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R语言操作otu丰度表:分行列计算平均标准

这个是数据集中按行求标准 image.png 3 这个公式计算方法是先按照行求平均值得到一个向量a,按行求标准差得到一个向量b,最后是按照列来进行abs(x-a)/b image.png 4 这个公式就是把...read_excle()函数好像没有指定某一列作为行名函数,所以我给原始数据添加一个表头 image.png 读取数据 read_excel("example.xlsx") %>% column_to_rownames...("sample") -> df dim(df) df image.png 按照行求平均值标准 sample_mean<-apply(df,1,mean) sample_sd<-apply(df...avd apply(newdf,1,sum)/(ncol(df)*nrow(df)) -> avd avd 今天推文示例数据代码可以在公众号后台留言20210925获取 欢迎大家关注我公众号...小明数据分析笔记本 小明数据分析笔记本 公众号 主要分享:1、R语言和python做数据分析和数据可视化简单小例子;2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记;3、生物信息学入门学习资料及自己学习笔记

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Python | Numpy:详解计算矩阵均值标准

一、前言 CRITIC权重法是一种比熵权法标准离差法更好客观赋权法: 它是基于评价指标的对比强度指标之间冲突性来综合衡量指标的客观权重。...在用 Python 复现 CRITIC 权重法时,需要计算变异系数,以标准形式来表现,如下所示: Sj表示第 j 个指标的标准,在 CRITIC 权重法中使用标准来表示各指标的内取值差异波动情况...数据如下: 二、详解计算均值标准 初始化一个简单矩阵: a = np.array([ [1, 2, 3], [4, 5, 6], [7, 8, 9] ]) a 分别计算整体均值...# 每一列均值 print("每一行均值:", np.mean(a, axis=1)) # 每一行均值 分别计算整体标准、每一列标准每一行标准: print("整体方差..., np.std(a, axis=1)) # 每一行标准 结果如下: 三、实践:CRITIC权重法计算变异系数 导入需要依赖库: import numpy as np import pandas

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优Tech分享 | RM -R:等价去除模型连接

一个残块,其中一个ReLU位于残连接内部,另一个位于外部;而下图b)所示为RepVGG连续两个残块,ReLU均位于残连接外部。...因此一种能够等价去除ResNet连接方法,就显得很有价值。 02/RM 操作 RM Operation发音功能与remove相同:等价去除(remove)模型连接。...• 由于每个残块最后都有一个ReLU,每个残输入输出都为非负值。这一非负特征,通过卷积BN时都没有改变其值,ReLU也不会改变非负输入值。...从上面描述过程可以看出,RM操作去除残连接需要引入额外通道。在下表我们对比ResNet,RepVGG,RMNet三种方法,其中RepVGG能够提升推理速度,付出代价是训练开销大,准确率低。...使MobileNetV2在1.4倍真实硬件加速情况下,比ImageNetbaseline准确率高出1.42%,比1.3倍加速AMC剪枝高出2.27%!

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Python计算电场两点间电势

参考代码: 前天有奖答题内容: 1000道Python题库系列分享14(1道代码阅读题) 参考答案: 该问题功能为求解在n个物品任选i个物品有多少种选法,也就是组合数C(n,i)。...根据组合数定义,需要计算3个数阶乘,在很多编程语言中都很难直接使用整型变量表示大数阶乘结果,虽然Python并不存在这个问题,但是计算大数阶乘仍需要相当多时间。...文中代码提供了另一种计算方法,也就是通过展开组合数定义然后进行约分来减少计算量:以Cni(8,3)为例,按定义式展开如下,对于(5,8]区间数,分子上出现一次而分母上没出现;(3,5]区间数在分子、...如下图所示: 除了缺少参数正确性外围检查代码,该问题最大问题有两处:1)实数计算会引入误差;2)循环结构n-jminNI-j都是从大到小变化,会出现除不尽情况,从而引入误差。...下面这位朋友请于明天中午12点之前通过公众号后台把详细邮寄地址电话发送给我,以便邮寄赠书。

