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沙龙
1
回答
使用
GNU
并行
的
管道
命令
(
samtools
)
pipe
、
gnu
、
gnu-parallel
、
samtools
我正在尝试在
管道
中
并行
运行一个
命令
。1} -o /home/Teste1/
samtools
/sorted/{/.}-j 4 '
samtools
index {1} -@ 8' ::: /home/Teste1/
samtools
/sorted/*-sorted.bam 我试过了: parallel --verbose
samtools
sort
浏览 233
提问于2021-04-21
得票数 1
回答已采纳
1
回答
GNU
并行
和脚本未启动
bash
、
gnu-parallel
我正在为一篇关于生物信息学工作
的
学术论文工作(我将按照作者
的
要求引用它),我需要加快我
的
写作速度。我可能做错了什么,但我不明白。ID_file:0:-4}_ON_${bam_file_target:8:-4}.sam echo "$out_file
浏览 2
提问于2020-10-08
得票数 1
回答已采纳
1
回答
与
管道
结合
使用
的
并行
gnu
命令
linux
、
parallel-processing
、
gnu
我是信息学
的
新手,刚刚发现parallel
命令
的
优点。但是,我在
使用
管道
和输出时遇到了问题。parallel -j 2 echo ./
samtools
view -b - > /path/to/storage/folder/{/.}.bam :::: fs1 > executable.sh fs1包含我要运行
的
所有文件
的</e
浏览 1
提问于2017-02-27
得票数 1
2
回答
在
并行
处理中更改$TMPDIR
hpc
、
gnu-parallel
、
slurm
我在一个高性能计算系统上运行了一个批处理作业来对对齐读取进行排序,并
使用
GNU
并行
来加快我
的
工作速度,但是我
的
工作失败了,原因如下: module load
samtools
/1.2 ex
浏览 1
提问于2015-07-30
得票数 3
2
回答
使用
wrap在Slurm中提交作业
awk
、
bioinformatics
、
slurm
、
samtools
我正在尝试创建一个自动
的
命令
链来分析生物数据。
samtools
view -h file.sam | awk '$6 ~ /N/ || $1 ~ /^@/' |
samtools
view -h > spliced.file.sam
使用
它,我得到了我
的<
浏览 6
提问于2022-02-09
得票数 0
1
回答
限制分叉
samtools
进程,在for和while循环中
并行
地处理
gnu
,包括awk
bash
、
loops
、
fork
、
gnu-parallel
、
samtools
我试图限制
并行
脚本。脚本
的
目的是在10个示例/文件夹中获得一个列表,并
使用
列表
的
记录执行
samtools
命令
,这是最需要
的
部分。done为了利用我们
的
本地服务器,脚本包含一个分叉
命令
,它可以工作。但是它会分叉,直到服务器
的
所有资源都被
使用
,而且没有其他人可以
使用
它。因此,我想用
gnu
并行
实现类似于parallel -j 50
浏览 0
提问于2018-04-05
得票数 2
回答已采纳
3
回答
如何在qsub
命令
中
使用
管道
或重定向?
linux
、
pipe
、
qsub
、
grid-computing
、
sungridengine
我希望
使用
qsub (SGE8.1.3,CentOS 5.9)在网格上运行一些
命令
,这些
命令
需要
使用
管道
(|)或重定向(>)。例如,假设我必须
并行
化
命令
(显然是一个简化
的
示例:实际上,我可能需要将像这样
的
程序
的
输出直接重定向到)。submitted 类似地,如果我
使用
管道
(echo &q
浏览 7
提问于2013-08-19
得票数 6
回答已采纳
1
回答
GNU
并行
丢失pv进程输出
pipe
、
gnu-parallel
如果我
使用
GNU
并行
来包装一个
使用
pv (
管道
查看器)
命令
的
命令
,它就会丢失该
命令
的
进度输出。例如,如果我运行以下pv
命令
,它将显示我
的
gzip
的
进度: › dd if=/dev/urandom bs=256m count=1 | (pv --progress -s 256m --bytes |但是,如果我用
GNU
并行
浏览 3
提问于2021-03-23
得票数 2
回答已采纳
1
回答
使用
模式规则合并makefile中
的
相关文件
makefile
、
bioinformatics
我用make写了一个生物数据分析
管道
。我有一个问题,我不能合并相关文件。当
管道
并行
运行时,我希望每个文件都通过菜谱,除了最后一个文件,其中我希望合并相关文件,例如A.merged.bam B.merged.bam。我不知道如何在make中写出这样
的
规则?B.merged.bam # merge bam files %.sort
浏览 7
提问于2015-02-18
得票数 0
1
回答
GNU
并行
将多个文件
的
输出合并到一个文件中。为什么?
