他们必须在过程的顶部进入人体,在任何其他声明块(即input,output等),并具有以下语法:
上一次,小编把常用的Linux命令做了分享。但是,我们进行生物信息学分析时,往往需要在高性能服务器集群上投递任务。这就需要我们掌握基本的服务器集群操作方法。
在多台linux主机上执行相同的命令 By tianjing on 2011 年 06 月 05 日
启动管道脚本时,Nextflow将在当前目录和脚本基本目录(如果与当前目录不同)中查找一个名为nextflow.config的文件。最后,它检查文件 $HOME/.nextflow/config。
Kubernetes 是当前非常流行的容器编排框架,在其发展早期重点以微服务类应用为主。
普通刀片节点配备 两颗 Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2692 v2 @ 2.20GHz 共24物理核,内存为64G 调度系统为 Slurm, 以下为常用指令
机器之心专栏 来源:百度PaddlePaddle PaddlePaddle 是 2016 年 8 月底百度开源的深度学习平台,并且在短时间内迅速引发全球开发热度,成为 Github Pull Request 数量增速极高的开源深度学习平台之一。如今,机器之心联合百度推出 PaddlePaddle 专栏,为想要学习这一平台的技术人员推荐相关教程与资源。 PaddlePaddle 的迭代速度非常快,同时也广受社区的关注。刚开源的时候,PaddlePaddle 的设计思想是基于 Layer 的设计。后来推出了「v
写这篇文章介绍了 RDMA 编程的基础知识,如有啥错误,欢迎各位大神指出,感觉我就闲不住,休日时间也得学习,哪里需要去哪里,需要哪里学哪里,我真是个苦命的程序媛o(╥﹏╥)o。
Google SGE (搜索生成体验) 正在进一步拓展其人工智能图像和文本生成能力。用户现在可以利用生成式AI功能来创造图像,提供灵感,获取书面内容的初稿,以及在Google搜索中完成更多工作。新的特性包括通过描述性细节扩展用户的初始查询,生成最多四张图像,实现用户想法的可视化,并提供编辑和导出功能。此外,SGE也在添加文本生成功能,并在遵循严格的使用政策和保护隐私的前提下,向一部分美国英语用户开放试用。
随着测序技术的发展,基因组学变得越来越受欢迎,并且已经应用到农业医学环境保护等不同的领域。这使得许多具有生物学和遗传学背景的研究员,面临着大数据分析的挑战。在这里,我们为有兴趣使用命令行进入生物信息学领域的任何人提供了10条简单规则。简单来说,这十条规则可以总结为下图。
本文介绍了基因测序技术的原理、应用和腾讯云在基因计算领域的解决方案,包括弹性计算、异构加速、算法优化等方面,旨在推动基因测序技术在医疗、农业、遗传等领域的广泛应用。
📷 作者寄语 本次更新上海黄金交易所的上海银基准价日频率历史数据。 更新接口 "spot_silver_benchmark_sge" # 上海黄金交易所-上海银基准价 上海银基准价 接口: spot_silver_benchmark_sge 目标地址: https://www.sge.com.cn/sjzx/shyjzj 描述: 上海黄金交易所-数据资讯-上海银基准价-历史数据 限量: 单次返回所有历史数据 输入参数 名称 类型 描述 - - - 输出参数 名称 类型 描述 交易时间 object -
作者寄语 本次更新上海黄金交易所的上海金基准价日频率历史数据。 更新接口 "spot_golden_benchmark_sge" # 上海黄金交易所-上海金基准价 上海金基准价 接口: spot_golden_benchmark_sge 目标地址: https://www.sge.com.cn/sjzx/jzj 描述: 上海黄金交易所-数据资讯-上海金基准价-历史数据 限量: 单次返回所有历史数据 输入参数 名称 类型 描述 - - - 输出参数 名称 类型 描述 交易时间 object - 晚盘价 f
本次更新上海黄金交易所的所有品种的日频率历史数据,通过该接口可以获取指定品种的所有历史数据。
生物信息学是真正的大数据专业,对计算资源要求较大,很多时候需要在服务器上分析数据,而 Linux 是最常用的服务器操作系统。
搜索引擎正在转变为生成式人工智能聊天机器人,但网站正面临推荐流量的枯竭。一位 SEO 专家提供了建议。
随着计算机互联网的迅速发展,大多数学校已经实现教学的信息化,从传统的黑板教学方式转变为现阶段的多媒体教学,教学的资源,素材课件,甚至学生的作业也都实现数字化,为了实现这一功能,运用课程所学知识,构建一种基于 Linux 系统的教学资源服务器。教师可以把资源上传到服务器,供学生下载,可以把教学大纲、课件、资料都上传到服务器,上课时可以从服务器直接下载到教室电脑,学生也可以上传作业,供给老师批改,从而让教师教学更加便利。
本文首先介绍了Hadoop中的ResourceManager中的estimator service的框架与运行流程,然后对其中用到的资源估算算法进行了原理剖析。
