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我有几个平均有500.000.000行(125.000.000序列)的fastq文件。有没有更快的方法来读取这些fastq文件。import gzipfor file in files[:]:
if not file.endswith(".<e
浏览 4提问于2018-02-14得票数 1
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从4组大文本文件中读取行
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几天后，我就面临着与python有关的问题。我是一个生物信息学，没有基本的编程技能，我正在处理巨大的文本文件(25 am左右)。我必须去处理。我必须逐行读取txt文件，每次4行，这意味着前4行必须被读取和处理，然后我必须读取第二组4行，以此类推。显然，我不能使用readline()操作符，因为它会使我的内存超载，而且我必须使用这4行中的每一行来识别字符串。我考虑在range操作符中使用for循环：
openfile = open(pa
浏览 8提问于2012-03-14得票数 3
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我正在尝试使用读取fastq格式的文本文件。f = 'Undetermined_S0_L001_I1_001.fastq' seq_dic[seq] +=1
浏览 5提问于2016-08-25得票数 3
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我正在尝试使用python在两个单独的文件中查找感兴趣的四行代码块，然后按受控顺序打印出其中的一些行。下面是两个输入文件和一个所需输出文件的示例。请注意，Input.fasta中的DNA序列与Input.fastq中的DNA序列不同，因为.fasta文件已被读取并更正。这允许将质量信息恢复到读取的校正后的.fasta文件。这是我最接近的失败尝试：
fastq = open(Input.fas
浏览 29提问于2018-03-01得票数 1
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我有一个python脚本heavy_lifting.py，它使用wrapper.sh包装器脚本wrapper.sh调用的parallelized并行化。我使用它来处理fastq格式的文件，请参阅下面的example.fastq。虽然这是可行的，但要求使用两个解释器和一组依赖项是不优雅的。我想使用python重写bash包装器脚本，同时实现同样的并行化。
example.fastq --这是一个需要处理的输入文
浏览 5提问于2021-01-03得票数 0
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我有一个用Python语言编写的巨大的管道，它使用非常大的.gz文件(大约14 an压缩)，但需要一种更好的方法来将某些行发送到外部软件()。我有一个很久以前有人为我写的Perl脚本，它可以非常快地完成这项工作，但我需要在Python中做同样的事情，因为管道的其余部分都是用Python编写的，我必须保持这种方式。Perl脚本使用两个文件句柄，一个用于保存.gz文件的zcat，另一个用于存储软件所需的行(每4行中有2行)并将其用作输入。
浏览 5提问于2015-05-06得票数 7
我想使用使用Snakemake的SRR ID从SRA数据库下载fastq文件。我使用python代码读取一个文件以获取SRR。
SAMPLES = [line.strip() for line in/srrL
浏览 0提问于2019-04-12得票数 3
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在python中找出管道
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我目前正在用python编写一个程序，而且我被困住了。因此，我的问题是:我有一个程序，它读取文件并打印一些行到标准输出，如下所示：import sys
numArgs = len(sys.argv)谢谢你的帮忙
这样做的目的是让“文本文件”和程序在集群上，所以我不需要从集群中复制任何文件。我只想登录到集群上，
浏览 0提问于2015-01-09得票数 0
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，pattern = "fastq")错误:输入/输出没有找到dirPath: /readFastq/dirPath_data.Quickq。模式: fastq
浏览 2提问于2020-02-17得票数 0
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我被要求读取两个文件(左读和右读) Aip02.R1.fastq和Aip02.R2.fastq，并使用zip函数获得一个交错的fasta文件。左边和右边的文件都是fastq文件，但是当我把它们压缩在一起生成一个新的fastq文件时，writer函数就不再起作用了。它给出错误"SeqRecord (id=)有一个无效的序列“。
#!/usr/bin/env
浏览 10提问于2020-02-15得票数 1
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我的每个fastq文件大约有2000万次读取(或2000万行)。现在，我需要将大的fastq文件分成块，每个块只有100万次读取(或100万行)，以便于进一步分析。fastq文件就像.txt一样。但是输入文件是.gz压缩格式(fastq.gz)，我需要先解压缩吗？zless XXX.fastq.gz |split -l 400
浏览 3提问于2011-08-02得票数 1
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我正在尝试读取大型形状文件，并尝试使用地理工具查找经度和经度是否在坐标中
有没有可能将形状文件存储到数据库中？或者会存储为geojson并更快地返回，以检查lat和long是否在坐标中？Node或java中的哪一个更容易实现。
浏览 0提问于2019-02-06得票数 2
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我正在尝试使用R来分析大型的DNA序列文件(fastq文件，每个文件有几at )，但是这些文件的标准R接口(ShortRead)必须一次读取整个文件。这不适合在内存中，所以它会导致错误。有没有办法一次读取几千行代码，将它们放入内存文件中，然后使用ShortRead从内存文件中读取数据？
我正在寻找类似Perl的IO::Scalar的东西，用于R。
浏览 0提问于2010-11-09得票数 7
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我将所有fastq文件存储在我的pc (workDir=/media/sf_16S_analysis/Dermatite_fastq_concat/FastQ/fastq_Join)上的同一个目录中；但是，我使用虚拟机执行bash脚本。,forward更详细的内容:清
浏览 0提问于2019-03-13得票数 2
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我正在Windows 10的虚拟机上使用Linux。TypeError: '<' not supported between instances of 'str' and 'int' 2 print("Downloading FASTQ files from the SRA...")
----&
浏览 12提问于2022-01-25得票数 2
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我有一个包含94个子目录的目录，每个子目录包含一个或两个文件*.fastq。我需要对每个文件应用相同的python命令，并生成一个新文件qc_*.fastq。我知道如何将bash脚本单独应用于每个文件，但我想知道是否有一种方法可以编写一个bash脚本，将命令同时应用于所有文件
浏览 5提问于2014-11-20得票数 0
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input: file "${reads}.trimmed.fastq" into gather_fatsp_ch
""" """
}gather_fatsp_ch.collectFile().vie
浏览 23提问于2021-02-09得票数 2
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免责声明:这是一个关于并行和写入文件的我在biostars.org上问过的更普遍的问题。当我按顺序运行一个程序(obisplit从…obitools套餐)时，它读取一个文件并根据原始文件中的一些标准(这里不重要)创建许多文件： |____ output_01.fastq |____ output_03.fastq</em
浏览 0提问于2017-05-25得票数 1
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我正在编写一个脚本，它是snakemake和python代码的组合，可以自动生成大量文件。更准确地说，我正致力于将读取与BWA MEM与配对尾读()对齐。在脚本的第一部分，我迭代了我的文件中的名称列表(即fastq绑定的文件)，然后在列表中对它们进行相应的排序。现在使用子流程，我希望通过使用bunzip2对它们进行解压缩，然后通过stdin将它们传递给bwa mem。bwa mem命令将fastq格式文件</
浏览 2提问于2017-04-10得票数 4
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我正在使用Python2.6.6，并试图删除file2中重叠(即与file1中的读取相同)的读取。下面是我正在尝试实现的代码：spk_reads = SeqIO.index("file2.fastq","fastq")
if
浏览 3提问于2017-09-13得票数 2
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