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R语言广义线性混合模型GLMMs在生态学中应用可视化2实例合集|附数据代码

# 绘制模型预测图 library(ggplot2) ggplot geom_smooth函数在ggplot2中默认不支持lmer模型,你可能需要手动计算预测值并添加到数据框中...,我添加了qqline函数来在QQ图上绘制参考线,以便更清晰地查看残差和随机效应的正态性。...我还使用了lattice包的xyplot函数来绘制混合效应模型的拟合图,其中每个组(f)的拟合线被单独绘制。..., sqrt(abs(resid(m_lme2)))) # 绘制拟合值与残差绝对值的平方根的散点平滑图 # 错误数据 m_wrg 使用错误数据构建混合效应模型...scatter.smooth(fitted(m_wrg), sqrt(abs(resid(m_wrg)))) # 绘制拟合值与残差绝对值的平方根的散点平滑图 # 绘制拟合值与残差的关系图,对残差和所有随机效应进行

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R语言广义线性混合模型GLMMs在生态学中应用可视化2实例合集|附数据代码

) # 绘制模型预测图 library(ggplot2) ggplot geom_smooth函数在ggplot2中默认不支持lmer模型,你可能需要手动计算预测值并添加到数据框中...,我添加了qqline函数来在QQ图上绘制参考线,以便更清晰地查看残差和随机效应的正态性。...我还使用了lattice包的xyplot函数来绘制混合效应模型的拟合图,其中每个组(f)的拟合线被单独绘制。..., sqrt(abs(resid(m_lme2)))) # 绘制拟合值与残差绝对值的平方根的散点平滑图 # 错误数据 m_wrg 使用错误数据构建混合效应模型...scatter.smooth(fitted(m_wrg), sqrt(abs(resid(m_wrg)))) # 绘制拟合值与残差绝对值的平方根的散点平滑图 # 绘制拟合值与残差的关系图,对残差和所有随机效应进行

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    R语言nlme、nlmer、lme4用(非)线性混合模型non-linear mixed model分析藻类数据实例|附代码数据

    简单的说,混合模型中把研究者感兴趣的自变量对因变量的影响称为固定效应,把其他控制的情景变量称为随机效应。由于模型中包括固定和随机效应,故称为混合线性模型。...非线性混合模型就是通过一个连接函数将线性模型进行拓展,并且同时再考虑随机效应的模型。...更一般的诊断图--残差与拟合,同一个体的点用线连接。可以发现,随着平均数的增加,方差会逐渐减小。...拟合与残差 diagplot2 %+% dp2 叠加预测(虚线): g1 + geom_line 如果能生成平滑的预测曲线(即对中间的日值),那就更好了,但也更繁琐。...我们可以尝试在xmid和scale参数中加入随机效应。 在组间或作为X的函数的方差(无论是残差还是个体间的方差)中可能有额外的模式。

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    TIP 2023 | 通过高斯-拉普拉斯-逻辑混合模型和串联残差模块学习的图像压缩

    作者首先使用leaky ReLU激活函数来替换ReLU函数,并从残差块中删除批量归一化层。Leaky ReLU激活函数可以加快网络的收敛速度。详细结构如图3(b)所示。...在此基础上,作者开发了两个级联残差模块,如图3(c)和图3(d)所示。 在图3(c)中,将图3(b)中的两个残差块连接起来,并在输入和输出之间添加另一个短连接。...图3 (a) 标准残差块;(b) Leaky ReLU 的残差块;(c) 两级串联残差模块;(d) 三级串联残差模块。...不同熵编码模型的比较 在图10中,我们使用Kodak数据集来比较不同熵编码模型的性能,包括逻辑混合模型(LoMM)、高斯混合模型(GMM)、高斯-逻辑混合模型(GLoMM)、高斯-拉普拉斯混合模型(GLaMM...不同损失函数的影响 图 14 显示了不同损失函数的影响。在该图中,Ours+MSE是所提出的方法,仅使用MSE作为损失函数中的失真度量D(x, ˆ x),实现了最佳的PSNR性能。

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    R语言、SAS潜类别(分类)轨迹模型LCTM分析体重指数 (BMI)数据可视化|附代码数据

