为了举例说明,我编写了一个程序adding_text.py,它接受输入目录的参数(a解析)、输出目录和索引(来自输入目录的os.listdir )来处理一些文本文件。这是我的文件结构:|----A.txt -> text A identity |----C.txt问题是当我试图围绕问题设计一个snakemake工
我正在运行的程序只需要指定目录即可保存输出文件。如果我用snakemake运行它,它会给我错误: IOError: [Errno 2] No such file or directory: 'BOB/call_images/chrX_194_1967_BOB_78.rpkm.png' 我的尝试: rule all: "BOB/call_images/"
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然而,我的最终目标是使用qsub在集群上运行作业。我还希望qsub中的stderr和stdout具有有意义的名称,其中包括每个作业的通配符和规则名称。{jobid}" allAttributeError: 'Wildcards' object has no attribute 'barcode'
我最近阅读了,其中似乎可以<em
我对snakemake不熟悉。我有一个将一个文件复制到多个文件夹的规则。这些文件夹是用python制作的。
我一定是误解了使用多个目标的问题。下面的代码,当使用"Snakemake practice_phased_reversed.vcf“运行时,返回"No rule to produce practice_phased_re