下载命令wget -c + 网址 -c 是断点续传（没有下载完会接着下载，不会重新下载）图片图片图片为什么要添加频道·要收到对应的频道的信号才能看到该频道的节目·要配置好conda的频道才能用conda...安装该频道的软件(base) Mar402 09:44:46 ~$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda...* /trainee/Mar402/miniconda3/envs/RNA小环境的创、删、改 （pic2）图片软件安装看安装哪些软件 pic3图片安装了软件包掉用不了 pic4图片查看已经安装的软件和删除软件...pic5图片conda常用命令 pic6图片安装软件的另一种方式：用yml文件安装·导出当前环境：·conda env export envname > env.yml （可跨平台，不同系统）·conda...·make:编译 ·make install: 安装·4.添加到PATH图片图片java编译的软件图片 图片ppt中有1000个常见的软件安装代码以及视频彩蛋 一个优雅地下载OA文献和附件的命令行工具
文章目录 介绍 安装 使用 包管理功能 环境管理功能 渠道管理 实例 介绍 开源包管理系统和环境管理系统 ，包括多种语言的包安装，运行，更新，删除，最重要的是可以解决包依赖问题 支持语言包括 Python...，加载和切换操作 conda包和环境管理器包含在所有版本的Anaconda和Miniconda中 安装 使用 文档：https://conda.io/en/latest/ 包管理功能 搜索包...查看特定包 conda search fastqc 安装包 安装特定包（需要确认安装，可以看到conda已经将包依赖问题，环境问题已经解决） conda install fastqc...安装特定版本的软件包（查看软件版本可以使用conda search fastqc） conda install fastqc=0.11.6 ?...安装多个包 conda install fastqc multiqc 包更新 更新特定包 conda update fastqc 更新Python conda update python
[1] 因为包含了大量的科学包，Anaconda 的下载文件比较大（约 531 MB），如果只需要某些包，或者需要节省带宽或存储空间，也可以使用Miniconda这个较小的发行版（仅包含conda和...Conda安装 下载安装包 官网下载：https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.htmlhttps://conda.io/miniconda.html 安装...Conda管理包 常用Conda命令 1234567891011121314151617181920 # 安装命令conda install package_name# 安装numpy,输入conda...install numpy# 安装 matplotlibconda install matplotlib# 查看已安装的包conda list# 搜索安装包conda search search_term...# 同时安装多个包conda install numpy scipy pandas# 安装指定版本的包conda install numpy=1.11# 卸载包conda remove package_name
Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。...还是比较大的，需要下载一会： 下载完毕： conda安装过程 conda工具菜单 conda有很多的工具，可以直接点击开始，在菜单列表中找到【Anaconda】，功能都在里面。...快速安装：Conda可以快速安装、运行和更新包及其依赖项，使得软件包管理变得非常简单。...简化软件包管理：使用Conda可以简化软件包管理和部署的复杂性，避免版本冲突和依赖关系问题，从而提高工作效率。...社区支持：Conda有着强大的社区支持，可以轻松地找到和安装需要的软件包，同时也有许多第三方工具和插件可供使用。
官网: https://www.anaconda.com/ conda的安装 下载安装包 -- bash 安装 -- 接受协议 -- 选择默认安装路径（回车） -- 重新激活环境 -- 调用帮助文档 #...conda 的帮助文档 conda --help 配置镜像 我们使用 conda 安装软件时，conda 会去 channel 中搜索软件，如果使用的服务器是在国内，channel 就选择国内的，推荐清华...的软件环境来安装转录组学分析的生物信息学软件 conda create -y -n rna python=3.7 # 创建小环境成功，并成功安装python3版本 # 每建立一个小环境，安装一个python...conda deactivate 在小环境中安装生信软件 注：软件都要安装在小环境中，不要安装在 base # 激活环境 conda activate rna # 安装 fastqc 软件 conda...安装软件的另一种方式:用yml文件安装 #导出当前环境: conda env export envname > env.yml #(跨平台均适用) conda list --explicit > env.txt
OrthoFinder运行速度快的很大原因是使用了DIAMOND/MMseqs来进行蛋白比对。...安装运行OrthoFinder 1....下载安装 https://github.com/davidemms/OrthoFinder 可以下载之后源码安装，也可以用conda安装： conda install...-y orthofinder ps：强烈建议安装DIAMOND 2....运行 orthofinder -f Dataset_ directory 如果你想更改线程数，使用-t参数即可修改。
