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「翻译」在生物信息学中使用 GNU-Parallel

GNU Parallel[1] 是一个用于加速生信分析不可或缺一个工具。它允许你非常简单地对命令并行化处理。下面我将介绍一些如何使用它以及如何将它应用于生信。...基本用法 让我们从一个简单例子开始: seq 1 5 | parallel -j 4 echo 这里我们 (1) 打印了数字 1 到 5,且 (2) 将该序列数据通过管道传进了 parallel 命令...我们提供了一个命令 echo ,它将通过 -j=4 选项指定进行并行化。我们可以通过添加 --dry-run 打印将要运行命令。...使用 ::: 传递参数 使用 ::: 指定并行指定命令参数(列表来源)。...如果参数列表很大,你可以通过文件指定,文件每一行对应要并行一个参数: parallel -j 4 -k echo :::: my_args.txt 使用 ` 默认 parallel 假定参数放在输入命令结尾

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Linux管道命令

Linux管道命令 管道命令(Pipe) 管道命令用"|"来表示,管道命令需要接收前一个命令输出来进行操作,但不能处理前一个命令错误....5列数据 //刚才cut是做切割,而grep是做分析 grep -a:将文件以text文件方式查找数据; -c:计算找到'查找字符串'次数 -v:反向输出 -n:输出时候带行号 //排序命令...:sort,wc,uniq sort -f:忽略大小写 -b:忽略空格 -r:反向输出 -M:以月份名字排序 -u:相同数据只显示一行 //uniq -i:忽略代销写字符不同 -c:进行计数 /...1 字符转换命令:tr,col,join,paste,expand tr: -d:删除信息当中字符串 -s:替换重复字符 //例子: last | tr '[a-z]' '[A-Z]' //将小写字符换为大写...last | tr -d ':' //删除冒号 col: -x:将tab转换成对等空格键 -b:在文字内有反斜杠(/),保留反斜杠最后接字符

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命令行上数据科学第二版:八、并行管道

图 8.1 从概念层面上说明了串行处理、简单并行处理和使用 GNU Parallel 并行处理在并发进程数量和运行所有事务所花费总时间方面的区别。...GNU Parallel 并行处理 这种幼稚方法有两个问题。...8.3.1 GNU Parallel 简介 请允许我介绍一下parallel,这是一个命令行工具,允许您并行化和分发命令管道。这个工具美妙之处在于,现有的工具可以原样使用;它们不需要修改。...图 8.1 从概念层面上说明了串行处理、简单并行处理和使用 GNU Parallel 并行处理在并发进程数量和运行所有事务所花费总时间方面的区别。...8.3.1 GNU Parallel 简介 请允许我介绍一下parallel,这是一个命令行工具,允许您并行化和分发命令管道。这个工具美妙之处在于,现有的工具可以原样使用;它们不需要修改。

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PyTorch 分布式(18) --- 使用 RPC 分布式管道并行

[源码解析] PyTorch 分布式(18) --- 使用 RPC 分布式管道并行 目录 [源码解析] PyTorch 分布式(18) --- 使用 RPC 分布式管道并行 0x00 摘要 0x01...本文介绍如何使用 RPC 来完成分布式管道并行。 本文以DISTRIBUTED PIPELINE PARALLELISM USING RPC 翻译为基础,加入了自己理解。...0x01 综述 1.1 先决条件 本教程使用 Resnet50 模型来演示使用torch.distributed.rpc API实现分布式管道并行。...管道并行就是一种在这种情况下可以提供帮助范式。 在本教程中,我们使用ResNet50作为示例模型,单机模型并行最佳实践 教程也使用该模型。...不同之处在于,本教程不是使用 CUDA 流并行执行,而是调用异步 RPC。因此,本教程中提供解决方案也适用于跨机器边界。本教程其余部分将分四个步骤介绍实现。

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GNU Parallel具体使用

GNU Parallel是一个shell工具,为了在一台或多台计算机上并行执行计算任务,一个计算任务可以是一条shell命令或者一个以每一行做为输入脚本程序。...通常输入是文件列表、主机列表、用户列表、URL列表或者表格列表;一个计算任务也可以是一个从管道读取一条命令GNU Parallel会把输入分块,然后通过管道并行执行。...如果你会使用xargs和tee命令,你会发现GNU Parallel非常易于使用,因为GNU Parallel具有与xargs一样选项。...GNU Parallel可以替代大部分shell循环,并且用并行方式更快完成计算任务。...对于每一行输入,GNU Parallel会把这一行做为参数来运行指定命令。如果没有给出命令,那么这一行会被当做命令执行。多行输入会并行运行。

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Linux好用管道命令

Linux好用管道命令 1. 选取命令 grep cut「分割」 2. 排序命令 sort wc uniq 3. 划分命令 split 4. 参数代换xargs 5....例如,查找指定目录/etc/acpi 及其子目录(如果存在子目录的话)下所有文件中包含字符串"update"文件,并打印出该字符串所在行内容,使用命令为: grep -r update /etc/...排序命令 sort sort命令进行排序,而且可以根据不同数据形式来排序「文字和数字排序不一样」;其排序字符与语系编码有关,建议在排序时,使用LANG=C来让语系统一 用法 sort [-fbMnrtuk...实例 文件testfile中第 2、3、5、6、7、9行为相同行,使用uniq命令删除重复行,可使用以下命令: uniq testfile testfile中原有内容为: $ cat testfile...9)直接修改文件内容(危险动作) sed可以直接修改文件内容,不必使用管道命令或数据流重导向! 不过,由于这个动作会直接修改到原始文件,所以请你千万不要随便拿系统配置来测试!

