正确地创建和使用索引是实现高性能查询的基础，本文笔者介绍MySQL中的前缀索引和多列索引。...，因为MySQL无法解析id + 1 = 19298这个方程式进行等价转换，另外使用索引时还需注意字段类型的问题，如果字段类型不一致，同样需要进行索引列的计算，导致索引失效，例如 explain select...第二行进行了全表扫描 前缀索引 如果索引列的值过长，可以仅对前面N个字符建立索引，从而提高索引效率，但会降低索引的选择性。...前缀字符个数 区分度 3 0.0546 4 0.3171 5 0.8190 6 0.9808 7 0.9977 8 0.9982 9 0.9996 10 0.9998 多列索引 MySQL支持“索引合并...); Using where 复制代码 如果是在AND操作中，说明有必要建立多列联合索引，如果是OR操作，会耗费大量CPU和内存资源在缓存、排序与合并上。
整洁数据（tidy data）是指如下图这样的数据表： 在表中： 每个变量都拥有自己的列 每个观察/样本都拥有自己的行 数据这样组织有两个明显的好处：既方便以向量的形式访问每一个变量，也方便变量之间进行向量化运算...在实际工作中，存在长、宽两种数据格式，宽数据是每个样本的信息在表中只占一行，而长数据每个样本的信息在表中占据多行。 本文简单介绍一下通过tidyr包进行长、宽数据格式转换。...year cases A 1999 0.7k A 2000 2k B 1999 37k B 2000 80k C 1999 212k C 2000 213k 长数据转宽数据 让数据变宽，就是展开表中的两列数据成多列...tidyr中的pivot_wider与pivot_longer的操作正好相反，可以将长数据转换为宽数据。...最后总结 tidyr包最重要的两个函数是： pivot_longer，将宽数据转换为长数据，就是将很多列变成两列。 pivot_wider，将长数据转换为宽数据，就是将两列变成很多列。
主要介绍使用pivot_longer进行长宽数据转换，这两个函数都是来自于tidyr包 问题背景 现在有一个表达矩阵，要画箱线图 但是，上面表格不满足向ggplot2画箱线图的函数传递参数的需求，要变换成数据框把所有数字变成一列传递给...首先行列转置 把原来的行名变成第一列 把原来的列名变成第二列 就变成数据框形式了。也就是把宽数据变成长数据。 代码如何实现？...mutate(group = rep(c("control","treat"),each = 3)) # 按test的分组新加一列分组，用于画图上不同颜色 pdat = dat%>% pivot_longer...aes(fill = group))+ theme_bw() p 按位置找要变形的行写成下面这样也是可以的 pdat = dat%>% pivot_longer(cols = 2:4,...values_to = "count") 生信技能树 注意：以下情况都可以解决 列名是字符型数据 列名中含有数值型数据，可以names_prefix/names_transform提取，可以用readr包中的
，类似于 Excel 中的数据透视功能 pivot。...tidyr 之前的版本主要包含以下几个重要函数： gather：宽数据变成长数据； spread：长数据变成宽数据； unite：将多列按指定分隔符合并为一列...目前最新的版本中主要提供 pivot_longer，pivot_wider 等函数。...数据的整理是一个从数据框的统计结构（变量与观察值）到形式结构（列与行）的映射。...稀疏矩阵与稠密矩阵 在矩阵中，若数值为 0的元素数目远远多于非0元素的数目，并且非 0元素分布没有规律时，则称该矩阵为稀疏矩阵；与之相反，若非 0 元素数目占大多数时，则称该矩阵为稠密矩阵
names_to：一个字符向量，指定要根据存储在 cols 指定的数据的列名中的信息创建一个或多个新列。如果长度为 0，或者如果提供了 NULL，则不会创建任何列。...如果列重复，默认值“check_unique”会出错。使用“minimal”允许在输出中重复，或“unique”通过添加数字后缀来消除重复。...values_to：一个字符串，指定要从存储在单元格值中的数据创建的列的名称。...values_drop_na：如果为 TRUE，将删除 value_to 列中仅包含 NA 的行。这有效地将显式缺失值转换为隐式缺失值，并且通常仅应在数据中的缺失值由其结构创建时使用。...(-Sample, names_to = "new", values_to = "count")总结R语言不只是一个强大的可视化软件，在做的组学多了后，发现对一般的表格的处理也是具有强大的功能呢，因此在后续的学习中
我们知道单元格代表案件数，因此我们将变量数存储在cases中,并用na.rm去除含有缺失值的行。这里使用pivot_longer()将数据变长，具体见后面函数详情。...()、poivot_wider() pivot_longer() 将在列中列名（数值）转换到一列上。...函数主要参数: cols选取的列； names_to 字符串，指定要从数据的列名中存储的数据创建的列的名称。 values_to 字符串，指定要从存储在单元格值中的数据创建的列的名称。...values_drop_na 如果为真，将删除value_to列中只包含NAs的行。...例子如上面例子：将new_sp_m014到newrel_f65之间的列选取,汇总到key列名中,值存在cases列名中,并将含有缺失值的行进行删除。
