我试图在一个.FCS格式文件(这是一个流式细胞术格式文件)上使用mclust方法,并将该文件作为flowFrame对象读取到R中。
install.packages("openCyto") # since the old version sefaulted my R session
library( openCyto )
library( flowCore)
library( mclust)
trial1=read.FCS("export_Alcina TregMAIT_AV 10-1974 P1_CD4.fcs")
a=as.matrix(tria
我一直在对一个相对较大的数据集(大约50.000个观察值和16个变量)进行聚类分析。
library(mclust)
load(file="mdper.f.Rdata")#mdper.f = My stored data
由于我的计算机无法做到这一点,我执行了一些信息子集(在本例中为10 x 5.000,16.000,但计算时间为15分钟),并使用Mclust来确定最佳组数。
ind<- sample(1:nrow(mdper.f),size=16000)#sampling especial with 16.000, 15min cumputing
nfac <-
当我想要安装mclust包时,我得到了以下错误:
> install.packages("mclust")
Installing package into ‘C:/Users/hp1/Documents/R/win-library/3.2’
(as ‘lib’ is unspecified)
There is a binary version available but the source version is
later:
binary source needs_compilation
mclust 5.2.3 5.3
我有一个使用k-means算法的文本聚类项目。我的数据集是Facebook评论的政治情绪,因此每个评论都有一个积极、消极和中立的标签。
我在应用程序中所做的工作如下:
1. Normalize text and delete stopwords.
2. Term weighting using tf-idf.
3. Constructing a matrix of vectors for each comment data.
4. Set the number of clusters to 3 (based on the number of labels).
5. Choose centroi
我目前正在使用RStudio在支持票据上进行文本挖掘,根据它们的描述对它们进行聚类(freetext)。为此,我将kmeans与EM算法进行了比较。我用tm包准备了数据,现在我尝试将聚类算法应用于数据矩阵。
使用kmeans()函数,我可以使用以下代码片段输出文本集群中最常用的5个术语(kmeans21):
> for (i in 1:num_cluster) {
cat(paste("cluster ", i, ": ", sep = ""))
s <- sort(kmeans21$centers[i, ], d
在使用Mclust进行单变量拟合时,我得到了以下错误: Error in mstepE(data = as.matrix(data)[initialization$subset, ], z = z, :
row dimension of z should equal data length 我正在使用中提到的代码:https://cran.r-project.org/web/packages/mclust/vignettes/mclust.html#initialisation 这是我遇到错误的代码部分: df1 <- dataSample
BIC <- NULL
for
我正在尝试使用带有R包的Travis CI (特别是这个开发中的包)。
当我更新存储库时,我收到以下消息(参见logs ):
Error: processing vignette 'comparing-mclust-and-mplus-output.Rmd' failed with diagnostics:
'roxygen2' >= 5.0.0 must be installed for this functionality.
Execution halted
这在两个不同的包中是一致的--尽管我使用的roxygen2版本是6.0.1。我在Stack O