本期内容主要以整理Snakemake的简单介绍[1]视频为主。 1啥是Snakemake Snakemake 是一个基于Python3的用于构建和管理数据分析工作流程的免费工具。...因此，想要正确使用Snakemake你需要一个写好了rule的Snakefile，其中rule包含input、output和action（有时也会包含一些参数eg. threads）。...Snakefile示例 入门演示 现在工作路径有以下4个文件，其中.csv为数据，myplotter为绘图脚本，Snakefile为定义好规则的文件。 通过运行以下命令可以生成对应PDF。 ....大括号为通配符，可以为任意字符串。 当我们运行snakemake ds1_plot.pdf时，它会从规则的output中找到能与ds1_plot.pdf匹配的。...而工作目录下并没有这个文件，它就会继续往下匹配新的规则。接下来，程序发现只要将{csvdata}匹配为ds1就可以实现rule plot中所需的输入文件ds1_filtered.csv。
to come. 1-snake_make特点 传统的shell 脚本开发的流程，其是输入为导向的，以测序数据为例，数据下载、过滤、质控、比对…… 比较麻烦的是，如果其中某个步骤发生了问题，可能需要很多的事件去定位发生问题的某一个或多个步骤进行...rule trim_awesome_001: ..... rule trim_awesome_002: ..... 4-学会使用通配符 有为伟大的人说过，“正则是我的光；通配符是我的太阳...虽然我们知道通配符代表了我们将要输入输出文件的命名范式，但snakemake 并不知道对应哪些文件。...因为此时，snakemake 成功地将我们指定的文件对应到了规则中的通配符位置。...这个过程总结如下： 同样地，在命令行中我们也可以使用通配符： $ snakemake -np results/awesome/00{1..3}_R{1,2}.fq Building DAG of jobs
同样的，我们依然在目录中“生成”下列测序文件： mkdir -p data/raw_nasty_names for i in kcr-wiwa-885261-L002-HGGXXX_R1.fastq.gz...接下来，可以使用文件中的sample 列作为文件通配使用的名称。 可是，该如何操作呢？...1-pandas 类似于R 中的data.frame，python 中的pandas 也提供了一套处理数据框的操作。而同样是基于python 框架的snakemake，可以帮助我们很好的将二者融合。...可是我们该如何将其整合进pipeline 的规则当中呢？ snakemake 实际上会使用wildcards对象，也就是通配符，我们符号中设置的通配符内容都会以该对象的属性传入命令行段落。...这种做法有两点好处： 当输入或输出文件较多时，通过命名，我们可以将它们进行分类； 便于使用unpack() 函数，这个函数允许我们设计用于命名规则的函数； 4-使用字典和变量传递 上面的步骤提示我们，snakemake
Make make 是 linux 系统的实用程序。它用于管理对于大型程序的自动编译任务，自动决定程序某一部分需要重新编译，并发出编译指令。虽然，我们最常见于 C 语言程序的编译。...，例如：可执行文件或目标文件；它也可以是要执行任务的名称，例如用于清理生成文件的 clean 任务。...将以下内容复制到新建的 Makefile 文件中。 注意: recipe 默认是以制表符开头，不是空格。如果复制到文件是空格，需要手动将空格改成制表符，即按键盘 tab 键。...如下定义一个变量 objs ，用于表示 c 语言编译器输出的一系列目标文件。...隐式规则 某些重新生成目标文件的方式非常常用。例如，使用 C 编译器 cc 从 .c 源文件编译生成 .o 目标文件。
这个snakemake workflow 主要包括：mapping, sort >> index >> call variants 我们依然先使用空文件来模拟过程。...直接使用snakemake即可： snakemake -np mapped_reads/A.bam 同样，我们也可以在我们的规则中，使用通配符： rule bwa_map: input:...这里有个关于expand 的使用技巧，可以参考：[[01-初探snakemake]] 中6-整合多个结果 的介绍。.../A.bam sorted_reads/B.bam | bcftools call -mv - > calls/all.vcf 使用[[02-可视化展示流程]] 的方法，我们可以将最终的流程可视化出来...这里额外补充一点，除了工作流外，环境配置，也是可重复任务重要的一环。这里我也将我的conda 环境进行打包，可以直接通过我的配置文件下载相关的软件，使用conda “复刻”我的环境。