之前介绍了如何将多个性状的箱线图放在一个图上，比如learnasreml包中的fm数据，它有h1~h5五年的株高数据，想对它进行作图。...问题来了，什么是「长数据」，什么是「宽数据」（不是短数据，这不是反义词，谢谢） 「宽数据：」 ❝即变量是多列数据，每一列都是一个值，比如株高数据，第一年的株高是一列，第二年的株高是一列，第三年的株高是一列...比如株高数据，第一列是ID，第二列是年份，第三列是株高，这种数据叫长数据。...现在我用melt函数时，就不用载入reshape2了，直接用data.table包就行 tidyverse中的tidyr中的pivot_longer函数，这个更简单，用过这个函数，再也没有迷路过。...第二个-1，意思是除了第一个不处理，其它都处理，也可以用2:6表示第二到第六列处理 第三个names_to是变量的名称，这里定义为Year 第四个values_to是保存的性状名，这里是Height
1 原始数据 常规的表达矩阵每一行为一个基因，每一列为一个样本，如果拿到的数据不符合上述规则，首先需要对数据进行调整。 如果每一行为一个样本，每一列为一个基因则需要使用t()进行转置。...数据处理 2.1 添加分组信息 library(tidyr) library(tibble) library(dplyr) dat = t(exp) %>% # “%>%”为管道符，相当于linux中的...“|” as.data.frame() %>% # 只有数据框才能使用将行名变成一列的命令 rownames_to_column() %>% # 将行名变成一列 mutate(group...，此处我们采用pivot_longer()进行转换，更多宽变长方法可参考简书教程[1]。...pdat = pivot_longer(data = dat, cols = starts_with("gene"), # 宽变长 选择以"gene"为开头的行
Tidyverse补充 sunqi 2020/8/13 概述 休息了几天，罪过 tidyverse中的长款数据转换函数，类比于之前的reshape2包中的melt和dcast函数 代码 rm(list=...data.frame( Day = 1:5, type1 = c(0.6, 1.2, 1.4, 1.9, 2.2), type2 = c(0.5, 0.7, 0.9, 1.3, 1.8) ) # 在绘图的过程中...# 尤其是ggplot函数，上述的宽数据格式无法满足绘图的需要 # 涉及分组绘图 # 对于type1和type2 # 因此需要长款转换 # 需要的函数 # pivot_longer 转换长 # pivot_wider...转换宽 long pivot_longer(df, 2:3, names_to = "type",#用于显示变量的名字 values_to = "value"#用于显示值的名字 ) long...%>% count(Species) ## Species n ## 1 setosa 50 ## 2 versicolor 50 ## 3 virginica 50 # 添加一列显示每个花卉的数目
） hash（object ） 返回对象的散列值（如果有）。哈希值是整数。它们用于在字典查找期间快速比较字典键。比较相等的数值具有相同的散列值（即使它们具有不同的类型，就像1和1.0一样）。...注意: 对于具有自定义__hash__()方法的对象，请注意hash() 根据主机的位宽截断返回值。详情请参阅__hash__()。 help（[ object ] ） 调用内置的帮助系统。...如果参数是一个字符串，那么该字符串将被查找为模块，函数，类，方法，关键字或文档主题的名称，并在控制台上打印帮助页面。如果参数是任何其他类型的对象，则会生成对象上的帮助页面。...在版本3.4中进行了更改：更改pydoc并inspect意味着可报告的已报告签名现在更加全面和一致 hex（x ） 将整数转换为以“0x”为前缀的小写十六进制字符串。...一些例子： >>> hex(255) '0xff' >>> hex(-42) '-0x2a 如果要将整数转换为带有前缀或不带前缀的大写或小写十六进制字符串，可以使用以下任一方式： >>> '%
