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BioPython安装与入门

BioPython简介 Biopython工程是一个使用Python来开发计算分子生物学工具的国际团体。...Python易学,语法明晰,并且能很容易的使用以C,C++或 者FORTRAN编写的模块实现扩展。...Biopython官网(http://www.biopython.org)为使用和研究生物信息学的开发者提供了一个在线的 资源库,包括模块、脚本以及一些基于Python的软件的网站链接。...PubMed和Medline ExPASy文件, 如Enzyme和Prosite SCOP, 包括‘dom’和‘lin’文件 UniGene SwissProt 被支持格式的文件可以通过记录来重复或者通过字典界面来索引...分发并行任务不同进程的代码。 实现序列的基本操作,翻译以及BLAST等功能的GUI程序。 使用这些模块的详细文档和帮助,包括此文件,在线的wiki文档,网站和邮件列表。

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使用C语言编写文件读写工具

使用C语言编写文件读写工具在现代软件开发中,文件读写是一个非常常见且重要的操作。通过使用C语言编程,我们可以轻松地实现文件的读取和写入。...本文将介绍如何使用C语言编写文件读写工具,以及一些相关的注意事项。2使用C语言编写文件读写工具首先,我们需要包含头文件stdio.h,这个头文件包含了一些用于文件操作的函数。...另外,为了确保数据成功写入文件,我们需要在写入完文件使用fflush函数刷新文件缓冲区,并使用fclose函数关闭文件。综上所述,通过使用C语言编程,我们可以轻松地实现文件的读取和写入。...使用fopen函数打开文件使用fread函数读取文件使用fwrite函数写入文件,最后使用fclose函数关闭文件。...同时,我们需要注意文件的打开方式(只读、只写、追加等),以及对文件的操作后要及时关闭文件。希望本文对您学习使用C语言编写文件读写工具有所帮助。如果您有任何问题或者建议,请随时与我们联系。

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使用Git上传文件github

1.先去Github上注册一个账号; 2.https://git-scm.com/download/win下载相应版本的安装包进行安装; 2.安装完成后,以桌面为例,点击鼠标右键,点击git bash...然后可以使用git config --global --list查看是否配置成功: ?...7.上传文件新建的repository git add 文件名或目录 gitcommit -m "描述"。 如果你没有进行commit,继续接下来的操作就会报: ?...这里注意如果add后面的是一个文件,后面要多带一个空格,否则会报: ? 如果想上传所有的文件,则可使用git add .指令。 由于我们在创建repsitory的时候勾选了 : ?...); 针对于第二个问题,产生的原因是:远程仓库的该分支有修改,但你并没有pull本地,并且你也在本地有修改,这样就会出现系统不知道该以远程仓库为主还是本地仓库为主,所以冲突产生了。

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AndroidWindows 8:使用文件

从安卓平台Win8:文件的处理 本文将介绍如何编写Win8中Windows Store里的应用代码,用于保存图像、文档等文件。...也可能用户在使用图像编辑程序时想将当前图片保存到USB设备中以便在电视上查看或在数码相框中使用。因此,你可以实现保存文件应用定义位置或外部存储设备中的功能来帮助用户实现需求。...这里我简单说明一下Windows Store应用中文件存储功能的基础,每个程序都可以将文件存储特定设备的一系列目录中(它们被称为本地目录、漫游目录以及临时目录)。...本地目录存储的是只在本地设备上使用文件 漫游目录存储的是用户安装此应用的所有设备上使用文件 临时目录和本地目录类似,但系统任何时候都可以清空此文件夹 当用户安装了一个Windows Store应用后...Windows小技巧 如果用户想要存储一些更有价值、不可替代的文件,那么你需要让你的应用将其存储SkyDrive之类的更具持久性的位置中。

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如何使用FTP传输文件网站

对于用于服务器的人来说,如需上传文件其服务器,选择使用FTP方式是一个不错的选择,那么如何使用FTP方式传输文件服务器呢?...我将以我使用FTP的经验,为大家讲解如何使用FTP将您的文件传输到您的服务器上。 首先,通过百度等方式搜索FTP软件。我使用的是8UFTP。那么,我将以这款软件的操作方法为您讲解。...当然您也可以使用其他的FTP软件,它们的界面都是差不多的,您可以选择其他的软件,根据您的个人爱好就好。8UFTP软件点击下载 下载后解压就可以使用了。创建一个快捷方式页面,以便您将来使用。...添加描述 在您的桌面找到软件,如果您使用的是8UFTP,双击鼠标左键打开8UFTP,进入以下页面,操作如下图所示: 添加描述 点击了“连接”你将进入看到8UFTP连接到了相应的服务器,请确保您的端口号正确无误...添加描述 这个时候,您的服务器已经连接成功,你可以上传文件您的服务器上了。操作如下图所示: 添加描述 由于您需要常常传送文件您的服务器,因此你需要将你的用户名、密码、端口号等保存下来。

