尤其是在R包中编程改变了从ggplot2引用函数的方式，以及在aes()和vars()中使用ggplot2的非标准求值的方式。...而这两个函数都使用了非标准计算，如果你在包中直接使用它，后面再CMD check的使用会引入一个note。 所有的Error, warning和note都需要解决才能上传到CRAN。...常规任务最佳实践 使用ggplot2可视化一个对象 ggplot2在包中通常用于可视化对象（例如，在一个plot()-风格的函数中）。.../ 234, "r" = 25 / 234 ), class = "discrete_distr" ) R中需要的类都有plot()方法，但想要依赖一个单一的plot()为你的每个用户都提供他们所需要的可视化需求是不现实的...这与ggplot()不同，除非交互使用或者显式地调用print()，否则是不是展示的。因为这个原因，ggplot2定义了一个自己的泛型函数autoplot()，调用它会返回一个ggplot()。
上午QQ上的某好友问我：如何在excel中插入一张同时带柱状图+折线图的图表？...去问度娘 度娘回答的比较抽象，只给出了方向，细节不甚明确，于是在其正确的方向指引下，自己研究了一番，有了下面的详解，记录一下(说不定以后写文档啥的时候就派上用场了) 1、先选取主要数据区，插入柱形图 于是得到了下面的图表...别着急，别上火 4、选中图表中的柱状，右击-->更改系列图表类型(Y) 改成折线图 然后继续选中折线，右击-->设置数据系列格式-->设置为"次坐标轴"，你会发现之前漂亮的图表又回来了 5、类似的操作，...添加其它几个省份的"件数"折线图 可能你注意到了：右侧的图例中，有二组相同的省份（一组是柱状图的，一组是折线图的），可以删掉一组 6、最后调整柱状图跟折线的颜色，以便让这二组图的颜色一致 终于，我们得到了一个漂亮的同时带有...“折线”跟“柱状”的图表.
image.png 之前有人在公众号留言问这幅图的实现办法，这个是气泡图，用ggplot2很方便能够实现，但是这个图比较特殊的是横坐标还有对应的图片，当然出图以后用其他软件来编辑是可以实现的，但是对齐之类的可能会比较麻烦...如果能用代码实现就能节省一些时间，正好最近看到一个ggplot2的扩展包 叫做 ggimg 对应的github的主页是 https://github.com/statsmaths/ggimg 下面我们就来试试能不能用这个包来实现推文开头的图...(ggimg) library(ggplot2) ggplot()+ geom_point_img(data=df, aes(x=x,y=y,img=img),...vjust = 1)+ coord_cartesian(clip = "off") dev.off() 结束语：不知道威少搭配詹姆斯最后能出一个什么效果，之前记得有一个记录是 同一个队一场比赛中两个人同时拿三双...这个记录应该能被威少和詹姆斯预定了吧 哈哈哈哈 示例数据和代码直接在后台回复 20210730就可以获取了 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R
头脑风暴 我有一个设想： 用root权限，新建一个环境R4.1，然后在里面安装R4.1 在R4.1中安装那几个包 将Rstudio的R版本设置为新建环境的R4.1 我的顾虑： 不确定我用root新建的环境...，能不能让大家使用 不确定Rstudio-server能不能指定新建环境中的R4.1版本 3....在conda环境中安装R包 「R4.1.0」 if (!...其它人用Rstudio-server安装R包 因为现在Rstudio-server用的是conda环境中的R4.1，它会在conda环境中有一个library，普通用户没有写入的权限，安装R包时会在自己的路径下自动新建一个...2，外部是可以用conda环境中的程序的，指定路径就行。
头脑风暴 我有一个设想： 用root权限，新建一个环境R4.1，然后在里面安装R4.1 在R4.1中安装那几个包 将Rstudio的R版本设置为新建环境的R4.1 我的顾虑： 不确定我用root新建的环境...，能不能让大家使用 不确定Rstudio-server能不能指定新建环境中的R4.1版本 3....显示上面的包都安装失败，那我就分开安装，然后都安装成功了，最后这两个包也安装成功了。 胜利的喜悦： ? 8....其它人用Rstudio-server安装R包 因为现在Rstudio-server用的是conda环境中的R4.1，它会在conda环境中有一个library，普通用户没有写入的权限，安装R包时会在自己的路径下自动新建一个...2，外部是可以用conda环境中的程序的，指定路径就行。
