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R语言】Biostrings序列处理函数

做生物信息学分析,免不了要跟DNA,RNA,蛋白序列打交道。前面给大家介绍过几种获取DNA反向互补序列的方法。...☞使用R获取DNA的反向互补序列R如何reservse一个字符串 最近小编又get了一个新的R包Biostrings,能轻松的实现序列反转,互补,反向互补配对等操作,今天就迫不及待的来跟大家分享一下...#我们的DNA序列 DNA_seq="AGCTTATCGATCGATCGTAGCTACGTAGCTACGTAC" #首先需要安装Biostrings这个包 BiocManager::install("...length(DNA.str) #获取反向序列 rev_seq=reverse(DNA.str) #转换成字符串 toString(rev_seq) #获取互补序列 complement(DNA.str...) #获取反向互补序列,一个函数就搞定了 reverseComplement(DNA.str) #转换成RNA序列 RNAString(DNA.str) #翻译成氨基酸序列 translate(DNA.str

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【Kotlin】函数式编程 ③ ( 早集合与惰性集合 | 惰性集合-序列 | generateSequence 序列创建函数 | 序列代码示例 | take 扩展函数分析 )

文章目录 一、及早集合与惰性集合 二、惰性集合-序列 三、generateSequence 序列创建函数 1、函数简介 2、函数原型 3、函数简介 4、使用示例 四、序列代码示例 1、使用传统的函数式编程实现...2、使用序列 Sequence 实现 3、take 扩展函数分析 一、及早集合与惰性集合 ---- 及早集合 与 惰性集合 : 及早集合 : Eager Collection , 指的是 List ,...Map , Set 等集合 , 这些集合创建后 , 需要 将元素提前存储到集合中 , 然后才能访问 ; 惰性集合 : Lazy Collection , 在 集合刚创建时不必将集合元素放进去 , 当使用这些元素时才生成...; 三、generateSequence 序列创建函数 ---- 1、函数简介 “generateSequence” 函数 是 Kotlin 标准库 中的一个函数,属于 Kotlin 的 序列生成器。...4、使用示例 使用方法 : 使用 “generateSequence” 函数 并 传递一个函数作为参数 ; 函数必须返回 “Nullable” 类型的值,当序列不再生成元素时返回 “null”。

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使用R获取DNA的反向互补序列

前面跟大家聊了一下☞R如何reverse一个字符串,其实这个只能实现反向,那怎么样才能实现互补呢?其实获取DNA的反向互补序列这个事情本身并不是很难。...我这里只是想结合R语言来解决我们生物信息里面的一些小问题,帮助大家理解R。...就可以得到反向互补序列了 接下来我们用R语言来实现这个功能,我还是给大家介绍两种不同的方法。一种是比较原始一点的方法。第二种是站在前人的肩膀上,使用已有的R包来实现。...1.使用strsplit,rev,paste等R自带的函数来实现 DNA='ATTTAGCGATGCGGCTATGCTATCGGA' #定义互补配对的表 from=c("A","T","G","C",...=paste(rev_complementary,collapse = "") #输出反向互补序列 rev_complementary_DNA 2.使用mgsub包中的mgsub函数 #安装mgsub

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使用JavaScript构造函数创建动态函数

构造函数 在JavaScript中,函数是一等公民,这意味着它们可以像任何其他数据类型一样被执行。 构造函数就是利用了这一点,允许你从字符串中创建函数。...就像在字符串中编写函数声明,然后从中创建一个真正的函数。...以下是使用构造函数的优点: 动态代码执行: 我们可以动态地去创建和执行我们的代码,这在我们需要在运行时生成函数或插件的场景非常好用。...使用构造函数的缺点和注意事项 以下是使用构造函数的缺点: 安全风险:我们如果直接使用 ,用户提供的字符串来创建函数可能引发安全风险。恶意代码可能会被直接注入和执行。我们应该始终验证和清理用户输入。...例如,在内容管理系统中,用户可能为其网站创建自定义模板或扩展,使用构造函数可以将其转换为可执行函数

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R使用modules包来组织R函数集合

安装和使用 直接从CRAN下载即可: 1install.packages("modules") 使用了解2个函数使用就可以了。 一是import(),用于替换library()加载包。...., environment = parent.frame()) 10NULL 这样我们可以直接使用这个函数,也可以通过gp这个对象去访问可用的函数。...接下来介绍第二个函数。 use()将代码文件加载为模块 最近使用GitHub page的时候发现它的访问速度相当可观,哪怕GitHub主站点本身网络我们国内访问时好时坏。...代码核心其实 就是各种情况的检查,优先使用适合的包和函数进行下载、安装。它的存在就是方便国内使用者,特别是 初学者简便地下载、安装包。...package keeps a record of temporary installation path 45* DONE (ggplot2) 考虑到该函数的常用性,如果你觉得这个函数好用,可以使用下面的命令将其保存到本地并进行配置