github.com/jtlovell/GENESPACE/blob/master/doc/genespaceOverview.html windows系统还不能用 只能在MacOS或者在Linux系统下使用...，我试试在linux下使用 首先安装orthofinder conda install -c bioconda orthofinder 安装MCScanX https://github.com/.../MCScanX.git cd MCScanX make image.png 这里出现了三个error,但是也出现了三个可执行程序，试了一下可以运行，不知道后面会不会有影响 image.png 安装依赖的...R包 conda install r-data.table r-dbscan r-R.utils r-devtools conda install bioconductor-Biostrings bioconductor-rtracklayer...安装GENESPAE # 启动R radian devtools::install_github("jtlovell/GENESPACE", upgrade = F) 运行示例数据 library
，软件会询问安装路径，如果是个人使用，默认安装路径就可；如果你是管理员，最好自己创建一个公共的文件夹。...02 添加环境变量 如果在安装conda的最后一步时，你选择了yes，那么它会自动给你环境变量，直接source一下即可使用。...vi .bashrc export PATH="/home/bio04/anaconda/bin:$PATH 退出以后source一下 03 配置镜像 # 使用清华镜像 conda config.../pkgs/main/ conda config --set show_channel_urls yes 04 conda使用 1.搜索软件 conda search r 2.安装软件 conda...install r -y # -y表示yes，安装过程中所有的提示统统帮你yes 3.卸载软件 conda remove r -y 4.查看conda已安装的软件 conda list 因为我用的
泛基因组分析中通常会使用orthofinder去分析基因家族，将这些基因家族分为核心和可变、私有等，然后会算不同类别的基因家族的Ka/Ks的值，主要说明的问题就是核心基因家族相对比较保守 具体怎么操作...我之前的做法是使用ParaAT这个软件去做序列比对，然后使用KaKs_Calculator计算Ka Ks的比值，整个过程还是稍微比较麻烦的 wgd这个软件有一步可以算Ks ka 使用很方便，直接修改orthofinder...安装的，paml是按照wgd的github主页手动安装的，其他的都是通过conda安装 这里最开始新建conda环境python版本默认是3.12了，用3.12的python安装wgd的时候会报错，暂时不知道是什么原因...，所以最开始新建环境的时候需要指定python版本，我用3.9是没问题的 conda create -n wgd python=3.9 conda activate wgd conda install...的输出结果也整理成这种 同一个家族的基因ID放到一行，制表符分隔，orthofinder的输出结果里有这个格式的文件 计算kaks的输出 image.png 运行过程如果遇到如下报错 ImportError
之前，小编教过大家使用Conda轻松安装生信工具，但有时候公共服务器由于安全原因是不能连接外网的，无法使用Conda在线安装软件，今天小编就教大家在离线环境下使用Conda安装软件。...由于服务器是公共的，所以我们在安装Conda时要注意不要将Conda添加至环境变量，以免引起服务器中某些工具无法使用。...出现上面界面时，可以自定义Conda的安装路径，如不输入则默认安装在home目录下。 ? 出现上面界面时，输入"no"，完成安装。 进入Conda安装目录，激活Conda环境。...## 进入Conda安装目录 cd ./miniconda2/bin ## 激活Conda环境 source ....## 离线环境安装软件 conda install --offline -f rmats-4.0.2-py27hd8e4039_4.tar.bz2 执行完后软件就安装好啦！
【环境变量】注释掉conda3，source ~/.bashrc 因为orthofinder是由python2编写的。...conda install orthofinder # 若在上一章之后没有重启的同学请重启后操作。...# 由于是刚开始搭建，这里没有给orthofinder单独一个环境空间，这一套下来，基本的基因分析软件都安装好了。 image.png 包括两两比对软件：blast，diamond。...# orthofinder套用的聚类软件 包括其他重要的包和依赖。 # 一般生信分析都会涉及的依赖，很多都在这里了，比几年前友好多了。...如果提示更新conda版本，请按提示操作。 以上，
CondaANACONDA所有语言的包、依赖和环境管理器Anaconda Navigator为什么要使用Conda？...Conda主要是解决软件安装的问题1.1 下载Condawget 相当于Linux上的迅雷wget -c 断点续传 - - continue1.2 安装Miniconda3安装后需要重新加载查看conda...list/conda info --env列出已经存在的小环境1.4.3 小环境的修改与删除1.4.4 使用conda安装软件1.4.4.1 需要安装哪些软件？...1.4.4.2 哪些软件可以使用conda来安装？在安装之前确保小环境被激活conda可以一次安装多个软件，但是容易遇到报错1.4.4.3 如何指定安装的软件的版本？...添加-y参数可以跳过确认执行的步骤了解内容：用mamba让软件安装更加顺滑安装mamba：conda install mambamamba的使用：除启动环境外，所有conda的命令都可以用mamba来代替
文章目录 一、在anconda prompt中创建新的conda环境。...二、查看虚拟环境是否成功建立 三、进入虚拟环境 四、安装第三方依赖包 五、查看当前环境已安装的包是否于requirements.txt相同 一、在anconda prompt中创建新的conda环境。...conda create -n E8519 python=3.6 选择“y” 二、查看虚拟环境是否成功建立 conda env list 三、进入虚拟环境 activate E8519 四、安装第三方依赖包...切换工作目录到requirements.txt所在目录，在用pip安装requirements.txt中的包。...cd E:\python #例如 pip install -r requirements.txt 五、查看当前环境已安装的包是否于requirements.txt相同 pip list 发布者：全栈程序员栈长
