保持不同热图的pheatmap颜色范围相同

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R pheathmap，如何在两个热图图像中设置相同的比例？

r、ggplot2、heatmap、pheatmap

我在两个不同的csv文件中有两个矩阵，我想用相同的色标绘制它们。这是我现在所拥有的，但它不起作用：正如您所看到的，这两个图像使用相同的颜色范围(从蓝色到红色)，但它们的含义不同:它们具有不同的间隔。我希望在两个热图中将相同的颜色关联到相同的值<

浏览 0提问于2016-10-25得票数 1

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r、pheatmap

我有下面的代码来制作两个不同的pheatmap来表示相关矩阵。data.frame(Gene, A1, B1, C1, D1, E1) CorMatrix1 CorMatrix2 <- cor(df2[, c(&

浏览 71提问于2021-07-07得票数 0

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突出显示pheatmap中的特定基因名称

r、pheatmap

我想问一下，是否可以在热图软件包中突出显示一些基因名称(行名)？我想用不同的颜色(红色)突出显示行名"I“、"H”和"G“，其余的保持原样。以下是我的代码 set.seed(22)rownames(li.A) <- LETTERS[1:10] colnames(li.A) <- paste0("S_", nco

浏览 255提问于2020-12-02得票数 0

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如何提高彩色色料的色彩强度

我在R中使用pheatmap包制作不同种类的热图，data..and用彩色斜板制作颜色，但是颜色非常明亮。hmcols<-colorRampPalette(c("white","red"))(256) test, cluster_rowscluster_cols=FALSE,

浏览 4提问于2013-06-05得票数 4

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在pheatmap和heatmaply R包中的聚类

r、hierarchical-clustering、pheatmap、heatmaply

我正在使用R热包来制作交互式热图。我喜欢这个软件，但我想从它中得到与我使用的pheatmap包相同的集群(行和列的排序)。因此，我希望这两个命令产生相同的输出：pheatmap (scale (mtcars))最近，我问了另一个关于颜色输出的类似问题，即

浏览 6提问于2020-05-21得票数 0

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在R中使用pheatmap定义特定值颜色

r、matrix、colors、pheatmap

比方说：和定义颜色：我正在生成一个没有使用pheatmap函数进行群集的热图：color= cols, main =

浏览 5提问于2015-09-13得票数 5

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热图输出

r、colors、pheatmap、heatmaply

我正在使用R heatmaply软件包来生成交互式热图。我喜欢这个软件，但是我想从它中得到我使用pheatmap软件包得到的相同的颜色输出。因此，我希望这两个命令产生相同的输出：pheatmap (scale (mtcars)) 有办法这样做吗？提前谢谢。阿图罗

浏览 4提问于2020-05-21得票数 1

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R中的"pheatmap“中没有边框颜色

r、pheatmap

我正在探索R来分析我的基因表达数据。 pheatmapM <-pheatmap(datExprM, border_color = "NA

浏览 1提问于2017-06-02得票数 3

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在热图中重用颜色键

r、heatmap

我正在使用热图2来生成热图，并且我希望在不同的数据集上重用相同的颜色范围/键。例如，我正在重复相同的实验，但在一次运行中，我的数据点在范围[0, 10]中，而在另一次运行中，数据点在范围[0, 20]中。目前，热图将根据数据集将red->white映射到[0, 10]和[0,

浏览 1提问于2013-06-01得票数 1

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Plotly.js中同色比例尺上的各种热图

javascript、colors、heatmap、plotly

我有多张热图。我正在分别绘制它们。为了绘制它们，我调用函数，它为所有的热图定义相同的色阶。该函数具有如下的数据参数：z: Q,y:y,//grey colorscale // colorscale: 'Greys',

浏览 4提问于2016-08-20得票数 2

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特定值的Pheatmap颜色

r、plot、heatmap、color-palette、pheatmap

我对R非常陌生，最近我一直在玩pheatmap库来生成，嗯，热图。我的问题是，我想用一种特定的方式来着色我的热图。我将在下面描述：我使用过各种调色板的breaks参数和color参数，但我似乎无法找到一个好的</em

