使用Mesh2D构造函数重新创建fipy Grid2D
Mesh2D是fipy库中的一个类，用于创建二维网格。它可以通过Mesh2D构造函数来创建。
构造函数的语法如下：
Mesh2D(nx, ny, dx=1.0, dy=1.0)参数说明：
nx：网格在x方向上的单元格数ny：网格在y方向上的单元格数dx：单元格在x方向上的尺寸，默认为1.0dy：单元格在y方向上的尺寸，默认为1.0
使用Mesh2D构造函数可以重新创建fipy的Grid2D对象，Grid2D是fipy库中用于表示二维网格的类。
以下是使用Mesh2D构造函数重新创建fipy Grid2D的示例代码：
from fipy import Grid2D, Mesh2D
nx = 10
ny = 10
dx = 0.1
dy = 0.1
mesh = Mesh2D(nx, ny, dx, dy)
grid = Grid2D(mesh)在上述示例中，我们创建了一个10x10的网格，每个单元格的尺寸为0.1x0.1。然后使用Mesh2D对象创建了一个Grid2D对象。
Mesh2D和Grid2D在计算领域中常用于有限差分方法（Finite Difference Method）的数值计算，用于解决偏微分方程等问题。它们可以用于模拟物理现象、流体力学、热传导等领域的计算。
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我正在研究二维网格上微生物生物量(b1)分布的生物学模型。从生物量中产生一种蛋白质(p1)。生物质能在网格上扩散，而蛋白质则不扩散。只有当产生一定量的蛋白质(p > p_lim)时，生物量才会扩散。我试图通过使用一个虚拟单元变量z与扩散系数相乘来实现这一点，并且只在p> p_lim的单元格中将其设置为0到1。
条件很好，当在单元中达到p的临界量时，z被设置为1，然后发生扩散。然而，扩散仍然不能与我想要的速度工作，因为在计算扩散时，使用的是面变量，而不是单元本身的值。Z的面始终是带有z=1的单元格的平均值，而它的相邻的单元是z=0的均衡器。然而，我希望扩散以原来的速度工作，即使相邻的
浏览 2提问于2020-11-22得票数 0
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基于二维网格网络的不正确质量平衡
fipy
我希望表示2D网络中的扩散(扩散系数取决于phi的值)和特定单元中的一组phi输入速率(而不是面板上的BC )。这似乎是一个非常简单的场景，但是，在计算这个示例时，我肯定做错了什么，因为我得到了非常奇怪的结果：
from fipy import *
from fipy.meshes.nonUniformGrid1D import NonUniformGrid1D as Grid1D
from fipy.meshes.nonUniformGrid2D import NonUniformGrid2D as Grid2D
from fipy.tools import numerix as np
浏览 0提问于2021-04-26得票数 0
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用FIPY在python中计算联立偏微分方程
python、fipy
我试图使用fipy解决pde问题，因为我是新手；我无法调试代码中的错误。它没有给出任何空间图案，只是在一段时间内给出了不同的单色平方。。
(x，y，t)/∂t=G_1 (u，v)+d_11∇^2 u+d_12∇^2 v和
(x，y，t)/∂t=G_2 (u，v)+d_21∇^2 u+d_22∇^2v
from fipy import *
nx=ny=200
dx=dy=0.25
L=dx*nx
dt=0.01
E=1.0
A=0.91881 #Alpha
B=0.0327 #Beta
D=0.05 #Delta
G=0.15 #Gamma
d11=0.1
d12=0.01
d21=0.5
d
浏览 2提问于2020-07-26得票数 0
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如果我使用以下命令创建一个fipy 2D网格： mesh = Grid2D(nx=3, ny=3, dx=1., dy=1.) 我得到了一个合理的矩形单元网格。但是，如果我取这个网格的值并使用它们来构造一个普通的Mesh2D mesh2d = Mesh2D(mesh.vertexCoords, mesh.faceVertexIDs, mesh.cellFaceIDs) 我得到了一个三角形的网格，其中一些三角形似乎是无效的。如果我这样做： model = CellVariable(mesh=mesh2d, value=1.) 并使用matplotlib查看器查看，一些三角形是未填充的，我认为这
浏览 16提问于2019-04-24得票数 0
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用Python源文件求解PDE
python、fipy
我用FiPy来解决一个受生物学启发的问题。
本质上，我想代表一个二维平面，在不同的点，我有源和汇。源以固定的速率发射基板(不同的源可以有不同的速率)，汇以固定的速率消耗基板(不同的汇可以有不同的速率)。我的代码：
import numpy.matlib
from fipy import CellVariable, Grid2D, Viewer, TransientTerm, DiffusionTerm, ImplicitSourceTerm, ExplicitDiffusionTerm
from fipy.tools import numerix
from time import *
nx
浏览 2提问于2016-04-03得票数 2
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如何提高Fipy效率
cython、fipy
我正在使用fipy来解决一个计算域中具有孤立区域的扩散问题。请参见示意图。下图：
在fipy.FaceVariable的帮助下，在@Daniel Wheeler的帮助下，该问题在Fipy下进行了建模，并使用了fipy.FaceVariable定义的可变系数。
然而，计算速度无法满足我的命令，这比使用有限差分法的cython代码要慢得多。如果我想加速fipy计算，我该怎么做？以下是我的演示代码：
from pylab import *
from numpy import *
import fipy
from scipy.spatial import Delaunay
from fipy.vari
浏览 1提问于2016-12-01得票数 0
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用Fipy估计偏微分方程系统的参数
