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CellChat 三部曲3:具有不同细胞类型成分的多个数据集的细胞通讯比较分析

分享是一种态度 此教程显示了如何将 CellChat 应用于具有不同细胞类型成分的多个数据集的比较分析。几乎所有的CellChat功能都可以应用。...笔记要点 加载所需的包 第一部分:比较分析具有略有不同细胞类型成分的多个数据集 第二部分:对具有截然不同的细胞类型成分的多个数据集的比较分析 加载所需的包 library(CellChat) library...(ggplot2) library(patchwork) library(igraph) 第一部分:比较分析具有略有不同细胞类型成分的多个数据集 对于具有稍微不同的细胞类型...对于和弦图,CellChat 具有独立函数netVisual_chord_cell,通过调整circlize包中的不同参数来灵活可视化信号网络。...第二部分:对具有截然不同的细胞类型成分的多个数据集的比较分析 CellChat 可用于比较来自截然不同的生物背景的两个 scRNA-seq 数据集之间的细胞-细胞通信模式。

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干货 | Bokeh交互式数据可视化快速入门

notebook是用于数据探索的常用工具,在数据科学领域被广泛使用,建议大家在学习Bokeh的过程中使用jupyter notebook。...开始绘图 Bokeh是一个大型库,具有非常多的功能,这里不细讲具体函数方法,只通过一些案例来展示Bokeh的使用流程和可视化界面。...调用figure()函数 创建具有典型默认选项并易于自定义标题、工具和轴标签的图表 添加渲染器 上面使用的是line()线图函数,并且指定了数据源、线条样式、标签等,你也可以使用其他的绘图函数,如点图、...柱状图等 显示或保存图表 show()函数用来自动打开生成的HTML文件,save()函数用来保存生成的html文件 如果想在一张图里绘制多个数据表,则可以重复上面第4步。...你可以添加多个数据系列,自定义不同的展示风格: from bokeh.plotting import figure, output_notebook, show # 准备三个数据系列 x = [0.1

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    教你轻松玩转 Bokeh 可视化

    python中的bokeh包也是作图神器,现在了解到了如何作散点图和柱形图,先记录一波。 Bokeh 专门针对Web浏览器的呈现功能的交互式可视化python库。...Bokeh接口 Charts:高层接口,以简单的方式绘制复杂的统计图- Plotting:中层接口,用于组装图形元素- Models:底层接口,为开发者提供最大灵活性首先bokeh图举例如下: 个人认为绘图的基本框架可以为...: 设置hover提示框的内容1....一个小点:多图表 多个图表间相互联系(前提是有相同数据,比如多个散点图,x轴数据相同,y轴数据不相同。...具体查看图1中x某些点与y1的关系时,可以相应展示出图2中x这些点与y2的关系) 构造数据: from bokeh.layouts import gridplot x=list(range(11))

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    干货 | Bokeh交互式数据可视化快速入门

    notebook是用于数据探索的常用工具,在数据科学领域被广泛使用,建议大家在学习Bokeh的过程中使用jupyter notebook。...开始绘图 Bokeh是一个大型库,具有非常多的功能,这里不细讲具体函数方法,只通过一些案例来展示Bokeh的使用流程和可视化界面。...调用figure()函数 创建具有典型默认选项并易于自定义标题、工具和轴标签的图表 添加渲染器 上面使用的是line()线图函数,并且指定了数据源、线条样式、标签等,你也可以使用其他的绘图函数,如点图、...柱状图等 显示或保存图表 show()函数用来自动打开生成的HTML文件,save()函数用来保存生成的html文件 如果想在一张图里绘制多个数据表,则可以重复上面第4步。...你可以添加多个数据系列,自定义不同的展示风格: from bokeh.plotting import figure, output_notebook, show # 准备三个数据系列 x = [0.1

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    干货:可视化项目实战经验分享,轻松玩转Bokeh(建议收藏)

    导读:本文通过一个项目案例,详细的介绍了如何从 Bokeh 基础到构建 Bokeh 交互式应用程序的过程,内容循序渐进且具有很高的实用性。...最近,受到互动图的趋势和不断学习新工具的渴望的启发,我一直在使用 Bokeh,一个 Python 库。我为我的研究项目构建的仪表板中显示了 Bokeh 交互功能的一个示例,如下: ?...一个有用的检查器是当用户将鼠标悬停在数据点上时出现的提示工具,在 Bokeh 中称为 HoverTool 。 ?...为了添加提示工具(tooltips),我们需要将数据源从 dataframe 更改为 ColumnDataSource (CDS),这是 Bokeh 中的一个关键概念。...格式化提示工具中显示的数据可能令人沮丧,因此我通常在 dataframe 中使用正确的格式创建另一列。

