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使用自定义基因对单细胞数据打分,应该用什么函数或者R包呢?

我来写个总结性的推文吧~ 使用自定义基因对单细胞数据打分常常是为了深入分析单细胞数据用到,像由于测序深度不足而导致某些基因表达量低或者是某些基因并没有表达。...目前针对单细胞数据基因打分有不同的R包和多种函数 GSEA、GSVA、ssGSEA #这三个也常常用在bulk转录组的富集分析中 Pagoda2、Vision、PLAGE、Zscore、Seurat包的...AUCell 基于单个样本中的基因表达排名,使用曲线下的面积来评估输入基因是否在单个样本的前5%表达基因内富集。...它可以应用于任何单细胞数据矩阵,并包括与SingleCellExperiment和Seurat对象交互的函数。...它使用基于秩的统计分析每个样本的基因表达谱,并在单样本水平上对基因的表达活动进行评分。

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轻松学Pytorch-自定义数据制作与使用

大家好,这是轻松学Pytorch系列的第六篇分享,本篇你将学会如何从头开始制作自己的数据,并通过DataLoader实现加载。...本文以人脸Landmard五点的数据标定与之制作为例来说明pytorch中如何实现自定义数据读取与加载。...数据来源 首先要实现人脸landmark五点的数据标定,就得找到人脸数据,我使用的人脸数据是celebA数据,大概有20W张多点,我从中选择了1000张,然后通过OpenCV写了个程序对人脸进行了简单的裁剪...现在自定义数据已经准备完毕,下面就应该是pytorch登场了。...自定义数据实现 基于Pytorch中的torch.utils.data.Dataset类实现自定义的FaceLandmarksDataset类,主要是重写了getitem这个方法。

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数据 | 共享单车使用数据

下载数据请登录爱数科(www.idatascience.cn) 自行车共享系统是传统自行车的新一代租赁方式,从会员资格,租赁和返还的整个过程已实现自动化。...除了自行车共享系统在现实世界中的有趣应用之外,这些系统生成的数据的特性使它们对研究具有吸引力。与其他运输服务(例如公共汽车或地铁)相反,在这些系统中明确记录了旅行的持续时间,出发和到达的位置。...因此,期望通过监视这些数据可以检测到城市中的大多数重要事件。...数据集中包括了美国共享单车公司Capital Bikeshare在华盛顿地区2011年和2012年的使用量历史记录,以及每天对应的天气信息。 1. 字段描述 2. 数据预览 3....数据来源 http://capitalbikeshare.com/system-data 5.

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常见公开人脸数据的获取和制作自定义人脸数据

前言开发人脸识别系统,人脸数据是必须的。所以在我们开发这套人脸识别系统的准备工作就是获取人脸数据。本章将从公开的数据到自制人脸数据介绍,为我们之后开发人脸识别系统做好准备。...公开人脸数据公开的人脸数据有很多,本中我们就介绍几个比较常用的人脸数据。...CelebA人脸数据官方提供的下载地址:链接:https://pan.baidu.com/s/1zw0KA1iYW41Oo1xZRuHkKQ 密码:zu3w该数据下载后有3个文件夹,Anno文件夹是存放标注文件的...有些图片有多个标注数据,因为这个数据的图片中多人脸的,跟前面的数据不同,前面的都是一张图片只有一张人脸。...然后使用这个主图片来对比其他图片,判断是否是同一个人,如果不是就删除该图片。接着就删除URL文件中,一些删除的文件对应的URL。最好就使用百度的人脸检测服务标注清理后的图片,最终得到一个人脸数据

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使用Python在自定义数据上训练YOLO进行目标检测

此外,我们还将看到如何在自定义数据上训练它,以便你可以将其适应你的数据。 Darknet 我们认为没有比你可以在他们的网站链接中找到的定义更好地描述Darknet了。...所以我们要做的就是学习如何使用这个开源项目。 你可以在GitHub上找到darknet的代码。看一看,因为我们将使用它来在自定义数据上训练YOLO。...pip install -q torch_snippets 下载数据 我们将使用一个包含卡车和公共汽车图像的目标检测数据。Kaggle上有许多目标检测数据,你可以从那里下载一个。...,以便在自定义数据上进行训练。...然后,我们将编辑一些参数,设置批次数、类别数和其他参数。

