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使用TrimmomaticNGS数据进行质量过滤

Trimmomatic 软件可以对NGS测序数据进行质量过滤,其去除adapter的功能只是针对illumina的序列,从reads的3’端识别adapter序列并去除,相比cutadapt,少了几分灵活性...但是在过滤低质量序列时,采用了滑动窗口的算法,给定窗口长度和步长,如果该窗口内所有碱基的平均质量值低于阈值,则将该窗口及其以后的碱基全部去除。...seed match时,允许的最大错配数;当满足了seed match后,trimmomatic会将adapter 序列的全长与输入序列进行比对,从而识别adapter序列。...trimmomatic 采用滑动窗口的方式去除低质量序列,需要指定滑动窗口的大小和平均质量的阈值,通过SLIDINGWINDOW参数指定,写法如下 SLIDINGWINDOW:4:15 第一个数字4代滑动窗口的大小为...4bp,第二个数字15代碱基质量阈值为15。

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使用fastpNGS数据进行质量过滤

根据序列长度进行过滤 默认情况下,该软件会根据长度序列进行过滤,--length_required指定最小长度,小于该长度的reads会被过滤掉;--length_limit指定最大长度,大于该长度的...去除低质量的碱基 fastp支持类似trimmomatic滑动窗口的方式,序列中的低质量碱基进行过滤,但是它的算法运行速度更快。...默认情况下,是不会根据序列复杂度进行过滤的,如果想要进行过滤,需要添加-Y参数,同时使用-y参数指定复杂度的阈值,取值范围0-100, 默认值为30,复杂度低于30%的序列会被过滤掉。 8....根据index 序列进行过滤 fastp支持根据index序列进行过滤, --filter_by_index1参数指定一个index文件,该文件中每行是一个index,如果序列的index在该文件中...双端数据进行校正 通常情况下,reads的3’端质量较差,双端测序的数据,可以根据overlap部分的序列,低质量的测序结果进行校正。

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如何使用EvtMuteWindows事件日志进行筛选过滤

写在前面的话 在这篇文章中,我们将告诉大家如何使用EvtMute来Windows事件日志进行筛选过滤。...EvtMute这款工具允许我们使用YARA来进行攻击性操作,并已经报告给Windows事件日志的事件进行过滤和筛选。...工具使用 EvtMuteHook.dll中包含的是该工具的核心功能,成功注入之后,它将会应用一个临时过滤器,允许报告所有事件,这个过滤器可以动态更新,而不必重新注入。...—Encoded选项将其传递给过滤器: 操作安全注意事项 注入钩子时,SharpEvtMute.exe将会调用CreateRemoteThread,而且这个调用是在钩子设置之前进行的,因此它会被Sysmon...值得一提的是,钩子将使用命名管道来更新过滤器,命名的管道名为EvtMuteHook_Rule_Pipe。 项目地址 EvtMute:点击底部【阅读原文】获取

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ASP.NET Core 使用UrlFirewall请求进行过滤

前言 UrlFirewall 是一个开源、轻便的http请求进行过滤的中间件,可使用在webapi或者网关(比如Ocelot),由我本人编写,并且开源在github:https://github.com...二.UrlFirewall 介绍 UrlFirewall 是一款http请求过滤中间件,可以和网关(Ocelot)搭配,实现屏蔽外网访问内部接口,只让内部接口之间相互通讯,而不暴露到外部。...具有良好的扩展性,可自己实现验证逻辑,从数据库或者Redis缓存等介质实现规则的检索。...三.使用 1.从Nuget添加组件到你的ASP.NET Core项目 Install-Package UrlFirewall.AspNetCore 2.配置DI public void ConfigureServices...四.扩展 如果你想要实现自己的验证逻辑,或者从数据库、Redis缓存等介质查询、获取数据来进行验证;你可以实现IUrlFirewallValidator接口,然后调用AddUrlFirewallValidator

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使用trim_galoreNGS数据进行质量过滤

cutadapt软件可以对NGS数据进行质量过滤,FastQC软件可以查看NGS数据的质量分布,trim_galore将这两个软件封装到一起,使用起来更加的方便。...官网如下 https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/trim_galore/ 该软件会对数据进行以下4步处理 1....trim_galore首先会过滤掉3’端的低质量碱基,本质上是调用了cutadapt的质量过滤算法。下图是过滤前后碱基质量的分布图 ? 可以看到,过滤掉低质量碱基后,序列的整体质量显著提高。 2....AGATCGGAAGAGC Small RNA: TGGAATTCTCGG Nextera: CTGTCTCTTATA 默认读取前一百万条序列,通过这一百万条序列判断adapter属于上述三种的哪一种,然后进行去除...其它过滤 对于所有的输入序列,以上3个步骤是肯定会执行的。除此之,trim_galore还支持一些其他的过滤措施,以满足个性化的需求。

