使用Biopython按坐标删除序列
Biopython是一个专门用于生物信息学领域的Python库，它提供了许多用于处理DNA、RNA、蛋白质序列以及进行生物信息学分析的功能和工具。在使用Biopython按坐标删除序列时，可以按照以下步骤进行操作：
- 导入Biopython库和相关模块：
from Bio import SeqIO
from Bio.SeqRecord import SeqRecord
from Bio.Seq import Seq- 读取输入文件并解析序列：
input_file = "input.fasta" # 输入文件名
output_file = "output.fasta" # 输出文件名
seq_records = SeqIO.parse(input_file, "fasta") # 解析fasta格式文件- 遍历序列记录，并删除指定坐标范围内的序列：
new_records = []
for record in seq_records:
seq = str(record.seq) # 获取序列的字符串表示
start = 10 # 删除序列的起始坐标（示例值）
end = 30 # 删除序列的结束坐标（示例值）
new_seq = seq[:start-1] + seq[end:] # 删除指定坐标范围内的序列
new_record = SeqRecord(Seq(new_seq), id=record.id, description=record.description) # 创建新的序列记录
new_records.append(new_record)- 将处理后的序列写入输出文件：
SeqIO.write(new_records, output_file, "fasta")使用Biopython按坐标删除序列的优势在于它提供了简洁而高效的API，使得操作序列变得更加方便和灵活。这对于生物信息学领域的研究者和开发人员来说非常重要。
应用场景示例： 假设我们需要从一个基因组序列中删除特定的区域，例如删除一个基因或者某些特定功能区域。我们可以使用Biopython按照给定的坐标范围，快速准确地删除序列，并且将结果保存到一个新的文件中。
推荐的腾讯云相关产品和产品介绍链接地址：
- 云服务器CVM：提供稳定可靠的云服务器实例，用于搭建和运行各类应用。
- 云函数SCF：基于事件驱动的无服务器计算服务，可实现按需运行代码逻辑。
- 对象存储COS：提供海量、安全、低成本、高可靠的云存储服务，适用于存储和管理各类数据。
- 人工智能平台AI Lab：集成了丰富的人工智能算法和模型，提供强大的AI服务和开发工具。
- 物联网IoT Hub：为物联网设备提供安全可靠的连接和通信能力，实现设备管理和数据采集等功能。
请注意，这仅仅是腾讯云提供的一些相关产品，其他厂商也提供类似的产品和服务。
相关·内容
我是Python的新手，在BioPython中是否有任何函数来计算给定一个PDB文件的原子向量，并将坐标作为它的输入？
或
是否有一个BioPython函数来从PDB文件中分别提取坐标？
浏览 0提问于2016-10-17得票数 0
回答已采纳
大家好，
我开始用Biopython编程，我想知道如何从具有所有特征坐标的基因组GenBank文件(*.gb)中提取基因序列和蛋白质标识符。
我的想法是创建一个包含蛋白质标识符、基因坐标和基因序列的文本文件。
如果你有任何想法，我将不胜感激。
到目前为止，我已经尝试过了：
for seq_record in seq_record.features:
if seq_record.type == 'CDS':
x=seq_record.qualifiers['protein_id']
i=seq_record.location.