35-结合grid与ggplot输出]] 与[[116-R可视化36-把你长长的坐标轴弄短]] 中，我们提过：通过pushViewport控制画布位置的方法，我们可以画出： 但美中不足的一点是，因为其并非是在一个...ggplot 图层上操作，就没有办法使用ggsave 的方法了。...p2 <- ggplot(iris) + geom_boxplot(aes(Species, Sepal.Length)) 简单插入 也就对应包里的两个函数： patchwork: inset_element..." "ggplot" 在[[108-R可视化32-通过seurat包中的LabelClusters学习ggplot之一]] 我就探索过cowplot 与patchwork 拼图后的对象。...简单的摸索了一下，发现还是缺乏对ggplot 对象的理解，留给以后深挖了。
功能描述： 使用moviepy扩展库连接不同尺寸的视频文件。 技术要点： 如果直接连接多段不同尺寸的视频文件，后面几段可能会出现花屏的现象。...可以使用VideoFileClip对象的resize()方法调整至相同大小，然后再进行连接就可以了。ImageFileClip对象也具有同样的resize()方法。 参考代码： ? 测试文件： ?
今天跟大家分享的是ggplot图表中的一类重要元素——线条。...R语言中ggplot函数系统中涉及到线条的地方有很多，最常见的场景就是我们做geom_line()（折线图）、geom_path（）(路径图),以及图表的绘图区（panel）、图表区、网格系统（grid...今天以一个折线图为例，简要说明ggplot函数中关于线条的主要参数及其效果。...我们使用过ggplot内内置数据集验证我们的猜想。...以上依次使用的线条粗度值为1,2,3,4,5,6，大家可以通过图表感受到ggplot图表中线条的粗度变化规律。
ggplot 中 scale 的使用 ggplot画图是画图中的战斗机，但是往往在我们用ggplot2画图时候，需要根据需求更改坐标，图例等，最常见的就是更改x，y坐标系的名称。...在ggplot2中，坐标系与比例尺和参考线是自动生成的，并且生成得很好。...我们会使用scale_color_和scale_fill_来更改调色板，今天我们就来介绍如何在ggplot中调整比例尺，调整中断和标签，修改轴和图例等。...强大的 Scale包，可以实现在ggplot基础上，对图形进行微调及更改。...for discrete axes demo_datetime for data / time axes # install.packages devtools::install_github("r-lib
今天跟大家分享ggplot图表系统中形状。 在ggplot函数系统中，形状是一类重要的映射属性，如同颜色一样，它可以被赋予给变量，当然也可以直接指定实际的形状类别。...ggplot函数的图层理念中，修改局部图层的元素，需要在局部图层内进行设定，这里需要在geom_point（）函数内部进行形状设定。 R绘图系统中存储着的形状符号多达25种： ?...你也可以通过将形状映射指定给一个分类变量，这样不同的形状将会作为分类标识： ggplot(mydata,aes(Company,Sale,group=Year,colour=Year))+geom_line...颜色变量是所有属性中为数不多的既可以使用离散型变量、又可以使用连续性变量进行映射的属性 二、关于制定属性映射时shape、size、colour（fill）的位置问题。...（比如本例中同时作用于折线图和散点图的数据集、x轴y轴变量以及分组变量等） 以上是个人学习ggplot函数过程中所获得的一些体会和心得，希望能够帮助大家在学习R语言可视化过程中少走一些弯路，限于个人能力和水平
R语言ggplot2如果要做散点图可以用自带的一些形状 如果想用其他形状，有一个R包是ggstar https://cran.r-project.org/web/packages/ggstar/vignettes...ggstar这个R包的整体结构暂时还看不明白，但是定义形状的部分自己能够修改。...在 primitive.R 代码中 plxy 就是一个形状的数据，第一列是x，第二列是y 比如上图中28的形状 square diamond 把中心掏出一正方形的空白 data.frame(x=c(0,...(aes(x=x,y=y),fill="red",color="black") 在 primitive.R 代码中添加上一段代码 else if (starshape == 28){ data.frame...，就能够把这个形状用于ggplot2的散点图中
