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ggplot2中ylim的坑

在ggplot2中很容易出现一个修改坐标轴范围的问题，喜欢用ggplot2画图的需要注意一下。...ylim和coord_cartesian都是调整坐标轴范围，但是它们的结果是有可能不一样的，看下面的一个例子： data(diamonds) p ggplot(data = diamonds, aes...这里是因为ylim是直接处理的数据导致的，比如例子中不在范围的数据就直接被移除。同等操作应该用coord_cartesian来实现。...即使用原数据作图，再对图形进行变动。内部参数xlim 和 ylim 各接一个二元数值向量，控制显示的区域范围，原理不是截取，而是放大该区域，原有图形不变。...p + + coord_cartesian(ylim = c(0,60)) ? image

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跟着Nature Genetics学画图：R语言ggplot2画折线图并添加误差线

折线图添加误差线是非常常用的一种可视化方法，今天的推文介绍一下使用R语言的ggplot2作图的代码。...image.png 数据保存为csv格式 df<-read.csv("line.csv",header=T) df 基本的折线图 library(ggplot2) head(df) ggplot(df...image.png 添加误差线 ggplot(df,aes(x=time_point,y=value))+ geom_line()+ geom_point()+ ylim(0,40)+...image.png 这样基本就做好了，接下来就是美化去掉灰色背景添加坐标轴线更改坐标轴的刻度和标签 ggplot(df,aes(x=time_point,y=value))+ geom_line...image.png 接下来是拼图 p1ggplot(df,aes(x=time_point,y=value))+ geom_line()+ geom_point()+ ylim(0,40

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R语言ggplot2作图离散变量更改坐标轴范围

首先是示例数据 image.png 使用R语言的ggplot2做一个热图 #install.packages("see") df<-read.csv("20210809_example.csv") library...(ggplot2) library(see) ggplot(data=df,aes(x=gene_name,y=variable))+ geom_tile(aes(fill=value))+ scale_fill_social_c...() image.png 增加y轴的上下空白 ggplot(data=df,aes(x=gene_name,y=variable))+ geom_tile(aes(fill=value))+...scale_fill_social_c()+ scale_y_discrete(expand=expansion(mult=1)) image.png 增加下方的空白 ggplot(data=df...value))+ scale_fill_social_c()+ scale_y_discrete(expand=expansion(mult=c(1,0))) image.png 如果是要更改

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R语言ggplot2画环状柱形图(circular barplot)的简单小例子

Rplot05.png 环状图中间搞成空心，看起来好像美观一点 p+ylim(-100,120)+coord_polar() #添加标签 p+coord_polar()+ylim(-100,120)+...aes(x=as.factor(id),y=value))+ geom_bar(stat="identity",fill=alpha("blue",0.7))+ coord_polar()+ylim...(df1,aes(x=as.factor(id),y=value))+ geom_bar(stat="identity",aes(fill=fill))+ coord_polar()+ylim(...Rplot10.png ######小知识点：ggplot2更改绘图区空白大小 https://ggplot2.tidyverse.org/reference/element.html theme(plot.margin...=unit(c(1,1,1,1),'cm')) #更改里面的数值即可 #比如可以比较一下以下两条命令的区别 df<-data.frame(A=1:10,B=10:1) pggplot(df,aes(

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如何更改ggplot2中堆积条形图中的堆积顺序

拟合曲线 R语言之可视化①④一页多图（1） R语言之可视化①⑤ROC曲线 R语言之可视化①⑥一页多图（2） R语言之可视化①⑦调色板 R语言之可视化①⑧子图组合patchwork包 R语言之可视化①⑨之ggplot2...绘制饼图 R语言之可视化（27）通过R语言制作BBC风格的精美图片 R语言之可视化（28）蜜蜂图 R语言之可视化（29）如何更改ggplot2中堆积条形图中的堆积顺序问题：如何控制由ggplot2创建的堆积条的堆积顺序...原始图表 library(reshape2) library(ggplot2) ra.melt <- melt(ra) p ggplot(ra.melt, aes(x = variable, y...解决方案堆叠在数据框的原始顺序中 ra.melt$quality <- factor(ra.melt$quality, levels = ra$quality) p ggplot(ra.melt...如果我们想颠倒堆叠顺序但同时保留图例的顺序，则使用参数* position_stack（reverse = TRUE）* p ggplot(ra.melt, aes(x = variable, y

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ggplot2--R语言宏基因组学统计分析(第四章)笔记

更改颜色的另一个重要应用是将不同颜色映射到源数据集中的类别变量的不同级别。例如，在微生物群落研究中，我们经常使用不同的颜色来呈现不同的实验组或条件。...例如，对于笛卡尔坐标系，坐标函数包括：coord_cartesian(xlim，ylim）、coord_flip()和coord_fixed(ratio，xlim，ylim）；对于极坐标，通常使用函数coord_polar...在下面的代码中，我们创建一个新的plot对象p5，并使用coord_cartesian()更改X和Y轴的限制以放大到感兴趣的区域。...4.3.3.4 添加标签图层以更改标题和轴标签默认情况下，由ggplot2创建的绘图没有任何标题，并且带有与绘图中使用的变量名相对应的轴标签。...这可以通过使用labs()函数来完成，我们可以使用title、x和y参数指定轴和标题，或者使用特定函数ggtitle()来更改标题，使用xlab()和ylab()来更改轴标签。

