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三大基础公共数据库介绍

目前生物信息学研究者已经开发了2000多个分子生物学数据库,几乎覆盖了生命科学的各个领域,大致可分为五类:基因组数据库、核酸序列数据库、蛋白质序列数据库、生物大分子(主要是蛋白质)三维结构数据库以及根据生命科学不同研究领域的实际需要...本期推文将介绍三大综合类公共数据库NCBI、EMBL和IMG。...数据库),包含翻译自核酸数据库(GenBank,RefSeq,TPA)注释的编码区的蛋白序列,以及来自SwissProt、PIR、PRF和PDB等数据库的数据信息。...三大核酸数据库(EMBL-Bank/GenBank/DDBJ)中注释的编码序列都被自动翻译并加入该数据库中,同时收录来自PDB数据库以及Ensembl、Refeq和CCDS基因预测的序列。...UniParc(UniProt Archive),是一个综合性的非冗余数据库,包含了所有主要的、公开的数据库的蛋白质序列。

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单细胞测序公共数据库(上)

就小编所知,目前NCBI中的GEO数据库就囊括了大量单细胞测序的数据,但是相对于一些专库专用的数据库来说,其存储相对比较零散。...今天小编就“知你所想,予你所求”,为大家介绍几款单细胞测序的数据库。...tabula-murisa网页 以上两个数据库主要基于两篇已发表的文献搭建而成,主要目的是通过网页版的形式展示文章中的结果,并非以收集并存储多种来源的公共单细胞测序数据为目的。...篇非免疫的单细胞文献,且数据库仍在持续更新中。...CancerSEA下载界面 当然如此火热的单细胞领域不仅仅只有上面几款数据库,偷偷告诉你:其实小编还收藏了其他几款实用的数据库,想get吗?下期敬请期待!

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单细胞测序公共数据库(下)

但在该领域中,仍然缺乏存储单细胞公共数据的平台,因此这些数据集的可访问性成为其有效使用的障碍。此外,通过外部单细胞数据进行自身数据的验证也是今后单细胞数据分析的一个重要趋势。...前面一期我们介绍了单细胞测序公共数据库(上),今天,小编就基于上篇的基础,继续为大家介绍几款单细胞测序公共数据库。...但可惜的是,该数据库只更新到2017年,现已停止更新。scRNASeqDB主要目的是促进基于公共数据的各种人类单细胞基因表达谱的分析和可视化。...相比于前三个数据库(多为低通量测序数据,细胞数较少)来说,Single cell portal收录了169个研究的4152655个单细胞的测序数据,并且仍在持续更新当中。...Single cell portal数据下载界面 结合上下篇,小编总共为大家介绍了七款单细胞公共数据库,如果你想利用公共数据对自己的数据进行验证,或者想要深挖公共数据,不妨试一试吧!

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Core Data with CloudKit(五)——同步公共数据库

三种CloudKit数据库 介绍一下CloudKit中的三种数据库公共数据库 公共数据库存放的是开发者希望任何人都能够访问的数据。...公共数据库的内容在CloudKit仪表台是可见的。 公共数据库的数据容量计入应用程序的CloudKit存储配额。...后面讨论的鉴权,尽管操作对象为托管对象或本地持久化存储,但检查的却是网络端的记录或数据库公共数据库 vs 私有数据库 我们从几个维度来比较一下公共数据库和私有数据库。...由于公共数据库的一些技术限制,上述的机制无法适用于公共数据库的同步。...公共数据库的适用场合 通过CloudKit调用公共数据库和通过Core Data with CloudKit同步公共数据库两者的技术特点不同,考虑的侧重点也不一样。

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WGCNA分析+公共数据库挖掘你感兴趣的癌症

影响因子:2.656 导读 这是一篇完全基于公共数据挖掘,没有做任何实验的文章,充分利用了多种数据库、网络软件和工具,除了WGCNA的分析过程,其他部分不需要编程基础。...目前包括9736个肿瘤样本和8587个正常样本,数据分别来自TCGA数据库和GTEx。 ? 1....应用范围: 这篇文章中是利用该数据库对hub genes在蛋白质水平上验证。做肿瘤数据挖掘的可以利用该数据库对感兴趣的基因进行蛋白质验证,不用做实验,故事还可以说的更饱满些。...(数据库内容很多,之后详细介绍。)...虽然这篇文章属于套路文章,利用的也都是公共数据资源和工具,但是也有值得借鉴的地方,利用WGCNA找到hub genes后,从转录本水平、翻译水平、临床结果和基因组变异多个角度验证;还有文中提到的3个公共数据库资源值得挖掘和利用

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Oncomine数据库已终止服务!万文长篇含泪总结常用医学公共数据库【建议收藏】

今天小编含泪给大家总结了常用医学公共数据库,含临床数据库、生信数据库。...作为一个提供免费高通量测序数据的数据库,在科研圈中无人不知,无人不晓。每年利用这些公共数据发的文章不计其数。...以及TCGA等公共数据库的基因芯片和RNA-seq数据构建而成,评估了54, 675个基因在21种癌症中对于生存率的影响,包括乳腺癌(6234例)、卵巢癌(2190例)、肺癌(3452例)和胃癌(1440...这些数据库收集基因组序列,注释并分析他们,以提供公共访问。...主要包括: 2.1ArrayExpress ArrayExpress是高通量功能基因组数据的一个公共数据库

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最长公共子序列与最长公共子串

最长公共子序列 举个例子:s1="abcfde",s2="bcde"。那么s1与s2的最长公共子序列就是"bcde",注意不要求连续。该问题是典型的动态规划问题。...(i, j)从0开始,那么递推关系很容易找到:(maxLen(i,j)表示s1字符串左边i个字符构成的子串与s2左边j个字符构成的子串的最长公共子序列长度,下同) if(s1[i-1] == s2[j-...最长公共子串与上述最长公共子序列不一样,最长公共子串要求连续。...例如s1="asdfddsx",s2="asssdfed",那么s1与s2的最长公共子串是:"sdf"。...最长公共子串的输出比上面最长公共子序列简单,因为后者一定是连续的,我们只要保存最后一个两个字符串字符相等的位置index,以及最长公共子串的长度length,然后从index位置往回倒推index个字符即可

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