我想让您知道是否可以(如果是的话)调整下面的bash文件。
我有一个主Matlab脚本main.m,它反过来调用另一个Matlab脚本f.m。
应该使用不同的输入多次执行f.m。
我将其构造为数组作业。
我通常使用名为td.sh的bash文件将数组作业执行到我校的HPC中
#$ -S /bin/bash
#$ -l h_vmem=5G
#$ -l tmem=5G
#$ -l h_rt=480:0:0
#$ -cwd
#$ -j y
#Run 237 tasks where each task has a different $SGE_TASK_ID ranging from 1 to 23
在提交一个简单的交互式作业以打开shell时,我得到了以下错误:qrsh -V -cwd -verbose -q nsnel6.q -l h_vmem=12.000G tcsh
local configuration arslox51 not defined - using global configuration
Your job 8450878 ("tcsh") has been submitted
waiting for interactive job to be scheduled ...timeout (5 s) expired while waiting on so
我想发送一个作业数组,但仍然不了解整个过程(我是新手)。在网站上,我找到了这个:
#!/bin/bash
#$ -S /bin/bash
#$ -cwd
#$ -V
# The 'myprog' below is serial hence no '-pe' option needed
#$ -t 1-1000
# ...tell SGE that this is an array job, with "tasks" numbered from 1
# to 1000...
./myprog < data.$SGE_TASK_ID
我正在编写一些代码来向作业调度程序提交多个作业。
守则:
def submit_copasi_job_SGE(self,run_script_name,copasi_file,new_report_name):
CT=Cluster_Tools() #initialize a custom class
CT.change_scan_report_name(copasi_file,new_report_name) # use a custom function
with open(run_script_name+'.sh','w') as
我已经写了一个多线程的java代码,它在运行时会创建8个线程,并且计算会在这些线程上继续。我想将此作业提交到SGE集群,但我不确定应该选择哪个并行环境(pe)?或者我应该创建一个?我是SGE的新手。简单的方法是在串行模式下运行它,但效率很低。
关于创建pe,需要在哪里创建?SGE守护进程是否也需要此pe?当我提交一个随机名称为pe的作业时,我得到了
job rejected: the requested parallel environment "openmpi" does not exist
SELECT sge_job.j_owner AS "Owner"
,SUM(sge_job_usage.ju_cpu) AS "CPU Total"
FROM sge_job_usage, sge_job
GROUP BY j_owner;
这是我当前的sql查询,它只是简单地读取CPU%和作业所有者,但是如果它在当前日期之间,例如14天(2周)之前,我在合并上面的sum时遇到了问题。
在sge_job_usage表中同时属于以下两种类型:
ju_start_time,ju_end_time
谁能告诉我如何让它检查它是否在当前日期之间- 14天前