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    干货推荐 | 掌握这几点,轻松玩转 Bokeh 可视化 (项目实战经验分享)

    Bokeh 基础到构建 Bokeh 交互式应用程序的过程,内容循序渐进且具有很高的实用性。...最近,受到互动图的趋势和不断学习新工具的渴望的启发,我一直在使用 Bokeh,一个 Python 库。 我为我的研究项目构建的仪表板中显示了 Bokeh 交互功能的一个示例,如下: ?...一个有用的检查器是当用户将鼠标悬停在数据点上时出现的提示工具,在 Bokeh 中称为 HoverTool 。 ?...为了添加提示工具(tooltips),我们需要将数据源从 dataframe 更改为 ColumnDataSource (CDS),这是 Bokeh 中的一个关键概念。...格式化提示工具中显示的数据可能令人沮丧,因此我通常在 dataframe 中使用正确的格式创建另一列。

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    看看程序员大佬都推荐的几大Python库…

    Matplotlib Matplotlib是Python的数据可视化库和二维绘图库,它是Python社区中最流行,使用最广泛的绘图库。它带有跨多个平台的交互式环境。...Seaborn具有各种面向数据集的绘图功能,可对其中具有整个数据集的数据框和数组进行操作。它在内部执行必要的统计汇总和映射功能,以创建用户所需的信息图。...Seaborn还具有各种工具来选择可以显示数据中图案的调色板。 GGplot Ggplot是一个Python数据可视化库,它基于为编程语言R创建的ggplot2的实现为基础。...Ggplot可以使用高级功能创建数据可视化,例如条形图,饼图,直方图,散点图,错误图等。 API。可在单个可视化中添加不同类型的数据可视化组件或层。...数据可视化专家可以使用bokeh为现代Web浏览器创建各种交互式图,该bokeh可用于交互式Web应用程序,HTML文档或JSON对象。Bokeh具有3个级别可用于创建可视化。

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    掌握这几点,轻松玩转 Bokeh 可视化 (项目实战经验分享)

    本文转自公众号『Python数据之道』 本文通过一个项目案例,详细的介绍了如何从 Bokeh 基础到构建 Bokeh 交互式应用程序的过程,内容循序渐进且具有很高的实用性。...最近,受到互动图的趋势和不断学习新工具的渴望的启发,我一直在使用 Bokeh,一个 Python 库。 我为我的研究项目构建的仪表板中显示了 Bokeh 交互功能的一个示例,如下: ?...一个有用的检查器是当用户将鼠标悬停在数据点上时出现的提示工具,在 Bokeh 中称为 HoverTool 。 ?...为了添加提示工具(tooltips),我们需要将数据源从 dataframe 更改为 ColumnDataSource (CDS),这是 Bokeh 中的一个关键概念。...格式化提示工具中显示的数据可能令人沮丧,因此我通常在 dataframe 中使用正确的格式创建另一列。

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    使用 Bokeh 实现动态数据可视化:从基础到高级应用

    Bokeh 是一个交互式可视化库,用于创建漂亮而且具有高度交互性的绘图。它专注于在现代 Web 浏览器中展示数据,并支持用于构建交互式应用程序的动态数据可视化。...一个 Plot 可以包含多个 Glyph(几何图形)对象,用于表示数据的不同方面。Glyph(几何图形):Glyph 是 Plot 中的基本图形元素,用于表示数据。...通过 Bokeh,我们可以轻松创建具有丰富交互性的动态数据可视化,让用户能够更好地探索和理解数据。...添加更多的图形元素除了折线图之外,Bokeh还支持添加其他类型的图形元素,如散点图、柱状图、区域图等。用户可以根据自己的需求选择合适的图形元素来呈现数据。...添加更多的图形元素除了折线图之外,Bokeh还支持添加其他类型的图形元素,如散点图、柱状图、区域图等。用户可以根据自己的需求选择合适的图形元素来呈现数据。

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    五个创建交互式图表的Python库

    Mpld3包含缩放、平移和增加提示工具条(当鼠标悬浮于某一数据点上,出现提示信息)等内置插件。然而,Mpld3的真正亮点在于它齐全的API,允许让你创造自定义插件。...图表默认显示工具提示栏,但是目前不能放大、缩小或者平移图表。 你可以通过SVGs的形式导出图表,并且把它们加载到带有嵌入标记的网页中,或在HTML中直接插入代码。...当使用Boken后端时,你可以结合滑块和Bokeh的工具探索图形,例如对它进行缩放和平移。...范围滑块示例 从简单的条形图表到复杂的3D网格图形,Plotly拥有广泛的具有出版物品质的图表类型。...所有的Plotly图表包含工具提示,一旦利用Plotly的JavaScript API把图表嵌入后,你就可以在其顶部设置自定义控件(如滑块和筛选)。