bash
、
ubuntu
、
gnu
、
gnu-parallel
我正在运行
GNU
并行
。与我在其他分析中
的
输出不同,这个分析
的
输出是奇怪
的
。我
的
代码:
samtools
=/usr/local/apps/
samtools
/0.1.19-gcc412/
samtools
temp_files/ # run the process for 4 samples
浏览 2
提问于2017-12-26
得票数 2
回答已采纳
6
回答
更快
的
插入-用于特定应用程序
的
bash ` for‘
的
替换
c
、
bash
、
performance
、
awk
、
cut
我有一个很大
的
选项卡分开
的
文件。选项卡分隔
的
文件是二进制文件,将由工具
samtools
流(这非常快,而不是瓶颈)。现在,我只想输出到第一个选项卡
的
内容。在我当前
的
管道
命令
中,cut是瓶颈:我试过
使用
awk '{printThis is not sufficiently f
浏览 10
提问于2022-07-04
得票数 4
回答已采纳
1
回答
bash语句末尾
的
"-;“是什么意思?
linux
、
bash
、
syntax
、
pipe
例如末尾
的
"-;“字符
的
用途是什么?为什么它们是必要
的
?
浏览 4
提问于2012-04-27
得票数 2
回答已采纳
2
回答
可在
命令
行上工作,但不能在shell脚本中工作
perl
、
shell
、
awk
、
samtools
我有一句台词-S和-b之间
的
破折号应该向程序表明它来自我可以从
命令
行上
的
perl脚本运行它,但是只要我尝试将它移到shell脚本中,它就会创建文件,而不输出任何数据。任何想法都将不胜感激。
浏览 0
提问于2012-03-02
得票数 0
回答已采纳
2
回答
为什么有些
GNU
并行
输入包含引号?
unix
、
awk
、
parallel-processing
、
gnu
Gnu
并行
输入(例如,从
管道
)自动将包含空格或符号
的
单引号输入,如/和:这是有原因
的
吗?如何打印没有任何引号
的
输入?我尝试过
使用
不同
的
并行
选项,如-q或不同类型
的
引号,以将输入嵌入到
并行
命令
中,但是,当输入包含空格/符号时,它总是以单引号显示。以下是我尝试过
的
命令
行: awk '{print "ftp:
浏览 1
提问于2019-06-13
得票数 2
2
回答
Perl向Java发出bash
管道
java
、
perl
、
bash
、
pipe
我有一段Perl代码$tumor_pileup = "
samtools
mpileupZZZZZ"; 它们试图发出一个系统调用,将来自这些
命令
的
输入输送到
浏览 3
提问于2012-08-29
得票数 0
1
回答
用
GNU
并行
并行
执行
管道
命令
?
jq
、
gnu-parallel
给定由
管道
组合
的
几个
命令
组成
的
任务:现在,有数以千计
的
输入JSON文件,我喜欢利用
GNU
并行
来
并行
所有进程。parallel cat {} | jq '...' > output&
浏览 0
提问于2017-04-13
得票数 4
回答已采纳
3
回答
在多个文件夹中
并行
运行脚本
bash
、
shell-script
、
files
、
parallelism
每个子目录中都有相同
的
for循环脚本。我想进入每个子目录,在几个终端中
并行
运行for循环脚本。我试过了,但它似乎是连续
的
(一个接一个),但是我想
并行
地运行它们。
浏览 0
提问于2017-05-29
得票数 9
0
回答
如何通过
管道
将两个输出文件压缩到bgzip?
linux
、
io
、
pipe
、
output
、
gzip
我正在运行一个生成两个输出文件
的
命令
,这两个文件非常大,我希望通过
管道
将输出压缩为bgzip,而不是在输出写入后对其运行bgzip。以下是我当前
使用
的
命令
:bgzip $file_1.fastq bgzip $file_2
浏览 8
提问于2016-07-01
得票数 0
2
回答
坚持&&
命令
bash
我试图在终端中同时运行两个
命令
,但第二个
命令
似乎不是在第一个时候启动
的
。
samtools
浏览 3
提问于2015-04-27
得票数 0
回答已采纳
2
回答
如何在几个作业中运行shell脚本
shell
、
unix
我有一个构建脚本,它
的
运行速度非常慢,特别是在Solaris上。我想通过在多个作业中运行它来提高它
的
性能。我该怎么做呢?
浏览 1
提问于2013-02-08
得票数 3
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