python、parameters、differential-equations、fipy
我正在使用Fipy解决一个包含两个参数或常量的PDE系统，所以我想知道是否也可以在Fipy中估计这些参数，或者其他哪些库更适合这样做。
注意:我知道scipy有一些功能(用于MLE的optimize.minimize)，但我不确定是否足够将它们应用于Fipy的代码。
更新:对于下面的PDE系统，我想估计两个未知参数："Beta“和"m”
在Fipy中求解此PDE的函数如下所示：
import scipy as sci
import fipy as fipy
import numpy as np
from fipy import *
# Grid
nx = 100
n
浏览 1提问于2017-03-01得票数 0
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FiPy中随时间的演化平流系数、平流扩散方程(2D)
python、differential-equations、fipy
我正在努力发展一种模式，代表从法国到中部非洲的鹳移徙。我选择了和FiPy一起去。
我想把时间设为一个完整的迁移时间:首先，鹳在法国随机扩散，但当时间达到一个极限时，迁移开始，并出现一个平流系数。
我首先尝试了扩散系数，它起作用了：
# Model parameters
D = Variable(value=(0))
ux = 100
uy = -150
q = 0
Lx, Ly = 2500, 2500
Nx, Ny = 100, 100
dx, dy = Lx/Nx, Ly/Ny
Cx, Cy = Lx/4, 3*Ly/4
sigma = Lx/10
T = 10
dt =
浏览 5提问于2021-12-15得票数 0
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RuntimeError:因子是完全奇异的(并且在FiPy中遇到了平方溢出)
python、fipy
我试图在python中使用FiPy来解决pde问题。它显示的是RuntimeError: Factor正好是奇异的。这不是在这些方程中的情况，而是在我计算的大多数方程中。
(1+αv)uv/(1+h(1+αv)u) +D∇^2 u
(1+αv)uv/(1+h(1+αv)u) -v+D∇^2v
from fipy import *
nx=ny=100
dx=dy=0.25
L=dx*nx
dt=0.01
sigma=10.0
h=0.1
C=0.8
alp=0.57 #alpha
mesh =Grid2D(dx=dx,dy=dy,nx=nx,ny=ny)
u=CellVariable(nam
浏览 14提问于2020-07-31得票数 0
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FiPy使用python2或python3在同一个系统上评估不同的解决方案。
python、fipy
我正在用一个偏微分方程组和FiPy来实验，我在Python2或Python3中运行相同的脚本得到了不同的结果。更准确地说，我得到了在Python2.7中运行脚本的预期结果，而在Python3.8中却得到了一个完全错误的结果。
，有人知道原因吗？我知道FiPy在Python2.7中使用的一些求解器不支持Python3.x，但这足以解释不同的行为吗？
提前谢谢你。
注意:我想张贴图片，但我不能，因为我只是订阅堆栈溢出。
代码
import fipy as fp
import fipy.tools as fpt
"""
Let's try to solve the
浏览 14提问于2021-02-04得票数 0
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如何从FiPy中的三维变量中提取平面(3D到2D)
python、numpy、scipy、fipy
我在三维网格上有一个变量，我试图削减一个计划。我很惊讶这个问题从来没有被问过，它看起来是一个简单而常见的问题，但我没有找到任何好的方法。如有任何建议，我将不胜感激。
假设我有一个并行的3x3x5，并且我正在尝试提取一个z平面。
from fipy import *
from numpy import *
#Describes a 3x3x5 mesh
nx = 3
ny = 3
nz = 5
dx = 1
dy = 1
dz = 1
#Creates a 3D mesh and a 2D mesh to store the plane
mesh3D = Grid3D(dx, dy, dz
浏览 3提问于2015-04-25得票数 3
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使用fipy中的内部约束功能
python、pde、fipy
我是个新手。我正在尝试使用fipy解决以下一组耦合的pdes (变量是p，n和psi) :-
qDn∇2n − qun∇.(n∇ψ) = q(n-10**11)/10**(-6), in Domain 1
qDp∇2p + qup∇.(p∇ψ) = -q(p-10**21)/10**(-6), in Domain 1
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e∇2ψ = 0 in Domain 2, where Domain 1 is the region defined by y<=h and Domain 2 is the region defined by
浏览 4提问于2020-05-22得票数 0
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将术语以数组形式存储在fipy中，而不是fipy对象
python、fipy
我对fipy并不熟悉，所以如果这是个愚蠢的问题，我很抱歉(而且似乎帮不了我)。但是，除了上述问题中的建议之外，是否有一种方法可以以人类可读的(或python可读的)形式存储fipy对象？这仅适用于单元格变量。如果我想做一些比默认的fipy查看器更花哨的/定制的绘图，我怎么做呢？
举一个简单的一维扩散为例：
from fipy import *
# USER-DEFINED PARAMETERS
nx = 100
dx = 0.1
D = 1.0
bound1 = 30
bound2 = 70
# PREPARED FOR SOLUTION
mesh = Grid1D(nx=nx, dx=dx
浏览 4提问于2017-09-06得票数 2
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我使用Grid2D创建了一个网格，如下所示
L = 2.