https://github.com/ssbandjl/ucx/blob/master/category/uct_readme
出自南理工的空域组增强(SGE)网络结构在图像分类和目标检测任务中均表现出一致的有效性,强烈推荐大家关注。
据传,Gemini不仅能像GPT-4一样可以进行文本对话,还融合了Midjourney、Stable Diffusion的能力,能够生成图像。
本教程将在 Azure 机器学习工作室中创建自动化 ML 试验运行。机器学习工作室是一个整合的 Web 界面,其中包含的机器学习工具可让各种技能水平的数据科学实践者执行数据科学方案。 Internet Explorer 浏览器不支持此工作室。
#!/usr/bin/perl #!/bin/bash ## 最近查看队列使用情况 发现如下问题,用户使用SGE 集群的时候内存溢出 ## 此程序用于查看SGE (Sun Grid Engine) 整体集群监控 ##仅以此程序,帮助大家查看 自己任务状态,以免被杀!此工具归BGI所有,祝大家工作愉快! =head1 Name sge_cluster_queue.pl -- choose the queue observation =head1 Description This program can choose the bmk queue observation 1) look for the queue jobs operation and who is working state 2) find the jobs number total test number,and the user over mem jobs,Jobs-ID,detailed mem \ 3) statistics total use mem =head1 Version Author: Li linji, lilinji@genomics.cn Version: 1.0, Date: 2012-7-30 =head1 Usage --queue set you want look up queue (defined general.q) --mem set Use full details queue Jobs and mem (check over_mem,and jods-ID) --s set Task sort by (name,job,vf,mem && must set --mem)##defined name --t set Task state information (defined run) --help output help information to screen =head1 Exmple ./sge_cluster_queue.pl perl sge_cluster_queue.pl perl sge_cluster_queue.pl -queue general.q perl sge_cluster_queue.pl -queue general.q -mem perl sge_cluster_queue.pl -queue general.q -mem -s vf =cut use Getopt::Long; use FindBin qw($Bin $Script); use File::Basename qw(basename dirname); use Data::Dumper; my $Sort||="name"; my $St||="r"; my ($help,$mem); $queue_search ||= "general.q"; GetOptions( "help"=>\$help, "queue=s"=>\$queue_search, "mem"=>\$mem, "s=s"=>\$Sort, "t=s"=>\$St, ); die `pod2text $0` if ($Help); if ($Sort eq "1") { $Sort="name"; }elsif($Sort eq "2"){ $Sort="job"; }elsif($Sort eq "3"){ $Sort="vf"; }elsif($Sort eq "4"){ $Sort="mem"; } if ($Sort ne "vf" && $Sort ne "mem" && $Sort ne "name" && $Sort ne "job" ) { print STDERR <<SORt; -s : 1 or name : sort by name (default) 2 or job : sort by jobs number 3 or vf : sort by vf (need -m ) 4 or mem : sort by mem (need -m ) SORt exit 0; if (!defined $mem && ($Sort eq "mem" || $Sort eq "vf" )) { print STDERR <<SORt; -mem : get mem info -s
