Grid Engine执行 uge 该过程是使用Univa Grid Engine作业计划程序执行的 lsf 该过程是使用Platform LSF作业计划程序执行的 slurm 该过程使用SLURM作业调度程序执行...pbs 使用PBS / Torque作业计划程序执行该过程 pbspro 该过程使用PBS Pro作业计划程序执行 moab 该过程是使用Moab作业计划程序执行的 condor 使用HTCondor...:t_coffee/10.0:clustalw/2.1' """ blastp -query """ } penv 该penv指令允许定义将并行任务提交给SGE资源管理器时要使用的并行环境...在相同的流程的不同实例对计算资源的需求可能非常不同的情况下，这是非常普遍的情况。...动态指令评分功能可被用来修改计算在处理失败的情况下请求的资源的量，并尝试使用更高的限制重新执行。
登录节点用来执行简单的Linux命令，不能执行资源消耗大的任务，这时我们就需要将任务由登录节点投递至计算节点。在这里，小编教大家如何使用集群管理系统SGE（Sun Grid Engine）投递任务。...我们首先使用SGE在登录节点投递任务，SGE接收到任务后会将任务储存至一个指定区域，随后将任务投递至一个计算节点上运行，运行结束后将结果返回。...## 投递任务 qsub -cwd -l vf=*G,p=n,h=node -q queue *.sh -cwd：使用当前工作目录，SGE的运行日志会输出在当前目录。 -l：申请所需的资源。...## 查看任务状态 qstat ## 查看指定任务状态 qstat -j job-ID ## 删除指定任务 qdel job-ID ## 查看计算节点信息 qhost ?...queue：任务所在的队列及计算节点。 最后再教给大家一个命令" qhost "，使用该命令可以查看计算节点的资源状况，方便我们选择任务投递的队列和节点。
所谓“核时”就是一个 CPU 核运行一个小时，这也是高性能计算中通常使用的资源衡量单位。...作为超算中心或者高性能集群，必不可缺的就是集群作业管理系统，它可以根据用户的需求，统一管理和调度集群的软硬件资源，保证用户作业公平合理地共享集群资源，提高系统利用率和吞吐率。 ...qalter： 更改作业资源属性 作业监测 qstat：显示作业状态 showq： 查看所有作业 节点状态 pbsnodes：列出集群中所有节点的状态和属性 PBS 作业属性 可以用两种方式设置 PBS...-p -1024 到 +1023 之间的整数 设定作业优先级，越大优先级越高 -q 队列名称 设定作业队列名称 比较常用的作业资源如下： 资源 取值 说明 nodes 节点资源构型 设定作业所需计算节点资源...、访问权限、优先级等 分区可重叠，提供类似于队列的功能 使用分区名字标识 作业：Job 一次资源分配 位于一个分区中，作业不能跨分区 排队调度后分配资源运行 通过作业 ID 标识 作业步：Jobstep
=30:00:00' } 通过使用此配置，管道中的所有进程将通过SGE集群以指定的设置执行。...名称 描述 name 使用执行人的名称，如local，sge等。 queueSize 执行程序将以并行方式处理的任务数（默认值：）100。...SubmitRateLimit 确定每个时间单位可以执行的最大作业率，例如 每秒最多10个作业（默认值：无限制）。'...10 sec' perJobMemLimit 指定平台LSF 每个作业的内存限制模式。参见LSF。 jobName 确定提交给基础集群执行器的作业的名称，例如。...legacy 使用从1.10.x版本开始删除的命令行选项（默认值：）false。 sudo 以sudo（默认值：）执行Docker run命令false。
在多台linux主机上执行相同的命令 By tianjing on 2011 年 06 月 05 日 有时候我们需要在若干台linux主机上执行相同的命令，或者安装相同的软件，可以使用如下两种方法:...set method="ssh" //设置命令使用的方法，先ssh到目标主机，然后执行相关的命令 #set user="root"... # 设置ssh时使用的帐号，如果不指定，用户为使用tentakel的帐号 #set format="%d %o\n" #set maxparallel="3" # run...seq_no 0 … slot 100 //可以使用的资源 … notify ...限制单个计算节点可以使用的资源 [root@hkdevlogin-1 ~]# qconf -me hkdev-1 hostname hkdev-1.genomics.org.cn