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使用 CHNTPW 更改 Windows 密码

用户数据库文件中的某些信息和更改用户密码，通常位于 Windows 文件系统上的 \WINDOWS\system32\config\SAM。...使用命令 chntpw -h chntpw: change password of a user in a Windows SAM file, or invoke registry editor....在这里，我们正在更改密码。因此，键入"2"。然后，该工具将要求键入新密码。只需键入它，然后按回车键。然后它会询问我们是否要保存密码。按 y 保存新密码。...现在，我们便更改了 SAM 文件中的密码。...版权属于：逍遥子大表哥本文链接：https://blog.bbskali.cn/3029.html 按照知识共享署名-非商业性使用 4.0 国际协议进行许可，转载引用文章应遵循相同协议。

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ggplot2画KEGG富集柱形图

在做项目分析的时候遇到过一个问题，就是有个老师想将好几张功能富集结果中的柱状图的横坐标的范围全部调整为一样的，一般画这个柱状图都是用Y叔的clusterprofiler包中的barplot函数对使用这个包的功能富集结果进行一键绘图...后面我觉得还是自己用ggplot2画吧，反正这个包里面一键绘图也是根据ggplot2来的。...,kegg$Count ,kegg$p.adjust) colnames(top10) <- c("Description","count","padj") #fill=padj fill颜色填充，使用连续值...fill='transparent',color='gray'), axis.text.y=element_text(color="black",size=12)) #ylim...(0,30) 更改横坐标的范围这里坐标轴颠倒了，虽然看起来是x轴，但其实是y轴 p3 ylim(0,30) + scale_fill_gradient(low="red",high="blue

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绘制圆环图雷达图星形图极坐标图径向图POLAR CHART可视化分析汽车性能数据

然而，用coord\_polar()或偶尔发现的ggplot2中的coord\_radar()构建它们可能很难。...#编造一些范围数据 bind_rows rotate_data 使用polygon 绘制范围，使用 path 和 point 绘制 mpg 值。...geom_polygon+ geom_point + ylim + xlim + theme+ coord_equal 标签为您旋转的变量添加文本标签。...当然，您还可以更改代码以根据变量更改每个条的“高度”。...geom_polygon+ geom_path + geom_point + geom_text + ylim + xlim + theme + coord_equal

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杂记：ggpairs更改配色；ggplot2极坐标添加直线；seqkit计算fasta序列的长度和gc含量

image.png ggpairs更改配色这个只是一种方案，还有好多问题没有解决，比如如何给下三角和上三角赋予不同的颜色代码 library(GGally) ggpairs(iris,columns...image.png ggplot2 作图极坐标情况下添加直线自己没有想法如何实现，搜索引擎搜索关键词 ggplot2 polar and then add straight lines找到参考链接...geom_tile(data = df, aes(x = x, y = y, fill = d)) + ylim...geom_tile(data = df, aes(x = x, y = y, fill = d)) + ylim...geom_tile(data = df, aes(x = x, y = y, fill = d)) + ylim

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ggforce|绘制区域轮廓-区域放大-寻找你的“onepiece”

ggforce是ggplot2的扩展包，“擅长”于根据数据绘制轮廓以及区域放大。先将整体分为几个重要的“版图”，然后根据“线索”重点放大后在此区域进行精细“搜寻”，最终找到“ONEPIECE”！?...3 更改主题设置 ggforce作为ggplot2的扩展包，也能直接使用ggplot2的主题设置 p + geom_mark_rect(aes(label = tzone), show.legend =...使用expand参数中使用units()参数命令调整轮廓与点的边缘的距离大小。对于白色背景或在线文章（基本上都是白色背景），很难确定绘图的边距。...1 xlim和ylim设置聚焦区域选择左下角的Pacific/Honolulu区域进行展示 #xlim和ylim，基于坐标聚焦区域 p + facet_zoom(xlim = c(-155, -160.5...), ylim = c(19, 22.3)) ?

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git 使用 VisualStudio 比较分支更改

默认的 VisualStudio 比较文件比 github 的用起来好很多，那么如何使用 VisualStudio 作为代码比较？尝试打开一下 VS ，随意进行对比两个文件。...如果使用的是 Powershell ，那么可以输入 cmd 进入命令行可以看到对比文件很好用，那么在 git 使用的默认比较分支是git difftool dev release 就可以比较两个分支，...但是如何使用 vs 进行比较？...如果想使用一个简单的方法，可以打开 VisualStudio 团队设置，然后设置使用 VisualStudio ?...但是git那么厉害，是不是有一个方法可以做到，忽略某个文件夹的更改。是的，下面我来告诉大家如何忽略这个文件夹。

