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R语言randomForest包的随机森林分类模型以及对重要变量的选择

接下来使用该数据: (1)任一OTUs的丰度都很难作为判别两种不同环境的标准,因此接下来综合考虑所有OTUs的丰度并进行建模,目的是找到能够稳定区分两种环境的代表性OTUs组合(作为生物标志物); (2..., row.names = 1, header = TRUE, fill = TRUE) #过滤低丰度 OTUs 类群,它们对分类贡献度低,且影响计算效率 #120 个样本,就按 OTUs 丰度的和不小于...概率显示绝大部分样本的分类具有非常高的正确率。 若识别模糊,则会出现偏离。 分类器性能测试 不妨使用构建好的分类器分类训练集样本,查看判别的样本分类情况。...##NMDS 排序图中展示分类 #NMDS 降维 nmds <- vegan::metaMDS(otu, distance = 'bray') result <- nmds$points result...', 'NMDS2', 'samples') result$NMDS1 <- as.numeric(as.character(result$NMDS1)) result$NMDS2 <- as.numeric

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非度量多维排列 NMDS (Non-metric multidimensional scaling)分析

在多样本、物种数量多的情况下,NMDS模型能更准确地反映出距离矩阵的数值排序信息。因此当样本或者物种数量过多的时候使用NMDS会更加准确。...NMDS算法不使用奇异值-奇异向量等因子分解技术,同时NMDS1、NMDS2也不一定是能解释最大差异的轴(不过后面分析时会使得第一轴解释的差异最大,以便更好可视化)。所以NMDS的轴可以按需转换。...最短路径插值 (Step-across dissimilarities): 如果大比例的样品没有共有物种,则排序将很难进行。...物种得分: 在最终NMDS结果中用函数wascores计算物种的加权得分。 实战NMDS分析 继续使用之前的测试数据(如何读入自己的数据见前文和抄代码的时候总是遇到原始数据应该长什么样的问题)。...="sites", cex=gof*100) 整理数据,绘制NMDS

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扩增子图表解读2散点图:组间整体差异分析(Beta多样性)

主要内容 本系列文章内容包括:箱线图、散点图、热、曼哈顿、维恩、三元和网络等。...详见Wiki 分析方法 在读文章中经常可以看到PCA分析、PCoA分析,NMDS分析,CCA分析,RDA分析。它们在本质上是排序(ordination)分析。...2、同时使用物种和相关环境因子组成数据的排序叫作限制性排序(constrained ordination) 即寻找某一条件下,可最大限制解释这一条件的投影平面。...图中元素解释 X轴标签PCo 1 (46.3%)代表能最大区分所有样品的第一主坐标轴,可以解释样品中所有差异的46.3%; Y轴标签PCo 2 (11.5%)代表能最大区分所有样品的第二主坐标轴,可以解释样品中所有差异的...图片优点:配色选择各组区分较好,不同配色方案一致;图片使用矢量图线条和文字清楚(上面介绍水稻的文章全是位图,经过PDF的压缩,文字非常模糊)。

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ImageNet 存在十万标签错误,你知道吗?

然而,你可能不知道:ImageNet数据集中至少有十万个标签是存在问题的。 尽管大量的研究都在使用ImageNet,但却没有发现数据集存在如此多的标签错误。...原因在于,想从海量数据中寻找并描述标签错误很难;即使有相关的方法,应用范围也极其有限。 如何去识别标签错误,并表征标签噪声,是一项重要的、但却鲜少研究的工作。...CL通过估计噪声标签和真实标签的联合分布(下图右侧的Q矩阵)来进行工作。 ? 左图:置信计数示例。这是一个不正常的联合估计。右拥有三类数据集的噪声标签和真实标签的联合分布示例。...观察(b)中CL估计与(a)中的真实分布有多接近以及(c)矩阵中每一项绝对差的低误差。这里概率被放大了100倍。 ?...我们也观察到误用词语的情况:在第 一中的标记抛射物和导弹为“是”的关系,即抛射物其实就是导弹,同样的还有第二排中的标记的浴缸即为桶;还观察到由一个词的多个定义引起的问题,比如第九中的玉米和耳朵。