有幸在工作中体验了几个计算集群的使用，几乎每个计算集群都有专门的集群调度系统，而当需要在短时间对多个系统做测试是第一道障碍就是熟悉各个调度系统的操作指令，以下列举近期使用到的几个分布式作业调度系统的常用操作指令和几个超算中心使用体验...两颗 Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2692 v2 @ 2.20GHz 共24物理核，内存为64G 调度系统为 Slurm， 以下为常用指令 yhi(sinfo): 显示系统资源使用情况...以下为常用指令 qload -w: 显示可用队列资源使用情况 bsub: 提交作业 常用参数 bsub -q q_x86_share -N 1 -o job.out /path/job.sh, 注意投递任务脚本路径必须填写绝对路径...: 查看计算节点使用情况 qsub job.pbs: 提交作业 job.pbs中填写提交参数与执行程序，参数格式为 #PBS -q queue qstat： 查看已提交作业 可通过-u 参数指定用户名进行只查看自己的任务...SGE， 以下为常用指令 qconf -sql： 显示队列 qconf -sq QUEUE: 显示指定队列信息 qhost： 查看计算节点使用情况 qsub： 提交作业 qstat：查看已提交作业 qdel
由于Kubernetes的默认调度器是基于Pod进行调度，虽然在1.17中引入了调度框架，但仍无法满足高性能应用对作业级调度的需求。 ?...，针对这种场景的调度平台为 Slurm/PBS/SGE/HTCondor 等。...但是在面对复杂并行的作业时，二次调度就显得有也吃力；复杂并行作业一般并没有太多的子任务，子任务之间还经常需要同时启动，子任务之间的通信拓扑也可能不同 (e.g. ps/worker, mpi)，而且作业与作业之间对资源的需求差异较大...为了平衡同一队列中用户之间的资源使用，需要更细粒度的策略。考虑到Kubernetes中的多用户模型，使用名称空间来区分不同的用户， 每个命名空间都将配置一个权重，作为控制其资源使用优先级的手段。...为了避免饥饿， 应该有条件地为作业保留资源，例如超时。当资源被保留时，它们可能会处于空闲和未使用状态。为了提高资源利用率，调度程序将有条件地将“较小”作业回填到那些保留资源中。
这些集群要么运行一个提交的作业（假定它需要的比闲置的资源要少）或者将作业挂起一段难以预估的时间。...PaddlePaddle EDL 弹性调度体现在可以空闲的时候一个训练作业多用一些资源，忙碌的时候少用一些，但是资源的变化并不会导致作业失败；这是优于 KubeFlow 的特点之一。...但我们的训练任务可能多种多样（语音、图像等）、部署时间有先有后，对资源的需求也不通，因此我们希望这种弹性调度机制能对每一种训练任务所需的系统资源有个全局的了解，然后按需分配。...上述特有的需求导致使用 Kubernetes 的时候需要有特定的弹性调度解决方案，而不能直接采用 HPA。因此更好的解决方案是 PaddlePaddle EDL。...PaddlePaddle 会优先分配 GPU 资源给满足程度评分最低的训练任务。如果有分数相同的情况，则分别优先考虑 GPU 需求数，CPU 需求数，内存需求数。
编程接口提供了灵活性，我们可以为 SQ 和 RQ 指定不同的完成队列，或者为整个 QP 使用一个 CQ。...true : false; } 注意这里的参数： ib_port 是该队列对在主机中使用的端口号，可以使用 ibstat 轻松查看设备支持的端口数量及其数量。...对于通过子网的通信，我们可以使用 GID（全局 ID），要查找本地 ID，您可以使用以下函数。...这意味着双方都必须调用这些函数，并且它们交换信息以了解彼此的目的地信息。 为此，我提到的所有示例都使用 TCP 套接字。...我们使用 ibv_poll_cq 来轮询完成队列。这是一个繁忙的轮询，因此会消耗 CPU 核心，但提供较低的延迟。
它采取了一种“先校正错误再进行组装”的方法，这与canu工具类似，但对于PacBio HiFi读取数据则无需进行校正。相较于其他工具，NextDenovo在计算资源和存储空间的需求上要小得多。...完成组装后，每个碱基的准确率可以达到98%至99.8%。如果您希望进一步提升单个碱基的精确度，可以尝试使用NextPolish工具进行优化。...[General] job_type = sge # local, sge, pbs, lsf, slurm… (default: sge) job_prefix = nextDenovo task =...-dbuf 选项用于关闭2bit文件格式的缓存，从而减少大约为输入总碱基数四分之一的内存使用量，该选项同样默认不启用。...默认情况下，该参数会根据使用的测序平台自动调整，对于PacBio平台是1k，对于ONT平台是10k。
