现在有一个长度20的SET,其中每个对象的内容是随机生成的字符串，请写出遍历删除LIST里面字符串含"2"的对象的代码。...public class RemoveTwo { //length用户要求产生字符串的长度 public static String getRS(int length){ String str
geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length, y = Petal.Length)) + facet_grid(Group ~ Species) #4.几何对象...= aes(x = cut)) #统计变换使用场景 #5.1.不统计，数据直接做图 fre = as.data.frame(table(diamonds$cut)) fre ggplot(data...str_detect(x,"h")##是否含有关键词h，生成与X长度相等的逻辑值向量，可用于向量取子集； str_detect(x,"h|s")##是否含有关键词h或者s，生成与X长度相等的逻辑值向量...，可用于向量取子集； str_starts(x,"h")##是否以h开头，生成与X长度相等的逻辑值向量，可用于向量取子集； str_ends(x,"h")##是否以h结束，生成与X长度相等的逻辑值向量，...(i>0,"+","-") ifelse(x,yes,no) x:逻辑值或逻辑向量； yes：逻辑值为TRUE时的返回值 no：逻辑值为FALSE时的返回值 x = rnorm(3) x ifelse
向量生成(1) 用 c() 结合到一起c(2,5,6,2,9) c("a","f","md","b")[1] 2 5 6 2 9[1] "a" "f" "md" "b" (2) 连续的数字用冒号“:...yx = c(1,3,5,1);xy = c(3,2,5,6);y> x = c(1,3,5,1);x[1] 1 3 5 1> y = c(3,2,5,6);y[1] 3 2 5 6(1) 比较运算，生成等长的逻辑向量...一对一元素是否相等x == y y == x[1] FALSE FALSE TRUE FALSE[1] FALSE FALSE TRUE FALSE若元素个数不一致，会发生循环补齐，且根据最长元素的对象来定...message:In y == x : longer object length is not a multiple of shorter object length#输出结果中出现warning，知识强调“较长的对象长度不是较短的对象长度的倍数...----尝试：较长的对象长度是较短的对象长度的倍数，看输出结果后warning没有了。
火山图（Volcano Plot）常用于展示基因表达差异的分布，横坐标常为Fold change（倍数），越偏离中心差异倍数越大；纵坐标为P value（P值），值越大差异越显著。...2.2 细节优化火山图 1）根据阈值设定上下调基因 新增change列，利用ifelse函数添加基因的上下调情况，color进行区分，然后使用geom_hline() 和 geom_vline( )参数添加阈值线...3） 标示重点显著差异基因 上图是不是有点像了，新增sign列，利用ifelse函数添加重点显著差异基因，然后使用geom_text参数添加到图上， data$sign <- ifelse(data$adj.P.Val...呐，到这里除了数据不一样，基本实现了文献中的火山图，是不是以为到这就结束了？NO!NO!NO! 实现上述静态的就可以发paper去了！...但是，，， 汇报展示的时候，如果能动态交互式的展示所有显著基因的FC值和P值，是不是更酷炫！
火山图（Volcano Plot）常用于展示基因表达差异的分布，横坐标常为Fold change（倍数），越偏离中心差异倍数越大；纵坐标为P value（P值），值越大差异越显著。...ggplot2-plotly|让你的火山图“活”过来 火山图只标示指定基因？这需求都遇到过吧。...额外生成一列相同列是为了后面合并后还有一列存在，这一列用于标示基因。...增加了geneList列，为了后面使用text的方式添加上基因。...3.4 ggrepel 解决重叠问题 如果目标标示基因太多会导致重叠，可使用ggrepal函数 library(ggrepel)ggplot(data = data2, aes(x = logFC,
slid on the smooth planks." 1.1.检测字符串长度 str_length(x) ###用来数数的，数数引号中有多少字符 返回值42 length(x) #...1.4.字符检测 str_detect(x2,"h") ### 看x2这个长度为8的向量中的每个元素是否含有h这个关键词，生成的与x2长度相等且一一对应的逻辑值向量 str_starts(x2,"...，并且没有生成中间变量。...(x>0,"+","-") ## 返回的结果是TRUE时就替换成第二个位置的值“+”，返回的结果是FALSE时就替换成第三个位置的值“-” #ifelse()+str_detect(),王炸 ifelse...,s)) } 两组代码生成的结果是一样的。
如果设置为空，则使用图形设备的纵横比。 width: 所需宽度(英寸);可以与期望的纵横比aspectr组合。 height: 所需高度(英寸);可以与期望的纵横比aspectr组合。...使用半透明的颜色可以有效减少图形元素重叠的现象，要创建半透明的颜色，可以使用alpha图形属性，其值从0（完全透明）到1（完全不透明）。...每个花的特征用下面的5种属性描述萼片长度(Sepal.Length)、萼片宽度(Sepal.Width)、花瓣长度(Petal.Length)、花瓣宽度(Petal.Width)、类(Species)。...导出图形对象 # 需运行上面的ggplot2绘图 # Create a file name # 程序会自动加后缀 filen <- "output_filename" # or # filen <- paste...将生成的3D图形保存为PNG格式： ?