    模型 A:无随机效应模型 | 固定效应同方差 | - 解释个人轨迹与其平均类轨迹的任何偏差仅是由于随机误差其中假设所有类的残差方差相等,相关视频**拓端,赞15模型 B:具有特定类别残差的固定效应模型...的基本原理来检查没有随机效应的模型中每个 K 类的标准化残差图的形状。...如果残差轮廓可以近似为平坦、直线或曲线,则分别考虑随机截距、斜率或二次项。为了拟合没有随机效应的潜在类模型。...hlmfixed(bmig)然后,我们将拟合模型输入 LCTM中的 step1 函数,以检查特定类别的残差。第2步优化步骤 1 中的初步工作模型以确定最佳类数,测试 K=1,...7。...我们测试了七个模型,从简单的固定效应模型(模型 A)到允许残差在类别之间变化的基本方法(模型 B)到一组具有不同方差结构的五个随机效应模型(模型 CG)。

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    R语言、SAS潜类别(分类)轨迹模型LCTM分析体重指数 (BMI)数据可视化|附代码数据

    模型 A:无随机效应模型 | 固定效应同方差 | - 解释个人轨迹与其平均类轨迹的任何偏差仅是由于随机误差其中假设所有类的残差方差相等,模型 B:具有特定类别残差的固定效应模型 | 异方差 | 与模型...的基本原理来检查没有随机效应的模型中每个 K 类的标准化残差图的形状。...如果残差轮廓可以近似为平坦、直线或曲线,则分别考虑随机截距、斜率或二次项。为了拟合没有随机效应的潜在类模型。...hlmfixed(bmig)然后,我们将拟合模型输入 LCTM中的 step1 函数,以检查特定类别的残差。第2步优化步骤 1 中的初步工作模型以确定最佳类数,测试 K=1,...7。...我们测试了七个模型,从简单的固定效应模型(模型 A)到允许残差在类别之间变化的基本方法(模型 B)到一组具有不同方差结构的五个随机效应模型(模型 CG)。

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    R语言实现:基于GARCH模型的股市危机预警

    此外,本文尝试使用SGARCH模型对股票收益率序列进行滚动预测,取得较好预测精度,同时文章首创性的基于Var曲线提出了股市危机预警信号。这些方案可以帮助投资者合理投资,增强股市的合理性、抗风险性。...分布为数据分布函数,QQ图,对数收益率序列折现图。 收益率分布图、QQ图可以看出金融时间序列确实表现出尖峰厚尾性,相对于标准正态分布,峰度更高,两段的尾部更厚,也就是极值更多。...p<0.01序列为平稳序列 (3)ARCH 效应检验 #得先arima拟合模型,对残差进行LM检验 armamodel=auto.arima(rlogdiff) #自动基于AIC最小准则,寻找最佳拟合模型...由图可知,残差序列滞后36阶后,残差自回归函数的系数显著,序列仍然存在自相关。因此 拒绝原假设,说明样本序列存在显著的ARCH效应。...综上,对数收益率序列具有波动聚集性,序列平稳,有显著ARCH效应。序列时候GARCH模型建模。 模型拟合 分别使用SGARCH与EGARCH模型拟合序列,SGARCH拟合效果更合适。

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    R语言估计多元标记的潜过程混合效应模型(lcmm)分析心理测试的认知过程

    使用线性混合模型根据时间对定义为潜过程的感兴趣量进行建模: 其中: X(t) 和 Z(t) 是协变量的向量(Z(t) 包含在 X(t) 中; β是固定效应(即总体平均效应); ui 是随机效应(即个体效应...模型比较 mult对象是多元潜在过程混合模型,它们假设潜过程的轨迹完全相同,但链接函数不同。在单变量情况下,可以使用信息标准来比较模型。该 summary 给我们这样的信息。...VarE(tbsp,dtafme(tme=0)) 例如,公因子解释了 42% 的 MMSE 残差变化,而它解释了时间 0 时 26% 的 BVRT 残差变化。...predct(btapl,nwdta=dtew,va.tim='ime') plt(prec_we, ld=c(1) 拟合优度:残差图 与任何混合模型一样,我们希望特定主题的残差(右下图)是高斯分布的...本文选自《R语言估计多元标记的潜过程混合效应模型(lcmm)分析心理测试的认知过程》。

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    R语言估计多元标记的潜过程混合效应模型(lcmm)分析心理测试的认知过程|附代码数据

