启动管道脚本时,Nextflow将在当前目录和脚本基本目录(如果与当前目录不同)中查找一个名为nextflow.config的文件。最后,它检查文件 $HOME/.nextflow/config。
有同学和我交流离线的牛津纳米孔16S测序数据分析的问题,感慨的确这种方案还是少的,我想主要原因之前大家的印象还是相比Pacbio和短读长,成本高,准确性还是差了一点吧,16S对准确性要求还是相对高的。不过好处是,临床这种现场特别赶时间的,可以使用官方软件实时获得菌的分类结果。从同学处得到了一个测试数据,先看看质量:
Nextflow通过容器来实现可扩展且可重复的数据分析工作流程。它适用于最常见的脚本语言编写的流水线。其流畅的DSL简化了在云和集群上实现和部署复杂并行的生信数据分析流程。
Nextflow 支持自动获取在网络上的所有流程,包括流程代码,软件,参考基因组,甚至远程数据源
16S核糖体RNA(16S ribosomal RNA),简称16S rRNA,是原核生物核糖体中30S亚基的组成部分。16S rRNA基因存在于所有细菌的基因组中,长度约为1542 bp,包括 10 个保守区(Conserved region)和 9 个可变区(Variable region),保守区反映了物种间的亲缘关系,而可变区则反映了物种间的差异 (图1)。 16S rRNA基因,其分子大小适中,突变率小,是细菌系统分类研究中最有用的和最常用的分子标志。通过16S扩增子高通量测序,检测16S rDNA可变区的序列变异和丰度,可了解样品中微生物群落多样性和丰度信息,在微生物分类鉴定、微生态研究等方面起着重要的作用。
之前白嫖了微软家的同步盘:[[31-教你用教育或开发者账户白嫖onedrive做你的同步盘]]
这次分析流程搭建使用基于Nextflow 的 nf-core,该工具可以实现自动化的转录组上游分析。
Docker虽然不能解决全球饥饿问题,但是最近很多Docker的新奇用法就足以让人大开眼界了。从树莓派集群的管理到基因序列和癌症的研究,以下11个关于Docker的奇思妙用,肯定会令你脑洞大开!
一个进程仅包含一个脚本块,并且当该进程包含输入和输出声明时,它必须是最后一个语句。
题目:The nf-core framework for community-curated bioinformatics pipelines
生信流程搭建一般有 Shell,Python,Galaxy等流派,为了去尽可能的了解生信流程的搭建过程及压榨计算机性能。我这里使用 Nextflow 作为流程搭建工具,它有着很多强大的功能:
我们在使用Java获取文件的时候,如果出现:java.io.FileNotFoundException: E:\data\rocketmqdata\dataDir\checkpoint (拒绝访问。)什么问题导致的?怎么解决呢?
既然其官网说了, Linux 是数据科学的通用语言 。为何 Nextflow 搭建的流程没有多少 Linux 的影子?
最近看到生信技能树的一篇推文在介绍nf-core这个流程管理工具,发现官方有qiime2的流程,学习一下,顺便探索一下中间的坑。关于nf-core,这篇推文已经介绍的够多了,我这里主要学习它的搭建和使用。
Argo是一个开源原生容器工作流引擎用于在Kubernetes上开发和运行应用程序。Argo Workflow流程引擎,可以编排容器流程来执行业务逻辑,在20年4月8日进入CNCF孵化器组。
他们必须在过程的顶部进入人体,在任何其他声明块(即input,output等),并具有以下语法:
比如Nextflow、Snakemake等等,这方面的各种教程多如牛毛,我这里就不赘述了,大家根据关键词搜索即可自行学习。
输出定义以输出限定符和输出名称开头,后跟关键字into和一个或多个通过其发送输出的通道。最后,可以指定一些可选属性。
发现搜索引擎是个神奇的东西,偶然想起的关键词一搜索,获得的就是意想不到的结果,我以imputation+qc搜索,就找到了snpQT(发音Snip Cute)这样一个神奇的工具/流程。这个流程的目的是让你的SNP cute,为处理人类基因变异提供了帮助:
松哥最近正在录制 TienChin 项目视频~采用 Spring Boot+Vue3 技术栈,里边会涉及到各种好玩的技术,小伙伴们来和松哥一起做一个完成率超 90% 的项目,戳戳戳这里-->TienChin 项目配套视频来啦。 ---- 其实松哥之前已经写过文章和大家介绍了 flowable-ui 的玩法了,这是官方提供的一个工具,这个工具不仅可以用来绘制流程图,还可以用来部署一个流程应用,通过这个流程应用我们可以体验一把 flowable 流程引擎到底是干嘛的,解决了我们的哪些问题,并且这个体验是不需要写
本文以一个实际案例来介绍在解决业务需求的路上,如何通过常用的设计模式来逐级优化我们的代码,以把我们所了解的到设计模式真实的应用于实战。
输入限定符声明要接收的数据类型。Nextflow使用此信息来应用与每个限定符相关的语义规则,并根据目标执行平台(网格,云等)正确处理它。
Nextflow区分两种不同的通道:队列通道和值通道(queue channels and value channels )。
这里记录一段时间我在互联网上看到的有意思的内容与信息,防止它们在我的脑袋里走丢了。
Docker目前已经在安全方面做了一定的工作,包括Docker daemon在以TCP形式提供服务的同时使用传输层安全协议;在构建和使用镜像时会验证镜像的签名证书;通过cgroups及namespaces来对容器进行资源限制和隔离;提供自定义容器能力(capability)的接口;通过定义seccomp profile限制容器内进程系统调用的范围等。如果合理地实现上述安全方案,可以在很大程度上提高Docker容器的安全性。
在Docker 19.03. 2-ce和其他产品中使用的runc 1.0.0-rc8允许绕过AppArmor限制,因为libcontainer/rootfs_linux.go错误地检查装载目标,攻击者可以在容器镜像中可以声明一个VOLUME并挂载至/proc,之后欺骗runc使其认为AppArmor已经成功应用从而绕过AppArmor策略,该漏洞由Adam Iwaniuk发现并在DragonSector CTF 2019期间披露,这个CTF题目挑战将一个文件挂载到/flag-<random>,并使用AppArmor策略拒绝访问该文件,选手可以利用这个漏洞来禁用这个策略并读取文件
docker镜像安装mysql的好处:方便,容器间互不干扰,可以在同一主机上安装多个版本的mysql,只需要在主机上映射不同的端口即可。
在windows中,由于Inlong的很多单元测试用例都需要用到hadoop的相关组件进行测试。可以采用winunits配合测试,winutils是windows上专门配合hadoop和yarn测试的工具。 在github上下载该工具:
出现了这个java.io.FileNotFoundException: D:\AAA(拒绝访问)错误!为什么会出现这个错误呢?
