1回答
我想使用qsub提交一个作业，它运行一些使用Numpy的Python代码。Numpy安装在我登录集群时激活的conda虚拟环境中，如果我只需在Python命令行解释器中调用import numpy，就可以导入它。但是，当我使用qsub提交作业时，它会尝试在不使用该环境的情况下运行作业<
浏览 355提问于2021-02-06得票数 0
我有一个python程序，它在conda环境中运行，安装在集群的特定节点中。我想把它提交给qsub，但只是需要帮助。我的剧本是：source conda activate myenv我已经试过了：
ssh **节点**‘导出SGE_ROOT=/usr/local/ run /ge2011.11；/usr/local/run&#
浏览 0提问于2020-12-12得票数 0
相关：rule bwa_sge_c_test: "bwa.yaml" "bwa > snaketest.txt"channels:dependencies:我使用以下命令运行SnakeMake：
snakemake-d &q
浏览 11提问于2018-09-10得票数 1
我在运行这样一条蛇形管道：snakemake -s $snakefile --configfile test.conf.yml --cluster"python $qsub_script" --latency-wait 60 --use-conda -p -j 10 --jobscript "$job_script"
我在conda环境中安装了snakemak
浏览 3提问于2019-12-26得票数 5
回答已采纳
1回答
我想向qsub命令的PATH环境变量添加一个字符串。编辑.sh文件不是一个选项，因为这是在管道中生成和运行的(我可以编辑qsub命令选项)。我正在运行以下qsub命令：
qsub -pe插槽16 -S /bin/bash -cwd -N“管道”-j y -o /home/user/log/out.log /home/user/管道/runthis.sh
浏览 6提问于2015-12-19得票数 1
回答已采纳
我正在尝试运行qsub myjob，但是我得到了一个错误。到目前为止，我所做的是：
pip install --ignore-installed --upgrade keras
创建包含以下行的我的作业文件python NASNet.py而不是qsub
浏览 0提问于2018-05-01得票数 1
回答已采纳
3回答
我有一个程序通常在Linux中的conda环境中运行，因为我使用它来管理我的库，下面是说明：python hello_world.py# script.sh
浏览 2提问于2018-11-16得票数 7
回答已采纳
1回答
我在GitHub上找到了GitHub，我想在自己的工作中使用它。我的问题是:第2行到第5行是什么意思？这些只是评论，还是有什么用呢？
#!
浏览 0提问于2018-05-05得票数 13
回答已采纳
我正在使用qsub提交pbs工作。我的作业文件需要定义5个环境变量：qsub -v A=foo,B=bar,C=cat,D=dog,E=qux jobfile.sh。有时，我可能会忘记在命令行中定义一个变量，而我只是在稍后提交以查找我的错误。
那么，是否有一种方法来捕捉在使用qsub提交时并非所有的环境变量都已定义的条件？还是我必须承认，在提交包含许多所需环境变量
浏览 2提问于2014-04-28得票数 2
回答已采纳
我在一个超级计算集群上有一个帐户，在那里我使用"pip install --user keras“安装了一些软件包。当使用qsub向队列提交作业时，我尝试通过设置“在脚本中导出PYTHONPATH=$PYTHONPATH:$HOME/.local/lib/python2.7/site-packages/keras”“
浏览 34提问于2017-01-17得票数 3
1回答
我是一个在集群上编程的新手，并且很难找到我周围的路。我在使用bash cluster和OpenMPI的SGE上。我有一个任务，我想运行我的进程的几个变体，唯一的区别是具有不同的配置，因为我将为我的程序分配更多的资源。举个例子：在这里，我将process_num进程分配给我的作业环境。我希望我的环境发生变化，例如:我想为process_num尝试1、2和3。/my_prog -npernode 1
don
浏览 11提问于2018-01-04得票数 0
回答已采纳
我有一个名为"minvappmpi“的程序，它被并行化，并将qsub作为子例程调用。如果我想用"qsub“提交另一份工作，那么一切都很好。只有当我在程序中调用"qsub“时，才会找到该命令。我认为这个问题与路径有关:不知何故，我正在工作的环境知道可执行文件"qsub“在哪里，但是集群不知道？
浏览 0提问于2016-09-07得票数 3
我想在一个64节点的Sun Grid Engine Cluster的所有活动节点上运行一个作业，该作业是使用qsub调度的。我目前使用array-job变量来实现同样的功能，但有时程序会在同一节点上被多次调度。qsub -t 1-64:1 -S /home/user/.local/bin/bash program.sh
是否可以在所有节点上并行地为每个节点仅调度一个作业？
浏览 2提问于2013-10-28得票数 1
我最近使用Elasticluster ()在计算引擎上创建了一个网格引擎集群。我想知道在运行Grid Engine的Compute Engine虚拟机集群上运行共享内存多线程批处理作业的合适命令是什么。
qsub -cwd -l h_vmem=80
浏览 5提问于2016-02-02得票数 0
我尝试在一个bash脚本中使用整数变量来提交给Sun Grid Engine (使用qsub)。有人能解释一下为什么这不起作用吗？
浏览 19提问于2016-07-22得票数 1
回答已采纳
3回答
当我使用提交作业时在script.sh中是否将$@设置为某个值？也就是说，是否有任何命令行参数传递给script.sh
浏览 0提问于2014-10-21得票数 18
回答已采纳
我正在将我在LSF集群环境(例如bsub)中开发的Snakemake工作流移动到SGE集群环境(例如qsub)。我以前在规则中使用resources关键字指定了作业的内存需求，使用了中建议的变量mem_mb。我还使用threads关键字指定了希望为作业提供的线程数。这些值有时作为作业本身的参数结束(我正在运行的程序允许我指定它的最大内存使
浏览 0提问于2019-04-19得票数 2
回答已采纳
2回答
我正在尝试在crontab中执行qsub脚本。在crontab txt文件中，我尝试：我得到的错误是"/bin/sh: qsub: command not found“。
浏览 3提问于2013-03-05得票数 3
回答已采纳
我在bash中使用pbs交互作业，使用qsub -I启动，我想在启动后运行一些命令。在运行此命令之后，我想继续像往常一样使用交互式预订。我不知道如何做到这一点，因为就像打开交互式ssh提示一样，在远程终端完成后发出的命令，即qsub -I; hello。编辑:为了澄清，在上面的示例(qsub -I; hello)中，我希望在qsub预订中
浏览 0提问于2011-08-10得票数 2
我有一个带有torque的集群来分配作业。我想用tensorflow代码运行一个作业，而且我在tensorflow没有被识别时遇到了问题。我使用anaconda在LDAP用户上安装了tensorflow，因此我可以在任何节点中输入tensorflow环境并手动运行我的代码。我的问题是，torque作业在运行时不会打开conda环境，所以我得到了"ImportError:
浏览 4提问于2017-10-06得票数 0
回答已采纳
扫码
添加站长 进交流群
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云
相关资讯
热门标签
云服务器
ICP备案
对象存储
腾讯会议
云直播活动推荐
腾讯云开发者