    使用线性混合模型根据时间对定义为潜过程的感兴趣量进行建模: 其中: X(t) 和 Z(t) 是协变量的向量(Z(t) 包含在 X(t) 中; β是固定效应(即总体平均效应); ui 是随机效应(即个体效应...模型比较 mult对象是多元潜在过程混合模型,它们假设潜过程的轨迹完全相同,但链接函数不同。在单变量情况下,可以使用信息标准来比较模型。该 summary 给我们这样的信息。...因此,我们可以计算解释潜在过程的每个标记的残差方差。解释的这种方差取决于协变量并在特定时间计算。...VarE(tbsp,dtafme(tme=0)) 例如,公因子解释了 42% 的 MMSE 残差变化,而它解释了时间 0 时 26% 的 BVRT 残差变化。...predct(btapl,nwdta=dtew,va.tim='ime') plt(prec_we, ld=c(1) 拟合优度:残差图 与任何混合模型一样,我们希望特定主题的残差(右下图)是高斯分布的

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    Python线性混合效应回归LMER分析大鼠幼崽体重数据、假设检验可视化|数据分享

    本文将深入探讨混合效应回归的基本原理、关键概念、不同模型类型的差异,以及如何使用Python进行建模和分析(点击文末“阅读原文”获取完整代码数据)。...是一个 N×1N×1 的列向量,包含模型的误差(残差)。...Python实现混合效应回归 (一)数据准备 本研究使用的数据集,旨在比较不同窝中大鼠幼崽的出生体重(查看文末了解数据免费获取方式)。...(四)假设检验 正态性检验 可视化残差的核密度估计图和Q-Q图: 图4 模型残差的KDE图 图5 模型残差的Q-Q图 正式的Shapiro-Wilk正态性检验: 结果显示残差的正态性假设被违反。...方差齐性检验 可视化残差与拟合值的散点图(RVF图)和残差按窝的箱线图: fig = plt.figure(figsize = (16, 9)) ax = sns.scatterplot(y = model.resid

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    R语言线性混合效应模型(固定效应&随机效应)和交互可视化3案例|附代码数据

    在输出中,检查随机效应的标准差。应该有两个标准差:一个是"(截距)",一个是 "残差"。这是因为混合效应模型有两个随机变异的来源:鸟类内部重复测量的差异,以及鸟类之间额斑长度的真实差异。...每条鱼的预测值和观察值之间的差异代表残差。 你在(1)中做了什么假设?创建一个残差与拟合值的图,以检查这些假设之一。 从保存的lmer对象中提取参数估计值。检查固定效应的结果。...给出的系数与使用lm分析的分类变量的解释相同。 检查随机效应的输出。我们的混合效应模型中再次出现了两个随机误差的来源。它们是什么?其中哪个对应于输出中的"(截距)",哪个对应于 "残差"?...使用诊断图检查包括交互项的模型的线性混合模型的一个关键假设。 使用拟合模型对象估计线性模型的参数(包括交互作用)。请注意,现在固定效应表中有许多系数。...一个是拟合模型的残差的方差。第二个是(随机)块截距之间的方差。 # 2. 拟合混合效应模型-无交互作用 # 3. 可视化 vis(z) # 4.

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    R语言线性混合效应模型(固定效应&随机效应)和交互可视化3案例

    在输出中,检查随机效应的标准差。应该有两个标准差:一个是"(截距)",一个是 "残差"。这是因为混合效应模型有两个随机变异的来源:鸟类内部重复测量的差异,以及鸟类之间额斑长度的真实差异。...每条鱼的预测值和观察值之间的差异代表残差。 你在(1)中做了什么假设?创建一个残差与拟合值的图,以检查这些假设之一。 从保存的lmer对象中提取参数估计值。检查固定效应的结果。...给出的系数与使用lm分析的分类变量的解释相同。 检查随机效应的输出。我们的混合效应模型中再次出现了两个随机误差的来源。它们是什么?其中哪个对应于输出中的"(截距)",哪个对应于 "残差"?...使用诊断图检查包括交互项的模型的线性混合模型的一个关键假设。 使用拟合模型对象估计线性模型的参数(包括交互作用)。请注意,现在固定效应表中有许多系数。...一个是拟合模型的残差的方差。第二个是(随机)块截距之间的方差。 # 2. 拟合混合效应模型-无交互作用 # 3. 可视化 vis(z) ? # 4.

