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R语言基因组数据分析可能会用到的data.table函数整理

fread 做基因组数据分析时，常常需要读入处理大文件，这个时候我们就可以舍弃read.table，read.csv等，使用读入速度快的fread函数 fread(input, sep=...不是用来重新编码的，而是允许处理的字符串在本机编码; quote 默认"""，如果以双引开头，fread强有力的处理里面的引号，如果失败了就会用其它尝试，如果设置quote="",默认引号不可用...",因子和列名只有在他们需要的时候才会被加上双引号，例如该部分包括分隔符，或者以"\n"结尾的一行，或者双引号它自己，如果FALSE，那么区域不会加上双引号，如果TRUE，就像写入CSV文件一样，除了数字..."，就像write.csv一样写入时间，仅仅对POSIXct有影响，as.character将digits.secs转化字符并通过R内部UTC转回本地时间。...(datatable.verbose=TRUE) 对于前面的DT，我现在将f和d开头的列名的列作为测量变量，如下 pattern函数下面会讲，这里再讲一下的是melt和dcast的联合使用，先用melt

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R语言数据分析利器data.table包 —— 数据框结构处理精讲

将一个R对象转化为data.table，R可以时矢量，列表，data.frame等，keep.rownames决定是否保留行名或者列表名，默认FALSE,如果TRUE,将行名存在"rn"行中，keep.rownames...，而是允许处理的字符串在本机编码; quote,默认"""，如果以双引开头，fread强有力的处理里面的引号，如果失败了就会用其它尝试，如果设置quote="",默认引号不可用 strip.white...，例如该部分包括分隔符，或者以"\n"结尾的一行，或者双引号它自己，如果FALSE，那么区域不会加上双引号，如果TRUE，就像写入CSV文件一样，除了数字，其它都加上双引号； sep,列之间的分隔符；...sep2,对于是list的一列，写出去时list成员间以sep2分隔，它们是处于一列之内，然后内部再用字符分开； eol，行分隔符，默认Windows是"\r\n",其它的是"\n"； na,na...roll 当i中全部行匹配只有某一行不匹配时，填充该行空白，+Inf(或者TRUE)用上一行的值填充，-Inf用下一行的值填充，输入某数字时，表示能够填充的距离，near用最近的行填充 rollends

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数据分析必备：掌握这个R语言基础包1%的功能让你事半功倍！（附代码）

本文介绍了utils包在R语言基础的用途。 [ 导读 ]无论数据分析的目的是什么，将数据导入R中的过程都是不可或缺的。毕竟巧妇难为无米之炊。utils包是R语言的基础包之一。...文件的拓展名并非必须，熟悉Linux系统的读者可能接触过很多无拓展名的文件。处理无拓展名的文本文件数据时，最简单的办法就是使用data.table包中的fread函数。...将\t（tab在R中的表达方式）指定给sep参数后再次运行read.csv读取以Tab分隔的csv文件，代码如下： > flights3 <- read.csv(file = "flights1...如果文件中的第一行比数据整体的列数量少一时，则会默认使用第一列来作为行名。 col.names：列名。可以通过指定一组向量来进行列名设置。 na.strings：对默认值的处理。...这里使用paste0来创建新的变量名称。paste0可以理解为胶水函数，用于将需要的字符串粘合在一起。这里演示的意思是创建6个以V开头，从V1到V6的字符串作为变量名。

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Python数据分析实战之数据获取三大招

r, r+, w, w+, a, a+ 使用最多。 buffering: 文件所需的缓冲区大小, 选填。0表示无缓冲, 1表示线路缓冲。 Mode Describe r 以只读方式打开文件。...rb+ 以二进制格式打开一个文件用于读写。文件指针将会放在文件的开头。 r+ 打开一个文件用于读写。文件指针将会放在文件的开头。 w+ 打开一个文件用于读写。如果该文件已存在则将其覆盖。...解决方案： 1, pd.read_csv('./test.csv', parse_dates=[3]) 将特定的日期列解析为日期格式； 2, 先使用默认值file = pd.read_csv('...., 选填, 默认为0, 用来跳过特定前N条记录。...重写此值以接收unicode数组, 并将字符串作为输入传递给转换器。如果没有设置, 使用系统默认值。默认值是"bytes"。

