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使用biopython查询NCBI数据库

对于想要在命令行访问NCBI的人而言，NCBI也提供了Eutils工具，可以通过对应的API在命令行操作。...biopython将Eutils工具进行了封装，通过Bio.Entrez子模块，可以在python环境中与NCBI进行交互。...E-utilities是由8个小程序组成的工具集，能够将符合语法规则的URL转换为对应数据库的检索条件，并返回检索结果，是Entrez检索系统和NCBI数据库的接口，biopython也提供了对应的功能...，我们必须提供一个邮箱地址，当你访问频繁或者违反了Eutils的使用规范时，会通过邮件与你沟通。...' 在实际使用中，ESearch, ELink, EFetch这3个命令时最为常用的，通过ESearch和ELink进行查询，获取对应的数据库ID, 然后通过EFectch命令进行下载。

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    脚本分享—gbk文件中提取蛋白质序列以及注释信息

    脚本简介： 本脚本用于从 GenBank（GBK）格式文件中提取蛋白质序列，并将结果输出为 FASTA 格式文件。...主要功能包括： 提取 CDS 区域的蛋白质序列； 可根据参数选择是否在序列标题中附加蛋白质的功能注释； 该脚本适用于基因组注释分析、蛋白质功能预测等常见生物信息学任务。...安装biopython模块： # 使用pip安装 pip install biopython # 使用conda安装 conda install -c bioconda biopython 查看脚本帮助文档...： python Gbk_extea_protein.py -h 脚本使用方法： 1）脚本准备文件如下图所示 2）注意事项 GBK文件从NCBI GeneBank数据库下载，文件中必须包含蛋白质文件；...对于基因组较大的真核生物，如人基因组，gbk文件有多个染色体组成，不包含蛋白序列文件，这样的gbk文件无法使用脚本提取蛋白质序列； 程序依赖于biopython模块，需要提前安装好； 实战演习 # 只提取蛋白质序列和蛋白质

    41010

    biopython简介

    biopython和bioperl, biojava项目类似，都是Open Bioinformatics Foundation组织的项目之一，旨在提供一个编程接口，方便生物信息数据的处理。...对NCBI, SwissPort, PDB等常用生物信息学数据库的检索和解析 4. 进化树的构建 5....基因组数据的可视化 biopython采用了面向对象的开发模式，将各个功能封装成了不同的class。学习biopython, 就是对不同class及其方法的学习过程。...Bio.Entrez, 提供了NCBI Entrez 系统的接口，可以查询，检索，下载， 解析数据库中的内容 7....Bio.Graphics, 提供了基因组数据的可视化功能 学习biopython, 不仅可以学习它处理各项任务的具体语法，还可以学习其源代码的组织结构，提供我们的编码能力。

    1.1K30

    gb格式注释文件转换成gff3注释文件格式

    今天在NCBI下载了酵母的参考基因组，没有找到gff格式的基因组注释文件，只找到了genbank格式的基因组注释文件。应该会有现成的工具来实现常用的基因组注释文件不同格式之间的相互转换。...第一个是 EMBOSS工具中的seqret命令 参考 https://www.biostars.org/p/140013/ 使用conda安装EMBOSS conda install emboss seqret...apt install openjdk-8-jre-headless安装了第三个 第三个工具是python脚本 需要安装biopython和bcbio-gff 直接使用pip安装 pip install...-i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple biopython pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn.../simple bcbio-gf 直接自己写脚本，参考的是 https://biopython.org/wiki/GFF_Parsing 脚本内容 import sys from Bio import

    8.1K30

    Biopython | 介绍和安装

    它由Chapman和Chang开发，主要使用Python编写。它还包含C代码，以优化软件的复杂计算部分。它可以在Windows，Linux，Mac OS X等操作系统上运行。...它提供了很多解析器，可以读取所有主要的遗传数据库 如GenBank，SwissPort，FASTA等，以及在python环境中运行其他流行的生物信息学软件/工具(如NCBI BLASTN，Entrez等...访问在线服务和数据库，包括NCBI服务(Blast，Entrez，PubMed)和ExPASY服务(SwissProt，Prosite)。...可在集群代码，PDB，NaiveBayes和Markov模型中使用的快速数组操作。 基因组数据分析。 (3)....支持在Medline应用程序中使用的日记数据。 支持BioSQL数据库，该数据库是所有生物信息学项目中广泛使用的标准数据库。