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使用AppUploader上传ipa文件APPstore

不用苹果电脑直接在windows下上传ipaappstore,废话不多说直接讲怎么操作。...AppUploader 下载地址:http://www.applicationloader.net/appuploader/download.php 支持多平台,支持windows、linux、Mac根据你使用的操作系统下载对应的版本...免安装版本的,下载后直接解压到你要安装的目录下就可以使用。 进入appuploader文件夹,双击appuploader.exe文件运行此程序。进入界面。...使用AppUploader 输入你的apple id和密码登录。进入apple开发者中心 具体操作过程请参考 http://bbs.appcan.cn/forum.php?...需要注意的是appcan使用的是发布证书,企业证书appcan开发用不着, 测试和正式发布打包时要切换对应的证书

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Python每日一谈|No.15.模块(包)的安装

上一谈中我们使用了Python自带的包进行使用来阐述 这一部分,我们来看看第三方python包,如何安装,如何使用BioPython为例,难度低,用途比较广 biopython网站:https:...它由Chapman和Chang开发,主要使用Python编写。它还包含C代码,以优化软件的复杂计算部分。它可以在Windows,Linux,Mac OS X等操作系统上运行。...下面来看下离线状态下如何安装python的第三方包 首先,我们要找到软件的官网 然后下载其文件:http://biopython.org/DIST/biopython-1.78.zip 下载完成后...详细使用的话需要查看其原文档以及手册 http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html#sec3 我们这里的使用以3D模块为例:http://...biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html#sec178 我们需要下载这个文件1fat.cif:http://files.rcsb.org/download

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使用nodejs编写api接口并部署服务器上

一、用node.js编写api接口 1、安装node环境,没有就去看上一篇文章 2、创建一个node项目, 新建一个目录文件,例node_proxy 3、在新建的node项目执行npm init,...文件会生成一个package.json的文件 目录: image.png 1.js里编写 const express = require('express'); const app = express...http://localhost:8888/ms/coupon/template/get 去访问这个接口 ---- 二、把项目部署服务器上 目前node的环境是搭建好了的。...一般放到服务器的根路径下的 api 文件夹/api/ 2、在服务器安全组中添加 api 监听的端口号不然访问不了接口,比如腾讯云云的安全防火墙 image.png 3、cd api 接口目录下,...但是命令窗口关了接口连接也会断开, 可以使用screen、forever、pm2保护进程。

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SpringBoot 配置文件编写使用方式 (拒绝硬编码)

那么我们在使用SpringBoot的时候, 也是需要进行配置文件编写的。...在spirngBoot里面, 可以有两种方式声明配置 1、直接编写配置文件 然后从配置文件里面获取 2、编写配置文件 然后编写bean, 通过注解注入bean里面 获取的时候从bean里面获取 配置文件编写可以有多种...我们这里就使用常见的properties文件来写 编写配置文件,从配置文件里面获取 创建配置文件 ? 使用配置项 ?...编写配置文件, 从bean里面获取 编写bean, WebSetting.java package com.example.demo.domain; import org.springframework.beans.factory.annotation.Value...web.properties", encoding = "utf-8") @ConfigurationProperties(prefix = "site") // 这个可以指定前缀 只要成员属性能对上就行 也可以不指定 使用

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使用biopython处理序列数据

序列是基因组学数据的基本单位,对于序列先关信息的存储,有以下两种常用的文件格式 1. fasta 2. genebank 通过biopython, 我们可以方便的读取这些格式的文件,并提取其中的信息。...,通过key=value的形式可以存储不同类别的注释信息,letter_annotations属性也是一个字典结构,但是其中的value值是长度等于序列长度的列表,主要用于存储每个碱基对应的信息,示例如下...Bio.SeqIO Bio.SeqIO用于文件的读写,支持多种文件格式,对于序列的存储格式fasta和genebank而言,读取的方式如下 >>> from Bio import SeqIO >>> for...针对格式转换这一常见场景,用法如下 >>> count = SeqIO.convert("input.gb", "genbank", "out.fasta", "fasta") 以上3个子模块层层渐进,构建了biopython...处理序列数据的完整生态,对于使用者而言,通过简单的几句代码,就可以完成基本的序列操作,对于开发者而言,其class的抽象设计,方法编写都值得参考借鉴。