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Rstackunstack函数

我们用R做数据处理时候,经常要对数据格式进行变换。例如将数据框(dataframe)转换成列表(list),或者反过来将列表转换成数据框。...那么今天小编就给大家介绍一对R函数来实现这样功能。 这一对函数就叫做stackunstack。从字面意思上来看就是堆叠去堆叠,就像下面这张图展示这样。...那么R里面这两个函数具体可以实现什么样功能呢?下面这张图可以帮助大家来理解。unstack就是根据数据框第二列分组信息,将第一列数据划分到各个组,是一个去堆叠过程。...一、unstack 下面我们来看几个具体例子 例如现在我们手上有一个数据框,里面的数据来自PlantGrowth 我们可以先看看PlantGrowth 内容,第一列是重量,第二列是不同处理方式...df = PlantGrowth unstacked_df = unstack(df) unstacked_df 结果如下,因为这里ctrl,trt1trt2样本刚好都是10个,所以这里结果看上去还像是一个数据框

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Rgrepgrepl函数

在日常数据分析过程,我们经常需要在一个字符串或者字符串向量查找是否包含我们要找东西,或者向量那几个元素包含我们要查找内容。...这个时候我们会用到R中最常用两个函数,grepgrepl。...其实grep这个函数也并非是R所特有的,在linux模式匹配也用grep这个函数,前面我就给大家简单介绍过☞Linux xargs grep zgrep命令。...我们先来看看grepgrepl这两个函数用法。 这两个函数最大区别在于grep返回找到位置,grepl返回是否包含要查找内容。接下来我们结合具体例子来讲解。...☞讨论学习Rgrepl函数 参考资料: ☞Linux xargs grep zgrep命令 ☞讨论学习Rgrepl函数

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Linux下duls计算文件大小竟然10倍?

后来想起来,du查找时候是按照block大小计算计算是实际占用磁盘空间大小,但即便这样,按道理,ls命令查出来大小不会太多,但是凡事有例外 linux中有一种文件叫做sparse file...类NTFS等文件系统一个特性 开始时,一个sparse file不包含数据,也没有分配到用来存储用户数据磁盘空间。...Sparse File以64KB为单位增量增长,所以磁盘上sparse file大小总是64KB倍数 Sparse File就是在文件留有很多空余空间,留备将来插入数据使用。...-r-- 1 root root 10G Oct 21 09:57 smartorder.log.tar 如何查找系统上sparse file,或确认文件是否是sparse file?.../smartorder.log 如上,通过find命令,find命令通过%S输出结果,最左边一列显示值是(BLOCK-SIZE*st_blocks/st_size),sparse file大小通常是小于

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JS变量类型计算

.=== == 选择 3.JS中有哪些内置函数 4.JS变量按存储方式分为哪些类型,并描述其特点 5.如何理解JSON 值类型引用类型 值类型(boolean,string,number,null...把a赋值给b在内存是又给b开辟了一块新空间,存储了同样值。...引用类型分两块存储,先在堆存储一个实际值,再在栈存储一个堆中值引用地址,指向堆对象。...把a赋值给b是在栈重新开辟一块空间存储还是相同对象引用地址,ab存储地址相同,指向对象也相同。当对象值发生改变时,两者会同时改变。...window.abc //true nullundefined区别 null:是被赋值过对象,刻意把一个对象赋值为null,故意表示其为空,不应有值,所以对象为null是正常,typeof

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R计算mRNAlncRNA之间相关性+散点图

我们在做表达谱数据分析时候,经常需要检测基因两两之间表达相关性。特别是在构建ceRNA网络时候,我们需要去检查构成一对ceRNAmRNAlncRNA之间表达是否呈正相关。...前面给大家分享过R计算多个向量两两之间相关性,今天小编就给大家分享一个实际应用案例,用R去批量检测大量mRNA跟lncRNA之间表达相关性,并绘制散点图。...RNA名字 rownames(rnaExpr) <- genes #设置表达谱列名为样本名字 colnames(rnaExpr) <- samples #构建所有mRNAlncRNA组合 combination...<- expand.grid(deLNC, dePC) #第一列为lncRNA,第二列为mRNA names(combination)=c("lnc","pc") #通过循环来计算所有lncRNA...参考资料: R计算多个向量两两之间相关性