浏览 0提问于2014-04-28得票数 1
1回答
使用典型的pdb文件，我可以使用类似于Biopython文档中的方法计算结构中两个原子之间的距离。如下所示：
from Bio import PDB
parser = PDB.PDBParser()
pdb1 ='./4twu.pdb'
structure = parser.get_structure("4twu", pdb1)
model = structure[0]
chain = model['A']
residue1 = chain[1]
residue2 = chain[2]
atom1 = residue1['CA
浏览 5提问于2016-05-06得票数 2
回答已采纳
我编写了一个脚本，它使用GenBank文件和Biopython从GBK文件的序列部分获取给定基因的序列，我的同事在他们的工作中使用该序列。
我们现在在一个新的数据集上遇到了一些问题，结果是下载的GBK文件没有包含序列(从NCBI的GenBank网站下载时很容易发生这种情况)。Biopython没有抛出错误，而是在使用record.seq[start:end]时返回很长的Ns序列。从一开始就抓住这个问题的最简单的方法是用错误消息停止脚本吗？
浏览 4提问于2014-08-28得票数 0
回答已采纳
我正在使用BioPython将Perl代码转换为Python代码。
我得到了类似这样的东西：
my $db = Bio::DB::Fasta->new($path,$options)
我正在寻找Biopython中类似的函数。有像这样的东西吗？
浏览 18提问于2016-09-09得票数 1
回答已采纳
我确信我已经在Biopython的PDB模块中发现了一个可能的错误。简而言之，我一直在从PDB的2r09结构中寻找配体。这个结构包含两个相同的"4IP“杂残基的拷贝，它们都与蛋白质分子紧密相连。您可以在这里很清楚地看到它：。
然而，在解析过程中发生了一些奇怪的事情，4IP残馀之一的坐标发生了很大的变化，因此不再是它应该在的位置。事实上，它明显地改变了它原来的位置。我已经手动比较了pdb文件中的坐标和我使用biopython获得的坐标，而且它们确实不匹配。此外，当我在没有对其进行任何额外操作的情况下将打开的结构保存在biopython中时，我得到了错误的结果，这是通过在打开之前和之后可视
浏览 23提问于2022-08-25得票数 0
1回答
我有一个PDB文件'1abz‘()，它包含一个蛋白质结构的坐标。请忽略标题注释的行，有趣的信息从第276行开始，上面写着“型号1”。
我想将坐标转换为原点的参考帧(即x=0、y=0、z=0)，并生成一个新的坐标文件。
我阅读了biopython教程()，使用了Atom ()的转换方法，并想出了这个脚本，但没有成功。
我该怎么做呢？事先非常感谢！
from Bio import PDB
import numpy as np
parser = PDB.PDBParser()
io = PDB.PDBIO()
struct = parser.get_structure('1abz&
浏览 2提问于2017-12-14得票数 1
回答已采纳
4回答
你好，我有一个元组列表，如：
indexes_to_delete=((6,9),(20,22),(2,4))
以及我可以使用Biopython打开的序列：
Sequence1 = "ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ"
从indexes_to_delete文件中，我想从以下文件中删除该部分：
6 to 9
20 to 22
和
2 to 4
因此，如果我遵循这些坐标，我应该有一个new_sequence：
A B C D E F G H I J K L M N O P Q R S T U V W X Y Z
1 2 3 4 5
浏览 3提问于2020-05-14得票数 1
回答已采纳
我想开始使用Biopython来对齐序列文件，但是库总是给我错误。我的代码如下：
from Bio import AlignIO
import Bio
alignment = AlignIO.read("A_prot.fasta","fasta")
print alignment
我确保将A_prot.fasta放在与我的程序相同的目录中，但我收到一个错误消息：
Traceback (most recent call last):
File "bio_seq_align.py", line 5, in <module>
a
浏览 1提问于2013-03-08得票数 1
1回答
我正在寻找一种方法来读取Biopython中的.fasta文件，并有包估计，如果我们是处理脱氧核糖核酸，核糖核酸或蛋白质。到目前为止，我像这样读取数据：
with open('file.fasta', 'r') as f:
for seq in sio.parse(f, 'fasta'):
# do stuff, depending on alphabet
我的问题是现在我不知道我将在.fasta文件中找到什么样的序列。它可以是蛋白质、DNA或RNA，但我必须知道字母表中的字母数。
有没有办法用Biopython从序列中“
浏览 16提问于2017-01-11得票数 4
回答已采纳
我要计算残差中的三个二面角。
Biopython的calc_dihedral(atom1, atom2, atom3, atom4)需要四个原子的矢量坐标作为参数，并返回单个值的输出。我不知道这三个角度的输出代表哪一个。
请建议在残差中需要哪些原子来计算哪个角度，以及在函数中原子坐标应该以什么顺序作为参数。
浏览 1提问于2012-02-11得票数 0
2回答
我需要解析一个初步的GenBank平面文件。这个序列还没有发布，所以我不能通过注册来查找它并下载FASTA文件。我刚接触生物信息学，有人能告诉我在哪里可以找到BioPerl或BioPython脚本来自己做这件事吗？谢谢!