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    使用bokeh-scala进行数据可视化(2)

    ,angle为文本角度,x、y、t、angle均为序列值,可以在图表中放置一系列的不同文本。...这里需要特别说明的是xs和ys内部又由多个List组成,这样相当于每个List对应上图中的一种颜色。...也可以为每组List设置不同的fill_color,可以得到不同的填充效果。...2.5交互式信息提示        如果在鼠标移动到某个图元的时候能够动态的提示相应的信息,这样会带来很好的客户体验,在Bokeh中实现起来也很容易,只需要添加一个HoverTool的工具即可,实现代码如下...,这里采用键值对的方式,key为要提示的信息名称,value为要提示的信息内容,@text采用了通配符的方式,即图表会自动从为该图元赋值时的source类中寻找名为text的变量并赋值给对应的图元,这样当鼠标移动到图元中时就会得到相应的提示信息

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    全面解析Python中的数据可视化与交互式分析工具

    BokehBokeh也是一个用于创建交互式图表的库,特别适用于大数据集的可视化。Bokeh生成的图表可以嵌入到Web应用中,并且具有高性能的特点。...子图与布局在Matplotlib中,您可以使用子图和布局功能来创建多个子图,并将它们组织成复杂的布局。...个人偏好除了性能和应用场景外,个人偏好也是选择工具的重要因素。每个人都有自己喜欢的编程风格和工具偏好,因此应选择最适合个人需求和习惯的工具。...总结本文介绍了Python中常用的数据可视化与交互式分析工具,包括Matplotlib、Seaborn、Plotly和Bokeh。...通过示例代码展示了它们的基本用法和特点,并对它们的优劣势进行了比较和分析。Matplotlib 是Python中最基础的绘图库,具有高度定制化的能力,适合创建各种静态图表。

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    交互式数据可视化,在Python中用Bokeh实现

    程序 Bokeh可以转换写在其它库(如matplotlib, seaborn和ggplot)中的可视化 Bokeh能灵活地将交互式应用、布局和不同样式选择用于可视化 Bokeh面临的挑战: 与任何即将到来的开源库一样...综合Bokeh的优点及其面临的挑战,Bokeh是当前用于快速开发原型产品的理想工具。然而,如果你想在产品的环境下搞点新东西,D3.js可能仍然是你最好的选择。...可视化图表 为了更好地理解这些步骤,让我用下面的例子来演示一下: 图表范例-1:使用Bokeh创建一个柱状图并在Web浏览器上显示 我们将遵循上述列出的步骤来创建一个图表: 在上面的图表中,你可以看到顶部的工具选项...同时,你也可以看到多个图表选项(图例、X轴名标注、Y轴名标注、坐标网格线、宽度、高度等)和各种图表的范例。...在Bokeh服务器上进行可视化绘图有多个优点: 图表有更多的受众 可对大数据集进行交互式可视化 可根据数据流自动更新图表 创建控制面板和应用程序 开始在Bokeh服务器上绘图之前,我先运行了“bokeh-server

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    如何在Python中用Bokeh实现交互式数据可视化?

    程序 Bokeh可以转换写在其它库(如matplotlib, seaborn和ggplot)中的可视化 Bokeh能灵活地将交互式应用、布局和不同样式选择用于可视化 Bokeh面临的挑战: 与任何即将到来的开源库一样...综合Bokeh的优点及其面临的挑战,Bokeh是当前用于快速开发原型产品的理想工具。然而,如果你想在产品的环境下搞点新东西,D3.js可能仍然是你最好的选择。...用Bokeh实现可视化 Bokeh提供了强大而灵活的功能,使其操作简单并高度定制化。它为用户提供了多个可视化界面,如下图所示: ?...在Bokeh服务器上进行可视化绘图有多个优点: 图表有更多的受众 可对大数据集进行交互式可视化 可根据数据流自动更新图表 创建控制面板和应用程序 开始在Bokeh服务器上绘图之前,我先运行了“bokeh-server...同样,你可以创建各种其它类型的图:如线、角和圆弧、椭圆、图像、补丁以及许多其它的图。 绘图范例-2:将两种视觉元素合并在一张图中 ? ? 绘图范例-3:为上图添加一个悬停工具和坐标轴标签 ? ?