1-指定软件使用的线程 如bwa 等软件，我们可以分配多线程以提高任务的执行速度的。...2-配置文件 我们可以在snakemake中，将使用的通配符或文件信息，写到config 文件中，并通过config访问： samples: A: data/samples/A.fastq...4-日志文件 在shell 工作流中，我们会通过重定向，以将输出保存到文件中。snakemake 同样提供了选项。...会自动创建子目录，看着流程运转，目录里的文件填满，真舒服啊。...我们需要的是排序后的bam，那之前的bam 也确实可以删除节约空间。 而被protected 的文件，无论snakemake 流程如何执行（--forceall），文件始终不会被删除或覆写。
cp是一个命令行实用程序，用于复制Unix和Linux系统上的文件和目录。在本文中，我们将解释如何使用cp命令。linux怎么复制文件到其他文件夹2....当源和目标参数都是文件时，cp命令将第一个文件复制到第二个文件。如果文件不存在，命令将创建它。 当源有多个文件或目录作为参数时，目标参数必须是一个目录。在本例中，源文件和目录被移动到目标文件夹。...当仅将目录名指定为目标时，复制的文件将具有与原始文件相同的名称。...要只复制文件和子文件夹，而不复制目标文件夹，请使用-T选项:cp -RT Pictures/ Pictures_backup/另一种只复制目录内容而不复制目录本身的方法是使用通配符()。...同时复制多个文件和目录同时复制多个文件和目录要同时复制多个指定其名称的文件和文件夹，并使用目标目录作为最后一个参数:cp file.txt dir file1.txt dir1复制多个文件时，目标必须是一个文件夹
Snakemake的主要优势包括： 易于使用和学习：Snakemake使用简单的、基于Python的语法来定义工作流，这使得它对于具有Python基础的科学家来说非常容易上手。...snakemake 的基本组成单位叫“规则”，即 rule；每个 rule 里面又有多个元素（input、output、run等）。工作流是根据规则定义的，这些规则定义了如何从输入文件创建输出文件。...5最小化使用 准备工作 ## 创建工作目录 mkdir snakemake-tutorial cd snakemake-tutorial ## 下载示例数据 curl -L https://api.github.com...这是由于 Python 会连接后续字符串，如果没有逗号分割，可能会导致意外行为 2、如果一个规则有多个输出文件，Snakemake 会要求它们全部输出 ，在使用通配符的时候应避免出现完全相同的通配，否则...，可能会发生两个工作 并行运行同一规则想要写入同一文件 3、在shell 命令中，我们可以将字符串分成多行，Python 会自动将它们连接成一行。
在Linux和Unix系统上工作时，复制文件和目录是您每天要执行的最常见任务之一。 cp是一个命令行实用程序，用于复制Unix和Linux系统上的文件和目录。在本文中，我们将解释如何使用cp命令。...当源和目标参数都是文件时，cp命令将第一个文件复制到第二个文件。如果文件不存在，命令将创建它。 当源有多个文件或目录作为参数时，目标参数必须是一个目录。在本例中，源文件和目录被移动到目标文件夹。...当仅将目录名指定为目标时，复制的文件将具有与原始文件相同的名称。...要只复制文件和子文件夹，而不复制目标文件夹，请使用-T选项: cp -RT Pictures/ Pictures_backup/ 另一种只复制目录内容而不复制目录本身的方法是使用通配符()。...同时复制多个文件和目录 同时复制多个文件和目录 要同时复制多个指定其名称的文件和文件夹，并使用目标目录作为最后一个参数: cp file.txt dir file1.txt dir1 复制多个文件时，目标必须是一个文件夹
不过更主要的是，我想要一个直接分析完然后直接生成结果报告的流程。因为一开始提供给用户分析结果时，我都是手动将部分内容复制到Typora里，然后生成pdf/html的，这很麻烦，而且容易出错。...snakemake workflow 由一系列的rules 组成，每个rule为一个分析步骤，用于执行特定的功能。snakemake 流程是以输出为导向的。...snakemake wildcards ，类似于linux 的通配符,用来匹配对应的字符，这里用来匹配样本名 $ ls data/*.fastq.gz data/ENCFF035OMK.fastq.gz...se,如果是单端的，我们使用se 作为key值 然后编写代码进行文件的更名， 创建Snakefile 文件，snakemake默认运行该文件的内容 touch workflow/Snakefile #...snakemake 使用all rule 来收集所有最终输出文件。
