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Python解析psiBlast输出的JSON文件结果

什么是JSON文件 JSON文件是一种轻量级的数据存储和交换格式,其实质是字典和列表的组合。这在定义生信分析流程的参数文件中具有很好的应用。...Python解析PSIBLAST的JSON输出结果 BLAST的输出结果可以有多种,在线的配对比较结果,线下常用的表格输出,这次尝试的是JSON的输出,运行命令如下 psiblast -db nr -out...Known_CPS.CUI.mfa.psiblast -evalue 0.0001 -outfmt 13 -num_threads 10 -num_iterations 0 -in_msa Known_CPS.CUI.mfa 这次编程的目的是通过解析输出的...JSON结果获取匹配的蛋白的名字和序列,JSON文件解析的关键是知道关注的信息在哪个关键字下可以找到,然后需要怎么操作进入到关键字所在数据层,具体操作见如下视频,视频中一步步尝试如何不断试错,解析JSON...文件,获得想要的Python脚本和解析结果。

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    使用Python解析Redo log文件

    解析Redo log文件是一项复杂的任务,它涉及到对Oracle数据库内部数据结构的深入理解和处理。...在这里,我提供一个示例代码框架,它使用了Oracle官方提供的LogMiner工具来解析Redo log文件。请注意,这只是一个简单的示例,你需要根据具体的需求和环境进行适当的修改和扩展。...Oracle官方提供的oracle.streams.redo模块,其中的LogMiner类用于解析Redo log文件。...然后,通过start_session()方法启动LogMiner会话,使用get_next()方法循环读取Redo log记录。每个记录都可以根据需要进行解析和处理。...请注意,解析Redo log文件是一项高级任务,需要深入了解Oracle数据库内部结构和相关工具。上述示例代码只是一个简单的起点,实际应用中可能需要更加复杂和专业的方法来处理Redo log文件。

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    Python 文件输入输出——读写文件

    在 Python 中, IO 模块提供了三种 IO 操作的方法;原始二进制文件、缓冲二进制文件和文本文件。创建文件对象的规范方法是使用open()函数。...任何文件操作都可以通过以下三个步骤来执行: 使用内置的 open() 功能打开文件获取文件对象。有不同的访问模式,您可以在使用打开()功能打开文件时指定。...使用从open()函数检索的文件对象执行读、写、追加操作。 关闭并释放文件对象。 正在读取文件 文件对象包括以下从文件中读取数据的方法。 read(chars):从当前位置开始读取指定数量的字符。...Copy 读取二进制文件 使用open()功能中的“rb”模式读取二进制文件,如下图所示。...>>> f.close() Copy 写多行 Python 提供了writelines()方法,将列表对象的内容保存在文件中。 由于换行符不会自动写入文件,因此必须作为字符串的一部分提供。

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    python基本文件操作(文件输入和输出

    文件输入输出中常用的文件对象方法: open : 返回一个新的文件对象,调用该对象的上的方法可对文件进行任何操作 readline: 读取一行数据包括结尾的换行符在内 write: 将数据写入文件中 close...;python 提供一条专用的语句for 用于迭代输出文件所有内容项: for line in open('E:/work.txt'):     print(line); 对文件执行写操作 :  f  ...                 a: 写方式打开  在原有内容中执行追加写操作 在PHP 当中文件操作 和python也很类似 :         文件操作函数: fopen : 打开文件  常用打开方式...当使用 fread($file,filesize) fgets fgetc 等方法 输出内容时 如果为空 则使用fseek方法 将指针移动到初始位置即可 例如: $filename = 'E:/work.txt...; 2 , python中对于迭代输出的方法:                 for line in filedir: 3,   php文件输出操作对比;

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    python解析xml文件

    本文目录: 前言关于XML解析结语 前言 本来今天准备学习下electron的,结果npm工具的安装真是费了劲,网速差的不得了。为了完成今天的日更,只能放弃,今天来谢谢python的xml解析吧。...昨天我们讲了Charles的安装与使用,而Charles抓到一条数据之后,我们想要把这条数据导出来用脚本分析,那么,Charles提供了导出(export)功能。...我们要从这个xml文件里获得Host|Referer|Cookie|url这几个动态信息。 我们用sorted函数排序,找出时间最新的一个chlsx文件。...,首先用parse读取这个xml文件; getElementsByTagName读取元素的内容; firstChild.data读取一个元素的属性(描述); DOMTree = xml.dom.minidom.parse...公众号后台回复 “xml” 获取文中用到的xml文件和python解析源码。 一番雾语:就像表达是你的情绪的反映一样,表达方式反之也会影响情绪。

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    Python配置文件的全面解析与使用

    本文将详细介绍五种常见的Python配置文件格式:INI、YAML、JSON、TOML和XML,包括它们的样例文件、特点、使用场景以及解析代码。 一、INI配置文件 1....解析说明 使用yaml.safe_load()方法读取并解析YAML文件,将配置数据加载到Python字典中。 通过字典访问方式遍历列表和嵌套字典,打印出配置信息。...特点与使用场景 TOML文件结构简洁,易于人类阅读。常用于Python项目的元数据、依赖项和工具配置。 3....解析代码 Python标准库不直接支持TOML文件的解析,但可以使用第三方库tomllib(Python 3.11及以上版本)或toml(第三方库)。...在Python中,可以使用相应的库来解析这些配置文件,从而方便地读取和使用配置信息。

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