N = 50
dL = L/N
mesh = Grid2D(nx=N, ny=N, dx=dL, dy=dL)
但是当我尝试让细胞面对距离向量时：
mesh.cellToFaceDistanceVectors
出现以下错误：
AttributeError Traceback (most recent call last)
<ipython-input-7-9ab623a3d90d> in <module>()
----> 1 mesh.cellToFa
浏览 11提问于2020-02-05得票数 0
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ConvectionTerm()或DiffusionTerm()在FiPy中的数学运算
python、pde、fipy
我目前正在学习如何使用FiPy，并最终希望使用它来解决一些生物学问题。我一直在尝试实施以下PDE系统，该系统描述真菌的菌丝生长：
只要我忽略了si随时间的变化取决于第四个方程dsi/dt中p在空间abs(dp/dx)上的绝对变化，我就可以实现这个系统。
from fipy import *
##### produce mesh
nx= 100.
ny= nx
dx = 1/100
dy = dx
L = nx*dx
mesh = Grid2D(nx=nx,ny=ny,dx=dx,dy=dy)
x,y = mesh.cellCenters
##### parameters
b=1e+
浏览 8提问于2020-07-01得票数 0
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力变量在Fipy中为非负变量
python、fipy
目前，我正在使用扫描循环来求解一个微分方程(eq0)，它涉及到我的单元变量phi，在python中使用FiPy。因为我的方程是非线性的，所以我使用的是扫描循环，如下面代码的摘录所示。
while res0 > resphi_tol:
res0 = eq0.sweep(var=phi, dt=dt)
但我不断地发现以下错误：
C:\Python27\lib\site-packages\fipy\variables\variable.py:1100: RuntimeWarning:在电源返回self._BinaryOperatorVariable中遇到的无效值(l
浏览 1提问于2019-09-03得票数 0
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使用Mayavi查看器安装FiPy的问题
pyqt、pip、homebrew、mayavi、fipy
在OSX10.8.2上安装了使用pip的FiPy和brew安装Python2.7.3之后，我运行了以下示例测试代码：
from fipy import *
mesh = Grid3D(nx=50, ny=100, nz=10, dx=0.1, dy=0.01, dz=0.1)
x, y, z = mesh.cellCenters
xyzVar = CellVariable(mesh=mesh, name=r"x y z", value=x * y * z)
k = Variable(name="k", value=0.)
viewer = MayaviClien
浏览 0提问于2013-01-19得票数 0
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Paraview:在渲染窗口中改变轴的纵横比
python、vtk、paraview
我在3D域中有一个标量字段(幸运的是，它可以用结构化网格表示)。然而，一个轴域比另两个轴域大得多。
为了清晰起见，我的“vts”文件相当于以下文件：
from pyevtk.hl import gridToVTK
import numpy as np
import random as rnd
# Dimensions
nx, ny, nz = 6, 6, 30
lx, ly, lz = 1.0, 1.0, 10.0
dx, dy, dz = lx/nx, ly/ny, lz/nz
ncells = nx * ny * nz
npoints = (nx + 1) * (ny + 1) * (
浏览 2提问于2016-03-03得票数 12
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FiPy中使用扫描函数时的求解器容差和残差
python、scipy、fipy
当我试图使用FiPy来解决一组PDE时，我意识到命令扫描并不像我想象的那样工作。下面是一个示例，其中包括我的部分代码：
from pylab import *
import sys
from fipy import *
viscosity = 5.55555555556e-06
Pe =5.
pfi=100.
lfi=0.01
Ly=1.
Nx =200
Ny=100
Lx=Ly*Nx/Ny
dL=Ly/Ny
mesh = PeriodicGrid2DTopBottom(nx=Nx, ny=Ny, dx=dL, dy=dL)
x, y = mesh.cellCenters
xVe
浏览 2提问于2019-02-11得票数 1
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python中2d fipy求解器的stackoverflow误差
python、stack-overflow、ode、pde、fipy
我试图在2D中求解一个由三个耦合的PDE和两个ODEs (耦合)组成的系统。对于粒子在介质中运动的情况，这个问题试图解决。介质是由场-速度分量vx，常春藤，密度m和有一个粒子在这个介质中运动的位置Rx，Ry。
它运行良好一段时间，但随后抛出错误：“致命Python错误:无法从堆栈溢出恢复。当前线程0x00007fe155915700 (最近一次调用)：”
以下是代码：
"""
"""
from fipy import (CellVariable, PeriodicGrid2D, Viewer, TransientTerm, Diffusion
浏览 8提问于2022-07-31得票数 0
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