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全球最大的图像识别数据库ImageNet不行了?谷歌DeepMind新方法提升精度

完整版ImageNet拥有超过1400多万幅图片,涉及2万多个类别标注,超百万边界标注。...比如下图第一,每幅只标记了一个物体,图中很多物体都被遗漏了。 ? 标签建议限制性过强 ImageNet注释流程是在互联网上查询制定类的图像,然后询问人工评审员该类是否确实存在于当前图像中。...分类时的消歧义 例如最下一中间,laptop的分类虽然是没错,但却忽略了notebook、Computor也同样可以指代同一个对象。如果我们能够将这些标签都用上,显然可以更精准的描述一个物体。...从这个子集中,使用上述相同的规则,为整个验证集生成proposal标签。 在获得了整个验证集的新的候选标签集后,首先评估哪些图像需要由人工进行评估。...进一步根据WordNet的层次结构,将超过8个标签建议的图像分成多个标签任务。这就导致了37988个标签任务。 使用众包平台,将每个任务分配给5个独立的真人工标注者执行。

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深入理解JVM(③)低延迟的Shenandoah收集器

是只存在于OpenJDK当中的,最初由RedHat公司创建的,在2014年的时候贡献给了OpenJDK。...1、支持并发的整理算法,G1的回收阶段是可以多线程并行的,但却不鞥呢与用户线程并发。 2、Shenandoah是默认不使用分代收集的,不会有专门的新生代Region或者老年代Region的存在。...Object B,Object B又引用了Region 1 的Object A,那么连接矩阵就中就会在53列、31列中打上标记。...并发标记:与G1一样,编辑对象,标记出全部可达的对象,与用户线程一起并发,时间长短与堆中存活对象的数量以及对象的结构复杂程度有关。...转发指针加入后带来的收益自然是当对象拥有了一份新的副本时,只需要修改一处指针的值,即旧对象上转发指针的引用位置,使其指向新对象,便可将所有对该对象的访问转发到新的副本上。

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挖洞经验 | 通过下载功能实现Facebook安卓应用任意代码执行

如果用户要从群组的文件标签( Files Tab)中下载文件,那么Facebook安卓应用将会获取文件,然后将其无过滤措施地保存到下载目录中。...以下是存在漏洞的修复后的代码片段,修复前的代码没有以下灰色的代码: 路径遍历 理所当然的是,第二种下载方法存在漏洞。虽然Facebook在上传文件时采取的一系列的安全措施,但却很容易被绕过。...绕过安全措施 经过多次的Payload构造,也很难绕过安全过滤措施,最后,我回到了Facebook安卓应用本身,在添加文件处终有发现!...还是在文件标签处(Files Tab)来做测试吧,首先,要明确我可以把文件上传到/sdcard/PoC目录。那就像之前考虑的那样,先来个路径遍历,再来个对原生库的覆盖重写试试。...漏洞利用 为此,我又创建了一个安卓原生库代码(Native Development Kit)来生成原生库,我把我的恶意测试代码放到了JNI_OnLoad函数中,以便加载库文件时可以对其进行调用。

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Salesforce Lightning的高效页面设计

对齐标签&输入框 在 Lightning 的表单中,标签被放置在它所对应的字段上方。竖直排列的标签相当高效,因为「只需要上下扫一眼就能同时看到标签和字段」。...创建的表单也许看起来像下面这样: ? 在 Salesforce 中新建意向表单 看起来非常简单,对吗?...现在,当人们想要创建新的意向表单时,状态栏默认是「open」,修改这个选择看上去微不足道,对每个人来说只节省一两秒钟,但是对于拥有成千上万个人的组织来说,节省的时间就相当可观。...发布器局部放大 理想情况下,用户会认真地填写每一个字段中的详细信息和相关信息。实际上,他们并不会这么做。...更多期待 Lightning Experience 是 Salesforce UX 团队的一座里程碑,但却远不是最终结果。