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Python数据分析实战之数据获取三大招

r, r+, w, w+, a, a+ 使用最多。 buffering: 文件所需的缓冲区大小, 选填。0表示无缓冲, 1表示线路缓冲。 Mode Describe r 以只读方式打开文件。...rb+ 以二进制格式打开一个文件用于读写。文件指针将会放在文件的开头。 r+ 打开一个文件用于读写。文件指针将会放在文件的开头。 w+ 打开一个文件用于读写。如果该文件已存在则将其覆盖。...解决方案： 1, pd.read_csv('./test.csv', parse_dates=[3]) 将特定的日期列解析为日期格式； 2, 先使用默认值file = pd.read_csv('...., 选填, 默认为0, 用来跳过特定前N条记录。...重写此值以接收unicode数组, 并将字符串作为输入传递给转换器。如果没有设置, 使用系统默认值。默认值是"bytes"。

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《高效R语言编程》5-高效输入输出

使用rio包的import()能导入各种格式的数据，避免加载特定格式库的麻烦。 对于高效导入大文本文件，使用readr或data.table与read.table()相当。...使用rio的通用数据导入 多功能包，名副其实，提供简单易用和计算高效的函数，其目标是简化数据导入导出过程。R的数据导入导出手册中有些函数已经过时了，比如WriteXLS包，且很难学习。...有三种读入R的方法：1）基础R的read.csv()，2）fread() 里data.table方法3）较新的readr包里read_csv()函数。...fread()与read_csv()的差异 readr与基础read_()一样，是基于前1000行而不是所有行来决定每个变量的类。...在基础R中stringAsFactors=TRUE时才会将字符不转化为因子，而fread()和read_csv()函数默认返回字符型。

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R语言︱文件读入、读出一些方法罗列（批量xlsx文件、数据库、文本txt、文件夹）

； dec是小数点的表示，默认就是一个点； skip是确定是否跳过某些行； strip.white确定是否消除空白字符； blank.lines.skip确定是否跳过空白行； comment.char指定用于表示注释的引导符号...在使用read.table、read.csv读取字符数据时，会发生很多问题： 1、问题一：Warning message:EOF within quoted string； 需要设置quote，...可能是R在读取路径时，对x86这样的文件夹不大好识别吧，我第一次装在x86里，读取是失败的。 2、在R中加载环境，即一行代码，路径要依据你的java版本做出更改。...——先转换为CSV后读入 CSV读入的速度较快，笔者这边整理的是一种EXCEL VBA把xlsx先转换为csv，然后利用read.csv导入的办法。...步骤一：先把分词内容拆分成几个部分，输出成多个txt文件； 步骤二：用windows自带的CMD里面的指令，来生成特定的TXT文件。

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数据分析必备：掌握这个R语言基础包1%的功能，你就很牛了

导读：无论数据分析的目的是什么，将数据导入R中的过程都是不可或缺的。毕竟巧妇难为无米之炊。 utils包是R语言的基础包之一。...文件的拓展名并非必须，熟悉Linux系统的读者可能接触过很多无拓展名的文件。处理无拓展名的文本文件数据时，最简单的办法就是使用data.table包中的fread函数。...将\t（tab在R中的表达方式）指定给sep参数后再次运行read.csv读取以Tab分隔的csv文件，代码如下： > flights3 <- read.csv(file = "flights1...如果文件中的第一行比数据整体的列数量少一时，则会默认使用第一列来作为行名 col.names：列名。...这里使用paste0来创建新的变量名称。paste0可以理解为胶水函数，用于将需要的字符串粘合在一起。这里演示的意思是创建6个以V开头，从V1到V6的字符串作为变量名。

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R语言入门之数据的导入和导出

第一部分 导入数据（Importing Data） 在我们平时的研究工作中，经常使用的是逗号分隔文件（.csv文件）、制表符分隔文件（.tsv文件）和空格分隔文件（.txt文件）。...使用一般方法读取文件（也即文件名以.csv为后缀的文件） （1）读取逗号分隔文件 #通常文件第一行是题头（也称列名），逗号是文件内容的分隔符 #尤其需要注意的是在windows操作系统中文件路径需用‘/...‘来分隔 #第一个参数是读入的文件（由文件所在路径及其文件名构成） #第二个参数是指定是否将第一行作为列名，TRUE表示第一行即为列名 #第三个参数是指定分隔符 #第四个是指定行名所在的列，指定列名为“...直接高效读取以.gz结尾的压缩文件 一般在R中可以使用gzfile()的方式读取压缩文件，但如果使用data.table包里的fread()函数则可以大大提高工作效率。...导出数据为csv文件 #第一个参数是需要导出的数据名称 #第二个参数是导出后新文件的名称 #第三个参数是指文件的分隔符 #导出数据和导入数据的参数类似，只是所使用的函数不同 write.table(mydata

