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沙龙
1
回答
使用
Biopython
按
坐标
删除
序列
python
、
bioinformatics
、
biopython
、
fasta
问候日志 我有一个这样的
序列
: record_dict = SeqIO.to_dict(SeqIO.parse("sequence.fasta", "fasta")) AAACCCGGGTTTAAACCCGGGTTTGGGTTTGGG我从这个
序列
中知道了如何用
坐标
选择特定的零件: print(record_dict[sequence1].seq[coordinate_start:coordinate_end]) print(record_dict谢谢你的帮忙 下面是一个
浏览 27
提问于2020-01-29
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回答已采纳
1
回答
Numpy和
Biopython
必须集成吗?
numpy
、
scipy
、
bioinformatics
、
biopython
我有两个脚本来查看一个(多
序列
对齐) MSA是否有50多个列,缺口小于50%。第二种方法
使用
简单的IO来生成2D Numpy Array和MSA,
使用
1.2秒的进行相同的对齐。我认为MSA对象的Numpy方法可能更有用、更快,例如,可以
使用
布尔numpy数
浏览 8
提问于2012-11-25
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4
回答
用python中的
坐标
删除
字符串的一部分
python
、
string
、
list
、
tuples
你好,我有一个元组列表,如:以及我可以
使用
Biopython
打开的
序列
:从indexes_to_delete文件中,我想从以下文件中
删除
该部分:20 to 222 to 4A BT U V W X Y Z 1 2 3 4
浏览 3
提问于2020-05-14
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2
回答
使用
BioPython
运行BLAST查询
bioinformatics
、
biopython
、
sequences
、
blast
我想 我怎样才能在
BioPython
中做到这一点?
浏览 3
提问于2009-11-03
得票数 1
1
回答
肌肉命令行包装器
python
、
command-line-interface
、
bioinformatics
、
biopython
我试图
使用
python来完成多
序列
对齐。我正在
使用
biopython
模块作为基础,但是用于
biopython
的命令行包装器意味着语法: print(muscle_cline)muscle -in Example.fasta -out Examplealn.fasta 但是,当我从命令行运行肌肉时,它
使用
的格式是
浏览 2
提问于2022-01-19
得票数 1
1
回答
用
Biopython
保存一个模拟FASTA文件
python
、
string
、
sequence
、
biopython
、
dna-sequence
我
使用
Biopython
删除
了一些
序列
,因为它们太短了。但是,我不知道如何将打印的新
序列
保存在txt文件中。>",seq_record.id)输出: 如何将这些
序列
保存在
浏览 9
提问于2022-10-24
得票数 0
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1
回答
重复访问大型fasta文件。最有效的方法是什么?
python
、
performance
、
biopython
、
fasta
、
dna-sequence
我正在
使用
Biopython
打开一个大型的单项fasta文件(514兆碱基),这样我就可以从特定的
坐标
中提取出DNA
序列
。返回
序列
是相当慢的,我只是想知道是否有更快的方法来执行这个我还没有弄清楚的任务。速度不是一两次点击的问题,但我迭代了145,000个
坐标
的列表,这将需要几天的时间:/from Bio import SeqIO from Bio.Seq import Seq
浏览 1
提问于2013-06-10
得票数 0
3
回答
在
Biopython
中提取CDS
序列
sequences
、
biopython
大家好,如果你有任何想法,我将不胜感激。
浏览 0
提问于2014-04-28
得票数 1
2
回答
AlignIO在读取浮标对齐文件时提供“AssertionError”
bioinformatics
、
biopython
、
assertion
、
fasta
、
sequence-alignment
在将
序列
与EMBOSSwin needle() (成对全局对齐)对齐后,我得到pair格式的对齐文件,并具有.needle文件扩展名。我想
使用
来阅读这些对齐以供以后的分析。我
使用
AlignIO.read(open('alignment.needle'),'emboss'),遵循中的说明,但我始终得到一个AssertionError。= ""示例对齐文件: 版本: <e
浏览 5
提问于2013-11-23
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1
回答
如何在
BioPython
中解决HTTP429错误?
python
、
bioinformatics
、
biopython
、
http-status-code-429
我正在尝试
使用
BioPython
通过输入登录号以及起始和结束位置来获取核苷酸
序列
。我需要获取很多
序列
,但是这个过程在3个
序列
之后就终止了。会不会是我之前
使用
BioPython
运行blast的次数太多了?我花了大约三周的时间来完成最后一项任务的比对。这是不是意味着我被服务器拦截了?