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RR函数

函数的属性 R中包含了一系列的函数用于提取函数类型对象的信息。 args函数可以用来查看函数包含了哪些参数,args返回一个函数类型的对象,函数体为NULL。...NULL 如果我们想要在R代码中对函数的参数列表进行操作,formals函数是一个很好的工具,它会返回一个配对列表对象(对应参数名和设定的默认参数值)。...注意,formals函数仅能运行在R写的函数上(类型为closure的对象),而不能在内嵌函数(bulti-in function)上运行。...例如: > f.formals$y <- 3 > formals(f) <- f.formals > args(f) function (x, y = 3, z = 2) NULL R提供了一个非常方便的函数...改变其他环境 这里介绍<<-操作符的使用:比如var <<- value,它会使解释器首先在当前环境中检索寻找符号var。如果解释器无法在当前环境中找到符号var,那么接下来会在父环境中继续寻找。

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使用R中merge()函数合并数据

使用R中merge()函数合并数据 在R中可以使用merge()函数去合并数据框,其强大之处在于在两个不同的数据框中标识共同的列或行。...如何使用merge()获取数据集中交叉部分 merge()最简单的形式为获取两个不同数据框中交叉部分。举例,获取cold.states和large.states完全匹配的数据。...确实如此,merge()函数的不同参数可以实现内join,left join,right join以及完整join。 merge()函数有很多参数,看起来非常吓人。...缺省使用两个数据框中相同列名称。 all, all.x, all.y: 指定合并类型的逻辑值。缺省为false,all=FALSE (仅返回匹配的行)....总结 本文详细介绍R中merge()函数参数及合并数据类型。利用sql的表连接概念进行类比,简单易懂。

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R函数

函数是一组一起执行一个任务的语句。R 语言本身提供了很多的内置函数,当然我们也可以自己创建函数。 您可以把代码划分到不同的函数中。...R 语言中函数是一个对象,可以拥有属性。...定义函数 R 语言中的函数定义使用 function 关键字,一般形式如下: function_name<- function(arg_1, arg_2, ...) { // 函数体 } 说明:...· function_name : 为函数名 · arg_1, arg_2, ... : 形式参数列表 函数返回值使用 return()。...(6,8) #10 所谓默认参数,就是这个参数有一个默认的值,比如我们这个例子里面的x=3,如果你调用这个函数的时候没有给出参数值,那么这个参数就会使用默认值来调用这个函数,反之就会使用你给的值调用函数

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序列生成函数

皕杰报表的序列生成函数是我们经常会使用的,在做报表的时候,经常需要生成一个序列,比如:字母序列a、b、c、d、e…皕杰报表本身提供了list函数来生成有限的枚举序列使用如下:语法:list(valueExp1...例2:list(‘一级’, ‘二级’),结果为:一级,二级例3:list(12>3,12=13),结果为:true,false但是list函数是基于枚举的方式,如果序列的成员过多,采用list函数,书写起来太长...所以,皕杰报表又另外提供了一个zone函数来生成一组整数序列、字符序列或日期序列使用如下:语法:zone(from, to{,isStrict})参数说明:from 开始的数值、字母或日期(如果参数是日期时间...在严格模式下,序列一定是从from到to排列的;在宽松模式下,序列是从小到大排列的;不设置该值的话,是宽松模式(即:默认是false)举例说明:例1:zone(1,3),生成的整数序列为1,2,3例2:...zone(a,f),生成的字母序列为a,b,c,d,e,f例3:zone(K,F),生成的字母序列为F,G,H,I,J,K例4:zone(K,F,true),生成的字母序列为K,J,I,H,G,F例5:

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R语言使用ARIMA模型预测股票收益时间序列

在这篇文章中,我们将介绍流行的ARIMA预测模型,以预测股票的收益,并演示使用R编程的ARIMA建模的逐步过程。 时间序列中的预测模型是什么?...使用R编程构建ARIMA模型 现在,让我们按照解释的步骤在R中构建ARIMA模型。有许多软件包可用于时间序列分析和预测。我们加载相关的R包进行时间序列分析,并从雅虎财经中提取股票数据。...我们还使用绘图函数绘制了对数收益序列。...我们的目标是从断点开始预测整个收益序列。我们将在R使用For循环语句,在此循环中,我们预测测试数据集中每个数据点的收益值。...---- 本文选自《R语言使用ARIMA模型预测股票收益时间序列》。

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R沟通|使用 blogdown 创建你的博客(2)

点击下方公众号,回复资料分享,收获惊喜 简介 本文主要是基于:R沟通|使用 Blogdown 构建个人博客写的。...所以一定要先把前面这一篇做好,项目创建好,网站部署好后,再做接下来的创建 rmd 文件,保存,github 提交,之后过几分钟网站就会自动同步你的最新博客啦!...小编的一些与 R 代码无关的就是直接创建 .md 文件写的。然后点击 Done 按钮,即可。...填写你的内容 注意:如果你不会使用 markdown 文件写文章的话。请你转到:1.5w字的Rmarkdown入门教程汇总。或者你有其他写好的 md 文件的话。你可以直接将其导入即可。...Rmarkdown 视频新增两节视频(写轮眼幻灯片制作)需要视频内的文档,可在公众号回复【rmarkdown】 R沟通|Rmarkdown教程(4) R沟通|Rmarkdown教程(3) R沟通

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