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单细胞测序公共数据库(上)

就小编所知,目前NCBI中的GEO数据库就囊括了大量单细胞测序的数据,但是相对于一些专库专用的数据库来说,其存储相对比较零散。 今天小编就“知你所想,予你所求”,为大家介绍几款单细胞测序的数据库。 tabula-murisa网页 以上两个数据库主要基于两篇已发表的文献搭建而成,主要目的是通过网页版的形式展示文章中的结果,并非以收集并存储多种来源的公共单细胞测序数据为目的。 篇非免疫的单细胞文献,且数据库仍在持续更新中。 CancerSEA下载界面 当然如此火热的单细胞领域不仅仅只有上面几款数据库,偷偷告诉你:其实小编还收藏了其他几款实用的数据库,想get吗?下期敬请期待!

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三大基础公共数据库介绍

目前生物信息学研究者已经开发了2000多个分子生物学数据库,几乎覆盖了生命科学的各个领域,大致可分为五类:基因组数据库、核酸序列数据库、蛋白质序列数据库、生物大分子(主要是蛋白质)三维结构数据库以及根据生命科学不同研究领域的实际需要 本期推文将介绍三大综合类公共数据库NCBI、EMBL和IMG。 数据库),包含翻译自核酸数据库(GenBank,RefSeq,TPA)注释的编码区的蛋白序列,以及来自SwissProt、PIR、PRF和PDB等数据库的数据信息。 三大核酸数据库(EMBL-Bank/GenBank/DDBJ)中注释的编码序列都被自动翻译并加入该数据库中,同时收录来自PDB数据库以及Ensembl、Refeq和CCDS基因预测的序列。 UniParc(UniProt Archive),是一个综合性的非冗余数据库,包含了所有主要的、公开的数据库的蛋白质序列。

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    单细胞测序公共数据库(下)

    但在该领域中,仍然缺乏存储单细胞公共数据的平台,因此这些数据集的可访问性成为其有效使用的障碍。此外,通过外部单细胞数据进行自身数据的验证也是今后单细胞数据分析的一个重要趋势。 前面一期我们介绍了单细胞测序公共数据库(上),今天,小编就基于上篇的基础,继续为大家介绍几款单细胞测序公共数据库。 但可惜的是,该数据库只更新到2017年,现已停止更新。scRNASeqDB主要目的是促进基于公共数据的各种人类单细胞基因表达谱的分析和可视化。 相比于前三个数据库(多为低通量测序数据,细胞数较少)来说,Single cell portal收录了169个研究的4152655个单细胞的测序数据,并且仍在持续更新当中。 Single cell portal数据下载界面 结合上下篇,小编总共为大家介绍了七款单细胞公共数据库,如果你想利用公共数据对自己的数据进行验证,或者想要深挖公共数据,不妨试一试吧!

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    Core Data with CloudKit(五)——同步公共数据库

    三种CloudKit数据库 介绍一下CloudKit中的三种数据库公共数据库 公共数据库存放的是开发者希望任何人都能够访问的数据。 公共数据库的内容在CloudKit仪表台是可见的。 公共数据库的数据容量计入应用程序的CloudKit存储配额。 后面讨论的鉴权,尽管操作对象为托管对象或本地持久化存储,但检查的却是网络端的记录或数据库公共数据库 vs 私有数据库 我们从几个维度来比较一下公共数据库和私有数据库。 由于公共数据库的一些技术限制,上述的机制无法适用于公共数据库的同步。 公共数据库的适用场合 通过CloudKit调用公共数据库和通过Core Data with CloudKit同步公共数据库两者的技术特点不同,考虑的侧重点也不一样。

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    非肿瘤研究如何利用公共数据库发表文章

    目前很多对于公共测序数据的分析,很多都是集中在肿瘤数据当中,主要原因还是在于,肿瘤有一个TCGA的数据库。倒不是说TCGA数据库有多大的样本,而是在于TCGA数据库可以获得每个患者的临床数据。 为了保证选择的数据量多,作者利用GEO和AarryExpress两个数据库检索符合要求的数据。在进行一系列的筛选,最后获得了12个和败血症相关的数据集。 ?

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    WGCNA分析+公共数据库挖掘你感兴趣的癌症

    影响因子:2.656 导读 这是一篇完全基于公共数据挖掘,没有做任何实验的文章,充分利用了多种数据库、网络软件和工具,除了WGCNA的分析过程,其他部分不需要编程基础。 目前包括9736个肿瘤样本和8587个正常样本,数据分别来自TCGA数据库和GTEx。 ? 1. 应用范围: 这篇文章中是利用该数据库对hub genes在蛋白质水平上验证。做肿瘤数据挖掘的可以利用该数据库对感兴趣的基因进行蛋白质验证,不用做实验,故事还可以说的更饱满些。 (数据库内容很多,之后详细介绍。) 虽然这篇文章属于套路文章,利用的也都是公共数据资源和工具,但是也有值得借鉴的地方,利用WGCNA找到hub genes后,从转录本水平、翻译水平、临床结果和基因组变异多个角度验证;还有文中提到的3个公共数据库资源值得挖掘和利用

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    Django 2.1.7 配置公共静态文件、公共模板路径

    在Django项目中,对于 js、css、images 等静态文件资源,需要一个公共的存放路径,不然每个应用都新建一个 static 文件夹的话,其实很不方便。 那么该怎么配置呢? 好了,这样就配置好了项目下的公共静态文件了。下面来继续配置公共模板路径。

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    最常公共前缀

    来源: lintcode-最常公共前缀 描述 给k个字符串,求出他们的最长公共前缀(LCP) 样例 在 "ABCD" "ABEF" 和 "ACEF" 中, LCP 为 "A" 在 "ABCDEFG" 两两比较,即第一个和第二个拿到公共前缀,在用公共前缀去和第三个取公共前缀…. 拿第一个的每个字符去和其余的所有字符串在该位置的字符比较,相同则继续下一个字符,有一个字符串不相同则结束.