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Biopython | 介绍和安装

它由Chapman和Chang开发,主要使用Python编写。它还包含C代码,以优化软件的复杂计算部分。它可以在Windows,Linux,Mac OS X等操作系统上运行。...可在集群代码,PDB,NaiveBayes和Markov模型中使用的快速数组操作。 基因组数据分析。 (3)....好处 Biopython只需很少的代码,并具有以下优点 - 提供用于聚类的微阵列数据类型。 读取和写入Tree-View类型的文件。 支持用于PDB解析,表示和分析的结构数据。...支持在Medline应用程序中使用的日记数据。 支持BioSQL数据库,该数据库是所有生物信息学项目中广泛使用的标准数据库。...通过提供将生物信息学文件解析为特定格式的记录对象或序列加特征的通用类的模块,来支持解析器开发。 清除基于食谱样式的文档。 (4)..

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使用xlwt和xlutils写数据excel文件

xlwt只支持xls格式的文件; xlwt的官网地址是:https://xlwt.readthedocs.io/en/latest/ 2、xlwt模块的安装: xlwt的安装比较简单,Ctrl+右键选择打开命令框...xlwt.VERSION可以查看版本; 3、xlwt的基本使用: 1、新建工作簿 使用xlwt.Workbook()创建工作簿,可以传入参数设置编码和是否压缩; 2、添加sheet表: 通过workbook.add_sheet...sheet.write(row,col,lable="")方法写入数据;传入单元格的所在的行数和列数,从0开始; 4、保存文件使用workbook.save('test.xls')保存文件,只能保存...一般情况是使用第一种即可; 5、修改excel文件: xlwt它只可以通过创建一个新的工作薄写入数据。...修改xls文件需要借助xlutils.copy函数, 相当于 xlrd 和 xlwt 的结合体。通过copy方法可以实现: 1. 读取表格信息的功能。 2. 在表格中写入数据的功能;

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在项目文件 MSBuild NuGet 包中编写扩展编译的时候,正确使用 props 文件和 targets 文件

.NET 扩展编译用的文件有 .props 文件和 .targets 文件。不给我选择还好,给了我选择之后我应该使用哪个文件编写扩展编译的代码呢?...如果你不了解 .props 文件或者 .targets 文件,可以阅读下面的博客: 理解 C# 项目 csproj 文件格式的本质和编译流程 - walterlv 具体的例子有下面这些博客。...,我们相当于在项目文件 csproj 的两个地方添加了 Import 这些文件的代码。...,通常都是使用属性 也会有一些产生属性的,但那都是需要在编译期间产生的属性,其他依赖需要使用 DependsOn 等属性来获取 例如下面的属性适合写到 .props 里面。...-- 因为这里使用到了 `Configuration` 属性,需要先等到此属性已经初始化完成再使用,否则我们会拿到非预期的值。

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突破内网限制,自由访问 NAS:网络穿透方案大合集! | 开源日报 No.199

提供高级语言,抽象低级加密概念,便于将私有应用程序集成堆栈中 编译为电路,使零知识证明实际可行 受传统编程语言(如 JavaScript、Scala 和 Rust)影响,在易读性和易用性方面具有很强的重点...提供开发人员工具来检查电路,包括单元测试、集成测试和控制台功能 biopython/biopythonhttps://github.com/biopython/biopython Stars: 4.1k...在 Rust 中编写的 Python-3(CPython >= 3.12.0)解释器。 可以在 WebAssembly 上运行在线演示。 支持 JIT 编译器,将 Python 函数编译成本机代码。...可嵌入 Rust 应用程序中进行使用。...使用 Python、Node.js 和 .NET 构建 使用 Redis 进行消息传递和 Postgres 进行存储 可以通过 Docker Compose 在本地运行应用程序,并在 http://localhost

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Modelsim中使用TCL脚本编写do文件实现自动化仿真

通常我们使用Modelsim进行仿真,是通过图形界面点点点来进行操作,殊不知Modelsim完美支持TCL脚本语言及批处理命令do文件。...StdarithNoWarning 1 #查看object View objects #查看局部变量 View locals #查看source View source #添加模块顶层所有信号波形图...指定信号置1 Force rst_n 1 #指定信号赋值 Force din_a 123 Force din_b 39   下面是博主经常用的仿真脚本模板,仿真新的工程只需要修改一点点,就可以直接使用了...将sim.do文件放在仿真工程目录下,即和Modelsim仿真工程xxx.mpf在同一个文件夹。sim是我定义的do文件名,用户可自行定义。...适当的修改do脚本文件,可以添加任意你需要的信号,以及仿真库文件,让我们共同学习,高效工作吧。

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