具有多个边性质的路径的Gremlin距离矩阵_Gremlin DSE图在具有多个属性的边/顶点上查找路径 - 腾讯云开发者社区

if lenPath<lMinWPath6: lMinWPath6=lenPath minWPath6=path print("\n问题: 多个必经边...、必经点的约束") print("S 到 E 的最短加权路径: ",minWPath) print("S 到 E 的最短加权路径长度: ",lMinWPath) edgeList = [] for i...nx.draw_networkx_edges(gAnt,pos,edgelist=[(11,12)],edge_color='r',width=2.5)#设置边的颜色 plt.show() 问题: 多个必经边...、必经点的约束 S 到 E 的最短加权路径: [0, 2, 4, 5, 6, 7, 8, 14, 13, 12, 16, 17] S 到 E 的最短加权路径长度: 13 算法：多个必经边的最短路径是遍历从起点到终点的简单路径...，求满足必经边条件的最短路径，同时满足必经点约束条件。

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基于图卷积神经网络的分子距离矩阵预测

近年来，一些研究通过预测距离矩阵来重构原子坐标，得到分子的几何结构[12-17]。这些研究大多采用概率生成模型，目的是生成多个低能量的构象，但仍存在一定的局限性。...此外，为了提高模型的预测精度，我们在节点特征中加入全局信息(分子组成)，边特征采用五维特征，原子之间没有键的边特征是两个原子之间最短路径上的边特征之和。...3.4 性质预测对比为了表明所提方法的有效性，我们使用文献[25]中的方法，分别根据QM9数据集[20]计算出的分子距离矩阵和我们的方法预测的分子距离矩阵来预测分子的性质。...可以看出，基于我们模型预测的分子距离矩阵得到的性质预测结果(Predicted)与基于QM9数据集计算的分子距离矩阵得到的性质预测结果比较接近。...表6 使用QM9中的原子距离矩阵和预测的原子距离矩阵进行性质预测的误差对比 4 结论本章提出了一种基于图卷积网络的双分支DMGCN模型，以解决传统计算方法在确定分子结构时实验成本高、计算成本高的问题

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基于Transformer预训练的蛋白语言模型是无监督的蛋白质结构学习器

过去的方法通常是通过对相关和对齐的序列的分析来利用蛋白质序列的进化信息。目前的方法是使用类似于NLP中的语言模型来捕捉序列中的内在隐含性质。...潜在的误差来源包括预滤波的启发式方法失效相关序列未被检测到未能找到最佳对齐替代矩阵和间隙惩罚的次优性，即找不到全局最优解 2.3 评估指标对于长度为的蛋白质，我们评估了长度为前、...作者在具有15051个蛋白质的trRosetta训练数据集中评估的预训练的蛋白质语言模型，其中在trRosetta数据集中去除了43个序列长度大于1024的蛋白质，因为ESM-1b的训练上下文大小设置为...作者发现，虽然ESM-1b模型只用了20个蛋白质序列进行训练，但其在短、中、远距离范围的接触预测方面均比Gremlin具有更高的精度。...作者发现，即便只有一个单一的训练例子，ESM-1b在长度为L的序列的远距离范围预测中，平均精度已经达到39.2，接近SOTA，相同的情况下，这与Gremlin在统计学上已经是无法区分孰优孰劣了（假设检验

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3. JanusGraph快速开始

Graph of the Gods 标示含义加粗的key 图中的索引键加粗带星的key 图中的索引键值必须是唯一的带下划线的key 以顶点为中心的索引键空心箭头的边特定的边(不能重复) 尾部十字的边...Groovy构建在Java语言之上，具有很多简洁的语法，使交互式编程变得更加容易。同样的，Gremlin-Groovy也是构建在Groovy之上，具有简洁的语法，使得图的遍历变得容易。...该起始点是一个元素（或一组元素） - 即顶点或边。从起始点，Gremlin路径描述描述了如何通过显示的图结构来遍历图中的其他点。...JanusGraph会自动使用索引来检索满足一个或多个约束条件的所有顶点(g.V)或边(g.E)。JanusGraph中另外一种索引是以顶点为中心的索引。以顶点为中心的索引可以加快图的遍历。...这也可以使用循环的方式来查询，实际上Hercules是从Saturn在in('father') 路径上循环两次到达的点。

