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沙龙
1
回答
使用
biopython
编写
字典
到
文件
python
、
python-3.x
、
windows
、
bioinformatics
、
biopython
我是个新手,
使用
biopython
。我正在试着用
biopython
把
字典
写到一个
文件
里。
浏览 14
提问于2020-01-27
得票数 1
回答已采纳
1
回答
如何提高生物信息学脚本的运行速度?
python
、
python-3.x
首先,该脚本读取整个
文件
(.fasta -基本上是一个非常长的字符串)来查找所有的scaffold(以‘>’开头的行),然后打印出找到的scaffold的数量。我有两个类似的输入
文件
.fasta,一个超过1.5 31,运行时间不到一分钟,第二个85MB,需要超过31个小时。或者如何检查
文件
的错误(它们具有相同的格式和相同的文本配置)?
浏览 0
提问于2019-08-06
得票数 0
2
回答
是否可以将字符串变量传递给BLAST搜索而不是
文件
?
bioinformatics
、
biopython
、
fasta
、
blast
我正在
编写
python脚本,如果可能的话,我希望将查询序列信息作为字符串变量而不是FASTA格式
文件
传递给blastn。我
使用
Biopython
的SeqIO将几个抄本名称存储为键,并将其序列存储为关联值。("transcript_sequences.fasta", "fasta"):所以
字典
是这样的Seq('CTTCATTCTCGTTTAGC
浏览 6
提问于2016-11-03
得票数 5
回答已采纳
2
回答
试图找到有效方法移除fasta
文件
中的标头
python
、
sequence
、
biopython
、
fasta
我
编写
了一个丑陋的代码,它删除了fasta头,并创建了一个以蛋白质序列作为字符串的变量。我怎么能做得更有效率呢?有什么好办法在生物电影中做到这一点吗?
浏览 1
提问于2014-10-24
得票数 0
回答已采纳
1
回答
当用C++冻结PyInstaller脚本时,包括PyInstaller可执行
文件
c++
、
executable
、
bioinformatics
、
biopython
、
blast
我试着阅读PyInstaller文档和
使用
规范
文件
,以及Google/SO,但是没有找到任何明确的答案。我
使用
Biopython
编写
了一个python脚本,并
使用
PyInstaller将它变成了一个可执行
文件
,并且运行良好。但是,脚本
使用
了一个
Biopython
函数(NcbiBlastnCommandline()),它是NCBI Blast+ blastn程序(用C++
编写
)的包装器,目前用户仍然需要在本地
浏览 3
提问于2018-07-27
得票数 1
回答已采纳
1
回答
Biopython
中与BioPerl的Bio::DB::Fasta等效的函数是什么?
python
、
perl
、
biopython
、
bioperl
我正在
使用
BioPython
将Perl代码转换为Python代码。我得到了类似这样的东西:我正在寻找
Biopython
中类似的函数。有像这样的东西吗?
浏览 18
提问于2016-09-09
得票数 1
回答已采纳
1
回答
在for循环中直接调用SeqIO.parse()是可行的,但是事先单独
使用
它就不行了吗?为什么?
python
、
bioinformatics
、
biopython
、
fasta
调用a,然后尝试在我的循环中
使用
它,它不会运行: from Bio import SeqIOrecords = list(a)
浏览 52
提问于2019-02-21
得票数 3
3
回答
在函数中定义
字典
名
python
我正在
编写
一个函数,它将接受一个参数,并且,除其他外,制作一本
字典
。我希望
字典
的名称以输入
文件
的名称为基础。假设输入
文件
是input.xml,我希望
字典
的名称是input。理想情况下,我会
使用
这样的东西: for x in y: list(get value)我想知道您是否知道更好的方法,但我现在
使用
的是函数中的一个额外名称: def func
浏览 7
提问于2011-12-30
得票数 1
回答已采纳
1
回答
使用
biopython
编写
fasta
文件
时出错
sequence
、
biopython
、
fasta
我
使用
以下代码将fasta序列写入
文件
。
浏览 1
提问于2014-10-30
得票数 3
回答已采纳
14
回答
biopython
没有名为Bio的模块
python
、
python-3.x
、
pip
、
bioinformatics
、
biopython
在运行我的python代码之前,我在cmd提示符中安装了
biopython
:然后,当我尝试在python中导入它时,我得到了一个错误提示'No modulenamed Bio‘同样的事情也发生在需要注意的是,我已经更新了PIP并运行了python 3.5.2。
浏览 12
提问于2018-04-16
得票数 14
1
回答
从Nexus
文件
中获取路线的排除位置
biopython
我可以成功地
使用
BioPython
的AlignIO模块读取Nexus
文件
并生成序列和ID的列表。由Mesquite和其他程序生成的Nexus