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Day4-5 R语言代码

（2）在数据框类型数据的行取子集时、导入TXT文件时，注意一下数值型数据的行/中，有没有藏着字符型数据。马虎了就会影响后续数据处理。...2、读取各种类型文件 （1）TXT文件，建议使用read.delim()函数，因为它的一些默认参数比read.table()适用范围更广； （2）csv文件 1）“check.names = F”...可以让R不修改行列名字，PS：R语言中行列名字中不能有特殊字符； 2）row.names = 1”这个参数意思时不能把第一列作为行名；PS：R语言中行名不能重复，如果将有重复的A列设为行名，需要先不将...row.name参数添加进来，处理A列的重复值（去重复、两行取平均值合并为一行），再设置为行名。...4、本地安装，将R包zip文件下载下来，然后放在工作路径中 devtools::install_local(“xxxx.zip”) 5、window电脑可能会存在的权限问题 6、R包不会用，有作者的第一手教程

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生信马拉松 Day5

摸不着头脑时可以考虑重启R studio解决（2）找不同比较能正确运行的数据和出错的数据，可能出现的情况有：异常值INF，重复值、非法输入、数据类型、数据结构（3）搜报错复制error信息，浏览器搜索（...，没有前因后果3.不思考，不对比，不搜索就问4.只说“不懂”，不说具体不懂的点2.csv文件的打开方式（1）双击打开，默认使用excel（2）右键打开方式，可以选择记事本打开 注意：当数据量太大时可能导致记事本崩溃...（3）sublime或vscode（适用大文件，≈ 加强版记事本）3.R语言读取文件read.csv()文件读取是R语言里的数据框来源之一注意：表格文件读入到R语言里，就得到了一个数据框，对数据框进行的修改不会同步到表格文件...，起提示作用，不起决定性作用，实际的分隔符可能是不同的，可以记事本打开之后看一下实际的分隔符4.将表格文件读入R语言，成为数据框read.csv() #通常读取csvread.table() #通常读取...=F（读取时不修改列名格式），sep= （修改分隔符）5.数据框导出，成为表格文件write.csv(test,file = 'excercise.csv')write.table(test,file

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Jelys Note之生信入门class5

（2）常见分隔符号： 逗号、空格、tab-制表符 逗号分隔文件：csv 以制表符为分隔文件：TSV 【通常用于读取txt格式：read.table()】 【通常用于读取csv格式：read.csv()...【数据框不允许重复的行名！会报错！先处理重复值，再设为行名！...R语言读文件时串列了怎么办！不报错！=哑巴地雷 连续两个分隔符=空列=一切看不见的东西都会被认为是！...列名是什么 dim(soft)---维度，统计多少行多少列 colnames(soft)-----列名 rownames（）-----行名 5）将soft导出为csv write.csv(soft,file...用于读取/导出文件的R包 fread（）实现智能读取【data.table】 export（）导出【rio】 import_list---多个工作部的数据，引入

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R语言day5：文件的读取

，对数据框的修改不会对该表修改分隔符号 ：逗号 空格 制表符(\t)纯文本文件后缀没有意义，不起决定性作用1.表格文件读入r语言，成为数据框1.1直接读取read.table() #通常读取txt格式read.csv..."2.将数据框导出#csv格式write.csv(test,file = "example.csv")#txt格式write.table()3.R特有的数据保存格式：Rdata#只能用R打开#保存的是变量...T) #第一列设置为行名4.2读取ex2.csvex2 <- read.csv("ex2.csv")ex2 <- read.csv("ex2.csv",row.names = 1,check.names...= F) #第一列设置为行名 #不要检查文件列名的特殊字符5.注意：数据框不允许重复的行名rod = read.csv("rod.csv",row.names = 1)## Error in read.table...',')#读取多工作簿的excells2 = rio::import_list("ls.xlsx")#导出为普通表格文件export(iris,file = "iris.csv")#导出列表ls = split

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「Geek-r」数据导入

大部分数据分析事务的数据都不是通过 R 创建，而是来自于各种数据收集软硬件、渠道，包括 Excel、网络等。本章聚焦于如何将数据导入 R 中以便于开始数据分析。...下面我们依旧使用 read.table() 函数完成 CSV 文件数据的导入。...与 read.table() 不同的时，我们无需再指定分隔符，因为该函数本身就是为了 CSV 文件设计的。...在学习了如何导入 TSV 文件后，我们应该能够归纳出 CSV、TSV 本质上是一类数据格式文件。例如，我们也可以使用分号 ;（西方不少国家的逗号分隔文件就是以分号分隔的文件）。...R 中有诸多拓展包可以导入 Excel 中的数据，其中最为推荐的就是本部分介绍的 **readxl**[7] 包。 使用该包，导入 Excel 中的数据可以像读入 CSV 文件一样简单。

