问题 你想安装和使用一个 R 包。...这里主要介绍如何用命令行来安装 R 包，如下所示： install.packages("reshape2") # reshap2为包名 在一个新 R 线程中使用该包之前，你必须先导入它。...如果想要将所有已安装的软件包更新为可用的最新版本，使用以下命令： update.packages() 如果你在 Linux 系统上使用 R ，管理员可能已经在系统上安装了一些 R 包，由于普通用户没有更改权限...其他 导入包也可以使用require()函数。下表显示了 R 包安装相关的命令及描述。...，显示所有已安装的包中具有新版本的包 new.packages 返回一个矩阵，包含所有已安装的新包 download.packages 下载一系列R包到本地目录 install.packages 从资源库下载安装一系列
代码 代码来自《r-data-science-quick-reference-master》的内容。 dplyr包的使用例子。...## 加载R包 library(tidyverse) iris_df <- as_tibble(iris) print(iris_df, n = 3) head(iris_df$Species)...%>% filter(str_starts(Species, "v")) %>% print(n = 3) iris_df %>% filter(str_ends(Species, "r"...mean_per_country, mean_income ) ) %>% spread(key = "year", value = "mean_income") 温馨提示： 第一步：运行一边代码...，掌握相应的包和函数使用 第二步：迁移到自己的数据集，进行应用
，就应该写成函数或使用循环,用新的函数进行代替 > jimmy <- function(i){ + plot(iris[,i],col=iris[,5]) + } > jimmy(1...) > jimmy(2) > jimmy(3) > jimmy(4) 练习4-1 # 写一个函数，参数是一个数值型向量，输出结果是该向量的平均值加2倍的标准差，并写出用户使用该函数的代码 。...> m2d=function(x){+mean(x)+2*sd(x)} #sd()是标准差 不会是一个值 > m2d(rnorm(10)) [1] 1.738949 R包 介绍 R包都在哪里 ####...可用：：快速调用 >pheatmap::pheatmap(volcano) #相当于 >library(pheatmap) >pheatmap(volcano) 图片 图片 #require()和library...否定 { } 用于容纳多行代码 #注释 " " 字符型数据 ：：包：：函数 #文件名必须带引号，且在能识别文件名称的函数括号里面，实际参数位置上 文件的读写 csv格式 > read.csv("ex3
1.函数与参数 （1）形式参数与实际参数 （2）写函数的函数 2.R包（R package）介绍 R包可以理解为是多个函数的打包存放，包含函数、数据、帮助文件、描述文件等。...安装后需要加载 运行 library（） #检查是否安装成功 运行 require（） #也可以检查是否安装成功，与library有区别 每次打开新的session都需要加载 5.怎样实现快速下载 6.R包安装和使用的逻辑...安装包——加载包——使用包里的函数 ## library（）没有error 是检查是否安装成功的标准 （2）已经安装的 R包，可以用：：快速调用里面的函数 7.常见疑问 （1）提示信息 检查是否有...denied 权限问题：管理员方式重新打开Rstudio，重新运行代码 8.R包如何使用-获取帮助 （1）快速查看函数帮助文档 ？...+函数名称 （2）找R包介绍界面（直接搜） （3）Vignettes ls("package:lima") #列出一个包里都有哪些函数数据 R语言中的符号 解决问题的思维（报错时）
by_species % group_by(Species) summary的用法 summary()函数会对 列 进行处理，并且 创建新的列表 ，简单来说就是把向量作为输入值，输出单个数值...0.04761905 3 22.8 4 108.0 93 3.85 2.320 18.61 1 1 4 1 0.04385965 transmute(.data, ...)只显示新生成的列...bind_rows(..., id = NULL) id是增加的新列的名字 intersect(x, y, ...)取得同时出现在x和y两个数据框中的行 ?...union(x, y, ...)整合出现在x数据框中或y数据框中的，去除了两个数据框中重复的部分，想要保留重复的话使用union_all() ?