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机器学习新数学,加速AI训练离不开数字表示方式基本计算变革

通过为神经网络模型每个包含 64 个数字集合微调这种缩放参数,英伟达研究者能够最大限度地减少量化误差。他们还发现,计算缩放因子开销也可以忽略不计。...Gustafson 表示,「posits 更适合计算数字自然分布。其实,浮点运算中有大量 bit 模式,不过没有人使用过。这是一种浪费。」...Posits 在 1 -1 附近提升了准确率,这要得益于它们表示存在一个额外组件。...他们还发现,提高精度并没有以计算时间为代价,只是稍微增加了芯片面积功耗。...该团队对 RISC-V 指令集扩展包括一个有效计算版本,它混合了较低较高精度数字表示。凭借改进混合精度数学,他们在训练神经网络所涉及基本计算获得了两倍加速

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孙剑团队提出移动端神经网络ShuffleNet,优于谷歌MobileNet

)两部进行,有效地减少了计算参数量;而Facebook“ResNeXt”网络[2]则首先使用逐点卷积减少输入特征通道数,再利用计算量较小分组卷积(group convolution)结构取代原有的卷积运算...作者通过分析XceptionResNeXt模型,发现这两种结构通过卷积核拆分虽然计算复杂度均较原始卷积运算有所下降,然而拆分所产生逐点卷积计算量却相当可观,成为了新瓶颈。...将原先结构前后两个1x1逐点卷积分组化,并在两层之间添加通道重排操作,进一步降低卷积运算跨通道计算量。...接着作者通过在MS COCO目标检测上结果说明模型泛化能力。最后,作者给出了在ARM计算平台上ShuffleNet实际运行时加速效果。...对比其他结构单元 作者使用一样整体网络布局,在保持计算复杂度同时将ShuffleNet结构单元分别替换为VGG-like、ResNet、Xception-likeResNeXt结构单元,使用完全一样训练方法

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GSKCerebras合作|高性能AI计算如何加速药物发现

制药公司生物技术机构通过传统实验室计算方法加速药物发现已经取得了重大进展,然而,他们才刚刚开始利用人工智能潜力来更快地开发更有效治疗方法。...GSKCerebras合作 GSKCerebras Systems合作关系 是利用Cerebras的人工智能计算加速GSK药理学生命科学研究。...例如,GSKEBERT模型可以预测细胞转录因子结合位点,从而为基因疗法验证提供信息。 像这样深度学习模型在加速药物开发方面有很大潜力。...在Cerebras,GSK看到了一个加速他们使用人工智能和加快洞察力机会,并采用了Cerebras CS-1计算机系统进行EBERT工作。...他和他团队领导硬件、软件机器学习研究产品需求和战略,与工程部门客户合作,建立系统,从根本上加速人工智能研究企业应用。

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利用Numpyascontiguousarray可以是数组在内存上连续,加速计算

光靠这些信息,似乎没能道出Numpy里面contiguous array non-contiguous array 有什么区别,以及为什么需要进行ascontiguous操作?...译文 所谓contiguous array,指的是数组在内存存放地址也是连续(注意内存地址实际是一维),即访问数组下一个元素,直接移动到内存下一个地址就可以。...这个数组看起来结构是这样:   在计算内存里,数组arr实际存储是像下图所示:   这意味着arr是C连续(C contiguous),因为在内存是行优先,即某个元素在内存下一个位置存储是它同行下一个值...如果想要向下移动一列,则只需要跳过3个块既可(例如,从0到4只需要跳过1,23)。...上述数组转置arr.T则没有了C连续特性,因为同一行相邻元素现在并不是在内存相邻存储了:   这时候arr.T变成了Fortran 连续(Fortran contiguous),因为相邻列元素在内存相邻存储