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一篇文章助力大家理解Python 代码中的垃圾回收机制

但是,获取标签下面的标签时,获取的仍然是同一个标签。 这样一来,在上图代码里面第15-20就会重复执行两次。...2 代码第18的str(element)对应了这个节点的内存地址,如下图所示: ? 3 这段代码看起来似乎没有什么问题,但在实际提取数据的时候,发现提取的结果不太正常。...4 可以看到,同一个 HTML 标签,之前缓存的结果竟然跟新提取的不一样。...于是,我想看看每次提取的时候,对应的 element 是哪个,但却发生了更诡异的事情,我们做一个看起来对代码不会有任何影响的改动: ?...也就是说,这个缓存的element我们根本不使用。 但奇怪的事情就这样发生了,问题消失了!在4大量打印的同一个标签,缓存的数据跟提取的数据不一致!,在5里面却一条都没有打印。

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Excel高级筛选完全指南

标签:Excel技术,高级筛选 Excel高级筛选功能强大,但却很少被充分利用。Excel高级筛选根据特定的条件快速筛选想要的数据。...3 4.单击“确定”按钮,结果如下图4所示。 4 注意:使用高级筛选获取唯一值列表时,确保选择了标题,否则,它会将第一视为标题。...8 6.单击“确定”,其结果如下图9所示。 9 上面的筛选示例是基于两个条件,Excel高级筛选允许创建多个不同条件组合。...示例3:使用AND条件 想使用AND条件,需要在标题下面的中指定。 例如,筛选地区是US且销售人员是Joe的记录,如下图10所示。...13 筛选销售人员是Bob或者Martha的记录,如下图14所示。 14 你可能已经发现,条件在同一是AND条件,而在不同的是OR条件。

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干货 :搞定高质量数据可视化的20条建议

左图--带有独立图例的饼状,右饼状,每个区域旁边都带有标签 10 不要直接在图表区块里贴标签 直接把数值标签放在区块里可能会降低图表的可读性,如果有很小的区块也不容易显示完全。...由于颜色和背景色对比度低,写在图表内部的标签很难识别 11 对饼的区块按大小进行排序以增强可读性 在使用时,有几种常用的方式: 把最大的一个区块放在12点的位置,然后把其余的区块按顺时针方向降序排列...左边水平条形顺序随机,右边从最大值到最小值排序 13 细细的圈状图表缺乏可读性 一般来说,饼状不是可读性最好的图表,因为很难直观对比相似的数值。...但当我们把中间的部分去掉,得到一个甜甜圈形状的,这样的确腾出了空间来显示额外的信息,但却牺牲了清晰度,所以如果处理方式过于极端就会使图表失去作用。...使用色相或明度或两者的组合,你可以创建一个连续的颜色集。 c.分歧配色方案 是两个连续调色板的组合,中间有一个中心值(通常是0)。 通常,分歧调色板用来描述数据正负值的变化。

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教程 | 使用Keras实现多输出分类:用单个模型同时执行两个独立分类任务

接下来我们介绍如何通过 Keras 使用多个输出和多个损失。 ? 1:我们可以使用 Keras 执行多输出分类,其中多组全连接头使其有可能学习到不相交的标签组合。... 2:我们的多输出分类数据集是使用这篇文章所讨论的技术创建的:https://goo.gl/3C8xyK。... 6:Keras 深度学习库拥有执行多输出分类所需的所有功能。...我最喜欢的两种方法包括:(1)为每个标签使用子目录,(2)将所有图像存储在同一个目录中,然后创建一个 CSV 或 JSON 文件将图像文件名映射到它们的标签。...注意第 115 我们以词典的形式传递标签。第 116 和 117 也是一样,我们为验证数据传递了一个二元组。以这种方式传递训练和验证标签使用 Keras 执行多输出分类的要求。