浏览 5提问于2017-01-21得票数 2

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在具有小范围值的热图中使用哪个颜色键？

range、heatmap、pheatmap、color-key

我的数据覆盖的范围很小，但我仍然希望在热图中显示数据点之间的微小差异。哪个颜色键最适合最大化颜色强度(而不是生成灰色贴图)，以及如何在pheatmap中设置范围？

浏览 8提问于2016-05-10得票数 0

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如何调整列标签的大小？

r、heatmap

我有一个大约4000行和100列的data.matrix。我正在制作数据的热图，如下所示：但我得到的问题是，出现在列中的标签太过分组，因此不可能正确地可视化它们。如何调整热图的大小，以便可以看到列标签的值？

浏览 5提问于2012-10-26得票数 1

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pheatmap集群注释

r、heatmap

我正在尝试将基于k-means的聚类算法的结果显示为pheatmap。为此，我使用这里建议的过程：现在的问题是，我想添加一个突出显示集群的配色方案，类似于heatmap和heatmap.2中的"RowSideColors"-option。至于pheatmap，我只找到了annotation选项，但它是按列工作的，而不是按行工作的。有没有办法突出显示pheatmap中的<

浏览 1提问于2012-04-24得票数 2

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Pheatmap注释颜色和边框

r、pheatmap

Pheatmap library(pheatmap)使用annotation_colors在每个热图列的顶部添加标题ID颜色。下面是我到目前为止所做的工作。library(pheatmap) df<-data.frame( matrix(sampl

浏览 1提问于2015-10-23得票数 15

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Rheatmap.2:防止某些矩阵行在树状图中被操纵

r、cluster-analysis、heatmap、dendrogram

我用多个变量分析多个观测的某些数据，并通过热图将它们可视化，通过聚类和树状图来执行行和列的重新排列。我使用R图形库中的heatmap.2()函数。也就是说，我需要在不考虑这些行的情况下对数据执行聚类，以便进行缩放等，但是接下来需要使用保守着色方案将它们包含在最后的位置上。namesdf<-df[,-1]df.matr<-data.matrix(df) 接下来，我只通过观察(行

浏览 0提问于2017-08-16得票数 1

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如何强制颜色映射到大于matplotlib中imshow的特定输入的动态范围

python、heatmap、matplotlib

假设我想制作2+热图(在相同或不同的图上)，并让颜色<->值映射在它们之间是相同的。默认情况下，颜色映射(比如jet)中的极值将分别用于每个热图的动态范围(即每次调用imshow)，我希望强制映射相同，即使用全局动态范围。我认为一个等价的说法是，我想以某种方式指定一个绝对映射，而给

浏览 0提问于2012-08-27得票数 6

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生成具有相同梯度的多个热图

python、matplotlib、heatmap

我试图使用相同的代码使用matplotlib创建多个热图。当然，所有这些热图的数据是不同的。正因为如此，不同热图的颜色强度是不同的。有没有办法确保强度范围保持不变？我在热图中的所有值都在0到1之间。因此，我希望heatmap1中的<

浏览 3提问于2017-06-22得票数 0

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使用R和聚类绘制热图

r、ggplot2、heatmap、pheatmap

大家好，我正在尝试绘制热图想要的聚类图和图看起来不太好想要更改颜色我是新手可以告诉我如何绘制具有聚类值的热图吗?聚类值显示相似的模式聚类在一起我的数据library(ggplot2)ggplot(data = melted_cormat, aes(x=

浏览 8提问于2020-11-19得票数 0

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用簇绘制热图，但隐藏树状图。

r、plot、visualization、heatmap

默认情况下，R的heatmap将对行和列进行集群：heatmap(mtscaled, scale='none')我可以禁用群集：然后树状图就消失了：但是现在数据不再是聚集的了。我不希望显示树状图，但我仍然希望将行和/或列聚集在一起。我该怎么做？

浏览 1提问于2015-04-27得票数 10

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