浏览 11提问于2011-06-14得票数 2
回答已采纳
1回答
我有一个包含447个基因的Nexus文件，但我需要447个单独的Nexus文件(每个基因一个)有人知道怎么做吗？ 编辑:我尝试使用bioPython，但是每个文件只支持一种对齐方式。
浏览 30提问于2020-07-17得票数 1
我尝试过BioPython、SeqIO和其他解析器，但找不到任何好的工具来解析DAT文件。
https://omics.pnl.gov/software/uniprot-dat-file-parser
我试过这个，但它们不提供任何基因注释
http://biopython.org/wiki/SeqIO
他们主要讨论的是接受FASTA的输入，而不是DAT文件。
from Bio import SeqIO
for record in SeqIO.parse("Fasta/f002", "fasta"):
... print("%s %i"
浏览 4提问于2017-08-01得票数 0
2回答
有没有一种方法可以使用BioPython将FASTA文件转换成Genbank格式？关于如何从Genbank转换到FASTA，有很多答案，但不是相反的。
浏览 4提问于2015-05-12得票数 6
我想知道是否有方法可以从uniprot蛋白质ids中获得蛋白质序列。我确实检查了几个在线软件，但他们允许一次获得一个序列，但我有5536个vlues。在biopython中有没有可以做到这一点的包？
浏览 2提问于2018-09-29得票数 4
1回答
我是个新手，使用biopython。我正在试着用biopython把字典写到一个文件里。下面是我的代码： with open("file_in.fasta") as original, open("file_out.fasta", "w") as corrected:
for seq_record in SeqIO.parse(original,'fasta'):
desc=seq_record.description
seq_dict={seq_record.id + '_1&#
浏览 14提问于2020-01-27得票数 1
回答已采纳
谁知道如何使用BIopython或BioJAVA从FTP ncbi中自动搜索和解析gbk文件。我在BIojava中搜索了实用程序，但没有找到任何实用程序。我也尝试过BioPython，下面是我的代码：
from Bio import Entrez
Entrez.email = "test@yahoo.com"
Entrez.tool = "MyLocalScript"
handle = Entrez.esearch(db="nucleotide", term="Mycobacterium avium[Orgn]")
record
浏览 22提问于2014-03-14得票数 1
我的目标是接收DNA序列中出现的'g‘的时间。
我使用列表理解通过Biopython导入了一个DNA序列
seq = [record for record in SeqIO.parse('sequences/hiv.gbk.rtf', 'fasta')]
然后，我尝试在新创建的list comp变量上使用.count()方法。
print(seq.count('g'))
我收到一个错误，内容是
NotImplementedError: SeqRecord比较是故意不实现的。显式比较感兴趣的属性。
有人知道迪里奥是什么吗？Biopy
浏览 5提问于2017-03-31得票数 0
回答已采纳
如果我使用下面的链接中的FASTA文件，我应该在Biopython中使用哪种字母表类型？会是IUPAC.unambiguous_dna吗？
FASTA文件链接：
浏览 0提问于2013-03-18得票数 1
我有一个小的fasta文件，格式如下：
>gene_1 + other data
seq 1
>gene_1 + other data
seq2
>gene_1 + other data
seq3
我想删除文件的第一个元素。这是一个大型Python脚本的一部分，一旦我使用了这个seq，并提取了其中有趣的部分，我想从文件中删除它。最后，文件将被清空，这样我就可以从文件夹中删除它。因为我一直在使用Biopython，所以我想看看是否可以在Biopython中找到函数，但是我找不到任何关于如何从fasta文件中删除记录的提示。由于SeqIO有一种列表，所以我尝试使用list.rem
浏览 2提问于2017-09-25得票数 0
回答已采纳
我试图在iPython的笔记本环境中将BioPython序列传递给。我偶然发现了argparse组件。
我以前从来没有直接使用过argparse。如何在不重写main()的情况下使用它？
顺便说一下，。
浏览 102提问于2015-06-05得票数 45
回答已采纳
我有几个大的fasta文件，其中的序列被保存在多行。
>header1
AGTCGTAGCTACGTACGTACGTGTACGTACGTA
TGACGTACGTAGCTGCATGCTA
>header2
TGCAGATCGTAGTCGATGCTAGTGCATGCATGT
ACGTAGTGCAG
...