    1.8K10

    送给你一份《生信入门指南》

    使用Google 条件允许的话，请使用Google。在这个信息时代中信息已经足够多了，使用Google至少可以更快让你找到想要的东西，而学习生物信息，我们经常需要找东西。...Biopython 包 一般生信分析脚本的工具集。包括核酸序列处理，NCBI，UniProt数据库操作等其他常用的生信工具。...实践 实践是必须的，如果没条件的话可以到Rosalind：http://rosalind.info/problems/locations/ 这个网站上做些训练题，这上面有着很多有意义的生物信息题目，从易到难的都有...一些有趣的实操项目 Python + 生物信息 01 ：从零认识基因序列 https://zhuanlan.zhihu.com/p/54599121 Python + 生物信息 02 ：Biopython...分析序列 https://zhuanlan.zhihu.com/p/49606799 Python + 生物信息 03 ：用Python操作NCBI https://zhuanlan.zhihu.com

    2.7K34

    为什么 Biopython 的在线 BLAST 这么慢？

    Biopython 中的 BLAST 提供了 over the Internet 和 locally 两种选择：Bio.Blast.NCBIWWW 主要是基于 NCBI BLAST API 用于在线比对...默认情况下，它连接到 NCBI（即 url_base='https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi'），但是可以使用它连接到云端运行的 NCBI BLAST 实例。...在调试从 BLAST 结果中提取信息的代码时，我发现这特别有用（因为重新运行在线搜索速度很慢，并且浪费了 NCBI 计算机时间）。...NCBIWWW 实现 在了解 NCBIWWW 的实现前，我们先来看一下 NCBI BLAST 对于 API 使用的一些说明： NCBI BLAST 服务器是共享资源。...所以，总的来说，NCBI BLAST API 的使用准则，加上 NCBI BLAST 对用户请求的任务队列处理，甚至 NCBI BLAST 服务器共享资源的限制，以及总用户请求数，这些都可能成为 NCBIWWW.qblast

    2.6K10

    生物信息中的Python 03 | 自动化操作NCBI

    我想你的心情不会和下载一条序列时那么平静，那么，接下来通过BioPython提供的接口来实现快速的自动化序列下载。...使用固定的URL语法，将一组标准输入参数转换为各种NCBI软件组件搜索和检索所请求数据所需的值。...设置邮箱 使用email参数，这样如果遇到什么问题，NCBI可以通过邮件联系到你 邮件的参数从2010年6月1日是强制的参数，所以每次必须告诉 NCBI 是谁在访问 URL字符处理 所有参数使用小写字符...====一般参数设置===== # 设置 email 参数，为了方便 NCBI 的工作人员可以联系到你 # 邮件的参数从2010年6月1日是强制的参数，所以每次必须告诉 NCBI 是谁在访问 Entrez.email...使用 BioPython 解析 from Bio import Entrez # =====解析大文件===== hd_parse = open("Homo_sapiens.xml") res_parse

    1.3K10

    熟悉数据库的下载

    使用不同的版本最终分析的结果可能会差别很大。例如人基因组参考序列存在多个版本。...但由于注释工具、数据库的不健全及升级基因组工作繁杂，时至今日，GRCH37 仍被相当程度地使用。...现在的很多网站内容越来越多，虽然我们知道可以去 NCBI 或者 EMBL 下载物种参考基因组，但是从里面找到数据位置有时候也是比较困难的，拿 NCBI 为例，里面数据实在是太多了，各种数据库，比如你要能区分...批量下载基因序列有多种方式，例如可以通过编程实现，也可以通过固定模块例如 bioperl，biopython 等。如果不会编程，那么 batchentrez 就是最好的选择了。...五、常用生物数据库下载 5.1 基因组下载 下面案例下载人全基因组序列，人全基因组序列分为多个版本，可以从多个站点进行下载。

    2K20

    使用aspera从EBI下载fastq数据，抛弃NCBI的SRA数据库吧！

    前面我们大量NGS相关教程视频免费发布在B站，都是使用NCBI的SRA数据库下载sra文件后转为fastq进行NGS分析流程，其实是因为我本人一直不在中国大陆，所以没有网络问题。...所以我们在全国巡讲的答疑群给大家指点的解决方案是使用aspera从EBI下载直接fastq数据，一劳永逸。...参考1：使用Aspera从NCBI或EBI高速下载数据 参考2：Ubuntu下Aspera connect的安装与使用 Aspera提供了大文件高速传输方案，适合于大数据的传输。...下面我们先看看对参考基因组使用hisat构建索引 ? 猪的参考基因组 http://asia.ensembl.org/info/data/ftp/index.html ?...和extract_splice_sites.py分别获取外显子和可变剪切信息 使用hisat2-build命令建立索引 mkdir -p /data/reference/genome/pig/ cd /

