R语言和plink软件都是常用的软件，随着对软件的熟悉，就不用自己写代码了，直接改代码了，既然改代码，就在一个环境下运行就行了，不想来回切换R和Bash。...问题来了：如何在R语言中运行plink软件。 Linux系统下，将plink放到bin文件夹下，直接调用就行，用R语言的system直接调用就行。...，也可以直接运行，岂一个爽字了得！...1，下载plink软件 网址：https://www.cog-genomics.org/plink/ 然后解压，进入文件夹，找到plink.exe文件。...5，测试是否成功 打开Rstudio，新建一个R脚本： # test plink system("plink") 运行： 搞定！ 分割线 ---- 大家好，我是邓飞，一个持续分享的数据分析师
有小伙伴问我： ❝飞哥，plink的命令在哪里输入？...现在我提供三种方法，来运行plink软件。 首先是下载软件：https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/ 下载到本地，解压即可。...，将plink.exe放到自己的文件夹中，然后按照这种方式执行命令即可。...测试： 随便进入一个路径，在目录下键入cmd，进入终端： 键入plink，就会出现帮助文档： 然后输入命令即可。 3....使用git和bin模仿Linux系统 第三种，也是最简单的一种，安装git软件，然后右键打开git的终端： 然后运行下面命令，将plink.exe放到bin文件夹下： mkdir ~/bin/; cp
查看输入文件的基本信息 plink运行时，会联网检查软件是否是最新版，如果不想进行这一操作，可以添加--noweb选项。plink 需要两个输入文件，分别为.ped和.map格式。...命令如下 plink --file hapmap1 --noweb 需要注意的是，plink默认情况下，会对输入数据进行过滤，主要是过滤突变位点和和样本。...加载二进制文件 加载二进制的ped文件，对应的参数需要替换成--bfile,命令如下 plink --bfile hapmap1 --noweb 和第一步相比，只是换成了二进制文件，处理速度更快，除此之外...统计基本信息 分别统计样本和突变位点基因型缺失的比例，命令如下 plink --bfile hapmap1 --missing --out miss_stat --noweb 这一步会生成以下3个文件...plink --bfile hapmap1 --chr 1 --out res1 --missing 统计突变位点的MAF, 命令如下 plink --bfile hapmap1 --freq --out
hmp格式是一种基因型格式，但是现在更多的是vcf或者plink格式的数据，今天介绍一下plink格式的数据如何导入到GAPIT软件中进行分析。...GAPIT软件的基因型数据格式：Numeric格式 查看GAPIT说明文档时，发现了GAPIT还支持Numeric format，即转化为0-1-2的格式，这样就好处理了，可以使用plink软件的recodeA...将plink格式转化为0-1-2的格式 c为二进制的plink文件，运行下面命令，生成plink.raw文件。...raw文件命名 然后准备两个文件：re.raw和file.map文件，用下面R代码，生成GAPIT运行的文件格式。...运行示例代码，比较GAPIT和GEMMA的MLM模型的结果： source("http://zzlab.net/GAPIT/GAPIT.library.R") source("http://zzlab.net
plink 进行LD分析有以下两种方式： 1....分析指定的两个SNP位点 命令如下 plink --file test --ld snp1 snp2 在log信息中，会输出LD分析的结果 LD information for SNP pair [...对所有的SNP位点进行分析 命令如下： plink --file test --r plink --file test --r2 --r会直接输出所有LD分析的结果，而--r2会根据R2值对结果进行过滤...--ld-window-r2 这个参数只能和--r2参数搭配使用，默认值为0.2, 对输出结果进行过滤，只输出R2大于该参数值的LD分析结果。 输出文件为plink.ld。...更多参数的用法请参考官方文档 http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/ld.shtml
1，vcf变为plink，或者excel变为plink格式，然后直接读入到Haploview，卒。...vcf变为plink，以及plink提取snp导出plink格式，或者excel的格式变为plink格式，这些数据都建议用plink重新跑一下，确保数据没问题。...plink --file file --maf 0.01 --geno 0.3 --recode --out qc300 如果plink运行报错，就不要往下走了，先把这个问题解决掉！...2，plink格式的map数据，需要变为info格式 简单来说，就是提取map的第二列和第四列，生成info为后缀的文件 awk '{print $2,$4}' qc300.map >qc300.info...代码汇总： plink --file file --maf 0.01 --geno 0.3 --recode --out qc300 sed -i 's/-/_/g' qc300.ped sed -