-amd64.deb dpkg -i rstudio-1.3.1093-amd64.deb 02 常用生物信息软件安装 主要采用conda安装、apt安装、pip安装、docker安装以及软件源码安装方法...== #(1)三代组装软件falcon安装 conda install -c bioconda pb-assembly #fc_run --help 验证安装成功 #----------------...------- #(3)基因组组装质量评估软件安装busco conda install -c https://conda.anaconda.org/bioconda busco #busco--help...----------------------------------------------------------------- #(89)orthofinder 已安装 conda install...-c bioconda orthofinder -y #orthofinder -h验证是否安装成功 #-----------------------------------------------
1.关于本机环境 Mac:macOS Sierra 版本:10.12 python版本:3.6.1 (安装Anaconda自带的,不是Mac系统自带的python2.7.10版本) 2.开始安装 conda...to be in conflict: - mayavi 4.5.0* -> pyqt 4.* -> python 2.6* -> openssl 1.0.1* - python 3.6* Use "conda...解决方法: 1.创建一个新的python2.6环境安装 conda create -n python2.6 mayavi=4.5 2.创建一个新的基于python3.5 mayavi=4.5的环境 2...channell来获取) 下载时候可指定国内的镜像源,其中vtk等依赖库可能从 menpo channel 下载；网速不好时候可能导致下载失败;此时找到vtk的下载地址单独下载然后安装 conda install...*.tar.bz2; 如果出现 open file fuait 执行 conda clean --all 后再次安装.
**packages 管理：**可以使用 conda 来安装、更新 、卸载工具包 ，并且它更关注于数据科学相关的工具包。...，然后删除原有的环境 Conda的包管理 # 查看当前环境下已安装的包 conda list # 查看某个指定环境（xxxxx）下已安装的包 conda list -n xxxxx # 查找package...信息，例如查找numpy包信息，会列numpy的所有版本 conda search numpy # 安装package，安装多个包用空格隔开 # 如果不用-n指定环境名称，则被安装在当前活跃环境 #...# 删除numpy包（当前活跃的环境） conda remove -n xxxxx numpy # 删除xxxxx环境下的包 Conda 安装TensorFlow 直接安装指定版本...# anaconda/tensorflow是上图红框中的源名 3、最下面提供一个下载地址（蓝色框内），使用下面命令就可安装1.8.0版本tensorflow conda install --channel
安装如果使用的Anaconda发布的Python版本，可以使用下列命令来安装scikit-learn机器学习库： conda install -c anaconda scikit-learn 验证安装完成以后...，可以使用下列的方法来进行版本的简单验证，从显示的版本信息上看，目前作者使用的版本号为0.19.1的scikit-learn： bj-m-211510a:tools jinguang1$ python
今天，安装conda因为默认安装时，环境变量选择的是on，然后我不小心点了过去，于是 开始，一个小时的安装记。。。。。...写一遍文章，记录一下，防止自己不再掉坑 先说一下conda吧 Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。...conda环境使用基本命令： conda update -n base conda //update最新版本的conda conda create -n xxxx python=3.5...//关闭环境 conda env list //显示所有的虚拟环境 如何设置conda的环境变量 一开始我各种网上找方法，结果都失败，于是我自己学了一下linux...epel-release sudo yum install python3-pip 用conda安装jupyter ： conda install jupyter notebook 生成配置文件（很重要
为了方便用户的体验使用，我们也在互联网上放置了对应的试用版本，并且也会随着功能是更新也会定期的更新上去。软件包也会配置对应的使用文档和说明。...许多接触不多的用户在使用EasyNVR服务的时候会出现这样那样的问题，因此本篇博文为了方便解决用户使用问题，将会对应的分析几个常见的问题。...问题分析 控制台反馈错误来看，EasyNVR——Service服务已经存在，这个问题通常出现在软件版本的升级，或者是再次使用EasyNVR,之前的服务已经安装，再次安装会出现类似警告。 解决方案。...这个可以看出，控制台已经显示是安装服务完成，可以在服务中启动时会报类似问题， 问题分析与查找 ?...我们会发现，在进程中，我们的nvrnginx已经有使用进程在了，因此我的EasyNVR在安装服务的时候，会因为检测到本机有相同的进程存在而停止安装服务，因此，我们需要杀掉对应的进程重新安装，以实现服务正常工作
把之前的清空 conda uninstall xxx 安装 conda install --channel https://conda.anaconda.org/HCC tensorflow 试了很多镜像都不行...,只有这个可以 安装完,import tensorflow报错 卸载h5py,重装 conda uninstall h5py conda install h5py done 发布者：全栈程序员栈长，
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