    10.1K53

    生物信息中的Python 05 | 从 Genbank 文件中提取 CDS 等其他特征序列

    而NCBI 的基因库中已经包含有这些的信息，但是只有一部分是整理可下载的。而剩下的一部分可以通过 genbank给出的位点信息来提取，个人能力有限，这里只做抛转之用。...3 Python代码 序列自动下载可以通过 Biopython 的 Entrez.efetch 方法来实现，这里以本地文件为例 #!...format_seq += "\n" return ana + format_seq + "\n" def get_cds(gb_file, f_cds): """ 从...类型 编号 AY，AP 同一个基因存在多个提交版本时的序列编号 NC，NM NCBI 官方推荐及使用的序列编号 IMAGE等 针对特定物种，或特定组织提供的序列编号 4.1 对于AY，AP，可以用下面的方式来实现...4.3 通过爬虫实现自动化，但是成本比较高，而且加重 NCBI 服务器负担，搞不好IP就会被封掉 4.4 用 BioPython 的 Entrez.efetch(db=“nuccore”, id=ids

    6.1K10

    脚本分享—根据序列ID从fasta文件提取特定的序列

    之前有公司将小编以前开发拿来贩卖，为了杜绝万恶的资本家 薅小伙伴羊毛，小伙伴们现在只需关注公众号，后台回复关键字即可免费获取该脚本，不需要任何费用。...等这段时间忙完，小编会将这些脚本和示例数据上传到GitHub上，持续关注公众号，获取GitHub网址。 脚本简介： 本脚本旨在根据指定ID从FASTA文件中提取对应的序列，并输出为新的FASTA格式。...是一个常用的序列筛选工具，适用于各种生物信息学数据处理场景 主要用途： 快速从FASTA文件中提取多个特定ID的序列； 使用 -i 参数直接输入多个ID； 或使用 -l 参数指定一个ID列表文件。...应用场景： 从基因组或宏基因组拼装结果中提取特定contig或scoffold； 根据功能注释或聚类结果筛选目标ORF序列； 准备用于BLAST比对或结构预测的目标蛋白序列； 批量提取候选基因用于二次注释或序列比对...安装biopython模块： # 使用pip安装 pip install biopython # 使用conda安装 conda install -c bioconda biopython 查看脚本帮助文档

    77410

    鉴定lncRNA流程全套代码整理

    另一方面，Stringtie 使用从头开始的方法从读取中组装转录本并生成新的注释文件。然后使用该组装的转录组来估计来自同一组读数的表达水平。...gffcompare用法 我的思考： 为什么stingtie组装时使用的基因组参考注释gtf文件和gffcompare使用的基因组注释文件一样，还能找到新转录本？...虽然StingTie使用的基因组参考注释文件和gffcompare使用的基因组注释文件可能是相同的文件，但在具体的操作中，它们扮演了不同的角色。...# 创建python2环境conda create -n py2test python=2.7 安装biopython conda install biopython=1.70 安装CPC2 wget...过滤 (E-value < 1e-5) ---- 获取对应gtf文件： 直接过滤 fastq 文件即可 grep -v 非匹配项 -f 从文件读取patterns 过滤ID： 提取gtf：

    4.8K32

    脚本分享—gbk文件中提取核苷酸序列以及注释信息

    Biopython 库的 SeqIO 模块读取 GBK 文件，自动解析注释信息和序列内容，确保提取位置准确。...可灵活用于多种基因组注释处理场景 脚本适用于细菌、病毒、原核和部分真核生物的注释信息提取，广泛用于功能基因挖掘、rRNA/tRNA 分析、下游功能注释等生物信息学流程中。...安装biopython模块： # 使用pip安装 pip install biopython # 使用conda安装 conda install -c bioconda biopython 查看脚本帮助文档...： python Gbk_extea_nucleotide.py -h 脚本使用方法： 1）脚本准备文件如下图所示 2）注意事项 若 GBK 文件中不包含完整的基因组序列（如部分注释文件），可通过参数...-f 提供一个对应的基因组 FASTA 文件，脚本会从中提取 feature 对应的核酸序列； 程序依赖于biopython模块，需要提前安装好； 实战演习 # 提取CDS序列以及注释信息 python

    38200

    序列比对在biopython中的处理

    在biopython中，支持对序列比对的结果进行读写，解析，以及运行序列比对的程序。...在biopython中，为不同格式，不同软件提供了统一的接口，方便我们的使用 1....读取多序列比对结果 通过Bio.AlignIO模块来对多序列比对结果进行读写，其中的parse方法用于从文件句柄中读取多序列比对的内容，用法如下 >>> from Bio import AlignIO...运行blast 支持联网运行和本地运行两种模式，联网运行时调用NCBI网站的blast程序，用法如下 # 传统的文件读取, 适合fasta格式 >>> from Bio.Blast import NCBIWWW...>>> result_handle = NCBIWWW.qblast("blastn", "nt", record.format('fasta')) 在线运行只需要我们提供查询序列即可，用的数据库是NCBI

    3.5K20
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