调出函数library() require()内置基础包basedatabase：存放数据集utils：工具函数grDevices：绘图相关graphics：R绘图函数stats：与统计相关的函数methods...：一般定义方法和类splinesstats4tcltk试例help(package"R包名称") #查看R包详情信息library(help="R包名称")ls(package:R包名称) #列出包中所有函数...data（package=R包名称）#列出包中包含的所有数据集detach(package:R包名称) #移除R包remove.package(R包名称) #卸载R包R包批量迁移installed.package...() #显示所有已安装R包
)[1] 25a) 自定义函数的名称是任意的，但最好不与已存在的函数重名b) x、y都是形式函数，数值可以更改c) z有默认的赋值，使用者如果如果没有重新定义会一直使用默认值‼️当一个代码需要复制黏贴三次就应该写成循环或者定义函数...() 可以查看默认值, 例如sort()函数的默认值为decreasing=F二、R包介绍1)⚠️下载原始方法：install.packages(" ") 适用于大部分的R包生信相关包：BiocManager...("开发者用户名/R包名称") ‼️要首先下载devtools包，install.packages("devtools")2)R包的使用每次使用前必须library() 相应的包不然会报错。...2:安装命令写错，install.packages和BioManager::install()都试一下可能原因3：本机R语言版本与R包不符可能原因4:包过时了3、更新问题图片all /some/ no...5）R包安装成功的标志图片图片补充：列出一个R包内的函数和数据> ls("package:stringr") [1] "%>%" "boundary" "
今天笔记本电脑装包反反复复出现下面错误： Error in install.packages : ERROR: failed to lock directory ‘D:\Tool\R_Library’...for modifying Try removing ‘D:\Tool\R_Library/00LOCK’ 尝试下解决方案： install.packages("Rcpp", dependencies...= TRUE, INSTALL_opts = '--no-lock') 把 Rcpp 改成要装的包名。...不行的话把报错文件删了： unlink("D:/Tool/R_Library/00LOCK", recursive = TRUE) 参考：https://stackoverflow.com/questions.../questions/14382209/r-install-packages-returns-failed-to-create-lock-directory
接触过Python的朋友肯定对模块很熟悉，R的代码组织方式以包为主。但基于文件的模块形式也是可以实现的，modules[1] 包提供了这种支持。...安装和使用 直接从CRAN下载即可： 1install.packages("modules") 使用了解2个函数的使用就可以了。 一是import()，用于替换library()加载包。...use()将代码文件加载为模块 最近使用GitHub page的时候发现它的访问速度相当可观，哪怕GitHub主站点本身网络我们国内访问时好时坏。...这里一个对绝大部分读者有用的函数是install()，它之前被放在R包wfun中。我前几天把它重新进行了迁移和修改。...代码核心其实 就是各种情况的检查，优先使用适合的包和函数进行下载、安装。它的存在就是方便国内使用者，特别是 初学者简便地下载、安装包。
问题 你想知道包里有什么。 方案 在一个新的 R 会话中使用 search() 可以查看默认加载的包。..."package:datasets" "package:methods" #> [21] "Autoloads" "package:base" 以下提供的函数能够列出包中的函数和对象...showPackageContents <- function(packageName) { # 获取特定包所有内容的列表 funlist <- objects(packageName)...===========\n") cat("Objects: \n") cat(objectlist$name[objectlist$object]) cat("\n") } 以 base 包作为示例测试...qr.resid qr.solve qr.X quarters quarters.Date quarters.POSIXt quit R_system_version R.home R.Version
注：现在大部分时间我们都在使用 tidyr 提供的长宽格式转换工具，比 reshape2 包提供的操作更容易理解。 熔解与铸造 reshape库用一个直观的模型来描述如何操作数据表。...使用例子 我们用一个例子来看一下熔解与铸造究竟是怎么回事，以体会reshape2包的有用之处。...# 使用数据展示 head(airquality) ## Ozone Solar.R Wind Temp Month Day ## 1 41 190 7.4 67 5...# 导入包 library(reshape2) md <- melt(airquality, id=c("Month", "Day")) head(md, 20) ## Month Day variable...铸造 dcast()读取已熔解的数据，并使用你提供的一个公式和一个可选的整合数据的函数将其重铸。
有可能是你的系统没有XML和curl配置，导致不能安装XML以及Rcurl包（具体依据错误信息分析）。...分析功能 RTCGAToolbox提供了显示数据基本信息的功能函数。分析功能包括差异基因表达分析、CN与GE相关分析、突变频率表和报告表等。...voom包和limma包的函数做这个功能分析。...函数默认只会画出100个上调和下调基因地热图，我们可以使用hmTopUpN和hmTopDownN参数进行调整。...更多详细信息，使用?cor.test函数获取。 突变频率 getMutationRate函数计算得到一个关于每个基因突变频率的数据框。
基本函数使用mutate(mtcars,gpm=1/mpg) #新增一列select(m,'mpg')select(m,1) #按序列号或数字筛选filter(m,gear > 3) #筛选行arrange...% summarise( average_score = mean(gear, na.rm = TRUE) ) #管道符 快捷键:Crtl +shift +M count() #统计频数，和table
