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R语言与正则表达式

R语言在提取字符串上有着强大的能力,其中字符串可以看做为文本信息。今天需要跟大家介绍一款更为通用、更加底层的文本信息提取工具——正则表达式。...) \B No Word edge(非单词开头或结束的位置) \单词开头的位置) \> Word end(单词结束的位置) ---- stringr包中的重要函数...函数 功能说明 R Base中对应函数 使用正则表达式的函数 str_extract() 提取首个匹配模式的字符 regmatches() str_extract_all() 提取所有匹配模式的字符...本文在介绍基本的正则表达式语法的基础上,通过R中这两种文本处理函数进行实例说明,也好让大家对R语言中正则表达式的基本用法有个大致了解,在后续的爬虫演练中更容易理解一些信息提取的细节知识。...image.jpeg 提取全部单词字符 unlist(str_extract_all(example_text2, "\\w+")) [1] "1" "A" "small"

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    左手用R右手Python系列之——表格数据抓取之道

    对于表格而言,R语言和Python中都封装了表格抓取的快捷函数,R语言中XML包中的readHTMLTables函数封装了提取HTML内嵌表格的功能,rvest包的read_table()函数也可以提供快捷表格提取需求...以上所说到的函数是针对HTML文档中不同标签设计的,所以说如果不加区分的使用这些函数提取表格,很可能对于那些你认为是表格,但是是实际上是list的内容无效。...type=4 #R语言自带的转码函数URLencode()转码与浏览器转码结果不一致, 所以我找了很多资料,在xml2包里找打了rvest包的url转码函数, 稍微做了修改,现在这个函数你可以放心使用了...HTML文档传送过来,这样我们就可以使用readHTMLTable函数或者read_table() 在XML包中,还有另外两个非常好用的高阶封装函数: 一个用于抓取链接,一个用于抓取列表。...这里我们同样使用Python中的selenium+plantomjs工具来请求网页,获取完整的源文档之后,使用pd.read_html函数进行提取。

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    数据科学系列:数据处理(7)--字符串函数基于R(三)

    这一部分,将R语言stringr包中的使用正则表达式的字符串函数简单介绍一下,会用到正则表达式的相关内容,有关正则表达式的知识可以回顾R&Python Data Science系列:数据处理(6)--字符串函数基于...R(二) 4.3 使用正则表达式的字符串函数 ?...4.3.8 str_extract()与str_extract_all()函数 str_extract()函数用于提取匹配特征的第一个字符串,返回结果为字符向量; str_extract_all...()函数用于提取匹配特征的所有字符串,默认返回结果为字符向量的列表 str_extract(string, pattern) str_extract_all(string, pattern, simplify...4.3.9 小结 从非正则表达式字符串函数、R语言中的正则表达式以及使用正则表达式的字符串函数介绍了R语言中stringr包中的字符串函数。

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    tRFdb-tsRNA数据库爬虫下载fa序列

    此数据库主要使用GEO与NCBI SRA数据库的small RNA high-throughput sequencing data进行tsRNA鉴定,提供了八大物种: Rhodobacter sphaeroides...image-20230708125449480 此次,我们的目的就是从这个数据库里以Human为例,把数据库中的tRF ID与Sequence提取下来。...image-20230708125815235 下面是代码部分: rm(list=ls()) # R 里面重要的一个读取网页的扩展包 library(RCurl) library(dplyr) library...type = "trf-5", od = "./") html <- read_html(opt$html) html <- html_text(html) #提取出所有匹配的内容...#以矩阵形式返回所有匹配到的内容,并将每一行元素个数统一,不够的用""空字符串表示 #此处的正则表达式有小改动,以便演示能匹配到多个的情况 type <- opt$type trf_id str_extract_all

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    文本挖掘|你好,正则表达式!

    一串字符中提取英文? ? 文本信息: “Ta说群众笑脸smile是最好的扶贫成绩单1234”,按照以往的思路是知道英文字符在文本中的起始位置与终止位置,再根据位置提取出来。...当数据量小的时候,这种思路操作是没什么毛病的,但是,当数据量大时,显然这种方法又土又麻烦。 ? 当使用正则表达式时,这个问题好解决多了。...采用ringr 包中的 str_extract_all 函数对字符对象x按照“[A-z]”抽取规则进行抽取,最终将字符中的所有大小写英文都提取出来了。...> library(stringr) > x的扶贫成绩单1234 ' > str_extract_all(x,'[A-z]') [[1]] [1] "T" "a"...[1] 4 那么如何使用分组提取数据并自定义读取数据呢?