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使用 GNU Screen 小技巧

使用 GNU Screen GNU Screen 基本用法很简单,通过 screen 命令启动,你将进入 Screen 会话第 0 个窗口。...你也可以按 Ctrl+A 然后按 | (这是一个管道字符,在大多数键盘上通过按下 shift 键加上 \)创建垂直分割窗口。...自定义 GNU Screen GNU Screen 使用基于 Ctrl+A 快捷键。根据你习惯,这可能会让你感觉非常自然,也可能非常不方便,因为你可能会用 Ctrl+A 来移动到一行开头。...它类似一种终端任务管理器。 下载备忘单 当你学习 GNU Screen 使用方法时,需要记住很多新键盘命令。有些命令你马上就能记住,但那些你不常使用命令可能就很难记住了。...学习 GNU Screen 是提高你使用你最喜欢 终端模拟器 效率和敏捷性一个好方法。请试一试吧!

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Linux中管道命令(二)

使用-i n设置增量为n,例如下面的命令将起始编号设置为4,将增量设置为2: $ nl -v 4 -i 2 data 4 abc 6 def 8 ghi 最后,了解一下...$ wc data 4 3 13 data 使用wc程序统计data文件中内容,给出结果是:data文件有4行、3个单词、13个字符。...: aa a a 第二个文件是xx,它文件内容为: a a a a diff命令接受两个文件作为命令参数,比如$ diff file1 file2,diff命令会给出将file1文件改成file2...使用diff来比较x和xx区别: $ diff x xx 1d0 < aa 2a2 > a a 如上所述,diff命令会给出将第一个文件修改成第二个文件方法,在这个例子中第一个文件是x,第二个文件是...,diff使用表示第二个文件,< aa结合1d0看,就是将第一个文件第1行删除,这一行内容为aa; 2a2,2表示第一个文件第2行,a(append)表示追加,2表示第二个文件

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Linux中管道命令(一)

Linux中管道命令(一) 本文目录 1 cat 2 split 3 tac 4 rev 5 head, tail 6 cut cat cat程序将数据不加改变复制到标准输出,数据可以来自于标注输入...下面的程序将输出hello.txt文件内容: $ cat hello.txt cat命令常被用作组合多个文件,下面的命令将hello.txt和source.list.bk文件内容组合保存到bk.txt...split默认将文件每1000行存为一个新文件,如果最后一次分割后剩余不足1000行,则将剩余行作为一个文件,也可以使用-l命令选项指定每个新文件行数: $ split -l 4 bk.txt 上面的命令将...使用-a选项指定数字或者字母后缀位数,下面的命令指定使用数字后缀且数字位数为3位: $ split -d -a 3 -l 4 bk.txt source_ 生成四个文件文件名依次是:source_...-c命令选项指定截取字符,比如cut -c 2-4表示截取每行第2-4个字符。

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Linux中管道命令(三)

tr tr命令将文本中一个字符替换为另一个字符(除非挤压字符),它不直接读取文件,而是从标准输入中读取信息,它语法如下: tr [-cds] [set1 [set2]] tr命令将字符集set1中字符替换为字符集...下面是data文件中内容: $ cat data abc DEF GHi abC 12345 67890 下面的命令将data文件中a替换为X: $ tr a X < data Xbc DEF GHi...67890 tr命令常用三个命令参数是: -c:匹配所有不在第一个字符集中字符。...CDc DEF GHi abC 12345 67890 如果想要将更改保存到原文件,需要使用-i选项,下面的命令将更改保存到原文件(data)中: $ sed -i '1s/ab/CD/g' data...如果要连续写多条指令,可以使用-e选项: $ sed -e '1s/ab/AB/g' \ > -e '4s/C/c/g' data ABc DEF GHi abc 12345 67890

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如何在Linux中使用管道命令输出传递给其他命令

本文将详细介绍如何在Linux中使用管道命令输出传递给其他命令,并提供一些常见使用示例。图片1. 管道语法在Linux中,管道使用竖线符号 | 表示,它位于两个命令之间。...管道工作原理当使用管道连接两个命令时,第一个命令输出不会直接显示在终端上,而是通过管道传递给第二个命令作为输入。第二个命令将处理第一个命令输出,并将结果输出到终端上。...这样,就实现了多个命令之间数据传递和处理。3. 管道示例3.1 排序命令示例使用管道可以将排序命令与其他命令结合使用,实现对命令输出排序。...3.2 过滤命令示例使用管道还可以将过滤命令与其他命令结合使用,实现对命令输出筛选。...最终输出文件行数。3.4 替换命令示例使用管道还可以将替换命令与其他命令结合使用,实现对命令输出中指定内容替换。

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如何在Linux中使用管道命令输出传递给其他命令

本文将详细介绍如何在Linux中使用管道命令输出传递给其他命令,并提供一些常见使用示例。 1. 管道语法 在Linux中,管道使用竖线符号 | 表示,它位于两个命令之间。...管道工作原理 当使用管道连接两个命令时,第一个命令输出不会直接显示在终端上,而是通过管道传递给第二个命令作为输入。第二个命令将处理第一个命令输出,并将结果输出到终端上。...这样,就实现了多个命令之间数据传递和处理。 3. 管道示例 3.1 排序命令示例 使用管道可以将排序命令与其他命令结合使用,实现对命令输出排序。...最终,按照文件名字母顺序输出排序后结果。 3.2 过滤命令示例 使用管道还可以将过滤命令与其他命令结合使用,实现对命令输出筛选。...最终输出文件行数。 3.4 替换命令示例 使用管道还可以将替换命令与其他命令结合使用,实现对命令输出中指定内容替换。

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