我一直在用在Sun GridEngine集群上提交任务，但现在发现自己使用的是命名不那么方便的数据集(也是超大型的)。做这件事最好的方法是什么？我可以尝试将它们全部重命名，但名称包含需要保留的信息，这显然会带来一系列问题。我可以把所有的东西都预处理成json，但是如果有办法只处理qsub -all_contents_of_directory，那将是最理想的。
我是索尔吗？我是不是应该直接转到有问
浏览 0提问于2011-09-02得票数 1
具体来说，Cray需要嵌入在aprun请求中的特殊命令( qsub )才能在批处理节点上执行作业(Cray默认为在不使用aprun语法的登录/计算节点上运行)。当将qsub请求手动键到Cray超级计算机时，定向语法是：aprun -n #CPUS /executable.exe param1 param2Ctrl-D
其中，用户在-V之后(在qsub语句中表示参数<e
浏览 7提问于2016-11-11得票数 1
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我使用PBS qsub在集群上运行一个脚本，该脚本必须输出一个带有批处理作业提交时间的报告文件。我想知道如何在不创建新的输入变量的情况下得到这一次。
谢谢。
浏览 2提问于2013-06-21得票数 1
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有没有一种方法可以在提交作业之前直接将参数传递给.pbs脚本？我需要循环遍历由不同数字表示的文件列表，并应用脚本来分析每个文件。#!/bin/sh
do qsub pass_test.pbs其中，pass_test.pbs是以下脚本：
#!
浏览 2提问于2012-04-11得票数 12
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自动通知qsub作业完成状态
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我有一个shell脚本，可以从中调用其他五个脚本。第一个脚本在集群中创建了50个qsub作业。单个作业的执行时间从几分钟到一小时不等。我需要知道所有50个作业何时完成，因为在完成所有作业后，我需要运行第二个脚本。如何查看是否所有的qsub作业都完成了？一种可能的解决方案是使用无限循环，通过使用带有作业ID的qs
浏览 3提问于2015-07-28得票数 1
可以延迟或错开通过具有qsub的作业阵列启动的作业的开始，例如qsub -t1-4 launch.pbs
我可以通过在我的pbs脚本中随机休眠一小段时间来做到这一点，但是我想知道是否有一种直接的方法可以通过qsub将其指定给调度程序
浏览 0提问于2017-06-06得票数 0
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我尝试在SGE集群上运行不同的Rscript，每个Rscript只改变一个变量(例如，癌症<- "UVM“或"ACC”等)。我尝试了两种方法:要么运行一个Rscript，为30个不同的癌症名称获取命令行参数运行每个Rscript (即UVM.r、ACC.r等)
无论哪种方式，我都很难弄清楚如何提交这些作业，这样我就可以运行一个Rscript 30次，每次都有不同的参数，或者运行多个不带命令行参数的Rscript。
浏览 2提问于2015-05-12得票数 0
我曾经使用SLURM调度程序处理集群，但现在我或多或少被迫切换到基于SGE的集群，并且我正试图掌握它。我在SLURM系统上的工作涉及到使用N个输入文件运行可执行文件，并以这种方式设置SLURM配置文件， 0 /pathpath/to/input8 9 /path&#
浏览 5提问于2015-01-29得票数 1
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我想使用SGE (QSUB)在集群的不同节点上运行python函数，比如my_fun(x1,x2)。我创建了一个脚本my_script.py，它接受命令行中的数值参数，所以在本地运行时，我会将它称为现在，我想将这个脚本提交给具有不同值的x1和x2的循环中的集群此外，为了使节点能够访问python &已安装的模块，我需要在通过QSUB调用p
浏览 15提问于2016-06-03得票数 0
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在作业等待运行时，是否存储了tmpjob.sh的另一个副本？或者，我需要小心不要在作业开始之前更改tmpjob.sh吗？
浏览 0提问于2012-02-07得票数 6
我正在使用一个带有Torque/Maui系统的集群。我有一个bash脚本，它使用qsub命令提交一个作业，然后做几件事情，比如移动文件、编写ASCII文件以及检查我提交的作业的输出。对于这个输出，基本上，如果它包含数字1，则需要再次提交作业。如果与1不同，bash脚本会执行其他操作。
问题是qsub在后台运行，所有bash都是一次评估的。我想强迫qsub
浏览 9提问于2014-10-03得票数 5
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我正在尝试使用python脚本在我们学院的集群中提交一份工作。\ subprocess.Popen(compile_cmd, shell=True)
Popen('qsub上面的脚本中有明显的错误吗？代码中提到的所有文件都在该目录中可用(我已经交叉检查过了)。qsub是一个用于向集群提交作业的命令。fname是
浏览 13提问于2013-10-17得票数 1
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我在远程集群中运行了许多小型计算作业，其中作业提交由PBS管理。通常，在PBS (bash)脚本中，我指定要通过命令提交作业的队列。#PBS -q <queue_name>queue2 -- -- 06:00:00
浏览 4提问于2014-07-15得票数 1
我必须使用qsub (SGE)编写一个python脚本来提交作业。我要执行的命令如下所示：
INFO:job_s
浏览 0提问于2019-03-19得票数 2
我想用qsub来代替这些调用，通过集群节点分配负载。
然而，有些工作取决于其他工作在开始之前要完成。到目前为止，这是通过主脚本中的wait语句实现的。但是使用网格引擎做这件事的最好方法是什么呢？我们正在讨论的是几千个首先并行运行的作业，还有一个相同大小的作业，在最后一个任务完成后，可以同时运行。这意味着我不得不排队等待很多工作，这取决于很多工作。或者从这个脚本提交的所有作业
浏览 6提问于2013-08-26得票数 5
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PBS编程
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关于PBS的一些简短而愚蠢的问题：qsub job_fileqsub job_a对于启动job_b，如果在job_a的结果完成之前就有了，那就太好了。
浏览 2提问于2010-03-03得票数 1
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我想使用"qsub -v“命令将变量传递给perl脚本。这是我将要运行的perl脚本(这只是一个测试，但如果它不能工作，我就不能做更困难的事情)perl Test.pl -i FILE_CONFIG.txtqsub -l nodes=node
浏览 0提问于2013-03-26得票数 1
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9回答
我有一个批处理脚本，它从几个qsub作业开始，当它们都完成时，我想捕捉它们。我相信扭矩可能有一些选择，但我正在运行SGE。如果您循环等待特定的ids，甚至可以收集所有的退出状态和其他运行统计信息(所花费的<
浏览 8提问于2012-07-17得票数 41
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我有一个可执行文件，它接受一个输入文件，并一直像这样运行它，使用qsub作为作业提交给pbs：我有一个脚本(runpp_multi.sh)让它在一个目录中的多个文件上运行：这两种方法都很好，但是如
浏览 1提问于2018-08-07得票数 0
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