如果一个组没有元素，或其回调返回 REMOVE_GROUP，则它将被删除，直到使用 ucs_arbiter_group_schedule() 将其放回到仲裁器上 if (barrier(oob_sock...资源描述符可以表示独立的通信资源（例如HCA端口、网络接口）或多个资源（例如多个网络接口或通信端口）。...使用时，应在使用指向数组的指针调用 @ref uct_component_query 之前对其进行初始化，该数组足够大以容纳所有内存域资源条目。 调用后，该数组将填充现有内存域资源的信息。...第一个sge给header使用 UCT_RC_CHECK_AM_ZCOPY -> 检查零拷贝参数 UCT_RC_CHECK_RES_AND_FC -> 检查资源和流控参数...UCT_RC_IFACE_GET_TX_AM_ZCOPY_DESC -> 从内存池获取发送端零拷贝内存描述 -> UCT/RC：使用恒定的标头大小，无论 TM 状态如何 sge_cnt =
两个方面的需求： 数据处理 服务器运维 数据处理方面的需求 1....首先是必要需 生物信息学是真正的大数据专业，对计算资源要求较大，很多时候需要在服务器上分析数据，而 Linux 是最常用的服务器操作系统。...其次是好用 Linux 为生产而生，所以在上面做数据分析肯定是很好的。Linux 有很多现成的小工具可以直接使用，比如 grep, sed, awk，非常方便。...于是如何充分利用现有的计算资源，就成为了当务之急。...大家上网苦苦搜索，发现一个叫做 SGE （Sun Grid Engine）的东西，可以把几台零散的服务器组成一个集群，用户使用这个集群的所有计算机，就像使用一台一样。
计划程序：管理在共享的HPC环境中运行的作业（脚本）。一些常见的调度程序包括SLURM，PBS，Torque和SGE。 脚本：包含以单一编程语言执行的代码的文件。...例如，在共享的HPC环境中，您的作业脚本将需要包括您请求的计算资源（内核，RAM，wall time），并且需要确保您有足够的磁盘空间可用于您的帐户。...规则4：探索不同的计算平台 在估计了所选工具或者流程的计算需求之后，我们将需要确定这些资源在何处可用以及哪种基础架构最适合我们的需求。...规则7：监控和优化你的流程 一旦脚本运行完毕，监视流程以确定是否有效地利用了分配给它的计算资源就很重要。了解流程使用的资源可以帮助你扩展或缩减计算资源，以免浪费资源或达到资源限制。...在共享的HPC基础结构上，通常可以从作业日志文件或特定于调度程序的命令中查看使用的计算资源的摘要。诸如最大RAM和CPU使用率以及CPU时间和运行时间之类的指标在调整脚本时会很有用。
因为基因测序对数据存储和计算的庞大需求，而且业务存在淡旺季周期，它天然适合云计算的模式。...弹性计算平台---动态伸缩调度资源 TCS弹性计算平台，依托部门和公司内的大量空闲资源，以docker技术进行资源的调度，对外提供弹性可伸缩的算力资源。...在基因计算的场景中，基因公司通常会购置一批高性能的CPU服务器，用行业内流行的网格计算系统（SGE）组建成集群，搭配以共享文件存储系统，就可以开始进行数据分析计算。...这种情况下，基因公司需要的是能够按需使用的资源，需要的时候可以及时拿到大量算力，不需要的时候立刻释放不再付出成本。...比如对于三代测序的falcon运算，典型的是在一个集群环境中进行。原生的调度往往不均衡，有的节点分配到更多任务，有的节点分配到的任务耗时明显更长，最终都导致整体作业耗时很长。
需求分析 1.1 课题简介 随着计算机互联网的迅速发展，大多数学校已经实现教学的信息化，从传统的黑板教学方式转变为现阶段的多媒体教学，教学的资源，素材课件，甚至学生的作业也都实现数字化，为了实现这一功能...1.2 需求分析 服务器主要实现教学资源共享以及学生作业上传两大功能，并且能针对教师和学生所用账号，对资源共享和学生作业两个目录进行权限控制，使得教师可以上传、下载、删除其资源共享和学生作业目录下的内容...、下载、删除其资源共享和学生作业目录下的内容，而学生只能下载资源共享目录下的内容和上传作业 3....4.1.2教师公开账号功能测试 教师的公开账号只能查看并下载共享资源里面的内容,只能上传学生作业,不能删除和下载作业 ? 4.2 HTTP浏览共享资源功能测试 ?...由于服务器系统是基于Linux平台，系统的性能及稳定性得到很好的保证、软件安装配置简单。在使用上也非常方便，使用浏览器或FTP方式即可访问教学资源，而无需安装任何客户端软件。
