使用python和Biopython连接不同的FASTA文件
使用Python和Biopython连接不同的FASTA文件可以通过以下步骤完成：
- 导入所需的库和模块：
from Bio import SeqIO- 定义一个空列表，用于存储连接后的序列：
combined_sequences = []- 使用
SeqIO.parse()函数逐个读取FASTA文件，并将每个文件中的序列添加到列表中：
file_list = ["file1.fasta", "file2.fasta", "file3.fasta"] # 替换为实际的文件名列表
for file in file_list:
sequences = SeqIO.parse(file, "fasta")
combined_sequences.extend(sequences)- 可选：对连接后的序列进行排序或其他处理（根据需要进行操作）。
- 将连接后的序列保存到一个新的FASTA文件中：
output_file = "combined.fasta" # 替换为实际的输出文件名
SeqIO.write(combined_sequences, output_file, "fasta")以上代码将连接所有指定的FASTA文件中的序列，并将结果保存到一个新的FASTA文件中。你可以根据实际情况修改文件名列表和输出文件名。
Biopython是一个强大的生物信息学库，它提供了许多用于处理生物序列和文件的功能。通过使用Biopython的SeqIO模块，我们可以方便地读取和写入FASTA文件，并对序列进行各种操作。
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from Bio import SeqIO
fasta_file = "sequences.txt"
wanted_file = "input1.txt"
result_file = "output1.fasta"
wanted
浏览 10提问于2017-08-28得票数 0
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通过上的资源，我可以得到20个以上的氨基酸序列。但是，当我试图在文件中写入它们时，它给出了这个。我无法解决此错误。此外，我还希望在输出文件中有每个序列的in。请帮帮我!
代码：
import Bio
from Bio import SeqIO
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$ cat test.fa
>read_1
GAA
浏览 1提问于2014-09-24得票数 0
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2回答
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bioinformatics、biopython、fasta、blast
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transcripts = dict()
for record in SeqIO.parse("transcript_sequences.fasta", "fasta"):
transcripts[record.name] = record.seq
print transcripts
所以字典是这样的
{'var_F':
浏览 6提问于2016-11-03得票数 5
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用Biopython从ID列表中提取fasta文件
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我正在使用Biopython在fasta文件中查找与包含选定ID的.txt文件中的ID匹配的序列。当手动搜索fasta文件中的ID名称时，我确实得到了匹配结果，但以下脚本没有找到/提取任何序列：
#!/usr/bin/env python3
from Bio import SeqIO
wanted_ids = "transcript.orthogroup7.txt"
input_filename = "hq_isoseq_transcripts.fasta"
output_filename = "wanted_hq_isoseq_transcripts.
浏览 16提问于2021-11-17得票数 0
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Biopython:不能使用.count()进行生物工程
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我使用列表理解通过Biopython导入了一个DNA序列
seq = [record for record in SeqIO.parse('sequences/hiv.gbk.rtf', 'fasta')]
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浏览 5提问于2017-03-31得票数 0
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AlignIO在FASTA文件中找不到记录
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我想开始使用Biopython来对齐序列文件，但是库总是给我错误。我的代码如下：
from Bio import AlignIO
import Bio
alignment = AlignIO.read("A_prot.fasta","fasta")
print alignment
我确保将A_prot.fasta放在与我的程序相同的目录中，但我收到一个错误消息：
Traceback (most recent call last):
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a
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按列表文件顺序提取fasta序列
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>1_12256
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>1_12257
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>1_12258
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>1_12259
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>1_12260
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#!/usr/bin/python
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在R1.fast中：
">ABC001 ACTGTGTCGTG
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">ABC010 ACTGTGTCGTG
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">ABC002 ACTGTGTCGTG
">ABC003 ACTGTGTCGTG
">ABC005 ACTGTGTCGTG
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浏览 2提问于2013-05-02得票数 1
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Python:索引列表中字符串的字母
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a=1+1i;c=-1-1i;g=-1+1i;t=1-1i; %base values definition