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文本或代码 n r 区别

素材来源:网络 编辑整理:strongerHuang 我们使用 printf 打印时基本都会用到 \n \r 之类控制字符,比如: printf("hello world!...\r\n"); 那你知道这些 \n \r 区别吗? 一、关于 \n \r 在 ASCII 码,我们会看到有一类不可显示字符,叫控制字符,其中就包含\r \n 等控制字符。 ?...回车换行来源: 在计算机还没有出现之前,有一种叫做电传打字机(Teletype Model 33)玩意儿,每秒钟可以打 10 个字符。...这就是"换行""回车"来历,从它们英语名字上也可以看出一二。 二、\n \r 差异 后来,计算机发明了,这两个概念也就被搬到了计算机上。...在微软 MS-DOS Windows ,使用“回车 CR('\r')”“换行 LF('\n')”两个字符作为换行符; Windows 系统里面,每行结尾是 回车+换行(CR+LF),即“\r\

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2016年计算机联考真题——寻求最大子集

概述 已知由n(n>=2)个正整数构成集合A ,将其划分成两个不相交子集A1A2,元素个数分别为n1n2,A1A2元素之和分别为S1S2。...设计一个尽可能高效划分算法,满足|n1-n2|最小且|S1-S2|最大。要求: 1)给出算法基本设计思想。 2)根据设计思想,采用C或C++语言描述算法,关键之处给出注释。...3)说明你所设计算平均时间复杂度空间复杂度。 ---- 算法思想 根据快速排序思想,把找到最佳划分,把最小[n/2]个数放到A1,其余数放到A2。分组结果即为题意所求。...2)若i<[n/2],则枢轴及之前所有元素均属于A1,继续对i之后元素进行划分。 3)若i>[n/2],则枢轴及之后所有元素均属于A2,继续对i之前元素进行划分。...cout<<"划分结果为:"<<endl; Print(data,size/2); Print(data+size/2,size-size/2); cout<<"最大子集

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我掌握新兴技术:量子计算:AI加速量子算法开发优化

引言量子计算是未来计算领域一个前沿技术,然而,量子算法开发优化是一项极具挑战性任务。本文将探讨如何利用人工智能(AI)技术来加速量子算法开发优化,为读者提供实用指南。...第一部分:量子计算基础1.1 什么是量子计算量子计算利用量子比特叠加纠缠特性,能够在某些情况下实现比传统计算更高效运算。...第二部分:AI在量子计算应用2.1 量子算法开发难题量子门操作设计: 设计合适量子门操作是量子算法开发一个挑战。纠缠优化: 优化纠缠过程以提高算法性能也是一个复杂问题。...2.2 AI优势人工智能在处理复杂问题优化具有强大能力,尤其在搜索空间庞大量子算法中发挥着重要作用。...4.2 使用AI加速Grover算法结合AI技术,优化Grover算法量子门操作和纠缠过程,提高搜索效率。结论通过结合人工智能技术,开发优化量子算法变得更为高效。

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shuffleNet_期刊论文读书笔记

我们注意到,最先进基础架构,如XceptionResNeXt,由于代价高昂密集1×1卷积,在极小网络变得效率更低。我们建议使用分组逐点卷积来降低1×1卷积计算复杂度。...因此,对于ResNeXt每个残单元,逐点卷积占用93.4%乘法-加法。在微型网络,昂贵逐点卷积会导致有限通道来满足复杂度约束,这可能会严重损害精度。  ...在其残分支,对于3×3层,我们在瓶颈特征图上应用了计算量较少3×3深度卷积。...由于分组逐点卷积与通道重排结合,使得shuffle单元所有分量都能得到有效计算。与ResNet(瓶颈设计)ResNeXt相比,我们结构在相同设置下复杂度更低。...由于内存访问其他开销,我们发现在实现,每减少4倍理论上复杂性,就会导致约2.6倍实际加速

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