在PDM中可以对CDM生成的表结构，做进一步的核对、确认一下，这是不是就是自己想要的数据结构，需要注意的是CDM中的关联association会直接生成对应的表table，还有一点需要注意，如果一个表中有两个来自同一个表的外键...图-5 第三步，数据库表前缀的设置，在上图中，点开第二个选项卡detail，可以看到一个table prefix，这个便是表前缀的设置。...图-9 再确认一下，表中的列，喔，好吧，学生和课程关联关系时，错把班级和这张表关联了，真是太粗心，怎么办，再回到CDM设计中，把上面的相关步骤再走一遍喽！...图-12 好吧，设计真是个细心活，最后再把PDM生成一下，生成的结果如下图： 图-13 再把每个表中的列信息核对一遍，这下，学生和课程关系表中的列信息都是对的，课程id和学生id分别作为外键，插入到这张表中...按下OK按钮确认后，会弹出对话框，点击是，打开已经生成好的word文档，预览一下格式 图-29 这份看起来高大上的文档，还有些不足，行之间缺少下划线，列表清单缺少备注等等。
otu表格的格式是每行是一个微生物，每列是一个样本，如下截图 image.png 相对丰度就是 在这个样本中微生物的绝对丰度除以这个样本中所有微生物绝度丰度的和 用R语言的tidyverse包来实现，代码..."D:/R_4_1_0_working_directory/env001/2024.data/20240609/example_otu.xlsx") 转换代码 new.df% pivot_longer...total) %>% pivot_wider(id_cols=c("otuID"),names_from = name,values_from = relative_abun) new.df 基本的思路是...：先把otu表格宽格式转换成长格式，然后根据样本分组求和，生成一个新的列，然后用绝对丰度值除以求和列得到相对丰度，最后再转换为长格式 导出excel rio::export(new.df,file =
pivot_longer/pivot_wider 大部分功能是类似的，这里主要说下pivot_longer 针对下面情况的功能： 我们需要 指定切分变量名和随访号的模式，以解决一行中有多个属性的多次观测的情形...x, y 应该放在两列中却合并成一个了，2018 和 2019 应该放在一列中却分成了两列。...2.10 表格的拆分与合并 将同一列中的内容分为两列内容。或将两列内容合并为同一列内容。 首先还是可以创建一个数据框。...extract 除了seperate 外，函数 extract() 可以按照某种正则表达式表示的模式从指定列拆分出对应于正则表达式中捕获组的一列或多列内容。...实际上，tibble 允许存在数据类型是列表 (list) 的列，子数据框就是以列表数据类型保存在 tibble 的一列中的。
数据集缺少值？让我们学习如何处理： 数据清理/探索性数据分析阶段的主要问题之一是处理缺失值。缺失值表示未在观察值中作为变量存储的数据值。...您可以可视化数据集中缺失的位置（使用Python代码）： ? 在可视化中，您可以检查缺失是MCAR，MAR还是MNAR。 如果两个或多个变量中的缺失具有相同的模式，则为MNAR。...您可以按照以下两种方法检查缺失值： 缺失热图/相关图：此方法创建列/变量之间的缺失值的相关图。它解释了列之间缺失的依赖性。 ? 它显示了变量“房屋”和“贷款”的缺失之间的相关性。...成对删除：成对删除不会完全忽略分析中的案例。当统计过程使用包含某些缺失数据的案例时，将发生成对删除。该过程不能包含特定变量，但是当分析具有非缺失值的其他变量时，该过程仍然实用。...在MICE程序中，将运行一系列回归模型，从而根据数据中的其他变量对具有缺失数据的每个变量进行建模。
主键始终包含在最右侧列的二级索引中当我们定义二级索引时，二级索引将主键作为索引最右侧的列。它是默默添加的，这意味着它不可见，但用于指向聚集索引中的记录。...这是一个具有由多列组成的主键的表的示例：CREATE TABLE `t1` (`a` int NOT NULL,`b` int NOT NULL, `c` int NOT NULL,`d` int NOT...当我们在二级索引中包含主键或主键的一部分时，只有主键索引中最终缺失的列才会作为最右侧的隐藏条目添加到二级索引中。...b让我们创建一个缺少列的二级索引：ALTER TABLE t1 ADD INDEX sec_idx (`d`,`c`,`e`,`a`);该列b确实将被添加为索引最右侧的隐藏列。...我们来验证一下：b从上面我们可以看到，确实添加了column的值。第二条记录也是如此：如果我们查看InnoDB源代码，也有这样的注释：但是，如果我们在二级索引中只使用主键的前缀部分，会发生什么呢？
上述 SQL 可以使用到 (name,age,sex) 这个索引中的 name，因为缺少 age，所以也无法使用到 sex。 ?...上述 SQL 无法使用到 (name,age,sex) 这个索引，因为缺少最左列 name，违反了最左前缀原则。 2....前缀索引 如何创建前缀索引： ALTER TABLE person ADD KEY(name(7)); 前缀索引是针对大类型字段，比如 varchar、text、blob，如果使用这样的列做索引的话，会很消耗内存资源...那么我们如何选择前缀，使得前缀的度接近于完成列的度，而且前缀又能足够短（以便节约索引空间）。...关联查询优化 确保 ON 和 USING 字句中的列上有索引 确保任何的 GROUP BY 和 ORDER BY 中的表达式只涉及到一个表中的列，这样 MySQL 才有可能使用索引来优化。 7.