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    Python正则表达式

    匹配任意1个字符(除了\n) [ ] 匹配[ ]中列举的字符 \d 匹配数字,即0-9 \D 匹配非数字,即不是数字 \s 匹配空白,即 空格,tab键 \S 匹配非空白 \w 匹配单词字符,即a-z、...A-Z、0-9、_ \W 匹配非单词字符 表示数量 字符 功能 * 匹配前一个字符出现0次或者无限次,即可有可无 + 匹配前一个字符出现1次或者无限次,即至少有1次 ?...$ 匹配字符串结尾 \b 匹配一个单词的边界 \B 匹配非单词边界 匹配分组 字符 功能 \ \ 匹配左右任意一个表达式 (ab) 将括号中字符作为一个分组 \num 引用分组num匹配到的字符串...Python中字符串前面加上 r 表示原生字符串, 与大多数编程语言相同,正则表达式里使用"\"作为转义字符,这就可能造成反斜杠困扰。...假如你需要匹配文本中的字符”\“,那么使用编程语言表示的正则表达式里将需要4个反斜杠”\“:前两个和后两个分别用于在编程语言里转义成反斜杠,转换成两个反斜杠后再在正则表达式里转义成一个反斜杠。

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    使用TextRank算法为文本生成关键字和摘要

    使用TextRank提取关键字 将原文本拆分为句子,在每个句子中过滤掉停用词(可选),并只保留指定词性的单词(可选)。由此可以得到句子的集合和单词的集合。 每个单词作为pagerank中的一个节点。...在一个窗口中的任两个单词对应的节点之间存在一个无向无权的边。 基于上面构成图,可以计算出每个单词节点的重要性。最重要的若干单词可以作为关键词。...使用TextRank提取关键短语 参照“使用TextRank提取关键词”提取出若干关键词。若原文本中存在若干个关键词相邻的情况,那么这些关键词可以构成一个关键短语。...使用TextRank提取摘要 将每个句子看成图中的一个节点,若两个句子之间有相似性,认为对应的两个节点之间有一个无向有权边,权值是相似度。...通过pagerank算法计算得到的重要性最高的若干句子可以当作摘要。 论文中使用下面的公式计算两个句子Si和Sj的相似度: ? 分子是在两个句子中都出现的单词的数量。

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    【算法】TextRank算法为文本生成关键字和摘要

    使用TextRank提取关键字 将原文本拆分为句子,在每个句子中过滤掉停用词(可选),并只保留指定词性的单词(可选)。由此可以得到句子的集合和单词的集合。 每个单词作为pagerank中的一个节点。...在一个窗口中的任两个单词对应的节点之间存在一个无向无权的边。 基于上面构成图,可以计算出每个单词节点的重要性。最重要的若干单词可以作为关键词。...使用TextRank提取关键短语 参照“使用TextRank提取关键词”提取出若干关键词。若原文本中存在若干个关键词相邻的情况,那么这些关键词可以构成一个关键短语。...使用TextRank提取摘要 将每个句子看成图中的一个节点,若两个句子之间有相似性,认为对应的两个节点之间有一个无向有权边,权值是相似度。...通过pagerank算法计算得到的重要性最高的若干句子可以当作摘要。 论文中使用下面的公式计算两个句子Si和Sj的相似度: ? 分子是在两个句子中都出现的单词的数量。

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    Twitter情感分析CNN+word2vec(翻译)

    然而,为了使用CNN,我们不仅要将每个单词向量馈送到模型中,还要考虑词序。...由于我有两个不同的Word2VEC模型,下面的代码将两个模型的向量连接。对于每个模型,用100维向量表示的单词,通过连接,每个单词将有200维向量表示。...这意味着我只关心训练集中最常用的100000个单词。如果不限制单词的数量,词汇量将超过200000。...如果我们假设数据的每一行是一个句子中的一个单词,那么它将不能有效地学习,因为过滤器只看一个词向量的一部分。上述CNN被叫做2维卷积神经网络,因为过滤器在2维空间中作用。...推荐文章 · Bagging算法(R语言) · R语言爬虫与文本分析 · 静态爬虫与地址经纬度转换(python) · 特征工程(一):前向逐步回归(R语言) · 聚类(三):KNN算法(R语言) ·