TURE，生成长度相等的逻辑值向量，可以用来取子集，可以提出来含有h的地雷str_starts(x2,"T") #是否以t开头str_ends(x2,"e")#是否e结束5.字符串替换x2str_replace...，根据逻辑值向量生成有两个取值的字符型向量ifelse() + str_detect()samples = c("tumor1","tumor2","tumor3","normal1","normal2...else2， ifelse（，，ifelse）在ifelse里加一个ifelse补充 case_when练习题1.加载deg.Rdata,根据a、b两列的值，按照以下条件生成向量x：load("deg.Rdata...：右连接，以右边的为准right_join(test1,test2,by="name")表达矩阵画箱线图当x和y没有名字可以简写表达清楚的时候，不是ggplot2可以接受的类型1....“宽”变成“长”把格式变成类似于 ggplot2的形式，一列作为x，一列作为y5.
GDCdownload，由于TCGA的下载不是特别稳定，所以可以使用files.per.chunk定为一个值，几个文件打包为一个压缩文件来下载。...，这里使用survival和survminer包手动分析生成数据。...Normalization需要控制的三个不均衡因素是文库大小、基因长度及文库组成： 文库大小：比如样本A是样本B的测序量的两倍，那么在同等表达水平下，样本A的基因的Counts值就是B的两倍； 基因长度...S3对象，里面的plot就是实际的ggplto2对象，如果有添加risk.table的话，那么里面的table元素就是实际的ggplto2对象。...可以自己提取元素plot和table，然后使用patchwork或者cowplot合并，则可以将ggsurvplot转为ggplot2对象，然后就可以自由的拼合多个生成图形了。
= ggplot2) 去除载入的包ggplot2 detach(package:ggplot2) 列出已载入的包 search() 列出已载入的包中的所有数据集 data() 列出已安装的包中的所有数据集...) 移除所有对象 rm(list=ls(all=TRUE)) rm(list=ls()) 与向量有关的操作 生成向量 x = c(1,2,4) #生成元素依次为”a”,”b”,”cd”的字符向量x x...x的长度 length(x) 生成以一个n维数值型向量x，第一个元素为a，最后一个元素为b，中间元素依次等距递增。...功能与lapply类似，区别在于函数结果的类型不是列表(list) > sapply(...) 与数据框有关的基本操作 数据框是一种特殊的列表，所以对列表适用的函数往往对数据框也适用。...(逻辑向量)维度相同的数值向量，若b[i]为TRUE，则x[i]为u，反之为v x = ifelse(b, u, v)
5 2 4、pmin( )/ pmax( ) 把多个等长度的向量按元素逐个对比，返回所有向量的第K个元素中最小（最大）值 > x <- c(1,2,3,4,5) > y library(ggplot2) > ls("package:ggplot2", pattern="geom_.a") [1] "geom_bar" "geom_label" "geom_map...：矩阵对角元素向量或生成对角矩阵 aperm：数组转置 nrow, ncol：计算数组的行数和列数 dim：对象的维向量 dimnames：对象的维名 row/colnames：行名或列名 %*%：矩阵乘法...，&，&&，|，||，xor()：逻辑运算符 logical：生成逻辑向量 all，any：逻辑向量都为真或存在真 ifelse()：二者择一 match，%in%：查找 unique：找出互不相同的元素...diff：计算差分 time：时间序列的采样时间 window：时间窗 说明：本文中前半部分内容为作者自行整理，后半部分内容引自网络，稍作整理（蓝色标记部分是笔者认为比较常见和使用的函数）。
需要用到的包：microbenchmark, ggplot2movies, profvis, Rcpp 代码分析 首先是确定哪个是瓶颈，Rprof()是可以分析的一个内置工具，但是这个结果不确定，取决于外部环境...高效的基础R 改善性能的标准方式和替代方法 if与ifelse函数 marks <- runif(n=10e6, min=30, max=99) system.time({ result1 <- ifelse...有没有见过显示n是6L，而不是6的情况，L是一个简写，用于生成 一个整型，应该是long吧，R中数值是以双精度存储的。整数可以比小数存储空间节约一倍，更进一步节约空间是用bit包。...优点是不必启动和停止集群对象。 Rcpp C++是一个现代、快速并具有较强支持度的语言，包含各种库。Rcpp提供了一个友好的API，编写高性能代码，C++中瓶颈的典型是地址循环与递归函数。...有一点效果，不是太明显