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图数据库调研

Cypher 的声明模式匹配性质意味着可以通过描述想从它那里得到什么查询图形数据。...查询的本质是图遍历，擅长解决求图的直径、点到点之间的路径。...Neo4j Neo4j 是目前最流行的图形数据库，支持完整的事务，在属性图中，图是由顶点（Vertex），边（Edge）和属性（Property）组成的，顶点和边都可以设置属性，顶点也称作节点，边也称作关系...，每个节点和关系都可以由一个或多个属性。...缺点： Neo4j 2.1.3最新版本具有支持节点数，关系和属性的限制。它不支持分片。 Neo4j官方地址：https://neo4j.com/。

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图（graph）原

3．ADT定义如下是图的抽象数据类型定义： ADT Graph{ 数据对象D：D是具有相同性质的数据元素的集合。...2>性质邻接矩阵有如下特性：（1）图中各顶点序号确定后，图的邻接矩阵是唯一确定的。（2）无向图和无向网的琳姐矩阵是一个对称矩阵。...4>邻接表的性质邻接表的性质如下：（1）图的邻接表表示不是惟一的，它与表结点的链入次序有关。（2）无向图的邻接表中第i个边表的结点个数即为第i个顶点的度。...如果(u,v)是G中所有的一个端点在U（即u∈U）里，另一个端点不在U（即v∈V-U）里的边中，具有最小权值的一条边，则一定存在G的一棵最小生成树包括此边（u,v）。这个性质称为MST性质。...把v1放在vi到vj的路径上，vi到vj之间可能会产生新的路径，其距离为D(0)[i][1] + D(0)[1][j]，当然v1的引入可能反而会加大vi到vj的距离，因此需要比较D(0)[i][1] +

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CS224w图机器学习（一）：Graph介绍、特性和随机图模型

图的表征（Representing Graph） Adjacency Matrix 图的邻接矩阵是一个维度为的矩阵，矩阵元素代表节点和节点之间是否存在边...现实中，图的邻接矩阵非常稀疏，通常需要其他方法来表征。 Edge List 边的list，存储图中的所有边。如：。...：个节点组成的无向图，一共存在条随机分布的边随机图的性质 Degree Distribution 对于图中的任意节点，它与其他所有节点之间存在边的概率为图中所有节点的...此时网络具有很高的聚类系数，类似于每个人有100个朋友。此时需要再对网络进行随机的剪切和重组。 2）Rewire：随机给两个距离较远的节点添加或删除边。...image.png 小世界模型的性质如下图，横轴为rewire的概率p，实线的纵轴为平均最短路径长度，虚线的纵轴为聚类系数。随着rewire的概率越大，聚类系数和平均路径长度越小。

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知识图谱之图数据库如何选型：知识图谱存储与图数据库总结、主流图数据库对比（JanusGraph、HugeGraph、Neo4j、Dgraph、NebulaGraph、Tugrapg）

) RPQ 超集 (增加通过表达式比较属性值) RPQ 超集 (增加比较路径上的顶点和边) RPQ 超集 (增加复杂路径表达式) 语义任意路径、集合 4 无重复边 5、包 2 任意路径 6、包 2 最短路径...Cypher 可通过 shortestPath 函数支持最短路径语义. 6. Gremlin 中其他语义可以被模拟出来. 7. PGQL 路径查询可通过用户定义函数实现其他语义. 8....(2) 对于一行来说，仅在极少数列上具有值, 表中存在大量空值, 空值过多会影响表的存储、索引和查询性能 (3) 在知识图谱中，同一主语和谓语可能具有多个不同宾语，即一对多联系或多值属性，而水平表的一行一列上只能存储一个值...Cayley 使用 Go 语言开发，可以作为 Go 类库使用；对外提供 REST API，具有内置的查询编辑器和可视化界面；支持多种查询语言，包括：基于 Gremlin 的 Gizmo、GraphQL...它是世界上能够托管具有数百亿个顶点（节点）和数万亿条边（关系）的图形的最佳解决方案，具有毫秒级延迟。