    1.6K10

    使用 Python 和 TFIDF 从文本中提取关键词

    本文中,云朵君将和大家一起学习如何使用 TFIDF,并以一种流畅而简单的方式从文本文档中提取关键字。 关键词提取是从简明概括长文本内容的文档中,自动提取一组代表性短语。...Term Frequency Term Frequency --> 词频 词频定义为单词 (i) 在文档 (j) 中出现的次数除以文档中的总单词数。...Python 中的 TFIDF 我们可以使用 sklearn 库轻松执行 TFIDF 向量化。...准备数据集 将使用 Theses100 标准数据集[1]来评估关键字提取方法。这 100 个数据集由新西兰怀卡托大学的 100 篇完整的硕士和博士论文组成。这里使用一个只包含 99 个文件的版本。...首先使用精确匹配进行评估,从文档中自动提取的关键短语必须与文档的黄金标准关键字完全匹配。

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    论文阅读:《A Primer on Neural Network Models for Natural Language Processing》(一)

    例如,在文档分类任务中,特征FI可以对应于文档中的单词,并且相关联的权重AI可以是单词的TF-IDF得分。 距离和位置特征 句子中两个词之间的线性距离可以作为信息特征。 特征组合。...注意,神经网络设置中的特征提取阶段只处理核心特征的提取。这与传统的基于线性模型的NLP系统形成了对比,在该系统中,特征设计者不仅要手动指定兴趣的核心特征,还必须手动地指定它们之间的交互。...然后分类器能够区分两个不同的指标,并对它们进行不同的处理。但是,这两个特征是否应该共享相同的向量?“狗:前一个词”的向量应该与“狗:下一个单词”的向量相同吗?或者我们应该给它们分配两个不同的向量?...如果你相信单词出现在不同的位置时会有不同的行为,那么使用两个不同的词汇表并为每个特征类型分配不同的向量集可能是个好主意。...但是,如果你相信单词在两个位置都是类似的,那么可以通过使用两个特征类型的共享词汇来获得信息。 网络输出 对于具有K类的多类分类问题,网络的输出是k维向量,其中每个维度表示特定输出类的强度。

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    文本+视觉,跨模态给你带来不一样的视角

    在研究初期,分别对图片和文本,使用两个不同的网络来进行学习(如图2所示):对于图片特征抽取模块,可以使用CNN网络(比如:vgg,resnet,efficientnet)提取图片特征;而对于文本特征抽取模块...如图3所示,对于区域v_1(“小猫”对应的矩形区域),计算与句子中各个单词的相似度打分(图中单词的颜色深浅代表打分的高低),从图中可以看到该区域与单词“cat"拥有最大的相似度打分。...当然,反方向计算各单词的打分也是如此,可以有效地减少无效单词的干扰。 ? 图3 【SCAN示意图】 由于SCAN只考虑了区域的视觉特征,而并没有考虑区域的位置特征。...,对于一个句子,PFAN相当于只将每个单词在句子中的位置信息(或者词性)加入至网络中,但并没有考虑各个单词间的相互作用,这无疑会带来精度的损失。...这些工作均只使用了Faster RCNN提取的区域特征,并没有在各自的数据集上重新训练Faster RCNN(训练Faster RCNN网络非常耗时),同时Faster RCNN训练目标是做目标检测的,

    4.3K20

    聊聊Transform模型

    以此类推,原句中的特征会由最后一个编码器输出。编码器模块的主要功能就是提取原句中的特征。 编码器内部又是由多头注意力层与前馈网络层两部分组成。...自注意力机制也被称为缩放点积注意力机制,这是因为其计算过程是先求查询矩阵与键矩阵的点积,再用dk对结果进行缩放。总结来说,自注意力机制将一个单词与句子中的所有单词联系起来,从而提取每个词的更多信息。...前馈网络层 前馈网络由两个有ReLU激活函数的全连接层(Full Connection FC层)组成。前馈网络的参数在句子的不同位置上是相同的,但在不同的编码器模块上是不同的。...带掩码的多头注意力层 假设传给解码器的输入句是Je vais bien。我们知道,自注意力机制将一个单词与句子中的所有单词联系起来,从而提取每个词的更多信息。但这里有一个小问题。...在这里由于有两个输入矩阵,区别于之前只有一个输入矩阵的情况,要特殊的处理。 使用上一个子层获得的注意力矩阵M创建查询矩阵Q;使用编码器层输出的特征值R创建键矩阵与值矩阵。