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    laravel框架如何设置公共头和公共

    可以新建一个布局模板,layout.blade.php 在layout中设置公共头、尾 <html <body <! -- 公共头部代码 -- @yield('content') <! -- 公共尾部代码 -- </body </html 再新建个内容模板,content.blade.php 继承布局模板 @extends('layout') @section -- 页面内容 -- @stop 当然公共头部也可以再单独写一个模板header.blade.php 在layout中用@include(‘header’) 以上这篇laravel框架如何设置公共头和公共尾就是小编分享给大家的全部内容了

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    慎用公共变量~~

    在开发过程中,避免不了会使用公共变量,记录共享对象状态、数据最简单的方式就是创建创建公共变量。 当业务逻辑变多,还采用这种思想就会变得危险,代码逻辑变得不清晰,慢慢就有一种代码坏味道。 具体总结为一下几点: 过多逻辑分支,不够清晰,公共变量不利于系统维护和项目拓展; 安全性收到威胁,过多地方共享变量,变量的写入和读取在多线程下是危险的; 业务逻辑交叉过多时,很难保证数据-逻辑的一致性;

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    慎用公共变量

    前言 在开发过程中,避免不了会使用公共变量,记录共享对象状态、数据最简单的方式就是创建创建公共变量; 当业务逻辑变多,还采用这种思想就会变得危险,代码逻辑变得不清晰,慢慢就有一种代码坏味道。 具体总结如下: 1、过多逻辑分支,不够清晰,公共变量不利于系统维护和项目拓展; 2、安全性收到威胁,过多地方共享变量,变量的写入和读取在多线程下是危险的; 3、业务逻辑交叉过多时,很难保证数据-逻辑的一致性

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    通常自己的目标基因要在公共数据库看是否影响生存

    重点是作者对自己的生物学领域背景知识的把控能力,比如首先应该是知道哪些数据集是可以拿来使用的。

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    Oncomine数据库已终止服务!万文长篇含泪总结常用医学公共数据库【建议收藏】

    今天小编含泪给大家总结了常用医学公共数据库,含临床数据库、生信数据库。 作为一个提供免费高通量测序数据的数据库,在科研圈中无人不知,无人不晓。每年利用这些公共数据发的文章不计其数。 以及TCGA等公共数据库的基因芯片和RNA-seq数据构建而成,评估了54, 675个基因在21种癌症中对于生存率的影响,包括乳腺癌(6234例)、卵巢癌(2190例)、肺癌(3452例)和胃癌(1440 这些数据库收集基因组序列,注释并分析他们,以提供公共访问。 主要包括: 2.1ArrayExpress ArrayExpress是高通量功能基因组数据的一个公共数据库

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    最长公共子串+最长公共子序列

    最长公共子串(注意子串是连续的) 1、先建立一个二维数组array[str1.size()][str2.size()](全部初始化为0),初始化第一行和第一列(元素相同处置1),然后进入状态方程 2、状态转移方程 3、最后寻找整个array中的最大值即可(因为可能有多个子串) 示意(图中有两个公共子串,分别为"ab"和"de",长度都为2) ? 程序: 1 /* 2 本程序说明: 3 4 最长公共子串(注意空格,不要用cin,要用getline) 5 6 */ 7 #include <iostream> 8 #include ){ 46 cout<<largestCommentSubString(str1,str2)<<endl; 47 } 48 return 0; 49 } 最长公共子序列 1 /* 2 本程序说明: 3 4 最长公共子序列 5 6 */ 7 #include <iostream> 8 #include <vector> 9 #include <string

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    【CCF】公共钥匙盒

    本文链接:https://blog.csdn.net/weixin_42449444/article/details/84966703 试题编号: 201709-2 试题名称: 公共钥匙盒 时间限制: 1.0s 内存限制: 256.0MB 问题描述: 问题描述   有一个学校的老师共用N个教室,按照规定,所有的钥匙都必须放在公共钥匙盒里,老师不能带钥匙回家。 每次老师上课前,都从公共钥匙盒里找到自己上课的教室的钥匙去开门,上完课后,再将钥匙放回到钥匙盒中。   钥匙盒一共有N个挂钩,从左到右排成一排,用来挂N个教室的钥匙。

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    抽取公共sql片段

    在resource–>mapper–>UserMapper.xml文件中有许多重复的sql语句,那么我们就把它们抽取出来

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    最小公共区域(最小公共祖先)

    数据同样保证最小公共区域一定存在。

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    公共数据库告诉你为什么在癌症里面研究CD24

    既然作者选择了CD24,就需要挖掘公共数据库来证明它的确很重要咯,下面我们来看作者的表演: CD24比其它免疫检查点在癌症表达量上调更多 首先可以看表达量变化指标 Heat map of CD24 tumour 使用的TCGA数据库样本 附件列的清清楚楚,包括: ? 文章也描述了,就是从UCSC的XENA数据库下载 ?

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    Django 2.1.7 配置公共静态文件、公共模板路径

    在Django项目中,对于 js、css、images 等静态文件资源,需要一个公共的存放路径,不然每个应用都新建一个 static 文件夹的话,其实很不方便。那么该怎么配置呢? [ os.path.join(BASE_DIR, 'static'), ] 在项目根路径下新建 static 文件夹,并添加以下子文件夹和文件 文件结构如下: 好了,这样就配置好了项目下的公共静态文件了 下面来继续配置公共模板路径。

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