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R语言 数据框、矩阵、列表的创建、修改、导出

tsv改变文件名而来的，此时用csv打开会报错，该知识点用于防止部分代码中错误应用csv套用tsv等#文件读写部分(文件位于R_02的Rproject中)#1.读取ex1.txt txt用read.table...，应选用header=T#2.读取ex2.csv 导入后生成一个数据框#ex2 <- read.csv("ex2.csv") #读入该文件后会发现原文件第一列被错误当作数据而非行名，且列名的.变成了-，...R语言将列名的特殊字符-转化了，该编号可能与其他数据中编号无法匹配，ex2 <- read.csv("ex2.csv“",row.names = 1,check.names = F) #row.names.../则为上一级）#文件是由生成它的函数决定的，不是由后缀决定的，save为csv实际上还是一个Rdata#readr包可以实现base包中的类似功能library(data.table)#其中的fread...") #导出数据框为csv的函数,此处soft为变量名，soft.csv应该写全以提示阅读者write.table(soft,file = "soft.csv") #导出数据框为txt的函数#最好不要手动修改与直接保存原始文件

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Python数据分析的数据导入和导出

这通常涉及到数据清洗和预处理的工作，比如去除重复数据、处理缺失值、转换数据类型等，以确保数据的完整性和一致性。 导入数据后，接下来就需要进行数据的探索和分析。...然而，数据分析的目的不仅仅是为了理解和解释数据，更重要的是将数据转化为有价值的信息和知识。这就需要将分析结果以易于理解和使用的形式导出，供其他人使用。...示例 nrows 导入前5行数据 usecols 控制输入第一列和第三列 导入CSV格式数据 CSV是一种用分隔符分割的文件格式。...txt文件 当需要导入存在于txt文件中的数据时,可以使用pandas模块中的read_table方法。...在该例中,首先通过pandas库的read_csv方法导入sales.csv文件的前10行数据,然后使用pandas库的to_csv方法将导入的数据输出为sales_new.csv文件。

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R语言之数据获取操作

不同扩展名的文件代表不同的文件格式，这常常会给分析者带来困扰。 R 提供了适用范围广泛的数据导入工具。...下面以 MASS 包里的数据集 bacteria 为例说明数据的调用过程： library(MASS) data(bacteria) 2. 模拟特定分布的数据 R 提供了一系列可以用于数值模拟的函数。...在函数 read.table ( ) 中，参数 header 默认值为 FALSE，即认为文件第一行开始就是数据而非变量名。...一种方法是从其他统计软件将数据输出为文本文件，然后使用函数 read.table( ) 或 read.csv( ) 将数据读入 R。...另一种方法是借助扩展包，比如 foreign 包，该包的主要功能就是读写其他统计软件的数据。 下面以导入 SPSS 数据文件为例进行说明。

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Fama French (FF) 三因子模型和CAPM模型分析股票市场投资组合风险收益可视化

这篇文章的很大一部分内容涉及从FF网站导入数据，并对其进行整理，以用于我们的投资组合收益。我们将看到，处理数据在概念上很容易理解，但在实际操作中却很耗时。...当我们需要更新此模型或扩展到 5 因素案例时，可以节省时间。 看看 FF website. 数据被打包为 zip 文件，所以需要做的不仅仅是调用 read_csv()。...使用tempfile() 基础 R 中的 函数来创建一个名为 temp. 这是我们将放置压缩文件的地方。 temp <- tempfile() R 创建了一个名为的临时文件 temp 。...发生这种情况时，可以通过跳过一定数量的包含元数据的行来修复它 。看看如果我们跳过 6 行。...Gll3Ftrs <- read_csv(unz head(Gll3Ftrs ) 这很好用，但它特定于具有这些特定列名的 FF 3 因子集。

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PHP中的文件系统函数（三）

fread() 函数的第二个参数是每次要读取的字节数，可以看到在测试代码中我们是以 4 个字节为单位进行读取的，所以文件内容都是按 4 个字节分开的一行一行的输出的。...是什么文件这里就不多做解释了，笔者毕业时的第一个项目中就有很多操作 CSV 文件的小功能，也可以说，这个 fgetcsv() 函数是笔者对于文件操作的启蒙函数。...它可以方便地按行读取 CSV ，并将它们解析成数组格式方便我们地操作。不过一般如果是 Excel 文件转换过来的内容，我们都会将第一行标题行排除掉，当然，这个就是根据业务开发的实际情况来说啦。...所以如果我们使用 fread() 时，要使用对应编码的倍数来读取，比如下面我们的测试文件是 UTF8 编码的，需要按三个字符的方式读取，就需要传递参数为 6 。...fputcsv() 函数则是以 CSV 的格式将数组内容写入到文件中，它还有其它的参数可以修改分隔符具体使用哪个符号，在这里我们默认就是逗号。

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