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R tips:使用ggplot2绘制空间坐标图

Xenium、Visium、VisiumHD、CellDive、Akoya等空间组学数据是包含细胞的坐标信息的,这些信息可以用于绘制空间原位图。...空间数据提供的位置信息一般分为两种:细胞的质心和细胞的边界,以Xenium数据为例,这两种细胞坐标信息它都有包含。...,而cellboundaries.csv.gz或者cellboundaries.parquet里面包含细胞的边界坐标。...上述图示不是特别清楚,放大后如下,可以看到细胞边界坐标可以绘制出完整的单细胞划分后的真实细胞边界: 细胞质心空间图 质心空间图可以有两种图层用于展示: coords_xenium2 使用geom_tile图层,它可以指定点的height和width,height和width的大小和使用的数据有关系,在调试出图时只需要指定好了它们的值,则点的遮挡关系就不会因为导出图片的大小而出现改变

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    使用Python+pillow绘制矩阵盖尔圆

    盖尔圆是矩阵特征值估计时常用的方法之一,其定义为: 与盖尔圆有关的两个定理为: 定理1:矩阵A的所有特征值均落在它的所有盖尔圆的并集之中。...定理2:将矩阵A的全体盖尔圆的并集按连通部分分成若干个子集,(一个子集由完全连通的盖尔圆组成,不同子集没有相连通的部分),对每个子集,若它恰好由K个盖尔圆组成,则该子集中恰好包含A的K个特征值。...与盖尔圆定理有关的几个推论为: 推论1:孤立盖尔圆中恰好包含一个特征值。 推论2:实矩阵的孤立盖尔圆恰好包含一个实特征值。 推论3:盖尔圆方法中盖尔圆半径可以按列求和。...(因为方阵转置后特征值不变) 下面的代码使用Python+pillow绘制给定矩阵的盖尔圆: 当输入矩阵[[10,20,30],[30,40,50],[50,65,70]]时,得到的图形如下: 当输入矩阵

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    使用 matplotlib 绘制带日期的坐标轴

    使用 matplotlib 绘制带日期的坐标轴 源码及参考链接 效果图 [运行结果] 代码 import numpy as np import matplotlib.pyplot as plt import...] = y ax.plot('date', 'value', data=data) # ax.plot(data['date'], data['value']) # 与前一行是等效的 """设置坐标轴的格式...设置次刻度,每个月一个刻度 fmt_month = mdates.MonthLocator() # 默认即可 ax.xaxis.set_minor_locator(fmt_month) # 设置 x 坐标轴的刻度格式...ax.xaxis.set_major_formatter(mdates.DateFormatter("%Y-%m")) # 设置横坐标轴的范围 datemin = np.datetime64(data...ax.grid(True) """自动调整刻度字符串""" # 自动调整 x 轴的刻度字符串(旋转)使得每个字符串有足够的空间而不重叠 fig.autofmt_xdate() plt.show() 代码中使用到的类简单介绍一下

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    详谈如何使用ggplot2绘制火山图

    欢迎关注R语言数据分析指南 ❝最近VIP群内有朋友询问火山图的绘制方法,那么本节就来详细介绍在R中如何使用「ggplot2绘制火山图」,小编添加了详细的注释希望各位观众老爷能够喜欢。...("data.xls", header = TRUE, sep = "\t") 数据清洗 plot_data % janitor::clean_names() %>% # 使用...Il15", "Il34")) 数据可视化 plot_data %>% ggplot(aes(x = log2(fold_change), y = -log10(adj_p_val))) + # 绘制基础散点图...size = 1) geom_point(aes(color = gene_type), alpha = 0.6, shape = 16, size = 1) + # 从 up_genes 数据框中绘制特定形状的散点图...geom_point(data = up_genes, shape = 21, size = 2, fill = "red", colour = "black") + # 从 down_genes 数据框中绘制特定形状的散点图

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    使用D3.JS进行坐标轴绘制和图绘制

    前面已经说过D3的功能十分强大,但是往往实际使用时只需要用到一部分内容,在这里,就只用到了 比例尺 和 布局 两部分,外加 核心 的请求部分(请求数据),分别用来绘制Graph的显示坐标轴和图的顶点及边...绘制坐标轴 传统坐标轴 这里指的是 第一象限 的坐标轴,即两轴的坐标均为正数,坐标原点为(0,0) 具体可以看 这里,说的比较详细。...(circle+line) 关于图的绘制,本质上就是圆点和线的绘制,所以这也解释了为什么输入文件中的边数据也需要包含坐标的原因,因为在d3中绘制顶点和绘制边是互不相关的。....append('circle') .attr('cx', function(d) { return xScale(d.cx); // 使用比例尺返回合适的变换 })...可以直接使用上述的API进行文件读取,非常方便 d3.csv("data.csv",function(error,data){ if(error){...}

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    ggplot2 案例:使用 ggplot2 绘制绘制一幅气泡地图展示各国疫情状况

    约翰·霍普金斯大学提供了一份数据集,使用这份数据集我们可以绘制一幅气泡地图展示这些确诊患者的分布,代码比较简单: 首先导入我们需要的几个 R 包: library(ggplot2) library(sf...crs 就是 4326): worldmap % st_transform(crs = 4326) 把疫情数据读取进来并根据经纬度坐标把这个数据框转换成...sf 对象,同样使用 4326 投影坐标系,这样地图和数据才不会分家: read_csv('time_series_19-covid-Confirmed.csv') %>% select(Lat,...colnames% st_as_sf(coords = c("long", "lat"), crs = 4326) -> con_df 最后绘制地图...Novel Coronavirus (COVID-19) Cases, provided by JHU CSSE\nhttps://github.com/CSSEGISandData/COVID-19\n绘制