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    Python中常用数据可视化库:Bokeh和Altair

    本文将重点比较Bokeh和Altair这两个常用的Python数据可视化库,探讨它们的优缺点以及在不同场景下的适用性。...Bokeh 简介 Bokeh是一个交互式可视化库,它能够创建各种类型的交互式图表,包括散点图、线图、条形图等。Bokeh提供了丰富的工具,使用户能够在图表中进行缩放、平移和选择等操作。...交互性: Bokeh:Bokeh提供了丰富的交互工具,可以轻松地创建交互式图表,并且支持自定义交互行为。...最后通过.properties方法设置图表标题、宽度和高度,并调用.interactive()方法使图表具有交互功能。...通过这些步骤,代码创建了一个包含销售数据的条形图,并通过悬停工具提供了额外的交互信息。

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    高清图解:神经网络、机器学习、数据科学一网打尽|附PDF

    基本上,神经网络中有3个不同的层: ? 输入层(所有输入都通过该层输入模型) 隐藏层(可以有多个隐藏层用于处理从输入层接收的输入) 输出层(处理后的数据在输出层可用) 神经网络图谱 ?...Scikit-Learn算法 这张流程图非常清晰直观的给出了Scikit-Learn算法的使用指南。 ?...Python基础 温馨提示,本图配合《100天从Python萌新到王者》食用,效果更佳。 ?...PySpark RDD基础 Apache Spark是专为大规模数据处理而设计的快速通用的计算引擎,通过Scala语言实现,拥有Hadoop MapReduce所具有的优点,不同的是Job中间输出结果可以保存在内存中...它实现了在Python中使用向量和数学矩阵、以及许多用C语言实现的底层函数,并且速度得到了极大提升。 ? Bokeh Bokeh是一个交互式可视化库,面向现代Web浏览器。

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    基于Holoviews的复杂可视化布局创建与动态交互方法研究

    ,再到验证效果,每一步都配有具体操作和注意事项,具有很强的实操性。...同时,还结合实例说明了不同工具和模型的选择,为读者提供了丰富的参考,特别适合想要入门或深入了解大模型微调的读者。...Holoviews 是一个强大的可视化库,能够简化这些操作,并与Bokeh、Plotly等工具无缝集成,支持高效地创建复杂的可视化布局。...创建复杂的布局Holoviews 提供了灵活的布局工具,如+、*、|等符号,用于组合不同的图表,构建复杂的可视化布局。...Holoviews 允许我们将不同的可视化布局合并,形成一个复杂的仪表盘。以下示例展示了如何将多个不同的布局整合到一个界面中。

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    6个顶级Python可视化库!

    将通过专注于几个具体的属性来评价一个可视化工具的优缺点: 互动性 你想要交互式可视化吗?像Altair、Bokeh和Plotly这样的库允许你创建交互式图表,用户可以探索和互动。...改善普通图表的美感 Seaborn是常见绘图类型的热门选择,如柱状图、箱形图、计数图和直方图。Seaborn不仅需要较少的代码来生成这些图,而且它们还具有增强的视觉美感。...虽然它可能缺乏一些默认的样式选项,并且在处理大型数据集时有局限性,但Altair的简单性、数据转换能力和链接图使其成为统计可视化的强大工具。...应用于一个图的变化可以自动反映在另一个具有类似变量的图中。这个功能允许探索多个地块之间的关系。...缺点 作为一个具有某种中间层次界面的库,Bokeh通常需要更多的代码来产生与Seaborn、Altair或Plotly相同的图。

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    手把手教你用Bokeh进行可视化数据分析(附源码)

    Bokeh与Python可视化领域中的流行库Matplotlib和Seaborn不同,它使用HTML和JavaScript渲染其图形,这使得它在构建基于Web的应用中成为一个非常理想的候选者。...在此步骤中,你可以自定义比如标题,刻度线等的所有内容,你还可以设置一组工具,以便与你的可视化进行各种用户交互。 步骤 4:连接并绘制数据 接下来,你将使用Bokeh的渲染器(可视化图)来塑造数据。...此外,Bokeh还具有一些内置功能,可用于构建堆积条形图等大量示例,以及用于创建网络图和地图等更高级可视化的大量示例。...步骤 5:组织布局 如果你需要多个图来表达数据,那么Bokeh也将会提供很好的帮助。Bokeh不仅提供了标准的网格状布局选项,而且还允许你使用几行代码轻松地将可视化组织为选项卡式可切换的布局。...▍其它交互可视化效果 除了上面套索工具的交互式效果以外,还有很多其他非常棒的工具,比如滑动,高亮等等。

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