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eLife | 利用进化信息预测蛋白质界面间残基-残基相互作用

两个或多个蛋白质可以结合在一起，形成复合体来执行各种任务；研究这些复合物的结构是一项挑战，即使是在已知蛋白质亚基结构的情况下也是如此。...作者限制使用具有小的，保守的基因间距离的基因对来创建配对序列，以此规避旁系同源基因。相似的方法被用于构建原核基因组中融合蛋白的数据库。...(5)用Gremlin评分排序残基对为了将W ij矩阵简化为反映位置i和j之间耦合强度的单个值，作者首先计算S ij，即它们的向量2范数。...(6)将Gremlin评分转化成距离约束作者将耦合强度转换为特定于残基对的距离约束，并将其包括在Rosetta结构预测程序中。作者使用以下形式的距离约束： ?...为了简化直系同源鉴定，关注基因组中具有保守染色体位置的基因对，该基因对在基因组中被少于20个其他带注释的基因隔开。然后，作者为配对蛋白质家族中的序列建立Gremlin全局统计模型。

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一文了解各大图数据库查询语言（Gremlin vs Cypher vs nGQL）| 操作入门篇

虽然 Gremlin 是基于 Groovy 的，但具有许多语言变体，允许开发人员以 Java、JavaScript、Python、Scala、Clojure 和 Groovy 等许多现代编程语言原生编写...下面进入到边相关的语法内容边类型和点一样，边也可以有对应的类型# Gremlin 创建边类型g.edgeLabel()# nGQL 创建边类型CREATE EDGE edgeTypeName(propNameList...)边的 CRUD说完边类型应该进入到边的常规操作部分了插入指定边类型的边可以看到和点的使用语法类似，只不过在 Cypher 和 nGQL 中分别使用 -[]-> 和 -> 来表示关系，而 Gremlin...图片# Gremlin 插入指定边类型的边g.addE(String edgeLabel).from(v1).to(v2).property()# Cypher 插入指定边类型的边CREATE (()WHERE conditionRETURN r# nGQL 沿指定点查询指定边 N 跳GO N STEPS FROM OVER 返回指定两点路径# Gremlin

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单源最短路径问题（Java）

另外，还给定V中的一个顶点，称为源。现在要计算从源到所有其他各顶点的最短路长度。这里路的长度是指路上各边权之和。这个问题通常称为单源最短路径问题。其中，V表示顶点集合，E表示各个节点之间的边。...此为矛盾，因为如果（3）成立，此时应该选择 x进入S集合，即选择具有最短特殊路径的顶点是x，而不是u。...（因为根据最短路径算法，总是选取最短路径的顶点进入S） 4.2 最优子结构性质该性质描述为：如果S(i,j)={Vi....Vk..Vs...Vj}是从顶点i到j的最短路径，k和s是这条路径上的一个中间顶点...则与S(i,j)是从i到j的最短路径相矛盾。因此该性质得证。...4.3 计算复杂性对于具有n个顶点和e条边的带权有向图，如果用带权邻接矩阵表示这个图，那么Dijkstra算法的主循环体需要O(n) 时间。

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大数据图：循环点阵

它有6条不同的路径，这可以在Gremlin中验证。...例如，尝试使用Gremlin的遍历方法来确定1000x1000点阵中的所有不同的路径，缺点很快就会暴露出来，Gremlin 将需要和宇宙的年龄一样长的时间来实现。...下面的代码演示了Gremlin对直到尺寸为10x10的点阵的路径数量的计算。...对于Gremlin来说，在合理的时间内枚举这些路径太勉强了。...Vadas发表了关于生物网络，信息理论，计算机视觉和非线性动力学等各种问题的具有高影响力期刊文章。他拥有博士学位。来自伊利诺伊大学厄巴纳香槟分校的物理学专业。最后，这篇文章受到欧拉项目的启发。

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【地铁上的面试题】--基础部分--数据结构与算法--树和图