for i=1:number of sequences
length_of_sequence(i)=length(sequence
浏览 9提问于2016-09-02得票数 0
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1回答
如何在python中重定向不同文件中的输出
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fasta_file = "goodProteins.fasta" # First input
wanted_file = "list.txt" # Second input
result_file = "result.txt" # Output fasta file
wanted = set()
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for line in f:
浏览 0提问于2013-06-14得票数 0
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BioPython: IOError：[Errno 2]没有这样的文件或目录
python、biopython、fasta、fastq
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from Bio import SeqIO
records = SeqIO.parse("~/Users/ryanjhope/Documents/PhD/DNA_Sequences/Genome/C. aceto_∆pyrE_∆bcd_Deepseq/YZ1_S11_L001_R1_001.fastq", "fastq")
count = SeqIO.write(r
浏览 2提问于2015-11-28得票数 0
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将输出存储到FASTA文件
python-3.x、output、biopython
from Bio import SeqIO
from Bio import SeqRecord
from Bio import SeqFeature
for rec in SeqIO.parse("C:/Users/Siva/Downloads/sequence.gp","genbank"):
if rec.features:
for feature in rec.features:
if feature.type =="Region":
浏览 4提问于2015-10-14得票数 1
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2回答
我有一个fasta文件，里面有数以百万计的序列。我只想在.txt文件中提取那些名字匹配的内容，我该怎么做呢？
python、biopython
我一直在排序一个大约150万读fasta文件('V1_6D_contigs_5kbp.fa')，以确定哪些读取可能是‘病毒’的来源。该文件中的读取被表示为Vx_Cz -其中x是1-6，这取决于它来自哪个试用组，z是1-~1.5m之间的连续编号/名称。例如V1_C10810或V3_C587937..。
通过不同的生物信息管道，我已经生成了一个.txt文件，其中包含预测(<0.05)为病毒的连体名称列表(2699长)。现在我需要使用这个预测的contigs列表来提取并生成一个只包含这些contigs的新fasta文件。
我的代码背后的理论思想是，它打开.txt文件(每个重要的
浏览 5提问于2022-03-07得票数 0
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2回答
使用Biopython Entrez从fasta记录中访问序列元素
python、biopython、fasta、ncbi
我有一个refseq (keys_list)列表，我使用BioPython Entrez将其用于下拉序列记录。我只想访问返回的fasta记录中的序列，但我不想为了这样做而将记录写到文件中。
我在试着写代码
for key in key_list:
Entrez.email = "myemailaddress"
handle = Entrez.efetch(db='nuccore', id=key, rettype='fasta')
record = SeqIO.parse(handle, "fasta")
浏览 1提问于2013-07-21得票数 1
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1回答
读取用户输入的.fasta文件并使用Biopython进行解析？
python、bioinformatics、biopython、fasta
我正在尝试创建一个python脚本，用户可以在其中键入他们的FASTA文件，然后该文件将使用Biopython进行解析。我正在努力让它工作。到目前为止，我的脚本是这样的：
#!/usr/bin/python3
file_name = input("Insert full file name including the fasta extension: ")
with open(file_name, "r") as inf:
seq = inf.read()
from Bio.SeqIO.FastaIO import SimpleFastaParser
c
浏览 1提问于2018-12-03得票数 0
2回答
如何从文件列表中替换特定位置的字符？
bash、sequence、biopython
我有一个文件包含一个序列：
>sequence
TAGGACTGAGGGCTGGACAGGGCTGCGGGAG
另一个包含代表立场的数字：
3
6
11
我希望在第二个文件中定义的位置获得一个包含'N‘而不是A、C、G、T的新文件，例如：
>sequence
TANGANTGAGNGCTGGACAGGGCTGCGGGAG
是否有一种使用bash /sed的方法，或者我是否应该使用python脚本和来自biopython的SeqIO？
编辑：
下面是python脚本的一个开始：
from Bio import SeqIO
import sys
import s
浏览 3提问于2022-03-14得票数 0
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1回答
从Python中的fasta文件中删除第一条记录
python、python-2.7、biopython
我有一个小的fasta文件，格式如下：
>gene_1 + other data
seq 1
>gene_1 + other data
seq2
>gene_1 + other data
seq3
我想删除文件的第一个元素。这是一个大型Python脚本的一部分，一旦我使用了这个seq，并提取了其中有趣的部分，我想从文件中删除它。最后，文件将被清空，这样我就可以从文件夹中删除它。因为我一直在使用Biopython，所以我想看看是否可以在Biopython中找到函数，但是我找不到任何关于如何从fasta文件中删除记录的提示。由于SeqIO有一种列表，所以我尝试使用list.rem
浏览 2提问于2017-09-25得票数 0
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1回答
使用Biopython将多序列fasta蛋白文件拆分为多个文件
python、file、split、biopython、fasta
def batch_iterator(iterator, batch_size) :
entry = True
while entry :
batch = []
while len(batch) < batch_size :
try :
entry = iterator.__next__
except StopIteration :
entry = None
if entry is None :
浏览 0提问于2020-12-29得票数 1
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