Nextflow 支持自动获取在网络上的所有流程,包括流程代码,软件,参考基因组,甚至远程数据源
从2017年前开始,工作的原因接触到了NGS(高通量测序技术 High-throughput sequencing又称“下一代”测序技术"Next-generation" sequencing technology)技术和相关的生物信息学分析。
近日,在 ICCV 2019 Workshop 举办的 CVWC2019 公布了最终结果,来自深兰科技北京 AI 研发中心的 DeepBlueAI 团队斩获了 Tiger Pose Detection 赛道冠军。
基于JAVA+Vue+SpringBoot+MySQL的教学资源共享平台,包含了课程管理、课程课件、授课中心、作业发布、课程评价、课程质量分析、交流互动模块,还包含系统自带的用户管理、部门管理、角色管理、菜单管理、日志管理、数据字典管理、文件管理、图表展示等基础模块,教学资源共享平台基于角色的访问控制,给教师、学生使用,可将权限精确到按钮级别,您可以自定义角色并分配权限,系统适合设计精确的权限约束需求。
操作系统(Operating System)是计算机系统中的核心软件之一,它是管理和控制计算机硬件和软件资源的软件系统。操作系统为用户提供了一个直接与计算机硬件进行交互的界面,同时也是应用程序和硬件之间的桥梁。
作者简介 郭建华,携程技术中心软件研发工程师,2016年加入携程,在大数据平台部门从事基础框架的研究与运维,主要负责HDFS、Alluxio等离线平台的研发运维工作。 进入大数据时代,实时作业有着越来越重要的地位,并且部分实时和离线作业存在数据共享。实践中使用统一的资源调度平台能够减少运维工作,但同时也会带来一些问题。 本文将介绍携程大数据平台是如何引入Alluxio来解决HDFS停机维护影响实时作业的问题,并在保证实时作业不中断的同时,减少对HDFSNameNode的压力,以及加快部分Spark SQL作
三百六十行,行行不仅出状元,还出“黑话” 今天,小编为大家倾情整理“深度学习行业黑话解析” 一起show起来! (温馨提示:建议阅读时间8分钟) “学习”概念区分 人工智能:人工智能的发展依赖于计算
Hadoop集群管理员希望能对集群Yarn作业的资源进行控制。根据不同的业务组或不同的用户,对Yarn的资源池进行划分,达到资源管控、任务管控的效果。通过CM可以进行Yarn动态资源的配置,这里Fayson主要介绍如何在Cloudera Manager中配置Yarn动态资源池的放置规则。
大家好,我是一哥,最近滴滴出的技术少了,给大家分享一下Uber的大数据平台是如何建设的?
Fayson在前面的文章介绍了《如何启用Impala的动态资源池》。管理员可以通过Impala的动态资源池、放置规则及ACL控制不同的用户对Impala资源使用。本篇文章主要介绍如何配置Impala的放置规则,通过一个场景进行描述,在不给作业指定资源池的情况,通过Impala的放置策略将不同的用户提交的SQL分配到不同的资源池中。
图像检索任务指的是,给定查询图像,从图像数据库中找到包含相同或相似实例的图像。本文研究的是高德地图POI信息更新,即根据自有图像源,将每个新增或调整的POI及时制作成数据。这是非常典型的图像检索垂直应用,整套方便背后也包含大量CV技术。本篇我们结合资深CV工程师章鱼的分享,一起研究『高德地图POI信息更新』这一业务背景中,应用到的计算机视觉技术。
本文主要介绍数据交换过程中常用的数据交换方法和方式以及数据交换在新技术下所面对的“挑战”,方便大家深入理解数据交换过程。普元实施数据交换项目已有多年成功经验,本文也将分享大数据时代数据交换所遇到的问题和应对策略。
为了帮助小白入门 Java,博主录制了本项目配套的《项目手把手启动教程》,希望能给同学们带来帮助。
Hulu是美国领先的互联网专业视频服务平台,目前在美国拥有超过2000万付费用户。Hulu总部位于美国洛杉矶,北京办公室是仅次于总部的第二大研发中心,也是从Hulu成立伊始就具有重要战略地位的分支办公室,独立负责播放器开发,搜索和推荐,广告精准投放,大规模用户数据处理,视频内容基因分析,人脸识别,视频编解码等核心项目。
作者 | Uber Engineering 译者 | 王强 策划 | 钰莹 随着 Uber 业务的扩张,为公司业务提供支持的基础数据池也在飞速膨胀,其处理成本水涨船高。当大数据成为我们最大的运维支出项目之一后,我们启动了一项降低数据平台成本的计划。该计划将问题分解为三大分支:平台效率、供应和需求。在这篇文章中,我们将讨论 Uber 为提高数据平台效率和降低成本所做的一系列工作。 1大数据文件格式优化 我们的大部分 Apache®Hadoop®文件系统(HDFS)空间都被 Apache Hive 表占用了。
@隔壁😼山楂 大佬 在请问下 那是不是只要数据在网页上是以表格的形式存在,就可以使用pd.read_html()获取到数据? 之前有用过但是数据取不出来 想确认下是不是我的问题?