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Python基础:自定义函数函数基本使用

使用 pass语句 文章目录  自定义函数函数基本使用语法函数的调用与注释及小知识点     函数的参数必须参数关键字参数默认参数混合使用递归 自定义函数函数基本使用  函数能提高应用的模块性,和代码的重复利用率...Python提供了许多内建函数,比如print()等。也可以创建用户自定义函数。说白了就是将一系列的代码封装起来,实现代码的复用。 ...如果函数有返回值,使用 return(expression) 结束函数,不带return 表达式等同于返回 none  函数的调用与注释及小知识点  函数中,通常使用三个单引号来注释说明函数的作用; 函数体内容不能为空...,可以使用 pass 占位符来表示空语句; 下面我们来看一下几个简单的函数样例  #自定义函数 def func_name(a):        #关键字    函数名称(参数):     '''函数体注释...    (a):a为函数的参数,为函数里面的操作提供数据使用的     pass:为占位符,函数体不可为空,不写占位符会报错     ''' def my_print():     print

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如何为Tensorflow构建自定义数据

张量的例子 它有助于理解 TF数据的好处以及开箱即用的所有便利功能,如批处理,映射,重排,重复。这些功能使得使用有限数据量和计算能力构建和训练TF模型变得更加容易和高效。...将来,我计划编写一些纯Python数据,这应该会更容易一些。 看一下TF IO数据的源代码文件结构。 ?...TF IO pcap数据的源代码目录结构 Tensorflow使用Bazel作为构建系统,Google于2015年开源。以下是PcapDataset BUILD文件。...shapes) C ++动态库导入如下: from tensorflow_io import _load_library pcap_ops = _load_library('_pcap_ops.so') 数据构造函数的主要作用之一是提供有关其生成的数据张量类型的元数据...tests/test_pcap_eager.py 希望这可以帮助构建自己的自定义数据

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MMDetection 训练自定义数据

导读 上一篇讲到如何安装MMDetection,今天要分享如何使用 MMDetection 训练自定义数据,其实非常简单!...接下来开始实际使用!如果对你有所帮助,请给我意见三连。 在本文中,你将知道如何使用定制的数据推断、测试和训练预定义的模型。我们以ballon数据为例来描述整个过程。...将数据重新组织为中间格式。 实现一个新的数据。 官方建议使用前两种方法,这两种方法通常比第三种方法简单。 在本文中,我们给出了一个将数据转换为COCO格式的示例。...下载数据之后,我们需要实现一个函数来将注释格式转换为COCO格式。然后我们可以使用实现的COCODataset加载数据,并执行训练和评估。...2、config文件配置 第二步是准备一个 config,这样数据就可以成功加载。假设我们想使用带有FPN的Mask R-CNN,在balloon数据上训练检测器的配置如下。

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Java自定义函数——使用说明

自定义函数概述 Java自定义函数是Java编程中非常重要的一部分,它允许您创建自己的函数来执行特定的任务。这些函数可以在您的程序的任何地方调用,并且可以重复使用,这使得代码更加模块化和可维护。...下面是Java自定义函数使用说明: 定义函数:要使用自定义函数,首先需要定义它。函数定义包括函数名、参数列表和函数体。...要调用函数,需要使用函数名和参数列表。...这意味着如果您在函数中定义了一个变量,它只能在该函数内部使用,而不能在函数的外部使用。  自定义函数的递归函数 递归函数是一种特殊的自定义函数,它可以在函数体内部调用自身。...在main函数中,我们使用一个循环来计算并打印前10个斐波那契数。 递归——全排列 在Java中,你可以使用递归来完成一个数组的全排列。

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