例如：怎样仅因为文件在目标目录中不存在或存在旧的版本，就将所有HTML文件从一个目录复制到目标目录里呢？使用文件管理器完成很困难，而用命令行则很容易。...它有 2 种不同的使用方式： 1.格式 （1）单个复制 cp item1 item2 将单个文件或目录 item1 复制到文件或目录 item2 中。...复制目录时需要需要这个选项（或 -a 选项） -u，--update 当将文件从一个目录复制到另一个目录时，只会复制那些目标目录中不存在的文件或是目标目录相应文件的更新文件。...cp dir1/* dir2 通过使用通配符，将 dir1 中的所有文件复制到 dir2 中。dir2 必须已经存在。...其中，item是一个或多个文件（或目录）的名称。 2.rm 选项 选项 含义 -i，--interactive 删除一个已存在的文件前，提示用户确认。如果没有这个选项，rm 命令会默认删除文件。
，并将它们添加到路径 可以指定多个 资源，但如果它们是文件或目录，则它们的路径被解析为相对于构建上下文的源 每个 可能包含通配符，匹配将使用 Go 的 filepath.Match...txt /mydir/ 重点 是绝对路径，或相对于 WORKDIR 的路径，源将在目标容器内复制到该路径中 使用相对路径的栗子 ADD test.txt relativeDir/ 等价于...当一个目录被复制或解压时，它的行为与 tar -x 相同 注意：文件是否被识别为可识别的压缩格式完全取决于文件的内容，而不是文件的名称；例如，如果一个空文件恰好以 .tar.gz 结尾，黄不会被识别为压缩文件...，也不会生成任何类型的解压缩错误消息，而只会将该文件复制到目标位置 是任何其他类型的文件 则将其与其元数据一起单独复制 以斜杠 / 结尾，它将被视为一个目录，并且 ...的内容将写入 /base() 指定了多个 资源，或者由于使用了通配符 则 必须是一个目录，并且必须以斜杠 / 结尾 ADD test1.txt test2
将文件或目录从 NTFS 卷复制到 FAT 卷或者当目标文件系统需要 FAT 文件系统命名约定（即 8.3 字符）时，需要“/n”。目标文件系统可以是 FAT 或 NTFS。...• 复制加密的文件 将加密文件复制到不支持 EFS 的卷会导致错误。应首先解密文件或将文件复制到支持 EFS 的卷中。...• 追加文件 要追加文件，请指定单个目标文件，多个源文件（使用通配符或 file1+file2+file3 格式）。...如果要将一个或多个文件复制到一个文件，请按 F。如果要将一个或多个文件复制到一个目录，请按 D。...使用“/i”命令行选项可禁止显示该消息，从而导致“xcopy”认定在源是多个文件或一个目录的情况下，目标是一个目录。
一切都要从Scripts以及Make说起 生物信息学分析流程可以根据其设计理念的不同分为多个框架，但是追本溯源他们都源于Scripts以及Make的使用[1]。...这种理念是我们最直观的分析逻辑，也是最常用的流程框架。通常，生信刚入门的同学们会选择这种方式，简单而暴力；段位较高的同学，则会选择将分析内容进行包装，然后提供多个参数选择，增加流程灵活性。...，自然也会有它的缺点： Make不能够在集群上的多个节点上分派任务进行平行化的运算，这就对于大型任务而言增加了用户的等待时间； Make的语法是限制一个通配符只能在一个规则里面使用，不同规则里面通配符不能互相识别...Implicit convention frameworks（基于Make的框架） 这类框架最典型的例子是Nextflow、Snakemake，它们在保留了make一贯的隐式通配符的风格（即用rule中定义的通配符来实现上下游文件的依赖关系...）的基础上扩展了断点重入、平行化处理、文件名管理等功能，突破了Make的限制，使得他们的使用更加灵活且可控。
前言 单细胞数据目前除了10x的测序数据，还有相当一部分是drop-seq的测序数据。...笔者试了其中几个，有一个名为dropseqRunner的流程可以跑通，但是有些bug。笔者便在此将这个跑通的github流程的使用方法以及出现的4个bug解决方法进行说明，方便大家后续的使用。...的分析流程，Snakemake drop文件包含的rule模块包括： fastqc umi_create_whitelist whitelist_for_solo align index_bam collect_rna_metrics...，其中后续的debug部分需要修改makeref.py 、 dropRunner.py和Snakefile_drop.smk 这三个文件的部分代码： dropRunner.py makeref.py environment.yaml...，github的官方作者介绍为{}.R1.fastq.gz 格式，但这个名称格式实际上是错误的，在官方作者的Snakefile_drop.smk文件里，可以查到{samples}_R1.fastq.gz