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让数据图表发挥更大的价值 | 20条实用建议

正确的做法是,在区块外部添加黑色的数值标签,与每个区块标出明确的联系指向。 由于颜色和背景色对比度低,写在图表内部的标签很难识别 11....左边水平条形顺序随机,右边从最大值到最小值排序 13. 细细的圈状图表缺乏可读性 一般来说,饼状不是可读性最好的图表,因为很难直观对比相似的数值。...但当我们把中间的部分去掉,得到一个甜甜圈形状的,这样的确腾出了空间来显示额外的信息,但却牺牲了清晰度,所以如果处理方式过于极端就会使图表失去作用。 极细的圈状 14....使用色相或明度或两者的组合,你可以创建一个连续的颜色集。 c.分歧配色方案 是两个连续调色板的组合,中间有一个中心值(通常是0)。 通常,分歧调色板用来描述数据正负值的变化。...使用水平条形而不是旋转的标签 这个简单的技巧将确保用户能够更方便地查看图表(而不至于使他们的脖子紧张)。 19.

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搞定高质量数据可视化的20条建议

左图--带有独立图例的饼状,右饼状,每个区域旁边都带有标签 10 不要直接在图表区块里贴标签 直接把数值标签放在区块里可能会降低图表的可读性,如果有很小的区块也不容易显示完全。...由于颜色和背景色对比度低,写在图表内部的标签很难识别 11 对饼的区块按大小进行排序以增强可读性 在使用时,有几种常用的方式: 把最大的一个区块放在12点的位置,然后把其余的区块按顺时针方向降序排列...左边水平条形顺序随机,右边从最大值到最小值排序 13 细细的圈状图表缺乏可读性 一般来说,饼状不是可读性最好的图表,因为很难直观对比相似的数值。...但当我们把中间的部分去掉,得到一个甜甜圈形状的,这样的确腾出了空间来显示额外的信息,但却牺牲了清晰度,所以如果处理方式过于极端就会使图表失去作用。...使用色相或明度或两者的组合,你可以创建一个连续的颜色集。 c.分歧配色方案 是两个连续调色板的组合,中间有一个中心值(通常是0)。 通常,分歧调色板用来描述数据正负值的变化。

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理解列表解析进行循环遍历

标签:Python 谈论Python时,很难不提到列表解析,这是Python中的一种循环技术。...迭代(循环)的标准方法是使用for … in …语句,使用列表解析进行循环有点像语法糖,它看起来像一个带有一点扭曲的for循环。有时,列表解析被称为“一for循环”。...首先创建了一个空列表,然后遍历10个数字,并将每个数字添加到列表中。 2 列表解析 列表解析的语法类似于for循环,但是,注意名称“列表”解析,我们真正做的是在这里创建一个列表。...3 正如我刚才提到的,列表解析实际上创建了一个列表,因此输出行[None,None,None,None,None,None]就是刚刚创建的列表。这是一个包含6个None值的列表。...第二个例子可能更有意义,我们正在创建一个包含10个项目的列表。与使用for循环方法的3代码不同,可以仅使用1创建列表,因此名称为“一for循环”。

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自制计算器——《自制编程语言》二

但是实际操作时会发现,用来保存分割字符串的空间可能还有其他用途,而加入括号的处理也很难。    ...比如在Pascal中,goto语句使用标签只能是数字,这样限制的原因是,如果像C语言一样允许英文字母作为标识符的话,读入第一个记号时就没办法区分这个记号究竟是赋值语句的一部分,还是标签语句的一部分。...因为无论赋值语句还是标签语句,开始的标识符是一样的。因此LL(1)语法所做的解析器都比较简单,语法能表达的范围比较狭窄。    ...虽然Pascal采用的是LL(1)语法,但却同时存在赋值语句和过程调用(C语言中是函数调用)。按照刚才的介绍,这两者都由同一类标识符开始的,LL(1)解析器似乎无法区分。    ...比如:Hoge *hoge_p = NULL;其中的型号究竟是乘法运算符还是指针符号,单看Hoge这个标识符很难直观的得出结论。

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ICML 2020 | 斯坦福 AI Lab:代码出错?AI帮你自动修复!

