使用perf record进行基于时间的分析

perf record是Linux系统中的一个性能分析工具，用于基于时间的分析。它可以用来收集系统在运行过程中的各种事件，如CPU周期、指令、缓存命中率等，以帮助开发人员识别和解决性能瓶颈。

perf record的基本用法是通过命令行指定要分析的目标程序，并选择要收集的事件类型。例如，可以使用以下命令开始一个基于时间的分析：

perf record -e <event> <command>

其中，<event>表示要收集的事件类型，可以是诸如cycles（CPU周期）、instructions（指令）、cache-misses（缓存未命中）等。而<command>则是要分析的目标程序及其参数。

perf record会在目标程序运行期间收集指定事件的数据，并将其保存到一个二进制文件中。分析完成后，可以使用perf report命令来查看分析结果。例如，可以使用以下命令查看perf record收集的数据：

perf report

在实际应用中，perf record可以帮助开发人员定位性能瓶颈，优化代码，提高系统的响应速度和效率。

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使用RobustPCA 进行时间序列的异常检测

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record 我们的老朋友了，通过perf record我们可以记录他的剖析信息到perf.data文件中，便于我们以后进行分析。...perf timechart perf timechart可以通过perf timechart record来记录某个时间段内系统级别的事件发生情况。...同样，perf top也可以使用h、a等选项。 perf annotate perf annotate可以读取由perf record生成的perf.data，展示解释版本。...perf inject perf inject可以读取perf data相关的内容，并且侵入该内容，基于传入的buildid进行修改。...可以这么说，perf包含的内容实在是太多了，我们很难完全记住，可能真正用上的只有百分之20，但是分析的模式（record到report）、分析的方式（profiling、tracing）都是值得我们学习的

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使用EricScript进行融合基因的分析

在众多评测融合基因软件的文章中，EricScript这款软件还是名列前茅的，值得一试。...以下，我测试时使用的是0.1.19版本，上述软件必须添加到PATH环境变量下。...和其他软件类似，该软件也需要物种对应的数据库，目前官方提供只人和小鼠的数据库文件，暂时还不支持其他物种 ?...，-name指定样本的名称，-o指定输出结果的目录，最后是样本对应的双端测序的数据。...total.tsv文件是预测出来的所有融合基因的结果，filtered.tsv 是过滤之后的结果，更多用法和结果解读请参考官方文档。

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使用SOAPfuse进行融合基因的分析

SOAPfuse是华大开发的一款，专门针对human的融合基因进行分析的工具，项目链接如下 http://soap.genomics.org.cn/soapfuse.html 在对应的文献中，将该工具与其他几款软件进行了比较...从图中可以看出，SOAPfuse运行时间快，内存消耗小，敏感性好。在我看来，内存消耗做的是真的不错，其他两点的话因为参考数据的不同，不太有参考价值。...在实际分析时，我们只有每个样本对应的R1和R2端数据，所以lane ID和run ID自己随便定义就好了，下面是一个实际的例子，共6例样本 A1 Lib-A1 Run-A1 150 A2 Lib-A2...，在分析时肯定需要知道每个样本对应的测序数据的路径。...以上四点内容都准备好之后，就可以进行分析了，代码如下 perl SOAPfuse-RUN.pl \ -c config.txt \ -fd raw_data \ -l sample.list \ -o

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使用rmats进行可变剪切的分析

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使用fusioncatcher进行融合基因的分析

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使用conifer进行WES的CNV分析

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Linux性能分析：perf工具使用

二、Perf 的原理 Perf 是基于硬件性能计数器（Hardware Performance Counters，HPC）的性能分析工具。...使用 perf annotate 对特定函数进行详细的性能分析： $ perf annotate function_name 四、注意事项使用 Perf 时，需要确保 Linux 内核支持 perf_event...排除外部干扰：在进行性能分析时，尽量减少其他程序对系统资源的占用，以免影响 Perf 的结果。例如，可以关闭不必要的后台程序，或者在空闲时段进行性能分析。...分析多线程程序：Perf 支持对多线程程序的性能分析。使用 perf record 时，可以通过 -t 选项指定要分析的线程。例如，perf record -t thread_id ..../your_program 会分析指定线程的性能事件。分析内核函数：Perf 支持对内核函数的性能分析。使用 perf record 时，可以通过 -k 选项指定要分析的内核函数。

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