    1.1K20

    用 Python 从单个文本中提取关键字的四种超棒的方法

    自然语言处理分析的最基本和初始步骤是关键词提取,在NLP中,我们有许多算法可以帮助我们提取文本数据的关键字。...本文关键字:关键字提取、关键短语提取、Python、NLP、TextRank、Rake、BERT 在我之前的文章中,我介绍了使用 Python 和 TFIDF 从文本中提取关键词,TFIDF 方法依赖于语料库统计来对提取的关键字进行加权...在关键词提取任务中,有显式关键词,即显式地出现在文本中;也有隐式关键词,即作者提到的关键词没有显式地出现在文本中,而是与文章的领域相关。...然后对于每个候选的关键短语,将其中每个单词的得分累加,并进行排序,RAKE将候选短语总数的前三分之一的认为是抽取出的关键词。...该算法的灵感来自于 Google 用来对网站进行排名的 PageRank。它首先使用词性 (PoS) 对文本进行标记和注释。它只考虑单个单词。没有使用 n-gram,多词是后期重构的。

    6.4K10

    Python主题建模详细教程(附代码示例)

    我们将为此数据集遵循以下步骤: 1.将每个单词小写 2.用它们的较长形式替换缩略词 3.删除特殊字符和不需要的单词 4.通过使用 nltk.WordPunctTokenizer() 分词器从单词或句子字符串中提取标记...其中一些单词可能只是重复出现,对意义没有任何贡献。 我们将使用collections库中的Counter来计算单词。...LDA使用两个狄利克雷分布,其中: •K是主题数量。•M表示文档数量。•N表示给定文档中的单词数量。•Dir(alpha)是每个文档的主题分布的狄利克雷分布。...然后,它使用每个单词位置的多项式分布: •选择文档i中第j个单词的主题;•z_{i,j} 选择特定单词的单词;w_{i,j} 如果我们将所有的部分组合在一起,我们得到下面的公式,它描述了具有两个狄利克雷分布后跟多项式分布的文档的概率...右侧的可视化显示每个主题的前 30 个最相关单词,蓝色的条形图表示单词在所有评价中的出现次数,红色的条形图表示单词在所选主题中的出现次数。

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    不用Linux也可以的强大文本处理方法

    标题党了,其实是论VIM的使用。 做生物信息分析最合适的还是Linux操作系统,所以生信宝典在最开始就推出了Linux学习系列,由浅入深的讲述了Linux学习中的关键点。...VIM中使用正则表达式 这儿以提取生信宝典公众号中发过的原创文章的HTML代码为例子,获得原创文章的名字和链接,用以制作文章列表。...:set wrap: 折行显示 :s/"}, {"/\r/g: :开启命令行模式;s: 是替换,之前讲Linux命令时也多次提及;/作为分割符,三个一起出现,前两个/中的内容为被替换内容,后两个/中的内容为替换成的内容...;这里没有使用正则表达式,直接是原字符的替换,\r表示换行符。....*\)/* [\1](\2)/c: 这个是记忆匹配,记录下匹配的内容用于替换,\(和\)表示记忆匹配的开始和结束,自身不匹配任何字符,只做标记使用;从左只右, 第一个\(中的内容记录为\1, 第二个\

    1.4K60

    函数和R包 20230203

    )[1] 25a) 自定义函数的名称是任意的,但最好不与已存在的函数重名b) x、y都是形式函数,数值可以更改c) z有默认的赋值,使用者如果如果没有重新定义会一直使用默认值‼️当一个代码需要复制黏贴三次就应该写成循环或者定义函数...,使用者不能改变默认值,但是可以使用自定义的值help()或者 ??...() 可以查看默认值, 例如sort()函数的默认值为decreasing=F二、R包介绍1)⚠️下载原始方法:install.packages(" ") 适用于大部分的R包生信相关包:BiocManager...") ‼️要首先下载devtools包,install.packages("devtools")2)R包的使用每次使用前必须library() 相应的包不然会报错。...5)R包安装成功的标志图片图片补充:列出一个R包内的函数和数据> ls("package:stringr") [1] "%>%" "boundary" "

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