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使用Numpy特征中的异常值进行替换及条件替换方式

原始数据为Excel文件,由传感器获得,通过Pyhton xlrd模块读入,读入后为数组形式,由于其存在部分异常值和缺失值,所以便利用Numpy其中的异常值进行替换或条件替换。 1....按列进行条件替换 当利用’3σ准则’或者箱型图进行异常值判断时,通常需要对 upper 或 < lower的值进行处理,这时就需要按列进行条件替换了。...data[:, 1][data[:, 1] < 5] = 5 # 第2列小于 5 的替换为5 print(data) # [[100. 5. 2. 3. 4.] # [ 10. 15. 20....2: x[i] = x_mean # print(i) return x df = df.apply(lambda x:panduan(x),axis=1) 以上这篇使用...Numpy特征中的异常值进行替换及条件替换方式就是小编分享给大家的全部内容了,希望能给大家一个参考。

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115.精读《Tableau 入门》

安装 Tableau 提供了三种使用方式: Tableau Desktop 拥有 14 天免费试用的桌面版,可以将工作数据存储在计算机本地,如果你是学生或老师可以获得一年的免费使用权。...勾选 Use Data Interpreter 后,可以开启数据解析功能,自动分析出你想要的结构: 可以看到结构已经正常了,在数据清洗的过程中,Tableau 强大的数据分析功能已经初见端倪。...你甚至可以点击 Review ths results 看看它是如何清洗数据的:点击后会下载一份分析 Excel,其中过滤掉的数据会被标记,自动分析出的结构会被高亮。...首先点击 Sheet 进入可视化分析的工作簿: 可以看到,Orders 的字段已经被自动分析成 维度 度量 了。...右侧空白区域是图表展示区域,可以响应拖拽交互,顶部的 Columns、Rows 表示列与行,Filters 是过滤器,拖拽字段上去可以对此字段进行过滤,Marks 是标记,Tableau 将图表所有辅助标记功能都抽象为

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文本生成图像工作简述5--条件变量进行增强的 T2I 方法(基于辅助信息的文本生成图像)

该生成模型使用同一判别器模型进行对抗训练。...另一个潜在画布则是通过使用切片沿重建路径进行构造得到的。最后,图像解码器重构真实图像并基于两个潜在画布生成新图像。该模型同样包含一和判别器进行端到端训练。...VAQ-GAN 使用 VQA 2.0数据集中的问答(Questions and Answers, QA)作为局部相关文本信息来生成图像,它包含三个关键模块:层次 QA 编码器、QA 条件 GAN 和外部...层次QA 编码器将 QA 作为输入,以产生全局和局部表示;QA 条件 GAN 从层次 QA编码器获得表示并生成图像;外部 VQA 损失通过与训练一个 VQA 模型实现以增强 QA 和生成图像的一致性...例如,可以使用向量编码或矩阵编码来每个属性进行编码表示。生成图像:根据编码后的属性信息,使用图像生成模型来生成符合所需属性的图像。

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怎么直接未展开的数据进行筛选操作?含函数嵌套使用的易错点。

小勤:Power Query里,怎么对表中表的数据进行筛选啊? 大海:你想怎么筛选? 小勤:比如说我只要下面每个表里单价大于10的部分: 大海:这么标准的数据和需求,直接展开再筛选就是了啊。...小勤:能在不展开数据的情况下筛选吗?因为有时候筛选不会这么简单的啊。 大海:当然是可以的。...因为你可以通过(Table)相关的函数分别针对每一个进行,比如筛选行可以用Table.SelectRows,筛选列可以用Table.SelectColumns……可以非常灵活地组合使用。...小勤:外面这个?Table.SelectRows不是引用了“订单明细”那一列里的每个吗? 大海:嗯。

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数据分析工具评测丨Yonghong Desktop对战Tableau Desktop

Yonghong Desktop官网,下载软件请用PC端访问 接下来我会从数据分析全链路二者进行了较为全面的比对,结果让我略感惊讶。...02数据治理 Yonghong Desktop胜出 Tableau Desktop支持物理的联接或逻辑的关联,并且提供了一部分数据治理和清理的功能,不过其更多的数据准备功能集成到了Tableau Prep...,比如在跨源组件联动时,可以通过组件之间进行参数值的传递,来实现点击一个图表视图,联动过滤展示另一个图表视图的数据。...选择Tableau Desktop的数据提取,在切换到工作的过程中,会弹出选择存储路径的窗口,数据以.hyper的文件形式存储下来。...抽取完成后,Tableau Desktop上制作工作进行分析的过程响应在秒级。

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独家 | 手把手教数据可视化工具Tableau

聚焦/深挖 (上可看整个公司面貌,下可聚焦到单个产品/顾客) 灵活分析 交互化图表(我认为Tableau最强的地方) Tableau工作Tableau 工作区包含菜单、工具栏、“数据”窗格、卡和功能区以及一个或多个工作...,可以是工作、仪表板或故事。...工作标签 - 标签表示工作簿中的每个工作,这可能包括工作、仪表板和故事。 Tableau概念 为何有一些字段维度和其他度量?添加筛选器将对我的视图产生什么影响?...然而Tableau 会继续字段的值进行聚合。因为即使该字段现在为离散,但它仍然是度量,而 Tableau 会始终度量进行聚合。如果有意愿您可以再进一步执行过程,将度量转换为维度。...只有这样,Tableau 才会停止其值进行聚合。