Science: 数据集：GSE234933 整个推文中需要注意的地方有三点： 作者给出的数据是多个rds格式文件压缩在一块的，解压后循环读取文件并合并成seurat对象 作者给出的细胞亚群信息可以后续添加到...# install.packages('R.utils') rm(list=ls()) options(stringsAsFactors = F) library(Seurat) library(ggplot2.../GSE234933_raw/rds/", pattern = ".rds") # 创建一个空的列表来存储Seurat对象 seurat_list <- list() # 循环读取每个rds文件的数据并创建...，将所有Seurat对象合并到一个对象中 seurat_combined <- merge(seurat_list[[1]], y = seurat_list...[-1]) # 打印合并后的Seurat对象 print(seurat_combined) seurat_combined@assays$RNA@counts[1:10, 1:2] ##存储数据所用时间会比较长
分享是一种态度 基因集富集分析是很常见的分析内容，可视化展示的方式也多样。本文提供两组分组间的差异表达基因集的功能富集结果的一些相对美观的可视化方式。...1 读取Seurat对象 生成差异表达基因 library(Seurat) library(dplyr) sce <- readRDS('F:/R_Language/R_Practice/scRNA_Seq_column...c("Naive CD4 T", "Memory CD4 T") sce.sub = sce.all[, Idents(sce.all) %in% two_groups] # 挑选细胞 ## 2 生成差异表达基因...go_organism) sce.markers = merge(sce.markers, ids, by.x='gene', by.y='SYMBOL') sce.markers$group <- factor(ifelse...value th + theme(legend.position = c(0.25, 0.9)) + guides(fill = guide_legend(ncol = 1)) ## 图四：用条形颜色的深浅和长度同时表达数据
我们将从无核小体区域和转录因子（我们的较短片段）周围获得信号。 我们的一部分信号将来自开放染色质（较长片段）中的核小体周围。 我们所有的数据都来自我们的转座酶能够访问的开放染色质。 2....TSS 区域 如果我们的较短片段代表转录因子和转录机制周围的开放区域，我们希望在转录起始位点看到信号。...2.2 可视化 要生成区域信号的图，我们可以使用 soGGi bioconductor 包。我们可以使用 BiocManager::install 和库函数加载 soGGi。...我们可以使用 TSS GRange 对象再次执行此操作，并更新级别。这意味着 BAM 和 GRanges 会很好地发挥作用。...minFragmentLength 和 maxFragmentLength 参数指定要在我们的绘图中使用的配对读取的最小和最大片段长度。
我们将从无核小体区域和转录因子（我们的较短片段）周围获得信号。我们的一部分信号将来自开放染色质（较长片段）中的核小体周围。我们所有的数据都来自我们的转座酶能够访问的开放染色质。图片2....TSS 区域如果我们的较短片段代表转录因子和转录机制周围的开放区域，我们希望在转录起始位点看到信号。...图片2.2 可视化要生成区域信号的图，我们可以使用 soGGi bioconductor 包。我们可以使用 BiocManager::install 和库函数加载 soGGi。...我们可以使用 TSS GRange 对象再次执行此操作，并更新级别。这意味着 BAM 和 GRanges 会很好地发挥作用。...minFragmentLength 和 maxFragmentLength 参数指定要在我们的绘图中使用的配对读取的最小和最大片段长度。