其次,在训练数据方面,我们需要一个高效的数据源,为修正有问题的程序提供监督; 不幸的是,现有的带有 对的标签数据集很小,很难获得,而且不能扩大规模。...然后我们使用注意力(graph attention)对这个空间中的符号进行推理。 ?...有标签的程序修复数据集很小,但网上有大量无标签的程序可用。例如,GitHub 拥有超过3000万个公共仓库。使用这大量免费可用的代码来改进学习程序修复,将显著提高系统的可伸缩性和可靠性。...这一次,模型插入一个分号在第12,现在修复的程序编译成功了!这种方法是迭代求精的思想: 我们可以持续运行修复模型并逐步修复错误。 ? 使用错误消息、程序反馈和自监督预训练的效果如何?...为了看到使用错误消息的效果,我们尝试从系统中移除所有技术: 使用编译器消息、程序反馈和预训练。

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图形数据库之Neo4j核心概念介绍(二)

,cypher的产生,参考了动态编程语言的一些语法,如Python,ruby,Scala,有非常多的强大的函数库,我们也项目里也用了一些复杂的语法,确实非常强大,不过想要运用自如,确实得花一定时间测试使用...下面介绍下neo4j的几个核心概念: (1) Nodes(节点,类似地铁图里的一个地铁站) 图谱的基本单位主要是节点和关系,他们都可以包含属性,一个节点就是一数据,一个关系也是一数据,里面的属性就是数据库里面的...除了属性之外,关系和节点还可以有零到多个标签标签也可以认为是一个特殊分组方式。...关系拥有方向进和出,代表一种指向。...(索引) 遍历通过需要大量的随机读写,如果没有索引,则可能意味着每次都是全扫描,这样效率非常低下,为了获得更好的性能,我们可以在字段属性上构建索引,这样任何查询操作都会使用索引,从而大幅度提升seek

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深度学习虚拟试衣的挑战和机遇

应用自定义服装到默认的人的图像(中等难度) 应用默认服装到自定义的人的图像(困难) 应用自定义的服装到自定义的人的图像(非常困难) 在原始数据和我们的预处理模型上复现作者的研究成果(简单) 原论文的作者没有提到他们用来创建人体分割标签和检测人体关键点的模型...这些标签通常用于人体解析任务,因为分割标签很难人工标注。在这个过程中,首先模型在不准确的人工标注上训练,然后用训练过的模型获得的伪 ground truth 掩码来训练新模型。...10: 使用自定义服装替换的示例( A - 成功,几乎没有 artifact, B - 中等数量 artifact, C - 非常多 artifact)。...B 中的图像姿态更有挑战性,模型很难处理。人的躯干略微弯曲,手臂部分遮挡了应该穿着衣服的身体部位。如图8所示,躯干弯曲导致边缘缺陷。不过比较难的长袖衣服(9 C)的处理是正确的。...13: 无约束环境和自定义服装图像的服装替换。 A 的图像展示了我们可以从模型中得到的最佳结果。结合自定义服装和自定义人的图像被证明是很难处理的,中等程度的 artifact 已经很难得。

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答应我,用了这个jupyter插件,别再重复造轮子了

使用Python、R等完成日常任务的过程中,可能会经常书写同样或模式相近的同一段代码,譬如每次使用matplotlib绘制图像的时候可以在开头添加下面两代码来解决中文乱码等显示问题: plt.rcParams...plt.rcParams['axes.unicode_minus'] = False # 解决保存图像是负号'-'显示为方块的问题 诸如此类的在日常工作中起到重要作用的「代码片段」非常之多,且非常零碎,很难全部记住...,在需要使用它们的时候,我们往往习惯性地重复去百度、谷歌查找相关的代码。...1 jupyterlab-code-snippets 我们使用到的jupyter lab插件为 jupyterlab-code-snippets,使用下面的命令进行安装: jupyter labextension...4 而紧随其后的「Tags」是可选(支持多个标签)的,你可以根据自己的分类依据创建新的标签,或是从以前定义过的标签中选择若干标签: ?

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