浏览 17
提问于2018-12-28
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1
回答
没有基因组
序列
的GBK文件的
Biopython
解析
python
、
biopython
、
genbank
我编写了一个脚本,它
使用
GenBank文件和
Biopython
从GBK文件的
序列
部分获取给定基因的
序列
,我的同事在他们的工作中
使用
该
序列
。我们现在在一个新的数据集上遇到了一些问题,结果是下载的GBK文件没有包含
序列
(从NCBI的GenBank网站下载时很容易发生这种情况)。
Biopython
没有抛出错误,而是在
使用
record.seq[start:end]时返回很长的Ns
序列
。从一开始就抓住这个问题的最简单的方法是用
浏览 4
提问于2014-08-28
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1
回答
如何在FASTA文件中找到基因的第一个碱基的编号?
bioinformatics
、
dna-sequence
、
gff
为了手动修改我拥有的.gff文件,我需要在我的动物的FASTA格式的基因组中找到我的基因的起始位置(即
序列
中的#碱基是什么?)。我有这个基因的
序列
。我所拥有的: FASTA格式的基因组;包含该有机体基因组注释的GFF文件(需要彻底更新);该基因的
序列
。 谢谢!
浏览 19
提问于2019-01-15
得票数 0
1
回答
Biopython
PDB:计算原子与点之间的距离
python
、
distance
、
point
、
biopython
、
protein-database
使用
典型的pdb文件,我可以
使用
类似于
Biopython
文档中的方法计算结构中两个原子之间的距离。chain[2]atom2 = residue2['CA']
Biopython
中是否有一种方法可以用xyz
坐标
计算原子到不动点的距离?如果不是
Biopython
,那么解决这个问题的最佳方法是什么?谢谢。
浏览 5
提问于2016-05-06
得票数 2
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1
回答
pip卸载-什么被
删除
了?
python
、
pip
、
wildcard
、
delete-file
、
biopython
我有一条
使用
生物工程的管道。我安装了一个不同的软件,它也
使用
了
biopython
,它覆盖了我现有的
biopython
版本,给了我最新的版本。我的一些管道现在不再工作了,我怀疑这是因为它们
使用
了以前的
biopython
管道中已经过时的元素,这些元素不再可以
使用
。C:\Users\u03132tk&
浏览 10
提问于2022-08-18
得票数 0
1
回答
Biopython
:不能
使用
.count()进行生物工程
biopython
我的目标是接收DNA
序列
中出现的'g‘的时间。我
使用
列表理解通过
Biopython
导入了一个DNA
序列
然后,我尝试在新创建的list comp变量上
使用
.count()方法。
Biopython
的手册说所有标准的python方法都应该能工作。
浏览 5
提问于2017-03-31
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2
回答
Biopython
的PDB模块中可能存在的一个错误(其中一个残基的
坐标
错误)
bioinformatics
、
biopython
然而,在解析过程中发生了一些奇怪的事情,4IP残馀之一的
坐标
发生了很大的变化,因此不再是它应该在的位置。事实上,它明显地改变了它原来的位置。我已经手动比较了pdb文件中的
坐标
和我
使用
biopython
获得的
坐标
,而且它们确实不匹配。此外,当我在没有对其进行任何额外操作的情况下将打开的结构保存在
biopython
中时,我得到了错误的结果,这是通过在打开之前和之后可视化两个pdb文件并
使用
byopython保存结构来确认的。顺便说一句,
使用
nglview库
浏览 23
提问于2022-08-25
得票数 0
2
回答
python3.7
biopython
,如何学习python3并仍然
使用
biopython
python
、
biopython
我对python和
biopython
非常陌生,目前
使用
的是mac。我有PythonV2.7和v3.7,我想学习python3。
Biopython
仅适用于v2.7。安装PythonV3.4以及其他2个版本,这样我就可以学习python3并
使用
biopython
了吗?或者
删除
python3.7并添加3.4?即使我安装了python3.4,如果之前安装了
biopython
,它也可以工作吗?非常困惑的生物学家。
浏览 0
提问于2018-07-25
得票数 0
1
回答
Biopython
错误-系统找不到指定的文件
python
、
eclipse
、
pydev
、
biopython
我正在尝试执行一组最简单的命令,这些命令将执行tBLASTn算法,寻找数据库中的
序列
(指定为"pytanie.fasta“文件的
序列
)(也指定为-> cucumber.fasta)。Applications import NcbitblastnCommandlineqr = r"\
Biopython
\in _execute_childWindowsError: [Err
浏览 1
提问于2012-01-19
得票数 1
3
回答
安装
biopython
包有问题
python
、
bioinformatics
、
biopython
我
使用
的是mac 10.6.7和安装了gcc 4.2的Xcode4。但是当我在命令上
使用
: python setup.py install安装
biopython
时,它给出了关于gcc的错误: 10-54-41-155-wireless1x:
biopython
-1.57
浏览 1
提问于2011-06-08
得票数 2
1
回答
用
Biopython
从ID列表中提取fasta文件
python
、
bioinformatics
、
biopython
、
fasta
我正在
使用
Biopython
在fasta文件中查找与包含选定ID的.txt文件中的ID匹配的
序列
。当手动搜索fasta文件中的ID名称时,我确实得到了匹配结果,但以下脚本没有找到/提取任何
序列
:>20190807-P1_PBI19-RO01_8pM_HQ_transcript/1(
biopython
_transcripts) $ python3 scr
浏览 16
提问于2021-11-17
得票数 0
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