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如何在Ubuntu 16.04上使用Cassandra和ElasticSearch设置Titan Graph数据库

Titan是一个高度可扩展的开源图形数据库。图形数据库是一种NoSQL数据库,其中所有数据都存储为节点(nodes)和边(edges)。图形数据库适用于高度连接数据的应用程序,其中数据之间的关系是应用程序功能的重要部分,如社交网站。Titan用于存储和查询分布在多台机器上的大量数据。它可以使用各种存储后端,如Apache Cassandra,HBase和BerkeleyDB。在本教程中,您将安装Titan 1.0,然后配置Titan以使用Cassandra和ElasticSearch。Cassandra充当保存底层数据的数据存储区,而ElasticSearch是一个自由文本搜索引擎,可用于在数据库中执行一些复杂的搜索操作。您还将使用Gremlin从数据库创建和查询数据。

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基于Transformer预训练的蛋白语言模型是无监督的蛋白质结构学习器

无监督接触预测 (Unsupervised Contact Prediction) 是在蛋白质结构测定和设计过程中揭示蛋白质物理、结构和功能约束的核心。几十年来,主要的方法是从一组相关序列中推断进化约束。在过去的一年里,蛋白质语言模型已经成为一种潜在的替代方法,但目前性能还没有达到生物信息学中最先进的方法。本文证明了Transformer的注意图 (Attention Map) 能够从无监督语言建模目标中学习蛋白质序列中各个残基之间的接触距离。我们发现,迄今为止已经训练过的最高容量模型已经优于当前最先进的无监督接触预测的工作流程,这表明过去这些繁琐的工作流程可以用端到端模型的单向传递工作流程来代替。

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JanusGraph -- 简介

图数据库的基本含义是以“图”这种数据结构存储和查询数据,而不是存储图片的数据库。它的数据模型主要是以节点和关系(边)来体现,也可处理键值对。它的优点是快速解决复杂的关系问题。 图将实体表现为节点,实体与其他实体连接的方式表现为联系。我们可以用这个通用的、富有表现力的结构来建模各种场景,从宇宙火箭的建造到道路系统,从食物的供应链及原产地追踪到人们的病历,甚至更多其他的场景。 图形数据库是NoSQL数据库的一种类型,它应用图形理论存储实体之间的关系信息。最常见的例子,就是社会网络中人与人之间的关系。关系型数据库用于存储关系型数据的效果并不好,其查询复杂、缓慢、超出预期,而图形数据库的独特设计恰恰弥补了这个缺陷。 目前主流的图数据库有:Neo4j,FlockDB,GraphDB,InfiniteGraph,Titan,JanusGraph,Pregel等。下面说一下JanusGraph 官网上:

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《大话数据结构》总结第一章 绪论第二章 算法第三章 线性表第四章 栈和队列第五章 字符串第六章 树第七章 图第八章 查找第九章 排序

第一章 绪论 什么是数据结构? 数据结构的定义:数据结构是相互之间存在一种或多种特定关系的数据元素的集合。 第二章 算法 算法的特性:有穷性、确定性、可行性、输入、输出。 什么是好的算法? ----正确性、可读性、健壮性、时间效率高、存储量低 函数的渐近增长:给定两个函数f(n)和g(n),如果存在一个整数N,使得对于所有的n>N,f(n)总是比g(n)大,那么,我们说f(n)的增长渐近快于g(n)。于是我们可以得出一个结论,判断一个算法好不好,我们只通过少量的数据是不能做出准确判断的,如果我们可以

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原创 | 初学者友好!最全算法学习资源汇总(附链接)

在计算机发展飞速的今天,也许有人会问,“今天计算机这么快,算法还重要吗?”其实永远不会有太快的计算机,因为我们总会想出新的应用。虽然在摩尔定律的作用下,计算机的计算能力每年都在飞快增长,价格也在不断下降。可我们不要忘记,需要处理的信息量更是呈指数级的增长。现在每人每天都会创造出大量数据。日益先进的纪录和存储手段使我们每个人的信息量都在爆炸式的增长。互联网的信息流量和日志容量也在飞快增长。在科学研究方面,随着研究手段的进步,数据量更是达到了前所未有的程度。无论是三维图形、海量数据处理、机器学习、语音识别,都需要极大的计算量。在网络时代,越来越多的挑战需要靠卓越的算法来解决。

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高并发图数据库系统如何实现?

随着越来越多的开源软件、微服务架构的出现,所有的软件都在宣称自己是高性能的,大量的软件在滥用市场宣传混淆视听,把完全不具备高性能特征的系统鼓吹成无所不能,这让大众很难甄别出哪些是真材实料,哪些是狗皮膏药,哪些是滥竽充数。更有别有用心的厂家,打着符合国际、国内标准旗号的发布的颠倒黑白的性能评测报告——例如某互联网大厂与另外一家同城的图数据库创业公司就先后鼓吹自家的图数据库系统性能全球第一,但实际上所有测试结果都采用接口预先封装的模式,无论多复杂的查询逻辑,结果永远是几毫秒返回,既无查询语句,也没有查询结果的正确性验证,这就属于典型的盗名欺世。

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