01 表格之间的处理 上一篇文章推出【R语言】基础知识 | 为了偷懒，我不择手段！，想了想，人还是踏实一点比较好，别老想着走捷径，不然有一天会摔的很惨，咱还?️...把基础打扎实～ data1文件夹中有4个表格，表格中存在合并单元格，这种情况该如何合并表格呢？...values_from: 指定列“值”来自哪个变量列。 values_fill = 0表示若变宽后单元格值缺失，设置用何值填充。...思路： 仓山、福清、高新、鼓楼、西湖这几个字符应该作为区域存储在一列 lxl=lxl%>%pivot_longer(-银行,names_to="区域",values_to="奖励金额",values_drop_na...=TRUE) #查看运行结果： 如何将去掉奖励金额中“0”所在的行？
例如，要选择和仅打印第二列中具有字符串“ purple”且第三列中少于五的记录： 02.png 如果记录在第二列中具有“purple”，但在第三列中具有大于五的值，则该记录不会被选中。...同样，如果一条记录符合第三列的要求，但在第二列中缺少“purple”，则该记录也不会被选中。 Next命令 假设你要选择文件中数量大于或等于8的每条记录，并打印带有两个星号（**）的匹配记录。...本示例将上一篇文章中的简单脚本改编为一个文件，该文件的字段用逗号而不是空格分隔： 04.png END命令 像BEGIN一样，END命令使你可以在完成对正在处理的文本文件的扫描后，在awk中执行操作。...你可以在不声明其类型的情况下随意创建它们，并任意为其添加值。 在循环结束时，脚本将各个列中的记录加在一起，并打印总数。...Math 到目前为止，你可能已经从所有逻辑运算符和随意计算中得知，awk很自然地进行了数学运算。 可以说，这使其成为你的终端机非常有用的计算器。
length(str) #查看元素数，注意区分 #指定字符分割字符串 str_split(str," ") str_split(str," ")[[1]] #该函数会形成一个列表 #str_split()可分割具有多个字符串的向量...#字符串的替换 str_replace(str,"o","O") str_replace_all(str,"o","O") #删除字符串中的字符 str_remove(str," ") str_remove_all...(str," ") 输出结果： 图片 数据框的处理-dplyr library(dplyr) head(iris,5) #将内部数据iris所有列按Sepal.Length列的数值从小到大排列 head...(arrange(iris,Sepal.Length),5) #将内部数据iris所有列按Sepal.Length列的数值从大到小排列 head(arrange(iris,desc(Sepal.Length...图片 MARGIN参数，1表示针对列，2表示针对行 FUN参数，可使用任何函数，包括自定义的函数 data=iris[1:5,1:4] data #计算每一列的加和 apply(data,1,sum)
linux 文件管理命令：wc输出文件中的行数、单词数、字节数\comm比较排序文件\join将两个文件中指定栏位内容相同的行连接起来\fmt编排文本文件\tr转换字符wc：输出文件中的行数、单词数、字节数作用...用法：join [选项]文件 1 文件 2主要选项如下针对每一对具有相同内容的输入行，整合为一行写到标准输出，默认的内容连接区块是由 第一个空白符代表的分界符号。...--check-order 检查输入行是否正确排序，即使所有输入行均是成对的。...-p,--prefix=字符串 只对以指定字符串开头的行重新格式化，将前缀重新附着到被重新格式化的行上。...-p,--prefix=字符串 只对以指定字符串开头的行重新格式化，将前缀重新附着到被重新格式化的行上。
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