java 编译的过程，就是将 java 项目从源文件变成 .class 文件的过程，而 .class 文件，最后会被加载到JVM 中运行。...在 JDK bin/ 目录下，提供了 javac 命令，用于将 .java 源文件编译成 .class 字节码文件，提供了 java 命令，以 Main_Class 为入口，根据运行需要，加载相应的 class...关于环境变量 如果在没有引用第三方 jar 的情况下，想在任意目录下直接运行 javac 编译 .java 文件，则需要设置 PATH 和 CLASSPATH 环境变量，关于如何设置，可参考 Ubuntu...编译生成 .class 文件 -> 使用 java 命令运行程序 >$javac Hello.java >$java Hello 如果有多个 .java 文件，则多了一个步骤，需要先打包成 .jar...文件，最后使用 java -jar xx.jar 命令运行即可，总结如下：使用 javac 编译生成 .class 文件 -> 使用 jar 命令生成 jar 包 -> 使用 java 命令运行程序 jar
我们知道使用Alibaba Cloud CLI是可以列出信息甚至可以做修改。但是如果我有批量的修改需求，那么我怎么去做呢 以下命令行代码，其实没有意义，只是用于展示。...Step 6, 替换python命令即可。...sg_id} --ResourceGroupId {resource_group_id} --ResourceType securitygroup 关于resourcemanager API 我们这里使用的其实是...在默认情况下运行CLI是不可行的，也不可以region_id为空，所以需要额外指定endpoint。
所以開始使用博客来对这一部分的知识做个慢慢的记录和积累。 相信积少成多，慢慢的将这一部分的知识攻克！ 第一篇记录的不是相关的应用。而是非常底层的知识—JavaScript解析引擎。...当时看到就产生了一个疑问：运行函数之前为什么运行了alert()，非常明显他没有运行我定义的函数，却运行了alert(); 块还是使用外部引用的js文件都是如此。 使用外部js文件引用，将上面的代码写到js文件里。
使用kotlinc、kotlin、java命令进行kotlin程序运行 kotlinc xxx.kt可以生成 XxxKt.class 文件； 这个文件可以用kotlin命令执行：kotlin XxxKt...Source) at java.base/java.lang.ClassLoader.loadClass(Unknown Source) ... 1 more ``` 需要使用...kotlinc命令：kotlinc hello.kt -include-runtime -d hello.jar 生成jar文件； 然后可以用java -jar hello.jar运行java程序；
标签：Python,argparse 本文将讲解如何使用带有argparse库的命令行界面运行Python脚本。...我们可以在命令行上键入不同的参数并将这些参数传递到脚本中，而不是每次运行脚本时都更改.py文件中的代码。因此，使用CLI是非常灵活和方便的，而且，从黑屏启动程序会让你更酷，更像一个真正的程序员。...下面进入有趣的部分，我们希望在运行程序时从命令行传递这三个变量。 步骤4：从命令行解析参数 从命令行解析参数的最简单方法是使用sys.argv，它是传递给Python脚本的命令行参数列表。...让我们看看如何通过在命令行中运行以下简单脚本来使用sys.argv。...使用命令行界面运行Python脚本 实际测试一下这个程序。可以使用任何PDF文件进行测试，这里测试文件名是“data.pdf”。
使用记事本写入以下代码： public class HelloWorld{ public static void main(String[] args){ System.out.println("...Hello Java"); } } 注意事项：将文件名存为.java格式即可，并且不需要改变编码类型，为默认的ANSI即可，否则会报错：错误: 需要class, interface或enum 2.使用...cmd的cd指令移动到文件所在的目录下，可以通过dir来查看有无第一步的.java文件（windows系统下） 3.使用命令javac来生成.class字节码文件 ?...4.使用java 来执行字节码文件 ?...注意事项：此处的字节码文件不要带.class后缀，否则会报错：错误: 找不到或无法加载主类 HelloWorld.class 如果想要进一步学习Java命令行，可以移步： https://blog.csdn.net
在不借助IDE的情况下，如何编译、运行Java程序。 使用javac 命令，可以通过只敲击javac 看到各种命令参数。...我们从简单到复杂来看java编译、运行命令 单独类如何编译 我们可以用ide（eclipse、idea，甚至高级点的文本编辑工具Emeditor、Notepad++、UE）准备java文件，然后拷贝到硬盘...如果使用其它高级文本编辑工具，如：notepad++、Emeditor、UE这样的，另存为指定格式。 然后再编译运行就可以了。...运行报错“错误：找不到或无法加载主类A” 原因分析： 这里地方有点绕人，我们先分析为什么现在的命令不行。...哈哈 这个时候需要使用-cp，但是看以第一条命令，使用-cp只指定了一个目录，会认为mypack.A也在这个路径下，要分开指定，使用”.”代表当前路径，使用分号隔开多个class路径。
