我在snakemake中有这样一条规则： RESULTS + folderdestination + "/{feats}/{edges}/{labels}/predictions我需要传递给另一个规则，仅仅是文件夹：但是，使用的通配符的<
浏览 48提问于2020-03-11得票数 0
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我刚刚开始使用snakemake，想知道在同一个文件上运行一组参数的“正确”方法是什么，以及这将如何用于规则链？ "scripts/preprocess.py&qu
浏览 208提问于2017-01-21得票数 3
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我正在寻找一些关于使用Snakemake处理我的R管道的基本信息。据我理解，最常见的两种方法是使用script标志和传递R脚本，或者通过传递给Rscript使用shell。如果我想使用这些方法中的任何一种，那么我的R脚本应该是什么样的呢？R脚本如何知道如何查找和调用RData对象上的load，或者在为input提供名称的情况下调用read.table来读取csv文件。据推测，Snakemak
浏览 2提问于2019-07-02得票数 2
rule A生成的文件数量取决于用户从配置中指定的值，因此是已知的。 在this question中存在差异，因为输出文件的数量是未知的，但是存在对dynamic()关键字的引用。显然，这已经被checkpoint的使用所取代。在这种情况下，这真的是正确的方法吗？也有类似于scattergatter的东西，但是我不太清楚这个例子。chunk_{chunk}_done_somethi
浏览 38提问于2021-08-13得票数 3
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我正在将bash脚本转换为snakemake，并且我希望将之前使用for循环处理的步骤并行化。我遇到的问题是，snakemake没有运行并行进程，而是尝试运行一个具有所有参数的进程，但失败了。我最初的bash脚本针对参数K的一系列值多次运行程序。每次运行有两个主要输出，例如对于K=1，它们是fileprefix.1.meanP，fileprefix.1.meanQ。我的config
浏览 23提问于2019-01-29得票数 1
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我是第一次接触Snakemake，我想知道在使用expand()时是否可以将可选的输出文件放入snakemake规则中。我正在使用bowtie2-build为我的参考基因组创建索引，但根据基因组大小的不同，bowtie2会创建具有不同扩展名的索引文件：.bt2用于小基因组，.bt21用于大基因组。"reference_genome"] &qu
浏览 52提问于2021-10-05得票数 2
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可以使用来自同一个工作目录的两个不同的信任来运行snakemake管道吗？
这里的配置文件将有一个“项目名称”参数，该参数将定义管道的输入和输出路径。由于snakemake锁定了工作目录，所以我想知道在同一个工作目录中使用不同配置文件运行相同的管道是否会导致一些冲突。如果是，对这种情况是否有可行的替代战略？
浏览 1提问于2018-04-23得票数 1
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我有一个Snakemake规则，它在数据存档上工作，本质上是解包其中的数据。在我的规则开始之前，归档包含不同数量的文件，所以我想利用这一点，并执行以下操作 input: '{id}.archive' lambdawildcards: ARCHIVE_CONTENTS[wildcards.id]
但我不能在output中使用函数，这是有充分理由的。然而，我想不出一个好的
浏览 11提问于2018-02-27得票数 3
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我正在使用，它非常有趣，但是如果VSCode不再抱怨Undefined variable: 'snakemake'，我会很高兴的。问题是，Snakemake以这样的方式运行作业，从而将此全局注入您的python范围，但是idea不知道它是真正定义的。我想知道是否有办法让它做两件事：
做自动完成--它应该基于Snakefile中定义的规则(输入、输出、参数等)自动完成。以及它自己的<
浏览 3提问于2020-06-10得票数 2
我有一个简单的问题，但我自己就是想不出来。bcftools view -H a.vcf.gz -r 1 > a_chr1.txtbcftools view -H a.vcf.gz -r 23 > a_chr23.txt
我可以在Snakemake我需要一个适当的蛇制作方式，史密斯喜欢下面，但它不工作。
浏览 3提问于2021-06-18得票数 0
在snakefile中，如何访问通过命令行传递给snakemake的所有配置值和相应的参数？例如，通过运行：特别是，我希望获得snakefile中可用核心的数量，以便能够使用该值执行一些计算。
浏览 0提问于2019-02-26得票数 3
这里有一个复杂的问题，我正在努力寻找一个干净的解决方案：
想象一下，有一个Snakemake工作流，有几个规则可以以某种方式进行参数化。现在，我们可能需要测试一些规则的不同参数设置，看看结果有何不同。但是，理想情况下，如果这些规则依赖于没有参数化的其他规则的输出，我们希望重用这些不可更改的文件，而不是为每个参数设置重新计算它们。我还意识到，这并不
浏览 2提问于2020-08-17得票数 1
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编辑，在尝试任何操作之前，请确保安装Snakemake之前：如广告所示：。不要像这里所宣传的那样安装它：，您将得到一个非常旧的版本( -c conda-forge是很重要的！)我今天一直在和蛇搏斗。我的问题是，我的明星法则给了我一个错误：
/rst1/2017-0205_illuminaseq/sc
浏览 2提问于2018-11-15得票数 0
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让我们有一个简单的蛇形文件，如 input: "plots/dataset2.pdf"docker://joseespinosa/docker-r-ggplot2" "somecommand {input} {output}"
如果我很好地理解了，当我运行snakemake--use-sing
浏览 1提问于2018-10-10得票数 6
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有没有办法让snakemake在输入丢失的情况下表现得像make一样？snakemake当前的行为是bug还是一个特性？b
rule b: output: touch("b")
output: touch("a")
5.20.1
浏览 14提问于2020-08-14得票数 2
我有一个snakemake管道，它包含调用其他程序和自定义R和python脚本的规则。由于我这次有20+数据集，我想知道是否有一种更自动化的方法来做到这一点。数据集之间的变化主要有4个参数:输入文件位置、引物、质量控制参数和结果输出dir。是否有一
浏览 3提问于2021-01-05得票数 1
merge_bam: R1.bamExpected output files: merge_bam: S1.bamlibrary_id = ['S1']
run_id = ['S1'] # Same as library_id这是与snakemake 6.4.1
浏览 4提问于2021-08-23得票数 1
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我有一个由N个步骤组成的模拟，按顺序运行。这些步骤中的每一个都会修改内存中的全局状态，直到最后一步即结果。每个变化都会改变某些步骤的参数。20个步骤减少到13个步骤，包含3个转储和4个负载。倾销后Run1提交run4，倾销S2后提交run2和run3，倾销S2后run4提交run5。使用此解决方案，在向Slurm提交作业时声明依赖关系是否有意义？这是8个要提交的作业，而不是5个，但是我可以从一开始就将它们全部提交，并具有正确的
浏览 3提问于2019-11-02得票数 1
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我正在制作一个用于数据分析的Snakefile。我的原始数据的扩展名是.RCC。例如，我有的第一个输入文件是: CF30207_01.RCC。我在数据上运行的脚本是QC.py。/Snakefile: line 10: ` expand('{sample}.RCC', sample=SAMPLES)'
但我遵循了完全相同的结构。
浏览 1提问于2020-02-04得票数 0
我正在尝试使用Snakemake来读取大量的英文.txt文件，并在上面运行一个python脚本，但是当我运行它时，它似乎完全挂起了--我已经离开它很长一段时间了，没有任何响应，而实际的脚本只需要很少的时间就可以运行这是我当前的Snakefile：
raw_dirs, raw_files = glob_wildcards("../..
浏览 15提问于2020-02-21得票数 1
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