将文件从本地计算机复制到远程服务器 将目录从本地计算机复制到远程服务器 在同一台远程计算机上的不同文件夹之间复制文件 使用with_items复制多个文件/目录 复制具有不同权限/目的地设置的多个文件...复制与pattern（通配符）匹配的文件夹中的所有文件 复制之前在远程服务器中创建文件备份 使用临时(Ad-hoc)方法复制文件 将文件从远程计算机复制到本地计算机 使用 copy 模块写入文件 copy...然后它将文件复制到目标路径中指定的远程计算机 dest (目标)路径。 下面的示例将当前用户（在本地计算机上）的主目录中的sample.txt文件复制到远程服务器上的/tmp目录中。...但是有时我们想为不同的文件设置权限，或者每个文件的目标文件夹都不同。这可以通过与字典结构一起使用with_items来实现。 在以下任务中，我试图将3个文件复制到2个不同的文件夹中。...）匹配的文件夹中的所有文件 如果需要复制目录中与通配符匹配的所有文件，则可以使用with_fileglob。
touch命令本来用于更新文件的时间标记，但在实际使用中经常用于创建新的测试文件，该命令 使用文件名作为参数，可以同时创建多个文件，当目标文件已存在时，将更新该文件的时间标记，否则将创建指定名称的空文件...ln命令的基本使用格式如下: ln [-s] 源文件成目录....链接文件或目标位置 当目标位置是一个已经存在的目录时，新创建的链接文件将保存到该目录中，并使用与源文件或目录相同的名称。...（1）cp—复制（Copy)文件或目录 cp命令用于复制文件或目录，将需要复制的文件或目录（源）重建一份并保存为新的文件或目录（可保存到其他目录中）.cp命令的基本使用格式如下： cp [选项].....y ---- （3）mv命令移动（Move)文件或目录 mv命令用于将指定的文件或目录转移位置，如果目标位置与源位置相同，则效果相当于为文件 或目录改名，mv命令的基本使用格式如下。...这里只介绍最常用的几种用法，find命令的基本使用格式如下： find [查找范围][查找条件表达式] 其中，查找范围对应的是在其中查找文件或子目录的目录位置（可以有多个）.而查找条件则决定了find命令根据哪些属性
scp（Secure Copy Protocol）是一个用于在本地主机和远程主机之间安全地复制文件或目录的命令。它使用 SSH（Secure Shell）协议来进行安全的文件传输。...基本用法 scp [选项] [源文件或目录] [目标主机:目标路径] [选项]： scp 支持多种选项，用于设置不同的参数，例如 -r 用于递归复制目录，-p 用于保留文件的权限等。...[源文件或目录]： 要复制的本地文件或目录路径。 [目标主机:目标路径]： 目标主机和目标路径。如果省略了目标主机，则默认为本地主机。目标路径可以是相对路径或绝对路径。 2....确保公钥已经被添加到目标主机的 ~/.ssh/authorized_keys 文件中。 5. 注意事项 文件权限： 在目标主机上，scp 将尊重目标文件的权限设置。确保目标路径具有适当的写入权限。...使用通配符 scp 支持通配符，可以使用通配符来传输多个文件： scp localdir/*.txt username@remote:/path/to/destination 8.
指定要复制的文件的位置和名称。 此参数必须包括驱动器或路径； ● destination：表示目标路径； ● options：表示可选参数，用于控制复制操作的行为。...● /L：列出要复制的文件列表，但不实际复制。 ● /F：显示完整的源文件和目标文件名。 ● /J：复制文件而不缓冲。 建议用于非常大的文件。...批量复制场景描述：将多个文件夹中的文件复制到同一个目标文件夹。...命令示例：XCOPY C:\源文件夹 D:\目标文件夹 /E /I /Y解释：此命令将C盘的“源文件夹”及其子文件夹（包括空文件夹）中的所有文件复制到D盘的“目标文件夹”中，如果目标文件夹不存在则创建它...命令示例：XCOPY C:\源文件夹 D:\目标文件夹 /S /Y /EXCLUDE:C:\排除文件列表.txt解释：此命令将C盘的“源文件夹”及其子文件夹中的所有文件复制到D盘的“目标文件夹”中，但排除
你可以执行其中一个 以下类型的操作： *使用--full选项复制Greenplum数据库系统。 此选项将源系统中的所有用户创建的数据库复制到 不同的目标系统。...将数据复制到目标系统时，会重新分配数据 目标系统的Greenplum数据库段。...gptransfer完成后，它会显示一个表格列表 发生错误，将失败的表的名称写入文本文件， 然后打印文件的名称。你可以使用这个文件 gptransfer -f选项重试复制表。...-d 要复制的源数据库。可以多次指定此选项 将多个数据库复制到目标系统。所有用户 已定义的表和表数据将复制到目标系统。...对于普通表传输，该文件包含完全限定的列表 表格名称在每一行单独指定，用于传输叶子 分区表，它包含一对完全限定表的列表 每行的名字。 不支持通配符。
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