我正在尝试将一个基因名称列表转换为entrez基因ID。现在我有这样的想法：>ensembl <- useMart("ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl")
>mapping<- getBM(attributes=c('ensembl<
浏览 1提问于2018-11-16得票数 1
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我通常使用biomaRt将基因ids转换为符号。然而，这一次我拥有的集合I(对于狗)与生物艺术数据集"clfamiliaris_gene_ensembl“的集合I不匹配。我还尝试使用ensembl门户，狗数据集在那里被称为ROS_Cfam_1.0。看来我的基因和他们数据集上的基因不匹配。“ensembl <- useMart(&qu
浏览 6提问于2021-12-22得票数 1
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基因列表包含基因名称的混合(即"TRY“、"TMM”、"SVP“、"FLC")和ID(例如"AT1G01390"，"AT1G01310"，"AT1G01240")。我想将它们全部转换为基因名称，这样我就可以通过GO terms R包运行它(该包似乎不像AT1G01390那样读取ID)。当我使用biomaRt的
浏览 113提问于2019-05-12得票数 0
我对R不是很在行，但我正在尝试学习如何使用biomaRt包来查找位于我感兴趣区域的基因。我已经设法使用ensembl数据集生成了一个有效的输出，代码如下：val
浏览 17提问于2017-07-18得票数 0
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我有一些基因组位置，我想注释这些位置(查找Ensembl基因ID，外显子，内含子，.)基于Ensembl使用biomaRt R软件包。
浏览 7提问于2016-02-23得票数 2
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我有Ensembl格式的基因标识符，具体来说，它们是这样的，ENSCAFT00000001452.3。我试图使用bioMaRt将它们转换为更常见的ID，并需要帮助。我对R很陌生，认为自己很无知。这些Ensembl ID可以转换为任何其他Ensembl ID(例如。不同的物种)？这些Ensembl ID能转换成RefSeq，GI评估#吗？多么lib
浏览 1提问于2018-08-29得票数 1
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我有一个名为kidney_ensembl的数据集，我需要将Ensembl ID转换为基因名称。我知道有类似的问题，但他们对我没有帮助。library(tidyverse)"ENSG00000000419.8re
浏览 86提问于2019-11-15得票数 2
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我有一个基因列表(Entrenz_IDs: link )。我想要这些基因在许多数据集上的一些注释(例如。人类、斑马鱼等)。我正在尝试使用biomaRt。我尝试的代码是；datasets <- listDatasets(ensembl)
values &
浏览 2提问于2015-04-21得票数 0
我使用以下代码从Entrez ID中检索基因符号：ensembl <- useMart("ENSEMBL_MART_ENSEMBL", dataset = "hsapiens_gene_ensembl", host = "www.ensembl.org")
g <- getBM(c("hgnc
浏览 13提问于2016-07-08得票数 2
我正在尝试使用BioMart来计算人类蛋白质编码基因的小鼠同源物的平行序列的数量。但例如，在“PLIN4”基因中，它计算的是35,000个类似物，而不是4个。我们认为这是因为一些基因有一对多的类似物，这会导致重复。当我运行单个基因时，它会给我返回正确的副词数量。到目前为止，我编写的代码是：ensembl_hsapiens <- useM
浏览 8提问于2018-01-27得票数 2
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我在一列中有一个包含Ensembl ID的data.frame；我想为该列的值找到相应的基因符号，并将它们添加到我的数据框中的新列中。我使用了bioMaRt，但它找不到任何Ensembl It！')genes <- df$genes
df$id
浏览 1提问于2015-02-16得票数 21
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我想从基因符号(例如: TTN)和基因ID(例如: ENSG00000155657)中获取人类基因组的基因位置。我想用R的biomaRt包来做，怎么做呢？
浏览 12提问于2017-08-29得票数 1
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数据行列
、、、、
为此，我不得不使用Biomart将基因名与Ensembl ID进行匹配，然后我希望将基因名称作为文件中的行名(替换Ensembl ID)，这样当II绘制热图时，它们将成为行名标签。首先我进行了生物艺术匹配，然后我将该文件的输出与我的数据文件合并，然后在基因ID合并过程中删除了原始的集成ID列。
所以现在我的第一列是基因列表，接下
浏览 10提问于2022-07-17得票数 0
我有一个表达式集矩阵，行名是我认为是格式的GENCODE ID，例如"ENSG00000000003.14“”ENSG000000457.13“"ENSG00000000005.5”等等。我想将它们转换为gene_symbol，但我不确定这样做的最佳方法，特别是因为".14“或".13”，我认为这是版本。我应该先修剪点后的所有ID，然后使用biomaRt进行转换吗？
浏览 0提问于2017-07-03得票数 4
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我已从NIH GEO下载了一个广泛的数据集，并试图将第一列中的Ensembl名称转换为MGI符号。我命名为SOD的表如下所示
setwd("C:/R/Project")mart <- useMart(biomart = "ensembl", dataset = "mmusculus_gene_ensemb
浏览 3提问于2018-11-19得票数 0
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我正在尝试使用biomaRt将超过90k的探针ID列表转换为基因符号，但遇到了问题。使用getBM函数，我可以看到其中只有22k具有相应的基因符号，但输出是一个长度为22k的向量，并且我看不到与初始探针ID列表的对应关系。使用getBMlist，我可以得到为那些不匹配的探测器指定的NA值的输出，但是该函数会给出一条警告消息，指出getBMlist不适用于大型列表。如何获得90k基因符号和na值的输出
浏览 1提问于2013-03-15得票数 1
library(biomaRt)
snp_attributes = c("refsnp_id", "chr_name", "chrom_start",
"associated_gene", "ensembl_gene_stable_id",
浏览 0提问于2017-08-01得票数 0
我正在使用R中的biomaRt查询ensembl的人类基因hsapiens数据库。我正在使用函数getBM获取所有基因的名称、起始位置和停止位置，但我找不到正确的属性来检索转录起始点( TSS )。
浏览 1提问于2012-10-22得票数 3
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我有一个基因列表作为我的eset的行名，我想将它们转换为Ensembl基因ID。我在bioMart包中使用了getGene，但它对一些基因使用了两次相同的名称！下面是我的代码的一个小示例：rownames(eset)
[1] "EPC1" "MYO3A" "PARD3" "ATRNL1
浏览 1提问于2015-10-12得票数 0
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使用生物艺术的问题
、、、
在提取所有人类基因时，我试图使用lapply来改变物种的名称。library(biomaRt)ensembl_hsapiens <- useMart("ensembl",ggallus_gene_ensembl")species <- c("hsapiens", "mm
浏览 1提问于2018-04-25得票数 1
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