使用awk将原始序列转换为fasta

格式的命令如下：

awk '{if(substr($0,1,1)==">"){if(NR!=1){print seq;} print $0; seq="";} else {seq=seq""$0;}} END{print seq;}' 原始序列文件 > 转换后的fasta文件

解释：

awk是一种文本处理工具，可以按照指定的规则对文本进行处理。
substr函数用于提取字符串的子串，这里用于判断是否为序列标识行（以">"开头）。
NR表示当前处理的行号，NR!=1用于排除第一行（如果有）。
$0表示当前行的内容。
seq变量用于存储序列的内容。
END表示处理完所有行后执行的操作，这里用于打印最后一个序列的内容。

注意事项：

原始序列文件是一个纯文本文件，每行代表一个序列或序列标识。
转换后的fasta文件将保存在指定的文件中，可以根据需要修改文件名。

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3，目前的处理流程图片27.png 4，分析主要工具目前针对Hi-c数据处理的工具主要是Hic-pro和juicer 5，juicer的安装及使用 juicer由两部分组成：从原始数据到创建Hi-C...restriction_sites wget https://s3.amazonaws.com/juicerawsmirror/opt/juicer/restriction_sites/hg19_MboI.txt awk...构建原始测序数据所在目录，并下载相关数据（测试数据）可选择。文件夹名字必须是fastq。...~/nw/juicer/scripts/juicer.sh \ -z ~/nw/juicer/references/Homo_sapiens_assembly19.fasta#参考序列 \ -p ~//...文件中找到不同的loop apa 聚合峰的分析 pearsons 计算O/E的皮尔森相关系数 eigenvector 计算特征向量的皮尔森相关系数 dump .hic文件互作矩阵提取 pre 非juicer数据转.

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默认以TAB作为分隔符 grep '^>' test.fa | cut -c 2- # 得到fasta文件中的序列名称（去掉了>符号） less, head, tail - 显示文件内容 less file...*表示包含pattern的整行内容 sed -n '1~4s/^@/>/p;2~4p' file.fq > file.fa # Fastq文件转Fasta文件 sed -n '2~4p' file.fq...# fastq转换成fasta awk '{getline seq; getline comment; getline quality; sub("@", ">", $0); print $0"\n"seq...END {print sum}' file # 累加文件的第一列 awk '{sum+=$1} END {print sum/NR}' file # 求第一列的平均数 # 从含有多条fasta序列的文件中提取指定序列...awk -v RS=">" '/chr1/ {print $0}' hg19.fa # 提取chr1的序列 awk -v RS=">" '/chr1|chr2/ {print $0}' hg19.

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