Resource Estimator Service的出发点与目标 估计作业运行使用资源是大数据处理集群的一个重要且具有挑战性的问题。随着用户使用的集群资源越来越多，这一需求被逐渐放大。...当前现有的解决方案一般是依赖于用户的经验来对作业资源需求进行估计，这样即繁琐又低效。...根据对集群工作负载的分析，可以发现大部分工作(超过60%)是重复工作，这样我们便有机会根据作业历史资源使用情况来估计作业下一次的资源需求量。同时，在未来，希望能提出一种与框架无关的黑盒解决方案。...这样，即使作业来自不同的计算框架，我们也能对重复性作业进行资源需求估算。 二....(b) Job resource model,能提取出作业的资源使用情况,例如作业资源随时间运行的变化情况和资源使用总量。
生信分析所需要的计算能力也快速上升，形式也多种多样，为了解决衍生出来的各种需求，如何管理各种分析流程和计算资源，提供强大的灵活性与扩展能力，也是SliverWorkspace生信分析系统/平台开发的起因...需求归纳 归纳出的需求，对于生信分析应该具有广泛通用性，不仅仅适用于肿瘤一个方向。 1....作为计算资源的控制端：支持单台工作站到服务器集群的扩展能力，并可以对其任意组合使用； 早期公司针对单癌种开发的各种分析流程（pipeline），运行在单台服务器上，并对外投放部署。...后期随着范癌种样本量增大，很多公司都部署了服务器集群（SGE/Torque/PBS/Slurm），这要和前面的单台服务器统一纳入控制端管理。 2....能够应急使用服务器的web shell终端，便于处理一些意外情况。 提供简洁的文件管理器，能够对接入服务器指定目录做简单的文件管理：上传、下载、重命名、删除等。
这里需要下载这些相关的离线资源。 Illumina iGenomes 为了更容易的使用参考基因组，Illumina 开发了一个名为 iGenomes 的项目。...--genome GRCh38即可自动下载 为了减少时间和带宽的浪费，最好做个本地资源。...然后通过设置指定参考基因组的位置。 params.igenomes_base = '/path/to/data/igenomes/' 使用 使用--genome GRCh38就会调用本地资源。...SGE, LSF, SLURM, PBS, AWS Batch etc.) 。这个步骤可以通过配置文件来完成。...使用这些文件就可以指导流程运行相关软件。 共享配置 如果使用其他人共享的系统，最好去使用https://github.com/nf-core/configs 的配置文件。
了解如何在 Azure 机器学习工作室中使用自动化机器学习在不编写任何代码行的情况下创建时序预测模型。 此模型将预测自行车共享服务的租赁需求。 关注TechLead，分享AI全维度知识。...在此试验中部署到 Web 服务后，单车共享公司即会获得一个迭代且可缩放的 Web 解决方案，可以预测共享单车的租赁需求。 作业完成后，选择屏幕顶部的“作业 1”导航回父作业页。...否则，如果你不打算使用任何文件，请删除整个资源组。 删除部署实例 若要保留资源组和工作区以便在其他教程和探索中使用，请仅从 Azure 机器学习工作室中删除部署实例。...删除资源组 重要 已创建的资源可用作其他 Azure 机器学习教程和操作方法文章的先决条件。...如果你不打算使用已创建的任何资源，请删除它们，以免产生任何费用： 在 Azure 门户中，选择最左侧的“资源组” 。 从列表中选择你创建的资源组。 选择“删除资源组”。 输入资源组名称。
、部门管理、角色管理、菜单管理、日志管理、数据字典管理、文件管理、图表展示等基础模块，教学资源共享平台基于角色的访问控制，给教师、学生使用，可将权限精确到按钮级别，您可以自定义角色并分配权限，系统适合设计精确的权限约束需求...本文设计的教学资源共享平台的包括了系统数据中心模块，用来存放管理系统通用的模块，另外分别设计了课程档案模块、课程资源模块、课程作业模块、课程评价模块、授课管理模块和学习质量分析模块这六大模块，用于存放系统的核心业务逻辑...ID、学生姓名、创建人等，教师可以增加、删除、编辑和条件查询课程作业，学生可以提交属于自己的作业数据。...下载本系统代码或使用本系统的用户，必须同意以下内容，否则请勿下载！ 出于自愿而使用/开发本软件，了解使用本软件的风险，且同意自己承担使用本软件的风险。...必须了解使用本软件的风险，博主不承诺提供一对一的技术支持、使用担保，也不承担任何因本软件而产生的难以预料的问题的相关责任。
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