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    R语言线性混合效应模型(固定效应&随机效应)和交互可视化3案例|附代码数据

    在输出中,检查随机效应的标准差。应该有两个标准差:一个是"(截距)",一个是 "残差"。这是因为混合效应模型有两个随机变异的来源:鸟类内部重复测量的差异,以及鸟类之间额斑长度的真实差异。...每条鱼的预测值和观察值之间的差异代表残差。 你在(1)中做了什么假设?创建一个残差与拟合值的图,以检查这些假设之一。 从保存的lmer对象中提取参数估计值。检查固定效应的结果。...给出的系数与使用lm分析的分类变量的解释相同。 检查随机效应的输出。我们的混合效应模型中再次出现了两个随机误差的来源。它们是什么?其中哪个对应于输出中的"(截距)",哪个对应于 "残差"?...使用诊断图检查包括交互项的模型的线性混合模型的一个关键假设。 使用拟合模型对象估计线性模型的参数(包括交互作用)。请注意,现在固定效应表中有许多系数。...一个是拟合模型的残差的方差。第二个是(随机)块截距之间的方差。 # 2. 拟合混合效应模型-无交互作用 # 3. 可视化 vis(z) # 4.

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    栾生老师 || 线性混合效应模型教程

    ★邓飞注:影响体重有很多因素,包括性别,体重,家系等因素,如何判断哪一个虾的体重真的好,需要使用模型进行分析。 ” 3 线性混合效应模型简介 模型1 表示一尾虾的体重由性别和随机误差决定。...4 线型混合效应模型R实战分析 4.1 简单线性模型 lm()是R自带的函数。summary()函数输出shrimp.lm的结果。...不考虑除残差外的随机效应,目前模型6是最优模型。我们根据模型6,可以回答最初的问题,雌雄体重间差异显著。接下来,我们会考虑在模型中加入随机效应,进入线性混合效应模型部分。...9Pop:Family为随机效应 Pop,Sex和Tank为固定效应 Sex:M1BW为协变量 在模型中加入随机效应,需要使用lme4包中的lmer函数。...考虑家系结构后,残差方差为12.5267429, 明显变小, 从残差中分离出了大部分的家系方差。由家系随机效应产生的方差,估计值为5.9328232,占表型方差的32%。

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    数据分享|R语言逐步回归模型对电影票房、放映场数、观影人数预测可视化

    使用逐步回归之后对模型进行残差检验。下图是残差直方图,从图上可以发现, 所有点基本上是随机地分散在0周围,密度曲线近似为正态分布。...逐步回归模型建模 使用逐步回归之后对模型进行残差检验。下图是残差直方图,从图上可以发现, 所有点基本上是随机地分散在0周围,密度曲线近似为正态分布。...使用逐步回归之后的模型进行残差检验。下图是残差直方图,从图上可以发现, 所有点基本上是随机地分散在0周围,密度曲线近似为正态分布。...R语言非线性混合效应 NLME模型(固定效应&随机效应)对抗哮喘药物茶碱动力学研究 R语言用线性混合效应(多水平/层次/嵌套)模型分析声调高低与礼貌态度的关系 R语言LME4混合效应模型研究教师的受欢迎程度...mixed effect model R语言LME4混合效应模型研究教师的受欢迎程度 R语言 线性混合效应模型实战案例 R语言用Rshiny探索lme4广义线性混合模型(GLMM)和线性混合模型(

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    R语言如何用潜类别混合效应模型(LCMM)分析抑郁症状|附代码数据

    使用线性混合模型根据时间对定义为潜过程感兴趣的变量进行建模: 其中: X(t) 和Z(t) 是协变量的向量(Z(t) ; β 是固定效应(即总体均值效应); ui 是随机效应(即个体效应);它们根据具有协方差矩阵...考虑的模型: , 固定效应部分 是 估计不同连续链接函数的模型H 我们使用65岁左右的年龄变量进行中心化,并以十年为单位。 潜过程混合模型可以用不同的链接函数进行拟合,如下所示。...与hlme对象的唯一区别是截距和残差标准误差的参数化。...在拟合这个模型时,必须牢记这一点,随机效应的数量要严谨地选择。 注意,该模型成为累积概率混合模型。...,xlab="年龄") plot(men, add=TRUE) legend(legend=c("女性","男性", "95% 置信区间", "95% 置信区间")) 拟合优度1:残差图 特定的残差(