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    C#中使用OpenCvSharp4绘制直线、矩形、圆、文本

    C#中使用OpenCvSharp4绘制直线、矩形、圆、文本 继之前的Python中使用Opencv-python库绘制直线、矩形、圆、文本和VC++中使用OpenCV绘制直线、矩形、圆和文字,将之前的Python...OpenCV库,Github源代码地址为:https://github.com/shimat/opencvsharp,里面有关于Windows下安装OpenCvSharp4库的描述,如下图所示: 二、C#中使用...OpenCvSharp4绘制直线、矩形、圆、文本 1、使用VS2022创建一个C# .Net控制台程序,项目命名为OpenCVExample 2、安装OpenCvSharp4库 安装OpenCvSharp4...和OpenCvSharp4.runtime.win两个NuGet包,或者直接安装OpenCvSharp4.Windows 3、使用OpenCvSharp4绘制直线、矩形、圆、文本 对应的C#代码如下...Opencv-python库绘制直线、矩形、圆、文字

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    Python中使用Opencv-python库绘制直线、矩形、圆、文字 在Python中使用Opencv-python绘制直线、矩形、圆、文本非常简单,分别使用到line、rectangle、circle..., shift]]] ) -> img cv.rectangle( img, rec, color[, thickness[, lineType[, shift]]] ) -> img circle 绘制圆...text, org, fontFace, fontScale, color[, thickness[, lineType[, bottomLeftOrigin]]] ) -> img python中使用...Opencv-python库绘制直线、矩形、圆、文本的示例代码 python示例代码如下: import cv2 import numpy as np img = np.zeros((512, 512...,边界线条厚度为2 cv2.circle(img, (400, 50), 30, (255, 255, 0), 5) # 以(400,50)为中心,绘制半径为30的圆,颜色为青色(绿+蓝=青(Cyan

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    软件测试|使用matplotlib绘制平行坐标系图

    简介 绘制平行坐标系图(Parallel Coordinates Plot)是一种用于可视化多维数据的强大方法。...在这篇文章中,我们将介绍如何使用Matplotlib库创建平行坐标系图,以及如何解释和定制这种图表。我们将使用一个示例数据集来演示。...接下来,我们将使用Matplotlib来绘制平行坐标系图。...# 显示图形 plt.show() 上述示例中,我们使用pd.plotting.parallel_coordinates()函数绘制平行坐标系图。...在本文中,我们介绍了如何使用Matplotlib创建平行坐标系图,包括生成示例数据集、绘制图表以及定制图表。你可以根据自己的需求和数据来进一步扩展和定制平行坐标系图,以更好地理解和传达数据。

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    在 R 中使用 sf 和 ggplot2 绘制河流地图

    边界框 在我们用ggplot2做魔术之前再走几步。我们的目标包括欧洲和中东,因此我们希望确保我们主要占领欧洲。我们通过制作一个边界框来做到这一点。让我们使用 WGS84 坐标定义边界框的参数。...在本教程中,我们将使用世界等距圆柱投影来展平地图。因此,我们首先定义此投影,然后转换坐标。 # 3....好了,伙计们,我们准备绘制欧洲河流的地图了。...我们首先绘制河流线,并根据定义的宽度根据类和宽度分配特定颜色。 由于我们的目标是将视野缩小到欧洲,因此我们使用coord_sf根据预定义的边界框设置纬度和经度限制。...我们将使用蓝色阴影来绘制我们的河流类。此外,我们将大小限制定义为从 0 到 0.3 的数值范围。我鼓励你玩这个范围,看看你会得到什么。

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    随着生物信息学的发展,R语言在数据分析和绘制图形上都有着十分重要的优势。尤其是现在大部分科研绘图,都使用R语言来完成的。...那么下面我就用所学R知识不多的情况下教大家绘制这幅SCI配图。 本次绘图工具:RStudio。 RStudio是R的集成开发环境,界面更加丰富实用,使用起来更加方便。...本次绘图所使用的R包:ggplot2和ggpointdensity ggplot2是R语言绘制图形一个十分重要也是非常基础的一个包,使用ggplot2再加上R自带的base画图基本可以完成所有图形的绘制...接下来打开RStudio来完成这幅图的绘制。 1.获取和设置工作路径 使用setwd()和getwd()来获取和设置自己的工作路径。...ggpointdensity) 3.导入数据 data = read.csv("1_zd_aodPM25.csv") 4.使用ggplot2开始画图 p2 = ggplot(data, aes(x=

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    月亮图也是如此,它把一个圆分成多个部分,这些部分的面积代表整个圆的比例,但在月亮图中,这些部分被画成圆的月牙形,就像月相。 ? 使用月亮图而不是饼图背后的动机主要是审美的选择。...用法 ggplot2数据可视化包,为R语言中的月亮图提供支持。它们的绘制方式与ggplot2中的点最为相似:它们的位置由一个x和一个y坐标定义,它们的大小与坐标系无关,所以它们总是保持圆形。...比例美学 比率控制要绘制的月亮的比例。它必须在0("新月",实际上什么都没画)和1("满月",即一个圆)之间。...工作实例 地图上的月亮图 多饼图的一个常见用途是表示地图上不同坐标处的比例。x和y维度已经致力于地图坐标,所以像柱状图这样的比例可视化就比较困难。这是一个尝试月形图的绝佳机会!...ggplot(lunardist, aes(date, distance)) + geom_line() + # 将下层绘制成一个完整的圆 geom(data = phase, ratio

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