image.png 这篇论文的数据是公开的，我们可以试着用公开的数据复现一下论文中用来展示数据的图。第一个图是使用地图来展示实验样本的地理分布。...论文中写道 画图是使用ggplot2，作图数据来自 the Natural Earth dataset (http://www.naturalearthdata.com)....查了一下，发现R语言里有专门的包来获取这个地图数据，参考链接是 https://slcladal.github.io/maps.html 前几天的推文介绍了如何利用ggplot2包来绘制地图，有人在推文下留言说...**因为地图数据用的是老外搞得，经常会出现问题。大家使用地图的时候要格外注意。...image.png 接下来是叠加饼图 有现成的函数可以做这个事情，参考如下链接 https://guangchuangyu.github.io/2016/12/scatterpie-for-plotting-pies-on-ggplot
遇到这个问题是在使用ggtree可视化展示进化树的时候，我想给进化树的枝分组映射颜色，对应的推文是跟着Nature Genetics学画图：R语言ggtree给进化树的枝分组映射颜色 第一步是准备进化树文件...image.png 加载需要用到的R包 library(treeio) library(ggtree) library(ggplot2) 读取树文件和分组信息 tree<-read.tree("practice.tree.../questions/45493163/ggplot-remove-na-factor-level-in-legend ggtree(tree_1)+ geom_tree(aes(color=group...image.png 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 需要示例数据和代码 点赞 点击在看 然后在后台留言 20210605 就可以了 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python...做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记；3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记！
要在两个变量的组合上构建绘图，请将facet_grid（）添加到绘图调用中facet_grid（）的第一个参数也是一个公式。 这次公式应该包含两个用〜分隔的变量名。 ?...每个图使用不同的可视对象来表示数据。 在ggplot2语法中，我们说它们使用不同的geom。 geom是绘图用于表示数据的几何对象。 人们经常根据情节使用的几何类型来描绘情节。...这里，4代表四轮驱动，f代表前轮驱动，r代表后轮驱动。 如果这听起来很奇怪，我们可以通过在原始数据上叠加线条然后根据drv着色所有内容来使其更清晰。 请注意，此图包含同一图表中的两个geom！...image.png 如果将映射放在geom函数中，ggplot2会将它们视为图层的本地映射。 它将使用这些映射来仅扩展或覆盖该层的全局映射。 这使得可以在不同层中显示不同的aesthetics。...您可以使用相同的想法为每个图层指定不同的数据。 在这里，我们的平滑线仅显示mpg数据集的子集，即小型汽车。 geom_smooth（）中的本地数据参数仅覆盖该层的ggplot（）中的全局数据参数。
下面两第一个图是未加axis.break()的结果，第二幅是加了该参数的结果。...ggplot2包 第二种方式是利用ggplot2进行绘制。首先随机构造一个数据，，我们想把y为7~17的数数据进行截断。...思路是：构造一列：type，把小于7的命名为“samll”，大于17的命名为“big”，然后利用facet效果构建图。...(5) + 5, rnorm(5) + 22) ) ggplot(d, aes(x, y)) + geom_col() ?...参考资料： R语言作图——坐标轴截断画图 http://blog.sina.com.cn/s/blog_6a4ee1ad0102x5at.html ggplot坐标轴截断 https://www.jianshu.com
本文在做学术论文中，正好想做一下把y轴一些数据进行截断的效果。通过网上检索，整理了一下两种方式构建坐标轴截断图。...下面两第一个图是未加axis.break()的结果，第二幅是加了该参数的结果。...ggplot2包 第二种方式是利用ggplot2进行绘制。首先随机构造一个数据，，我们想把y为7~17的数数据进行截断。...思路是：构造一列：type，把小于7的命名为“samll”，大于17的命名为“big”，然后利用facet效果构建图。...(5) + 5, rnorm(5) + 22) ) ggplot(d, aes(x, y)) + geom_col() ?