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    R语言广义相加(加性)模型(GAMs)与光滑函数可视化

    check()函数,用于检查模型中的每个光滑_函数_是否使用了足够数量的基函数。你可能没有直接使用check()——会输出其他诊断结果,也会产生四个模型诊断图。...绘制光滑_函数_图 为了将估计的GAMs可视化,mgcv提供了plot.gam()方法和vis.gam()函数,从对象中产生类似ggplot2的图。...smooth(mod, "x1") 诊断图 由check()产生的诊断图 check(mod) 结果是一个包含四个诊断图的数组,包括模型残差的Q-Q图(左上)和直方图(左下),残差与线性预测器的图(...qqplot(mod) qqplot(mod)的结果是一个残差的Q-Q图,其中的参考量值是通过模拟拟合模型的数据而得到。 还可以处理目前可用的许多更专业的光滑_函数_。例如,二维光滑_函数_。...可以处理mgcv可以估计的大多数光滑_函数_,包括带有因子和连续副变量的按变量光滑_函数_、随机效应光滑_函数_(bs = 're')、二维张量积光滑_函数_,以及带有参数项的模型。

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    R语言:混合效应模型分析基于随机对照试验的重复测量资料(结局为连续型变量)

    本文约3000字,建议阅读5分钟本文介绍了利用R语言混合效应模型分析基于随机对照试验的重复测量资料。...推荐分析神器之一:混合效应模型。本文结合文献,分享基于R语言实现混合效应分析的方法,主要采用nlme包中lme函数。...主要内容: 1.可视化不同组Hb随时间的变化趋势 2.时间作为分类变量,构建混合效应模型 3.时间作为连续变量,构建混合效应模型 4.模型1和模型2对比和选择 5.模型残差检验 文献分享 这篇文章是...,6.5是残差 第三:模型的固定效应,也是我们最关注的核心分析结果。...8 模型残差检验 结果解释: 结果显示两种正态检验方法的P均大于0.05,说明模型的残差符合正态分布,图1是残差随机分布在直线两边,直方图显示的残差成对称的左右分布,结果均说明,模型残差符合正态分布

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    非线性混合效应 NLME模型对抗哮喘药物茶碱动力学研究|附代码数据

    另一方面,人口方法和混合效应模型的使用将使我们能够考虑这种 _个体间的变异性_。...在非线性混合效应模型中存在几种最大似然估计的算法。特别是,随机近似EM算法(SAEM)是一种迭代算法,在一般条件下收敛到似然函数的最大值。...pred(fit1) plot.fit(fit1) 可以显示多个诊断拟合图,包括观察值与单个预测的图 pltobsv(fit1,lvl=1) 残差与时间和个人预测的关系图, pltsateresi(...fit1, levl=1) 模型的一些扩展 残差模型 在模型 yij=f(tij,ψi)+eij 中,假设残差 (eij)是均值为 0 的高斯随机变量。...(eij)在非线性混合效应模型中的方差。 恒定误差模型: 残差 (eij) 是独立同分布的: 因此, yij 的方差随时间保持不变: 其中 εij∼iidN(0,1)。

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    R语言用CPV模型的房地产信贷信用风险的度量和预测|附代码数据

    根据图1的趋势图, 可以清楚地看出, Y的拟合值和实际值的曲线几乎完全重合, 这也说明该模型很好地拟合了样本数据, 也跟上述结果表明的事实相符合。 另外, 残差的相关系数和偏相关系数如图2所表示。...从图2可以看出, 模型的残差不存在序列自相关。...R语言 线性混合效应模型实战案例 R语言混合效应逻辑回归(mixed effects logistic)模型分析肺癌数据 R语言如何用潜类别混合效应模型(LCMM)分析抑郁症状 R语言基于copula...的贝叶斯分层混合模型的诊断准确性研究 R语言建立和可视化混合效应模型mixed effect model R语言LME4混合效应模型研究教师的受欢迎程度 R语言 线性混合效应模型实战案例 R语言用Rshiny...R语言的lmer混合线性回归模型 R语言用WinBUGS 软件对学术能力测验建立层次(分层)贝叶斯模型 R语言分层线性模型案例 R语言用WinBUGS 软件对学术能力测验(SAT)建立分层模型 使用SAS

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