我想把它转换成fasta文件，其中序列被组合成一行。
>header1
AGTCGTAGCTACGTACGTACGTGTACGTACGTATGACGTACGTAGCTGCATGCTA
>header2
TGCAGATCGTAGTCGATGCTAGTGCATGCATGTAC
浏览 1提问于2018-06-14得票数 3
回答已采纳
1回答
pip卸载-什么被删除了？
、、、、
我有一条使用生物工程的管道。我安装了一个不同的软件，它也使用了biopython，它覆盖了我现有的biopython版本，给了我最新的版本。我的一些管道现在不再工作了，我怀疑这是因为它们使用了以前的biopython管道中已经过时的元素，这些元素不再可以使用。
因此，我想卸载biopython并重新安装一个早期版本。
当我执行pip uninstall biopython时，这会出现在命令提示符中：
C:\Users\u03132tk>pip uninstall biopython
Uninstalling biopython-1.79:
Would remove:
c:\a
浏览 10提问于2022-08-18得票数 0
1回答
例如..。我有两个脚本来查看一个(多序列对齐) MSA是否有50多个列，缺口小于50%。
第一个使用BioPython的是4.2秒，包含16281个序列，列为609列(PF00085格式为fasta格式)。Biopython的多序列比对对象的图腾方法耗费了大量的时间。
第二种方法使用简单的IO来生成2D Numpy Array和MSA，使用1.2秒的进行相同的对齐。
我认为MSA对象的Numpy方法可能更有用、更快，例如，可以使用布尔numpy数组来选择特定的行和列。实际上，删除和选择列(例如，删除具有50%间隙的列)非常耗时，在Biopython中没有很好地实现。我认为这对于PDB坐标的nx
浏览 8提问于2012-11-25得票数 5
回答已采纳
1回答
肌肉命令行包装器
、、、
我试图使用python来完成多序列对齐。我正在使用biopython模块作为基础，但是用于biopython的命令行包装器意味着语法：
from Bio.Align.Applications import MuscleCommandline
muscle_exe = r"path\muscle.exe"
in_file = r"path\Example.fasta"
out_file = r"Path\Examplealn.fasta"
muscle_cline = MuscleCommandLine(input=i
浏览 2提问于2022-01-19得票数 1
在Biopython安装说明中，它说如果Biopython不工作，我应该这样做：
出口PYTHONPATH = $PYTHONPATH':/directory/where/you/put/Biopython‘
我尝试在Cygwin中使用Biopython目录的名称(或者其中的所有内容都通过~目录)在~目录中执行，但是当我通过进入Python解释器并输入
从Bio.Seq导入Seq
上面说这个模块不存在。
如何使它不需要在Biopython目录中才能导入Seq？
浏览 4提问于2011-08-26得票数 4
试图在Fedora 21，Python2.7上安装Biopython。我做了以下工作
[mike@localhost Downloads](17:32)$ sudo pip2.7 install biopython
You are using pip version 6.1.1, however version 7.1.0 is available.
You should consider upgrading via the 'pip install --upgrade pip' command.
Collecting biopython
/usr/lib/python2.7/
浏览 3提问于2015-07-29得票数 5
3回答
我得到SyntaxError:无效语法
在尝试使用以下命令安装biopython时。
conda install -c anaconda biopython
你能帮我在anaconda (3)中安装biopython吗？
浏览 12提问于2018-08-31得票数 2
我已经看到这个问题在其他地方已经有了答案，但这涉及到使用Biopython。我不想包含额外的库，因为这会减慢我的实现速度。有没有人能提出解决这个问题的方法。
浏览 1提问于2016-03-11得票数 0
我有来自Illumina的一次读取fastq，我希望使用biopython (或其他)生成反向。我只能找到关于如何使用reverse_complement(dna)获取反向补体的信息，但我不知道如何得到相反的信息。
谢谢!
浏览 0提问于2018-03-19得票数 2
回答已采纳
5回答
Python编辑距离
、、、、
我是一个使用Biopython来分析基因突变的分子生物学家，我的问题是：
我有一个文件，其中包含许多不同的序列(数百万)，其中大多数是重复的。我需要找到重复的序列并丢弃它们，保留每个唯一序列的一个副本。我本打算使用editdist模块来计算它们之间的编辑距离，以确定哪些是重复的，但editdist只能处理2个字符串，而不能处理文件。
有人知道我如何将该模块用于文件而不是字符串吗？
浏览 1提问于2012-07-13得票数 3
1回答
我有用BioPython计算fasta格式的序列长度的代码。我拿到了长号。
NP_418305.1
349
NP_418306.1
469
NP_418308.1
236
然而，现在我想计算出整个序列的平均值，就像一个相互影响的事实，我可以补充到我的研究中。能得到一些建议就太好了。
from Bio import SeqIO
record_dict = SeqIO.to_dict(SeqIO.parse("aminoacids.txt", "fasta"))
for key in record_dict.items():
print(key[0],"\n
浏览 2提问于2022-05-12得票数 -2
回答已采纳
我刚开始安装python软件包。
我刚刚安装了Biopython，方法是转到源代码(从github下载)并运行：
python setup.py build
我的问题是-我现在可以扔掉我的桌面上的源代码文件(文件夹)吗？还是我必须把它们保存在那里才能让Biopython包起作用？
浏览 5提问于2014-09-11得票数 2
回答已采纳
我尝试在Spyder中导入biopython包，得到错误消息：
ModuleNotFoundError: No module named 'biopython'
尽管已经安装了biopython。
我还检查了PYTHONPATH:有一个路径设置到存储包的目录中。
有人能帮帮忙吗？我错过了什么吗？谢谢你的帮忙!
