴的值。当我将图表保存为图像时，标签很小。
我尝试使用以下命令更改字体大小：
size = 21
但它并没有起作用。有什么简单的方法可以改变整个图表的字体大小吗？
浏览 9提问于2013-08-28得票数 9
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基于CoxPH的生存曲线预测与绘制
r、plot、survival-analysis、cox-regression
我试图预测和绘制一个新的观察在R (估计)生存曲线，使用“生存”库和“肺”数据集，我首先拟合一个cox比例风险模型的数据。然后，我试图预测并绘制假设新观察的生存曲线(我在"list“命令中输入了这个假设新观察的细节)。然而，这是行不通的。
我已将我的代码附在下面：
#load library
library(survival)
data(lung)
#create survival object
s <- with(lung,Surv(time,status))
#create model
modelA <- coxph(s ~ as.factor(sex)+age+
浏览 1提问于2020-11-04得票数 4
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R:用命令在放大的窗口中保存数字？
r、image、ggplot2、save、zooming
我有几块地要画和保存。我想保存在缩放窗口中弹出的图表。我所做的如下(这是正常的保存)：
SaveName <- c("A.pdf", "B.pdf")
Path <- "~"
GroupName <- c("A", "B")
for (i in seq_along(Group)) {
pdf(file = paste(Path, SaveName[i], sep = ""), width = 8, height = 6)
plotA <-
浏览 6提问于2020-04-16得票数 0
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指定并保存具有精确大小(以像素为单位)的图形
python、matplotlib、figsize
假设我有一个3841x7195像素的图像。我希望将该图形的内容保存到磁盘中，从而生成一个以像素为单位的精确大小的图像。
没有轴心，没有标题。只是图像而已。我个人并不关心DPI，因为我只想在磁盘中以像素指定图像在屏幕上的大小。
我读过 ，它们似乎都会转换为英寸，然后以英寸为单位指定图形的尺寸，并以某种方式调整dpi。我想避免处理潜在的准确性损失，可能导致像素到英寸的转换。
我试过：
w = 7195
h = 3841
fig = plt.figure(frameon=False)
fig.set_size_inches(w,h)
ax = plt.Axes(fig, [0., 0., 1., 1
浏览 4提问于2012-12-05得票数 231
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不能在保存为PNG文件的ggplot2图中增加标题和x/y标签大小，但它在屏幕上工作正常
r、file、ggplot2、png
我撞到了一个小的，但不是微不足道的砖墙，这经常问和回答的问题。
我在Linux上使用的是Rstudio 0.97.336和R3.0.0。我正在做一个(更复杂的)图表来写在纸上。标题和x/y标签的默认大小太小，不易阅读。但是，如果我将图像保存为PNG文件，那么使用element_text主题(axis.Title.y= element_text(size =rel(1.8)来修复这个问题的明显方法是行不通的。但是，当我查看RStudio中的图像时，它确实能正常工作，就像预期的那样。下面的代码准确地再现了我的问题。
##Libraries
library(ggplot2)
set.seed(15
浏览 7提问于2013-05-06得票数 7
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