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智能分析工具PK:Tableau VS Google Data Studio

6.数据源管理 Tableau允许用户在可视化中连接和使用多个数据源。然而,如果这些都与工作簿相连,它们就很难管理。...Tableau提供了数字、文本、日期、类型转换、逻辑、聚合、用户和其他功能,以及计算功能。总的来说,Tableau提供了超过150个功能。...5.过滤器 Data Studio和Tableau都提供了过滤器。可以对每个可视化的数据进行过滤,或者在报表中添加一个过滤器,以便最终用户能够更好地深入到数据中。...Tableau支持用户通过单击一个单独的数据点整个仪表板进行过滤。Data Studio没有提供这一功能。...Data Studio允许你将图表拖放到网格上,并通过拖放来进行大小处理。这种方法用户来说更自然、更有趣。

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聊聊我常用的两个可视化工具,Echarts和Tableau

先来说说Echarts Echarts几乎提供了你能用到的所有图表形式,而且国内开发环境非常友好,因为它是百度鼓捣出来的。...这里简单介绍下Tableau使用方法。 首先在Tableau官网下载desktop,然后无脑安装。...使用这些,您构建的视图传统上称为报告。Tableau提供了轻松的拖放功能来构建视图。 3、增强视图 上面创建的视图需要进一步增强使用过滤器,聚合,轴标签,颜色和边框的格式。...4、创建工作 我们创建不同的工作,以便相同的数据或不同的数据创建不同的视图。 5、创建和组织仪表板 仪表板包含多个链接它的工作。因此,任何工作中的操作都可以相应地更改仪表板中的结果。...6、创建故事 故事是一个工作,其中包含一系列工作或仪表板,它们一起工作以传达信息。您可以创建故事以显示事实如何连接,提供上下文,演示决策如何与结果相关,或者只是做出有说服力的案例。

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类比MySQL——学习tableau

——日期筛选器(实际就是维度筛选器)  2)上下文筛选器(类似于mysql中的and) 3)条件筛选器  4)tableau顶部筛选器(类似于mysql中的limit) 5)tableau通配符筛选器...10)参数的使用(以前不太会,好好看看) 11)集合的使用(以前不太会,好好看看) 1、tableau连接mysql 主机:localhost,端口口:3306,用户名:root,密码:123456...2)选择数据库、数据 3)不同数据源进行连接(一个来自mysql,一个来自excel) 将mysql中的dept,和excel的emp进行连接。 连接方式有:内连接、左连接、右连接。...① 先给出不同类别、不同子类别下的利润和销售额 ② 选择类别是“家具”类的产品: ③ 选择子类别是“书架”、“桌子”类的产品: ④ 当出现如下界面时,条件筛选器”使用公式,筛选出销售总额大于1000000...① 先展示出所有客户,在不同年份的购买订单数据 ② 只选择2016年购买过的客户:将“年(订单日期)”拖动到筛选器中,进行选择过滤 ③ 当出现如下界面,勾选2016年 ④

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这大概是今年最值得推荐的“数据分析工具”

下图展示了FineBI清爽商务的工作界面。 易用性还体现在数据处理方面。 要知道一份数据拿到在分析是还是要做很多公式计算、过滤筛选处理的。惊喜的是这个工具内置了各种计算公式、过滤组件。...可以对不同部门/岗位/角色的人员,进行数据源/业务包/数据/分析报表的权限管控。简单来讲,你可以让不同人看到仅有自己权限下的报表和数据。 嗯,暂时就说这几点,再说有打广告嫌疑了.........FineBI VS 其他商用BI工具(如Tableau、PowerBI等) 功能方面都没有太大差异,就是你多一个,我少一个的区别。大部分人来说日常的数据分析足够了。...企业级应用出产品使用上还要更多关注平台对接,架构方案,数据抽取方式还有性能,包括之前提的权限管控等,FineBI和Tableau更有商用基因,具体要看自己的实际需求和使用环境。...2.然后初步处理数据,选择要分析的字段,分组汇总、新增列、合并、行列转换等等。 3.接着进行数据分析。

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一个案例入门tableau——NBA球队数据可视化实战解析

接下来我们分别对每个part进行分析并给出相应工作的制作过程。 3 可视化过程——球队攻防水平象限图 3.1 数据导入 在开始可视化之前,需要将数据导入tableau,步骤如下图所示。...度量和维度之间可以进行相互转换,只需要拖拽到相应的区域即可。可以使用函数和原始度量计算生成新的度量。箭头所指的「分析」栏有一些添加参考线,趋势线等的功能。 往右边是工作的核心部分。...最后我们工作做一些“装饰”。 ?...双击“工作1”的位置,可以对标题进行自定义,这样提升图形的可读性(标题的设置,这里先略过,后面有更多详细说明);点击右侧的箭头位置,可以将图例隐藏,因为logo本身已经包含了球队信息,而且logo旁边还有文字球队进行说明...这样,我们就可以使用进行胜率筛选了。以我们前面创建的场次和胜率工作为例,操作步骤为,首先在“最低胜率”参数上右键,选择显示参数控件。

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