文件
可能会定义一个 (称为exset),这些
文件
将被忽略或进一步过滤掉。
Biopython
是否提供了一种从结点
文件
解析exset的方法?现在,我已经
编写
了自己的函数,它有点笨重,可能过于依赖于我测试过的特定nexus
文件
。
浏览 2
提问于2014-04-02
得票数 0
1
回答
如何为特定版本的python安装
biopython
python
、
ubuntu
、
pip
我尝试在一个机器集群上安装python2.7的
biopython
。我有一大堆用python2.7
编写
的脚本,我需要
使用
biopython
,但是脚本的重构比它的价值更麻烦-所以我认为
使用
安装变通方法会更容易。pip install python2
biopython
pip install python2.7
biopython
有人
浏览 1
提问于2017-09-26
得票数 2
1
回答
为什么我的外壳说:来自:太多的争论
python
、
ubuntu
、
bioinformatics
、
biopython
目标背景错误步骤pip install
biopython
然后,我继续按照站点的指示,在命令行中
编写
第一行代码: from
浏览 3
提问于2021-12-20
得票数 1
2
回答
将杂原子添加到pdb
文件
bioinformatics
、
biopython
、
pymol
我正在
使用
Biopython
对pdb
文件
执行各种操作。随后,我想向由
Biopython
生成的
Biopython
结构对象添加一些新原子。在Python中有没有好的/推荐的方法来做这件事。
Biopython
似乎只提供了写出pdb
文件
的现有元素的选项,而不是创建新的元素。
浏览 5
提问于2019-11-10
得票数 0
1
回答
没有基因组序列的GBK
文件
的
Biopython
解析
python
、
biopython
、
genbank
我
编写
了一个脚本,它
使用
GenBank
文件
和
Biopython
从GBK
文件
的序列部分获取给定基因的序列,我的同事在他们的工作中
使用
该序列。我们现在在一个新的数据集上遇到了一些问题,结果是下载的GBK
文件
没有包含序列(从NCBI的GenBank网站下载时很容易发生这种情况)。
Biopython
没有抛出错误,而是在
使用
record.seq[start:end]时返回很长的Ns序列。从一开始就抓住这个问题的最简单的方法是用错误消息停止脚本吗
浏览 4
提问于2014-08-28
得票数 0
回答已采纳
1
回答
如何从fasta
文件
中删除重复项,但根据标头保留每个组至少一个
python
、
fasta
我有一个多快件
文件
,如下所示:>Lineage1_samplenameA CGCTTCAACGGAATGGATCTACGTTACAGCCTGCATAAAGAAAACGGAGTTGCCGAGGACGAAAGCGACTTTAGGTTCTGTCCGTTGTCTTTGGCGGAAA最后,我希望获得与原始
文件
相同的头信息。
浏览 1
提问于2020-07-25
得票数 3
回答已采纳
1
回答
在没有输入
文件
的
Biopython
中创建对齐方式
biopython
我在
字典
中有一个蛋白质序列对齐(id_prot作为键,对齐序列作为值;可以是另一种格式),我想
使用
这种对齐来构建一个带有
Biopython
的NJ树。然而,根据文档,加载用于系统发育分析的序列的唯一方法是输入
文件
。例如: 有人知道如何在不读取输入
文件
的情况下加载aln变量中的序列吗?
浏览 1
提问于2019-08-31
得票数 3
1
回答
Biopython
PDB:计算原子与点之间的距离
python
、
distance
、
point
、
biopython
、
protein-database
使用
典型的pdb
文件
,我可以
使用
类似于
Biopython
文档中的方法计算结构中两个原子之间的距离。chain[2]atom2 = residue2['CA']
Biopython
中是否有一种方法可以用xyz坐标计算原子
到
不动点的距离?如果不是
Biopython
,那么解决这个问题的最佳方法是什么?谢
浏览 5
提问于2016-05-06
得票数 2
回答已采纳
1
回答
pip卸载-什么被删除了?
python
、
pip
、
wildcard
、
delete-file
、
biopython
我有一条
使用
生物工程的管道。我安装了一个不同的软件,它也
使用
了
biopython
,它覆盖了我现有的
biopython
版本,给了我最新的版本。我的一些管道现在不再工作了,我怀疑这是因为它们
使用
了以前的
biopython
管道中已经过时的元素,这些元素不再可以
使用
。C:\Users\u03132tk&
浏览 10
提问于2022-08-18
得票数 0
2
回答
使用
Biopython
Entrez从fasta记录中访问序列元素
python
、
biopython
、
fasta
、
ncbi
我有一个refseq (keys_list)列表,我
使用
BioPython
Entrez将其用于下拉序列记录。我只想访问返回的fasta记录中的序列,但我不想为了这样做而将记录写到
文件
中。
浏览 1
提问于2013-07-21
得票数 1
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