.玩转字符串--stringr包 1.1 字符串长度-引号内的单个字母/数字/符号数量 x <- "The birch canoe slid on the smooth planks." x str_length...ggplot2对行名并不友好，通常要使样本名转化为data.frame中的第一列，防止在后续代码运行过程中行名丢失 图片 图片 step2 把原来的行名转变为第一列 图片 step3 宽变长 ：test...、gene、count数均在一行上（将上图的宽数据变为长数据） 图片 6.2实操代码 6.2.1 如何生成一个matrix set.seed(10086) #设置种子数使随机生成的数固定 exp = matrix...6.2.3 作图 library(ggplot2) p = ggplot(pdat,aes(gene,count))+ # 将x,y省略 geom_boxplot(aes(fill = group...### ggplot2 分面相关设置（facet）详解 7.一些实操中的便捷函数 7.1 match() 函数 load("matchtest.Rdata") x y ## 把y的列名正确替换为x里面的
一 载入R包，数据 1）载入数据处理的tidyverse包，使用qqman中gwasResults示例数据集 #载入R包 #install.packages("qqman") library(qqman...注意绘制前需要转化一下： 2）处理原始数据---计算SNP的累计位置 # 1)计算chr长度 chr_len % group_by(CHR) %>% summarise...这时候是不是就可以了，?。...当然了既然是ggplot2绘制的Manhattan图（点图），那么关于点，线，坐标，主题的设置当然都可以设置了，看这里 ggplot2|详解八大基本绘图要素 ggplot2|theme主题设置，详解绘图优化...以上就是ggplot2绘制一些常见的Manhattan图，好处当然就是兼容ggplot2的参数，也就可以根据需要自行设置。
logFC_t=1.5 deg$g=ifelse(deg$P.Value>0.05,'stable', ifelse( deg$logFC > logFC_t,'UP',...(ggplot2) library(clusterProfiler) library(org.Hs.eg.db) df <- bitr(unique(deg$symbol), fromType = "SYMBOL...是Y叔定义好<em>的</em><em>对象</em>，这个<em>对象</em>值得大家用心摸索一下，毕竟Y叔后续<em>的</em>可视化函数，都是基于此。...image-20191210112432726 上面的表格进行可视化，可以是最基础<em>的</em>条形图和点图，<em>使用</em>Y数<em>的</em>可视化函数即可，作用于其定义好<em>的</em><em>对象</em>。...图都可以可以修饰<em>的</em> 对<em>ggplot</em>语法有所了解<em>的</em>朋友都知道，其产出<em>的</em>图都是可以叠加各种属性<em>的</em>，同理，Y叔<em>的</em>这些可视化函数，也可以继续映射基因<em>的</em>其它属性，比如变化<em>倍数</em>等等。
一、玩转字符串 stringr包 图片 1.str_length() 检测字符串长度 x <- "The birch canoe slid on the smooth planks." x ### 1....检测字符串长度 str_length(x) #计算字符串中有多少字符 length(x) #计算向量中元素的个数 图片 图片 2. str_split 字符串拆分 x <- "The birch..., 10:5) l2 <- list() l2[[1]] <- 1:10 l2[[2]] <- 10:5 ##生成列表的方式，直接生成以及生成一个空列表后添加元素 identical...list，使用下标循环，可以将每次循环的结果都保存到列表中 ## cbind 按列拼接 a = rnorm(10) b = 1:10 cbind(a,b) ##do.call() 函数是对列表 list...library(ggplot2) p = ggplot(pdat,aes(gene,count))+ geom_boxplot(aes(fill = group))+ theme_bw() p
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