浏览 0提问于2018-04-18得票数 2
我有一个multifasta文件，并希望通过保留序列将序列长度添加到标头。 >Seq1
MADKLTRIAIVNHDKCKPKKCRQECKKSCPVVRMGKLCIEVTPQSKIAWISETLCIGCGI
KILAGKQKPNLGKYDDPPDWQEILTYFRGSELQNYFTKILEDDLKAIIKPQYVDQIPKAA
KGTVGSILDRKDETKTQAIVCQQLDLTHLKERNVEDLSGGELQRFACAVVCIQK
>Seq2
MADKLTRIAIVNHDKCKPKKCRQECKKSCPVVRMGKLCIEVTSQSKIAWISETLCIGCGI
CIKK
浏览 20提问于2019-12-31得票数 2
回答已采纳
假设我们有一个这样的FASTA文件： >header1
ASDTWQEREWQDDSFADFASDASDQWEFQW
>header2
ASFECAERVA
>header3
ACTGQSDFWGRWTFSH 这是我想要的输出： header1 30
header2 10
header3 16 请不使用Biopython回答此问题。我认为这里可以使用re.match('^>')来区分标题行和其他序列行(需要先导入re )，但我需要一些帮助才能让rest部分获得输出。只使用python，不使用Biopython。谢谢! 下面是我当前的代码： import
浏览 90提问于2021-10-02得票数 1
我在Windows上安装了Biopython by Anaconda。
当我尝试import Bio时，我会得到以下错误：
ModuleNotFoundError: No module named 'Bio'
为什么？
浏览 2提问于2017-12-03得票数 2
回答已采纳
3回答
如何编写字符串算法
、、、、
给定一个FASTA文本文件(Rosalind_gc.txt)，我应该检查每个DNA记录并确定鸟嘌呤胞嘧啶(GC)含量的百分比(%)。 这方面的示例如下： 样本数据集： >Rosalind_6404
CCTGCGGAAGATCGGCACTAGAATAGCCAGAACCGTTTCTCTGAGGCTTCCGGCCTTCCC
TCCCACTAATAATTCTGAGG
>Rosalind_5959
CCATCGGTAGCGCATCCTTAGTCCAATTAAGTCCCTATCCAGGCGCTCCGCCGAAGGTCT
ATATCCATTTGTCAGCAGACACGC
>Ros
浏览 22提问于2019-05-30得票数 0
我将GitHub上的存储库派生到。
我在我的本地存储库中做了一些更改，创建了一个，然后它们被到上游的biopython存储库中。到现在为止还好。
我在我的存储库中制作了一些，同时在主biopython存储库中制作了一些。
现在我想更新我的本地存储库，以便从主存储库引入更改，所以我这样做了：
$ git pull upstream master
remote: Counting objects: 12, done.
remote: Compressing objects: 100% (5/5), done.