image.png 对照论文然后看数据和代码，能够更好的理解论文的设计和分析思路，非常好的学习素材。论文的主要研究内容还没有看太懂，好像是研究了越南和坦桑尼亚的一些厕所的微生物多样性。...数据集的部分截图，总共是81行，52列，行是物种，列是地点，数值代表物种丰度 ?...row.names=1指定第一列作为数据集的行名 check.names 参数我平时很少用，，查了一下帮助文档，作用是检查每列的名字是否符合规范 ?...(Samples),transform,rescale=sqrt(Value)) ggplot2画图 library(ggplot2) p <- ggplot(df, aes(Species, Samples...image.png 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本
host1上，添加路由如下 route add default gw 172.24.100.14 #添加默认网关路由，保证从host1上到192.168.122.0/24网段的请求先到达... route add -net 172.24.0.0 netmask 255.255.0.0 dev eth0 #添加路由，实际上就是指路，指定到172.24.0.0/16网段去的请求通过... route add -net 192.168.122.0 netmask 255.255.255.0 dev eth1 #添加路由，指定到192.168.122.0/24网段去的请求通过...host3上，添加路由如下 route add default gw 192.168.122.214 #添加默认网关路由，保证从host3上到172.24.0.0/16网段的请求先到达...host2 这样相互就能ping通，是不是很神奇 仅供学习，实际使用情况以使用环境为准。
在之前的推送中，曾经有过一篇介绍excel图表辅助线的制作方法，其中用到的技巧五花八门、令人眼花缭乱。 而ggplot图表系统中的辅助线添加起来却异常简单，非常易于操作。...以上柱形图中，我们如果想要了解五个公司的销售额均值以及单个公司销售额与均值的对比情况，需要在图表中添加一条平均线。...辅助线在散点图中也是经常使用的一种图表元素，它可以帮助我们对分布形态进行分割和归纳，使得数据分布形态及趋势更加明显。 接下来使用diamond数据集来展示散点图中的辅助线。...像素画处理之后，再加上均值十字线，你可以清晰地看到，数据分布形态中，左下角最为密集。 辅助线的另外一种常见的用途就是在时间序列数据中。...这里可以使用辅助线来标注我们最感兴趣的时间点数据： ggplot(economics,aes(date,unemploy))+geom_line()+geom_vline(aes(xintercept=
索引数据框中的某一列 df$A可以索引数据框df中列名为A的列的所有值。那么假如列名是一个R对象怎么做？...Wrong # 注意是双方括号 df[[needed_column]] ## [1] 1 2 3 4 5 ggplot2绘图中指定所需的列信息 ggplot绘图时，可以直接提供列名字（如下面的A和B...library(ggplot2) ggplot(data=df, aes(x=A, y=B)) + geom_point() 如下：就需要使用sym和!!了，都来源于rlang包。...看新的例子中，xvariable="A"；xvariable_en <- sym(xvariable)转换为了symbol；aes(x=!!xvariable_en)等同于直接写aes(x=A)。...的使用 # ggplot_points <- function(data, xvariable, yvariable){ xvariable_en <- sym(xvariable) yvariable_en
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