运行命令介绍 运行命令即DOS命令，主要是面向DOS操作系统的，以命令行的形式，靠输入命令来进行人机对话，并通过命令的形式把指令传给计算机，以实现对计算机的操作。...常用运行命令 列出一些常用的运行命令方便快速上手使用，懒得对照查找。...运行命令中文对照表（Win10） 把网页当成文本数据一样，利用 ctrl + f 快速查找。...调用、卸载DLL文件运行（详细请在cmd中输入regsvr32/?）...找到电脑设置 -> 轻松使用 -> 鼠标 -> 打开小键盘控制鼠标 ? 结合这篇文章能不能让手离开鼠标来操作电脑呢？
Setup # install dependencies npm install npm install --save dg-table npm install --save jsbarcode # 本地运行
wscript.createobject("wscript.shell") ws.run "win.bat /start",0 （其中win.bat为你自己的批处理名字，自己改） 然后把这个记事本保存为后缀名为.vbe的文件，到时候你只要运行这个
drwtsn32------系统医生 regedt32-------注册表编辑器 Msconfig.exe---系统配置实用程序 rsop.msc-------组策略结果集 mem.exe--------显示内存使用情况...edlin.exe > 命令行的文本编辑器（历史悠久啊！）...在运行 rexec 服务的远程计算机上运行命令。rexec 命令在执行指定命令前，验证远程计算机上的用户名，只有安装了 tcp/ip 协议后才可以使用该命令。...rsh 服务的远程计算机上运行命令 rsm.exe > mounts and configures remote system media 配置远程系统媒体 rsnotify.exe > remote...监控另外一台中端服务器会话 share.exe > windows 2000 和 ms-dos 子系统不使用该命令。
而 Linux 提供了 fg 和bg 命令，让你轻松调度正在运行的任务。...可以使用&命令把作业放到后台执行。实际上，这样是将命令放入到一个作业队列中了： $ ....对于已经在前台执行的命令，也可以重新放到后台执行，首先按ctrl+z暂停已经运行的进程，然后使用bg命令将停止的作业放到后台运行，例如对正在前台执行的tesh.sh使用ctrl+z挂起它： $ ....那么对于已经在后台运行的进程，该怎么办呢？可以使用disown命令： $ ....还有一种更加强大的方式是使用screen，首先创建一个断开模式的虚拟终端，然后用-r选项重新连接这个虚拟终端，在其中执行的任何命令，都能达到nohup的效果，这在有多个命令需要在后台连续执行的时候比较方便
序言： 在使用电脑或者阅读文档过程中，总会遇到诸如在运行框中输入一些简短的命令如cmd、notepad、calc等快速跳出应用程序或系统配置等情况；它们是如何实现的呢，常用的运行命令又有哪些呢？...一、概述 1.名词解释： 运行命令主要是DOS操作系统的运行方式，在“CMD”运行框中的命令简称运行命令。 2.使用方法： “windows+R”组合键，弹出的运行框中输入运行命令。...开始搜索框中输入对应的命令，如cmd cmd命令提示符中输入对应命令，如notepad（记事本） 3.说明 运行命令中有“.exe”、“.cpl”、“.msc”等结尾的命令，其中“.exe”是可以省略的...有些命令需要以管理员身份运行才行生效，这样我们需要在开始搜索框输入cmd，然后右击上面的运行命令以管理员身份运行才行；另外以管理员身份运行的命令提示符和普通的命令提示符运行路径是不一样的，如下图（红色标记的是以管理员身份运行的命令提示符...，紫色标记则是普通用户的命令提示符） 有些命令在XP系统能用，但是win7之后系统不能用，如winchat---XP自带局域网聊天等 运行命令在系统中的路径为：C:\Windows\System32
Docker是一个平台，可让你将应用程序开发，测试和部署为可在几乎任何地方运行的可移植的自给自足的容器。 docker run命令从给定的镜像创建一个容器，并使用给定的命令启动该容器。...这是开始使用Docker时应熟悉的第一批命令之一。 在本文中，我们将使用官方的Nginx镜像来展示运行Docker容器的各种方法。...如果未指定任何命令，则在运行容器时将执行Dockerfile的CMD或ENTRYPOINT指令中指定的命令。...你可以使用 docker container ls 命令列出正在运行的容器。 要将终端连接到分离的容器根进程，请使用 docker container attach令。...你也可以使用curl http://localhost:8080 入门小站 交互式运行容器 处理bash之类的交互过程时，请使用-i和-t选项启动容器。
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