1.2 树的特点和性质树（Tree）作为一种常见的数据结构，具有以下特点和性质：特点与性质解释非线性结构树是一种非线性的数据结构，与线性结构（如数组和链表）相对。...Tip：树的特点和性质使其具有良好的层级结构，适用于许多实际应用场景，如文件系统、数据库索引、组织结构等。...Trie树的特点是每个节点代表一个字符，从根节点到叶节点的路径表示一个字符串。这些常见的树结构在不同场景下具有不同的应用和特点。...对于包含 N 个节点的图，邻接矩阵是一个 N×N 的矩阵。矩阵中的元素表示节点之间的连接关系，如果两个节点之间存在边，则对应位置的元素为 1 或边的权重值，否则为 0 或者其他特定的表示。...矩阵中的元素表示节点与边之间的关联关系，通常使用 1 或 -1 来表示节点是边的起点或终点。关联矩阵适用于多重图（允许多个相同节点之间的边）或带有边属性的图。

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Apache新的顶级项目 TinkerPop

Apache软件基金会最近宣布：TinkerPop 升级为顶级项目 TinkerPop 是一个图计算框架，用来进行实时的事务型处理，和批量的图分析，包含了一系列以 Gremlin 引擎为核心的子项目和模块...图是一种描述数据存储结构的方式，比如键值对结构，也是存储数据的一种方式，只是图结构更为复杂图是由顶点和边组成的，点和边各自都可以包含任意多个键值对形式的属性点是用来描述离散的对象，例如人、地点、...事件边是对点之间关系的描述，例如，一个人可以认识另一个人、一个人参与了某件事、一个人在某个地方属性描述了点和边的信息，例如，一个点包含属性：名称、年龄，一个边包含属性：时间戳点、边、属性就构成了一个图...图计算已经有了丰富的历史，他有查询语言，和复杂的算法，例如路径分析、点的类聚、排序、子图识别 …… 正是因为图具有灵活的数据结构，并包含了丰富的复杂算法，所以图结构被广泛应用于数据挖掘、数据分析 TinkerPop...TinkerPop 的图处理引擎 Gremlin 非常强大，并支持非常多的开发语言，例如 Python, JavaScript, Scala, Go，选择自己熟悉的语言，即可运行图的遍历处理 TinkerPop

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图论入门——从基础概念到NetworkX

同样，还有对称归一化拉普拉斯矩阵和随机游走拉普拉斯矩阵等不同定义方式。路径和距离在图论中，路径和距离是描述图中节点之间连接关系和位置关系的重要概念。...距离（Distance）：在图中，两个节点之间的距离是指连接这两个节点的最短路径的长度。如果两个节点之间没有路径相连，则它们之间的距离通常被定义为无穷大。...= \frac{n \times (n-1)}{2} 图的连通性连通性描述的是图中节点之间是否存在路径相连的性质。一个图是连通的，意味着从图中的任意一个节点到另一个节点都存在路径。...，其应该具有更高的高Fiedler值，表明要将图分割成孤立的子图，需要切断更多的边。...这通常发生在图中存在一个或多个"瓶颈"区域，这些区域的边相对较少，是连接大的图区域的桥梁。

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Nat Commun｜知识引导的分子表示学习预训练框架

此外，为了精确建模分子的结构信息，在多头注意模块中引入了两个位置编码模块，即距离编码模块和路径编码模块。...如图1b所示，由于直接应用经典的Transformer架构会导致分子结构信息的严重丢失，作者采用路径编码和距离编码模块将结构信息引入多头自注意层。...在分子线形图中，路径编码模块首先找到节点之间的最短路径，然后将路径特征编码为一个注意力尺度。距离编码模块则利用节点对之间的距离来进一步编码分子线形图的空间特征。...最终注意力矩阵为原始注意力编码矩阵、路径编码矩阵与距离编码矩阵的和。如图1c所示，在本研究中，知识定义为表征分子特征的任何可量化信息。...采用三折交叉验证（n=3），对于KNN中不同的K值，KPGT在分类任务上具有最高的AUROC和准确度（图3a），在对MolLogP等多个指标的回归预测中具有最高的斯皮尔曼相关系数（图3b）。