remote: Total 12 (delta 9), reused 10 (delta
浏览 1提问于2017-02-14得票数 1
回答已采纳
我尝试在一个机器集群上安装python2.7的biopython。
我有一大堆用python2.7编写的脚本，我需要使用biopython，但是脚本的重构比它的价值更麻烦-所以我认为使用安装变通方法会更容易。
pip install python2 biopython
和
pip install python2.7 biopython
而这些调用的所有变体都不执行任何操作。
他们告诉我一切都很满意，因为已经为python3.4安装了biopython。
有人知道这个安装命令吗？
浏览 1提问于2017-09-26得票数 2
1回答
我正在使用Django的geojson序列化程序，但它没有按正确的顺序获得坐标(根据)。而不是(向东、向北)，我得到(纬度、经度)，当我显示地图时，我显然得到了错误的位置，因为经度被解释为纬度，纬度被解释为经度。
这是我的原始坐标：
[(38.8976094, -77.0367349), (19.4348892, -99.1447678)]
这是序列化代码：
from django.core.serializers import serialize
serialize('geojson', Place.objects.all(),
geometry_fi
浏览 0提问于2016-06-29得票数 0
1回答
我想对如何使用biopython进行基因聚类有一些基本的了解。
假设我有想要分组的基因。如何将它们提供给算法，以及如何给出一个截止点，在该截止点下聚类的大小和数量将取决于？
我尝试过简单的方法：
from Bio.Cluster import kcluster
list1 = [
'ADHAMKCAIROSURBANDJVUGLOBALIZATIONANDURBANFANTASIESPLA',
'AGGESTAMKTHEARABSTATEANDNEOLIBERALGLOBALIZATIONTHEARAB',
'AGGESTAM
浏览 15提问于2017-07-27得票数 1
回答已采纳
我在玩生物工程，好像我在这个过程中把conda弄坏了。此时，conda的“帮助”菜单将显示，conda --version将返回conda 4.7.5，但任何其他内容(包括conda info )都会引发错误AttributeError: dlsym(0x1004381c0, archive_read_open_filename_w): symbol not found。
这是在MacOS10.14.4上。Conda刚刚开始工作，我最后一次使用它来安装没有错误的conda install -c conda-forge biopython。运行import Bio仍然会产生一个ImportErr
浏览 0提问于2019-07-03得票数 3
回答已采纳
我需要用biopython翻译对齐的DNA序列。 from Bio.Seq import Seq
from Bio.Alphabet import generic_dna
seq = Seq("tt-aaaatg")
seq.translate() 运行此脚本将得到错误： Bio.Data.CodonTable.TranslationError: Codon 'TT-' is invalid. 有没有办法把'tt-‘翻译成X，这样整个翻译后的序列就是'XKM’了？ 这将在翻译比对序列时非常有用。例如，比对的序列集以pandas DataFram
浏览 70提问于2019-05-04得票数 0
回答已采纳
2回答
我正在使用Biopython对pdb文件执行各种操作。随后，我想向由Biopython生成的Biopython结构对象添加一些新原子。在Python中有没有好的/推荐的方法来做这件事。Biopython似乎只提供了写出pdb文件的现有元素的选项，而不是创建新的元素。
浏览 5提问于2019-11-10得票数 0
我刚读过python/biopython，并尝试过使用以下的biopython进行爆炸：
from Bio.Blast import NCBIWWW
fasta_string = open("C:\\xxxx\\xxxx\\xxxx\\abc.fasta").read()
result_handle = NCBIWWW.qblast("blastp", "nr", fasta_string)
print result_handle.read()
我想知道是否可以使用biopython运行。我已经找过了，但似乎没有人真的这么
浏览 1提问于2018-11-03得票数 0
回答已采纳
1回答
我有一个PDB文件'1abz‘()，包含有23个不同模型(编号为模型1-23)的蛋白质结构的坐标。请忽略标题注释，有趣的信息从第276行开始，上面写着“型号1”。
我想计算一种蛋白质的平均结构。蛋白质的PDB文件包含多个构象/模型，我想计算每个剩余原子的平均坐标，这样我就得到了一个构象/模型。
我不知道如何使用Biopython，所以我试着用Pandas计算出平均坐标。我想我已经计算出了平均值，但是现在的问题是我有一个不再是PDB格式的csv文件，所以我不能将这个文件加载到PyMol中。
我的问题是，如何将我的csv文件转换成PDB格式。更好的是，如何在不损害原始pdb文件格式的情况下
浏览 3提问于2018-03-19得票数 5
回答已采纳
1回答
重叠记分矩阵生物工程
、、、
我有一个包含DNA序列和序列名称的FASTA文件，我需要建立一个重叠分数的矩阵。我在Biopython中找到了模块pairwise2，它似乎做得很好。除了我的序列已经对齐，当我使用pairwise2时，它再次尝试对齐序列，这花费了很长的时间，显然每次对齐都得到相同的重叠分数。因此，我的问题是，如何获得重叠评分，而不试图再次对齐序列？以下是我到目前为止所拥有的：
from Bio.Alphabet import IUPAC
from Bio import SeqIO
from Bio import pairwise2
fasta_file = SeqIO.parse('unambigu
浏览 4提问于2017-01-10得票数 3
回答已采纳
扫码
添加站长 进交流群
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云
相关资讯
热门标签
云服务器
ICP备案
实时音视频
云直播
对象存储活动推荐
腾讯云开发者