千亿级在C-Eval和CMMLU两大权威评测中拿下双榜第一,百亿级在法律、医疗、问答等领域的性能评测中名列榜首。
进入hpc行业4年多了,一直都是负责集群作业调度系统的开发,最近工作中实现了一个简单的集群作业调度系统。因此想借此机会,将我对集群作业调度系统的一些认知和见解记录下来。
QP上可变化的属性描述了QP的发送和接收属性。 在 UC 和 RC QP 中,这意味着将 QP 与远程 QP 连接。 在 Infiniband 中,应向子网管理员 (SA) 执行路径查询,以确定 QP 应配置哪些属性或作为最佳解决方案,使用通信管理器 (CM) 或通用 RDMA CM 代理 (CMA) 连接 QP。 然而,有些应用程序(如ceph)更喜欢自行连接 QP,并通过套接字交换数据来决定使用哪些 QP 属性。 在 RoCE 中,应在连接的 QP 的 QP 属性中配置 GRH,或在 UD QP 的地址句柄(Address Handle)中配置 GRH。 在 iWARP 中,应仅使用通用 RDMA CM 代理 (CMA) 连接 QP。 结构体: struct ibv_qp_attr 描述了队列对QP的属性:
随着需求越累越多,离线的数仓已经不能完全满足需求了,实时数仓可以满足实时化&自动化的决策需求。数据湖支持大量&复杂数据类型(文本、图像、视频、音频)
在日常业务中或多或少都会碰到这样的需求,需要在指定时间执行某个任务,或者周期性的执行某个任务。类似这种任务,一般可以归结为定时任务。正所谓:哪里有需求,哪里就有创造。为了满足定时任务这样的需求,各种任务调度框架应运而生。Timer、ScheduledThreadPoolExecutor(什么?你没看错,这个也可以做定时任务)、Quartz等等。但随着分布式、微服务的发展,以上的作业调度框架就有点不够看了。主要有以下几个问题:
由于stage的划分和调度是spark作业逻辑层面上的事,不涉及到物理集群资源,我们不需要关心。
作者:龙逸尘,腾讯 CSIG 高级工程师 腾讯云原生实时数仓建设实践 实时数仓面临的挑战 实时数仓被广泛应用于腾讯各大业务,涉及的平台众多,从统计信息中可以看出,集群规模庞大,数据量极大。 复杂的使用场景和超大的数据量,导致我们在实时数仓的建设与使用过程中遇到许多挑战。 时效性 数仓使用者对时效性有非常强烈的诉求:希望查询响应更快,看板更新更及时,指标开发更快完成。因为时效性越高,数据价值也就越高。如何保障数仓的时效性是首要难题。 架构复杂度 如何在保障时效性的同时,降低架构复杂度以减少开发和维护成本,
我们永远都需要流畅的用户体验,但很遗憾我们手上的硬件资源却总是和这个需求唱反调。这也是 Android 平台不断努力的切入点——从 API 26开始,Android 对后台服务引入了严格的限制。基本上,除非您的应用在前台运行,否则系统将在几分钟内停止应用的所有后台服务。
UCT(Unified Communication Transport)是一个传输层,它抽象了各种硬件架构之间的差异,并提供了支持通信协议实现的低级 API。该层的主要目标是以最小的软件开销提供对硬件网络资源的直接有效的访问。为此,UCT 依赖于低级驱动程序,例如 uGNI、Verbs、共享内存、ROCM、CUDA。此外,该层还提供通信上下文管理(基于线程和应用程序级别, 如: ucs_async_context_create, uct_worker_create)以及设备特定存储器(包括加速器中的存储器)的分配和管理的构造。在通信 API 方面,UCT 定义了立即(短消息,如: uct_ep_am_short)、缓冲区复制发送(bcopy,如: uct_ep_am_bcopy)和零拷贝(zcopy, 如: uct_ep_am_zcopy)通信操作的接口。短操作针对可以就地发布和完成的小消息进行了优化。bcopy 操作针对通常通过所谓的弹跳缓冲区发送的中等大小的消息进行了优化。最后,zcopy 操作公开零复制内存到内存通信语义。
摘要:Google的Borg系统是一个运行着成千上万项作业的集群管理器,它同时管理着很多个应用集群,每个集群都有成千上万台机器,这些集群之上运行着Google的很多不同的应用。Borg通过准入控制,高效的任务打包,超额的资源分配和进程级隔离的机器共享,来实现超高的资源利用率。它通过最小化故障恢复时间的运行时特性和减少相关运行时故障的调度策略来支持高可用的应用程序Borg通过提供一个作业声明的标准语言,命名服务的集成机制,实时的作业监控,以及一套分析和模拟系统行为的工具来简化用户的使用。 我们将通过此论文对B
如今数据湖上的事务被认为是 Lakehouse 的一个关键特征。但到目前为止,实际完成了什么?目前有哪些方法?它们在现实世界中的表现如何?这些问题是本博客的重点。
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