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数据结构–图

以顶点x为弧头的弧的数目,称为x的入度，记作ID(x)。 6.图的连通性质对无向图G： ● 若从顶点vi到vj有路径,则称vi和vj是连通的。 ● 若图G中任意两顶点是连通的,则称G是连通图。...2.图的存储形式 1.数组表示法/邻接矩阵顶点数组—用一维数组存储顶点(元素) 邻接矩阵—用二维数组存储顶点(元素)之间的关系(边或弧) 无向图的邻接矩阵是对称的由0-1构成列和和行和都是i的度...如果边（u,v)是G中所有一端在U中（即u∈U）而另一端在V-U中（即v∈V-U）具有最小值的一条边，则必存在一棵包含边（u,v)的最小生成树。...这是B进入结点,遍历一遍B到每个结点的距离,发现5<6,更新数据集,D的邻接结点为B /* 邻接矩阵存储 - Prim最小生成树算法 */ Vertex FindMinDist( MGraph...如果结点只有一个前驱结点:那就是前驱结点ve+到这个结点的边有多个前驱结点:前驱结点ve+到这的边求最大值 2.活动最早开始时间ee(e)=所连接的弧尾的标记值 3.

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Gremlin 图查询概述

RDF 由节点和边组成，节点表示实体/资源、属性，边则表示了实体和实体之间的关系以及实体和属性的关系。RDF 没有外键和主键，它使用的是 URI，万维网的标准引用格式。...查询的本质是图遍历，擅长解决求图的直径、点到点之间的路径，比如刘德华连接奥巴马需要几度关系。...目前我们主要用的Gremlin 语言是是 Groovy，语句类似这样： // 查询andy到jack四跳以内的最短路径 g.V("andy") .repeat(both().simplePath())...但从另一方面来看，多个后端存储也带来了一些弊端：我们就需要在软件架构进行抽象，增加一个可以适配多个存储的数据格式（StaticBuffer），数据无论是写入还是读取，都需要先转化成中间格式，这里带来了序列化和反序列化的一些性能损耗...JanusGraph 的缺陷由上面的存储和查询也可以看到，基于 Hbase的属性图有下面几个明显的缺陷：顶点属性和边存储在一行中，当点的出入度越大时，属性查询耗时将会越大；更新边某一个属性时，需要先获取整个边的数据

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Gremlin查询语言

Gremlin是JanusGraph的查询语言，用于从图中检索数据和更新数据。 Gremlin是一种面向路径的语言，它能够简洁地表示复杂的图形遍历和多步操作。...Gremlin是一种函数式语言，遍历运算被链接在一起形成类似路径的表达式。例如，“从Hercules，遍历他的父亲，然后他父亲的父亲，并返回祖父的名字。”...has('name', 'hercules')：过滤出顶点name为hercules的顶点。 out('father')：从hercules顶点遍历出边为father的边。...out('father')：从hercules的father顶点遍历出边为father的边。 name：获取hercules祖父顶点的name属性的值。总之，这些步骤构成了类似路径的遍历查询。...鉴于神的图形只有一个战斗者（Hercules），另一个战斗者（为了举例）被添加到图中，Gremlin展示了如何将顶点和边添加到图形中。

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数据结构与算法——最小生成树

连通图：在无向图中，若任意两个顶点与都有路径相通，则称该无向图为连通图。强连通图：在有向图中，若任意两个顶点与都有路径相通，则称该有向图为强连通图。...连通网：在连通图中，若图的边具有一定的意义，每一条边都对应着一个数，称为权；权代表着连接连个顶点的代价，称这种连通图叫做连通网。...与顶点A邻接的有B、C，对应距离为6、3。与C邻接的顶点有B、F、E，对应的距离为4、7、8。由于顶点A、C均被标记，故不能选择距离为3的路径。此时应选择距离最短边（C，B）。...此算法是从最小生成树的性质出发，通过构造权矩阵的方式来得到图的最小生成树。设图G1是图G的最小生成树，则G1具有如下性质：（1）G1中的各条边权值之和最小。 ...（2）G1中有n个顶点n-1条边。（3）G1必须是连通的且无回路。 6.1 算法流程（1）根据图的顶点数n以及各边对应的权值建立权矩阵A。矩阵A的主对角线上元素A[i][i]为0。

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多个必经边的最短路径

基于图卷积神经网络的分子距离矩阵预测

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图数据库调研

图（graph）原

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大数据图：循环点阵

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