手把手教大家画了这样一个流程图,虽然说它不是特别好用,但是也不是不能用,也能用。好了,那么接下来的话,我们这个就先告一个段落,接下来我要跟大家说的第二个东西的话,就是另外一个流程绘制工具 Flowable-UI 这个话算是一个比较重要的一个东西,我觉得就是其实不管你以后开发用不用,但是这个东西你都得知道。这个,那么这个的话是什么呢?这个 Flowable 的官方推荐的一个什么流程引擎绘制工具,官方推荐的一个流程引擎辅助工具,可以这么来说叫做流程引擎辅助工具,就是它可以帮助我们更好的去开发这个流程引擎。
jdk-8u221 链接:https://pan.baidu.com/s/1uhrtDj-pG3BsTq8tMiZAlg 提取码:26k2
通过镜像运行容器 [root@h104 ~]# docker run -p 1973:1973 --name jenkins01 docker:5000/ci/jnkns-img Running from: /usr/share/jenkins/jenkins.war webroot: EnvVars.masterEnvVars.get("JENKINS_HOME") Jan 27, 2016 1:27:39 PM winstone.Logger logInternal INFO: Beginning
本文是关于容器安全的文章,展示了 10 种强化 Docker 基础架构并保护容器和数据免受恶意攻击的方法。
在Android中进行图像处理的任务时,有时我们希望将处理后的结果以图像文件的格式保存在内部存储空间中,本文以此为目的,介绍将Bitmap对象的数据以PNG格式保存下来的方法。
发布于 2020-01-08 13:59 更新于 2020-01-08 07:05
关键词:Docker,容器服务 进入2015年,容器技术突然开始变得炙手可热,特别是随着Docker的出现,更是将容器技术推向了顶峰,甚至让人有一种错觉——容器技术就等于Docker! 什么是容器?简
java之写文件 上一篇写了java读取文件的各种操作姿势,这里也补一个写文件的工具类,比较简单 1. 读写类介绍 (和上一篇差不多) java读写文件的IO流分两大类,字节流和字符流,基类分别是字符:Reader和Writer;字节:InputStream和OutPutStream 字符流分为FileReader和FileWrtier,这两个的父类是InputStreamReader和OutStreamWrtier 字节流分为FileInputStream和FileOutPutStream 继承关系表
keytool 是个密钥和证书管理工具。它使用户能够管理自己的公钥/私钥对及相关证书,用于(通过数字签名)自我认证(用户向别的用户/服务认证自己)或数据完整性以及认证服务。在JDK 1.4以后的版本中都包含了这一工具,它的位置为%JAVA_HOME%\bin\keytool.exe,如下图所示:
【RocketMQ源码学习】之broker启动一直报错。报错一直提示退出code为-3解决办法。
一看就知道这个是linux用户权限的问题,一开始安装子系统会强制用户设置一个账户,该账户是个普通账户,无权擦写/usr/local目录下的文件
1、elder-frog/OpenCourseCatalog: Bilibili 公开课目录[1]妈妈,我在霹雳霹雳念了个大学。
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ELK主要由ElasticSearch、Logstash和Kibana三个开源软件组成。
一个docker容器中跑着java应用,是一个定时任务,每天拉取远端文件包存到本机,命名为:decrypt-20181020
众所周知,Android 从 6.0开始引入运行时权限机制,将权限分为了普通权限和危险权限 ,对于危险权限我们必须在使用的时候动态的去申请。
文件通道不能创建,只能通过(RandomAccessFile、FileInputStream、FileOutputStream)getChannel()获得,具有与File形同的访问权限。
容器技术基于容器主机操作系统的内核,通过对CPU、内存和文件系统等资源的隔离、划分和控制,实现进程之间透明的资源使用。因此,容器主机的安全性对整个容器环境的安全有着重要的影响。
以下内容来自reddit 社区(Distributed computing in Rust, https://www.reddit.com/r/rust/comments/155hxlf/distributed_computing_in_rust/),由小编重新整理后发布,读起来也许会更流畅些,因为在整理过程中,会揉一些小遍的思考进去,感兴趣的小伙伴,可以在读完本文后,去读读原文,链接在上方。因为是边看reddit,边译边写边思考,可能行文会有些乱。见谅!
Docker 是现在的开发人员都已经很熟悉的平台。它使得我们可以更容易地在容器中创建、部署和运行应用程序。所需的依赖会被“打包”并且以进程的方式运行在主机操作系统上,而不是像虚拟机那样为每个工作负载都重复使用操作系统。这就避免了机器之间微小的配置差异。
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