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git 使用 VisualStudio 比较分支更改

默认的 VisualStudio 比较文件比 github 的用起来好很多，那么如何使用 VisualStudio 作为代码比较？尝试打开一下 VS ，随意进行对比两个文件。...进入命令行可以看到对比文件很好用，那么在 git 使用的默认比较分支是git difftool dev release 就可以比较两个分支，但是如何使用 vs 进行比较？...如果想使用一个简单的方法，可以打开 VisualStudio 团队设置，然后设置使用 VisualStudio 忽略对比的文件夹如果在 git 提交中，存在某个文件都是资源，在对比中，不停需要去看这些文件...但是git那么厉害，是不是有一个方法可以做到，忽略某个文件夹的更改。是的，下面我来告诉大家如何忽略这个文件夹。...使用 git 输入下面的命令就可以忽略 resource 文件夹 git difftool relase dev -- . ':!resource' 这个命令需要注意，-- . ':!

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R语言基础绘图教程——第5章:直方图和柱状图

# 更改条形颜色 barplot(data[,2],names.arg = data[,1],main="条形图",xlab="分组",ylab="统计量",col="blue") ?...xlab="分组",ylab="统计量", col=c("blue","red"), legend=c("Low Dose","High Dose"), ylim...xlab="分组",ylab="统计量", col=c("blue","red"), legend=c("Low Dose","High Dose"), ylim...(data,aes())+ geom_bar() library(ggplot2) csub ggplot2.txt", sep="\t", header...ggplot(data, aes(waiting)) + geom_histogram() #set binwidth 5 ggplot(data, aes(waiting)) + geom_histogram

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使用BiFunction更改map的value

这个PR是这样的： map 通过传入的BiFunction实现来返回值为新的map，支持返回别的类型 /** * 通过biFunction自定义一个规则，此规...

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🤗 boxjitter | 完美复刻Nature上的高颜值统计图

数据整理这里我们先把数据整理成ggplot需要的格式 @(｡･o･)@ dat_long % gather(key, value, 1:6) %>% mutate(loc...开始画图 5.1 初步绘图 p1 ggplot(dat_long, aes(x = type, y = value, fill = key))+ geom_boxjitter(outlier.color...jitter.width = 0.075, errorbar.draw = TRUE) p2 ---- 5.3 修改细节去掉背景,更改颜色...element_blank(), axis.line = element_line(colour = "black"), legend.position = "none") + ylim...element_blank(), axis.line = element_line(colour = "black"), legend.position = "none") + ylim

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ggdensity：更直观的密度估计图形

ggdensity是一个新的ggplot2扩展包，用于展示二维密度估计，使用的方法是基于最高密度区域（HDR）的密度估计方法。（什么是HDR？...这个参数有四个取值："kde"，"histogram"，"freqpoly"或"mvnorm".在下面的例子里，使用随机生成的样本，我们对比四种估计方法的结果： library(tidyverse) library...下面的例子使用一个模拟的例子对比两个函数的效果： df <- data.frame(x = rnorm(1000), y = rnorm(1000)) p5 ggplot(df, aes(x,...() p5+p6 图-2 表示区域概率的计算变量probs是geom_hdr( )使用底层stat函数创建的，可以使用after_stat( )按照ggplot2中对计算变量的标准方式来映射这个变量...), ylim = c(0, 10)) 图-8 3 地毯图geom_hdr_rug( ) 地毯图是密度图的补充，可以展示联合分布的边际密度。

1.5K2 0

IntelliJ 更改项目使用的 JDK 版本

在当前使用的 IntelliJ 中的 JDK 版本为 1.8，如何修改 IntelliJ 使用的 JDK 版本为 1.11 呢？你可以在 IntelliJ 中进行修改。...然后刷新你的项目在进行编译的时候，你会发现你的 IntelliJ 已经使用设置的新 JDK 版本进行编译项目了。请参考链接有关具体的问答内容：IntelliJ 更改项目使用的 JDK 版本

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使用VBA自动更改Excel打印区域

_ .Range("A1", .Range("D" & Rows.Count).End(xlUp)).Address End With End Sub 上述代码将捕获列D中最后使用的单元格...代码中的Sheet1是工作表代码名称，如果你使用的工作表不是Sheet1，则需要对此进行修改。...如果想打印单元格A1所处的当前区域，则可以使用下面的代码： Sub PrintCurrentArea() Sheet1.PageSetup.PrintArea = [A1].CurrentRegion.Address

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boxjitter | 完美复刻Nature上的高颜值统计图

数据整理这里我们先把数据整理成ggplot需要的格式 @(｡･o･)@ dat_long % gather(key, value, 1:6) %>% mutate...开始画图 5.1 初步绘图 p1 ggplot(dat_long, aes(x = type, y = value, fill = key))+ geom_boxjitter(outlier.color...jitter.width = 0.075, errorbar.draw = TRUE) p2 图片 5.3 修改细节去掉背景,更改颜色...element_blank(), axis.line = element_line(colour = "black"), legend.position = "none") + ylim...element_blank(), axis.line = element_line(colour = "black"), legend.position = "none") + ylim

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