我正在尝试从RNAseq结果摘要文件中提取几个基因集的数据： ? 示例基因列表： ? 我正在使用Excel首先突出显示重复的基因，对摘要文件进行排序，然后复制所需的数据。这是耗时的，Excel在排序时总是“冻结”，特别是对于大的</e
浏览 24提问于2020-06-12得票数 0
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我有一个.csv格式的数据帧。该数据帧包括34500行。在此文件中，显示了RNAseq分析结果的列表。这里的问题是一些基因有多个结果，我应该为每个基因选择一个条目，这个条目应该具有最大的p值。我编辑了我的数据，我只有“基因符号”和“p值”信息。
如何删除/消除包含根据我的</
浏览 6提问于2019-08-05得票数 1
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https://combine-australia.github.io/RNAseq-R/06-rnaseq-day1.html 我已经能够使用我自己的数据来执行其中的大部分，但我现在正在尝试执行路径丰富分析然而，我遇到了问题，因为我不能标记我的初始重新计数矩阵的行，因为它考虑到了基因ID。 我尝试简单地使用Gene创建一个新列，但是这会将矩阵更改为数
浏览 63提问于2020-01-03得票数 0
我有一个大的矩阵(12行，53列)，上面有我的集群中基因"A“、"B”、"C“等基因与其他人创建的集群"0”、"1“、"2”等重叠的次数。我只是提供数据的预览，以避免超过帖子，但如果需要，可以为完整的数据提供dput()信息。，我想要的是，在R中应用fisher.test()来识别&qu
浏览 4提问于2022-05-11得票数 1
我有一只熊猫数据，行代表一个标识符，列代表一个基因名。有些基因名称被复制，因此有多个同名的列，但是每一行只有一个基因的结果。
因此，在列名'ACTN3 (rs1815739)‘的例子中，它将合并所有3个
浏览 1提问于2021-02-15得票数 0
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我从Canis (狗)继承了一个RNAseq输出数据集。我有Ensembl格式的基因标识符，具体来说，它们是这样的，ENSCAFT00000001452.3。我试图使用bioMaRt将它们转换为更常见的ID，并需要帮助。我对R很陌生，认为自己很无知。有什么可以开始的吗。
这些Ensembl ID可以转换为任何其他Ensembl ID(例如。不同的物种)？谢谢你的帮
浏览 1提问于2018-08-29得票数 1
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我对SQL及其语法很陌生，我无法理解如何使用R中使用RSQLite将多个值(例如向量或列表)传递给参数化查询中的单个参数。
我有两个表数据库(myTCGA)，其中的数据来自RNASeq数据。第一个(tcga_P)包含一些基因样本的表达值(FPKM)，而(tcgaMeta)包含这些样本的元数据信息。tcga_P中提取</e
浏览 3提问于2019-08-20得票数 2
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所以，在我的第一篇文章中，我提出了一个相当令人难堪的问题。我用R写了这个代码，基本上是对X个基因数的循环分析，得到4个不同文件中的输出。问题是，这条路走得太长了。主要功能的结构如下：
在不同的数据中打开输入数据，形成和创建变量，如样本和基因的数量(稍后在输出文件创建和主for循环中使用
浏览 1提问于2020-06-29得票数 0
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我有两个文件/数据集: 1) 2列和80,000行。第一列只包括行名(基因列表)，第二列它们的表达值2)是一个基因簇文件，我有超过27,000个簇，每个簇由多个基因(从200到1)识别。我想计算每个基因簇的平均表达值。
我如何使用R来做这件事呢？
浏览 2提问于2017-12-16得票数 1
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我们在生产环境中工作，由API调用组装的大型数据集保存为RData文件，以保留整个环境和随后的数据摘要。RData文件非常大，包含多个数据对象，这些对象使用具有相似名称和结构的标准分析工作流生成。我正在寻找一种干净的方法来遍历RData文件的集合，从每个文件中提取</
浏览 5提问于2021-01-30得票数 0
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我使用R中的NMF包对RNAseq/microRNAseq数据进行非负矩阵因式分解。
我的第一次尝试是使用RNAseq数据(FPKM数据矩阵)，它已经被记录下来，空行被删除并转换成符合非负的要求。extractFeatures()函数返回一个索引列表，然后我可以使用这些索引来列出每个特征中的基因，并对
浏览 5提问于2015-04-30得票数 1
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这是我上一个问题的延续。
我想把数据存储在dropbox中并远程访问，我使用了R的rdrop2软件包访问dropbox，并直接从dropbox获取数据。我知道到dropbox的连接正在工作，我已经能够创建文件夹(Single_Cell_RNAseq_data)并将文件从R移动到dropbox上。当我在R Studio中<
浏览 3提问于2017-01-11得票数 1
我正试图形象化1Mb内的LD块，旁边是SNP。我不想使用Haploview，因为它使用的是Hap 3 (build 17程序集)，这是非常过时的。因此，我从1000个基因组阶段3下载了SNP数据，使用在线工具"VCF到PED转换器“。我有.ped和.info文件。然后我使用了一个R包‘LDheatmap’(它可以计算r^2中</
浏览 1提问于2015-11-25得票数 2
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我需要从数据集中提取许多列。我有一个包含数千列和行的非常大的csv文件，我使用以下方法将其读取到R中：每一列都是一个基因名称。我知道如何使用以下基本代码从我的R dat
浏览 0提问于2019-04-03得票数 1
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我的问题是：b)某些基因(testing set)属于某一类，其特征是基因表达在这些时间点上的分布。c)我还有一个这类已知基因的数据集(training set)。
d)另外，我想通过随机重组我的测试集来生成一个false数据集，并将其包含在我
浏览 2提问于2013-05-24得票数 0
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我对r有一个问题，这是我真实数据集的快照：我想要创建一个变量，该变量从我所拥有的基因列表中指示是否至少有一个基因存在于我的数据集的D列中(如果它是there=1，如果是not=0)。一个让我感兴趣的基因列表的-an例子:基因<-c(“Gene1~c_2_
我的数据</
浏览 3提问于2016-01-28得票数 0
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我试图使用R中的mRMRe软件包对基因表达数据集进行特征选择，我有包含超过10K基因的RNA seq数据，我想找到最适合于分类模型的特征。我想知道如何找到最优的功能计数。这是我的密码
mrEnsemble <- mRMR.ensemble(data = Xdata, target_indices = c(1) ,feature_count = 100 ,so
浏览 21提问于2022-04-25得票数 0
我有大量的基因和环境变量的数据，我正在使用线性回归。我需要得到r.squared，adj.r.squared和p-值.实际上，我没有问题运行回归部分，并且可以得到每个回归的摘要。我有大约20,000个模型，我需要比较和提取每一个价值个人似乎乏味。我想，要做到这一点，必须有一个相对直接的方法。下面是将值提取到data.frame中的代码(b1是我<
浏览 6提问于2014-04-09得票数 0
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我想根据我在尝试识别多个数据帧中的交叉值时遇到的问题寻求建议，但在我看来，这有点复杂，我不知道如何使用普通的交集函数来做到这一点。我有几个数据帧(最多12个)，其中有多个列，显示了基因随时间的变化(例如5个时间点)以及其他基因如何与这种变化相关(即，其他基因也以与数据中其他基因相关的方式下降或
浏览 16提问于2019-01-27得票数 0
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