在撰写本文时，ggplot2涉及在CRAN上的超过2,000个包和其他地方的更多包！在包中使用ggplot2编程增加了几个约束，特别是如果你想将包提交给CRAN。...尤其是在R包中编程改变了从ggplot2引用函数的方式，以及在aes()和vars()中使用ggplot2的非标准求值的方式。...在包函数中使用 aes() 和 vars() 为了使用ggplot2创建图形，你很可能至少要使用一次aes()函数。如果你的图形使用了分面操作，你可能也会使用vars()用来指向绘图数据。...如果ggplot2或者你代码的改变对可视化输出引入了改变，当你在本地或者Travis运行测试时会失败。...为了达到这样的目的，你需要拷贝和粘贴vctrs::s3_register()的源代码，以避免引入vctrs[7]作为依赖。
我们很多时候都很好奇作者的r包是如何写出来的，手痒的时候就想学习一下源码，顺便改一 问题来源 为什么要写今天这个推文呢？...但是我发现环境栏中的p和通常的p好像不太一样（就是感觉 为什么我有这个感觉呢，于是我自己画了一下热图 结果发现，我的p2和seurat的p在环境栏中确实不一样 于是就有了今天的故事，我就很想知道这究竟是什么原因...-n "DoHeatmap" --color=auto 发现， DoHeatmap函数在visualization.R 和mixscape.R都出现了，感觉是visualization.R定义了DoHeatmap...我们接下来使用r，打开两个文件看一下看一下 file.edit('~/gzh/seurat_codes_learning/seurat-release-5.0.2/R/mixscape.R') file.edit...('~/gzh/seurat_codes_learning/seurat-release-5.0.2/R/visualization.R') 最后就顺利找到了源代码，可以看到DoHeatmap的画图功能其实来自于另外一个函数
R包的加载镜像设置后下载options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) #对应清华源options(BioC_mirror...="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") #对应中科大源install.packages(“包”)或者BiocManager::install(“包”)。...#取决于你要安装的包存在于CRAN网站还是Biocductor，可以在歌搜到install.packages("dplyr")library(dplyr) #在使用前需要调取‘dplyr’包dplyr...包的使用> test mutate(test,new= Sepal.Length * Sepal.Width) #新增加列 Sepal.Length...1.4 0.2 setosa> summarise(test, mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length)) #计算Sepal.Length的平均值和标准差
")) # Install pagoda install_github("hms-dbmi/pagoda2") library('pagoda2') 1.数据读入 #读入表达矩阵，这里用的seurat包中的数据...KNN graph r$makeKnnGraph(k=35,type='PCA',center=T,distance='cosine') #call clusters r$getKnnClusters...r$plotEmbedding(type='PCA',embeddingType='tSNE',colors=r$depth,shuffle.colors=F,mark.cluster.cex=1,alpha...') str(r$clusters) # par(mfrow=c(1,2)) r$plotEmbedding(type='PCA',embeddingType='tSNE',groups=r$clusters...$PCA[[2]][['4']]; r$plotGeneHeatmap(genes=rownames(de)[1:15],groups=r$clusters$PCA[[2]]) ?
另外，该包作者将表格相关的包做了个汇总，我也把它更新到了本文的下方。本文应当可以成为读者使用 R 构建表格的一大入口，值得点赞收藏。 RStudio 提供了出版级的表格解决方案gt包。...使用简单的表格展示gt基础 让我们使用一个R datasets包中不是很流行的数据集islands：它是一个命名向量。...包含脚注和源注释） 我们使用tab_*()函数家族添加各种要素。...添加表格头部是非常容易的，让我们看看先前的表格有了标题和子标题会怎么样。我们使用tab_header()函数。...我们可以使用Markdow来格式化标题和子标题，这可以通过md()函数实现。
学习文档: https://cran.r-project.org/web/packages/NMF/vignettes/heatmaps.pdf Heatmap引擎 NMF包中的热图引擎是由aheatmap...对于一个简单的NMF模型结果，一致性数据是不能显示的，只能通过最佳拟合进行聚类。...或者设置Colv="consensus"让列以consensus矩阵排序 每一列和为1（刻度化过） 调色板使用RColorBrewer包提供的“Y10rRd”，有50个刻度 如果想让coefmap()显示...par(opar) 基底矩阵：basismap 基底矩阵可以使用basismap函数进行绘制，默认的行为是添加basis注释通道，每一行显示主导的基底组分，即每一行有最高负载的基底组分。...par(opar) 默认情况下： 列没有排序 行根据默认的层次聚类得到的距离进行排序（eculidean和complete） 每一行和为1 调色板使用RColorBrewer包提供的“Y10rRd”，有
POSIXlt：把日期和时间存储为一个列表，其中包括秒，分，时和月份等，POSIXlt是使用列表来表示日期和时间，POSIXlt最适合用来提取日期中的特定部分 一、系统当前的日期和时间 Sys.Date...）,在解析时必须制定文本和日期对应的位置，日期的格式使用%+字母来指定。...(today, format="%A") [1] "星期三" 4、计算时间间隔 1）：R的内部在存储日期时，是使用1970年1月1日以来的天数表示的，更早的日期则表示为负数。...lubridate包使得日期和时间处理更加规范，简单和灵活。...lubridate包主要有两类函数，一类是处理时点数据（time instants), 另一类是处理时段数据（time spans) #安装和载入lubridate包 install.packages(
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