使用awk将原始序列转换为fasta

格式的命令如下：

awk '{if(substr($0,1,1)==">"){if(NR!=1){print seq;} print $0; seq="";} else {seq=seq""$0;}} END{print seq;}' 原始序列文件 > 转换后的fasta文件

解释：

• awk是一种文本处理工具，可以按照指定的规则对文本进行处理。
• substr函数用于提取字符串的子串，这里用于判断是否为序列标识行（以">"开头）。
• NR表示当前处理的行号，NR!=1用于排除第一行（如果有）。
• $0表示当前行的内容。
• seq变量用于存储序列的内容。
• END表示处理完所有行后执行的操作，这里用于打印最后一个序列的内容。

注意事项：

• 原始序列文件是一个纯文本文件，每行代表一个序列或序列标识。
• 转换后的fasta文件将保存在指定的文件中，可以根据需要修改文件名。

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